불복절차 진행 중 관련 법령이 개정(소급적용)됨에 따라 국세부과제척기간이 도과한 처분도 취소하여야 함

[주 문] OOO세무서장이 2016.8.5. 청구법인에게 한 2011년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 이를 각하한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 지방공기업법제49조 및 화성도시공사 설립 및 운영에 관한 조례에 따라 화성시의 택지, 주택, 일반건축물 등의 개발․관리 및 화성시의 업무 중 일부를 대행운영하기 위해 2008.3.26. 설립된 지방공기업법상의 지방공사이다.
• 나. 청구법인은 2010.4.6. 행정안전부장관의 경영개선명령에 따라 2011.6.14. 화성시시설관리공단을 흡수합병하면서 공단이 수행한 사업[ 조세특례제한법 제106조 제1항 제6호 및 같은 법 시행령 제106조 제7항 제22호에서 규정한 정부업무를 대행하는 단체(지방공기업법상 지방공단)가 공급하는 용역으로서 부가가치세 면제사업(<별지> 참조), 이하 “쟁점사업”이라 한다]을 승계하여 수행하면서 쟁점사업을 부가가치세가 면제되는 용역의 공급으로 보아 부가가치세 과세표준에 산입하여 신고하지 아니하였다.
• 다. 처분청은 2015.8.31.～2015.11.5.(당초 조사) 및 2016.6.27.～2016.7.16.(재조사) 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 화성시로부터 수령한 쟁점사업비 총 OOO원)을 부가가치세 과세대상 용역의 공급가액으로 보아 이를 수령한 부가가치세 과세기간의 과세표준에 산입하고, 쟁점사업과 관련된 매입세액 중 자산취득금액 등을 제외한 OOO원)을 과세표준에 대응되는 매입세액으로 산입하여, 2016.8.5. 청구법인에게 2011년 제2기 부가가치세 OOO원을 각 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.10.28. 심판청구를 제기하였고, 2017.2.7. 개정된 조세특례제한법 시행령 제106조 제7항 및 부칙 제23조 제1항에서 위 시행령이 개정되기 전 지방공사가 지방공기업법제78조 및 제78조의2에 따른 경영개선 명령 등에 따라 공사․공단과 합병한 경우 정부업무를 대행하여 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세가 면제되는 것으로 규정함에 따라 처분청은 쟁점사업을 부가가치세가 면제되는 용역의 공급으로 보아 2017.2.23. 2012년 제1기 부가가치세 OOO원을 직권으로 감액 경정하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세심판청구 중에 있는 2011년 제2기 부가가치세 과세처분도 국세부과제척기간이 도과된 것이 아니므로 2017.2.7. 개정된 조세특례제한법 시행령에 따라 감액 경정되어야 한다. 2017.2.7. 개정된 조세특례제한법 시행령 및 부칙에서 개정된 시행령이 시행되기 전에 합병한 경우에도 경영개선명령에 따라 공단과 합병한 공사에 대해 공사의 대행사업이 면세인 것으로 소급적용한다고 규정하였다. 2012사업연도 이후에 대하여 과세된 부가가치세는 처분청의 직권경정으로 환급되었는바, 처분청도 면세의 소급적용을 인정하고 있고, 과세관청의 직권경정은 국세부과제척기간 내에서만 가능하므로 2011사업연도는 경정하지 못하였으나, 개정규정에 의한 면세의 소급적용을 부인하는 것은 아니다. 이는 개정된 조세특례제한법 시행령에 따라 합병이후부터 쟁점사업에 대해 면세적용이 되는 것은 명백하나, 국세부과제척기간이 경과되어 직권 경정되지 못한 부분에 불과하므로 소급적용을 적시한 시행령에 의거하여 면세적용이 되어야 한다. 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 에 의하면 심판청구 등 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우에는 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년을 국세부과제척기간으로 하고 있어 결정 또는 판결에 의한 경정이 가능하다.
• 나. 처분청 의견 2011년 제2기 부가가치세 과세처분은 국세기본법상의 국세부과제척기간에 의거 결정취소하여 환급결정할 수 없다. 청구법인의 합병이후부터 부가가치세 면세를 적용하는 것은 명백하나 2011년 제2기 부가가치세 과세처분은 국세부과제척기간이 경과되어 직권으로 경정되지 못한 부분에 불과하므로 개정된 조세특례제한법 시행령에 근거하여 청구법인의 용역제공에 대한 면세를 적용하는 것은 가능하다고 판단된다. 그러나, 이 건의 경우 조세심판청구가 진행 중이고 소송 등 판결이 확정된 경우도 아니므로 국세기본법 제26조의2 제2항 에 규정된 특례 부과제척기간의 적용대상으로도 볼 수 없어 5년의 국세부과제척기간이 경과한 2011년 제2기 부가가치세 과세처분의 결정취소를 할 수 없는 것으로 판단된다.

• 가. 쟁점

① (2011년 제2기 부가가치세 과세처분 관련) 불복절차 진행 중 관련 법령이 개정(소급적용)됨에 따라 당초 고지한 처분을 직권취소하는 경우 국세부과제척기간(5년)이 도과한 처분은 이를 유지하는 것이 타당한지 여부

② (2012년 제1기․2013년 제1기․2014년 제1기 부가가치세 과세처분 관련) 이 건 심판청구가 적법한 청구인지 여부

• 나. 관련 법률 (1) 조세특례제한법 제106조 [부가가치세의 면제 등] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5 및 제9호는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정된 것) 제106조[부가가치세 면제 등] ⑦ 법 제106조 제1항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

22. 지방공기업법 제76조 의 규정에 의하여 설립된 지방공단 22의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 지방공기업법 제49조 에 따라 설립된 지방공사

• 가. 시·군 또는 자치구인 지방자치단체가 설립하였을 것
• 나. 제21호에 따른 지방공사를 제외할 경우 해당 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사일 것
• 다. 해당 지방자치단체에 제22호에 따른 지방공단이 없을 것

⑧ 법 제106조 제1항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 부가가치세법 시행령 제45조 제1호 에도 불구하고 적용한다.

1. 소매업·음식점업·숙박업·욕탕업 및 예식장업

2. 부가가치세법 시행령 제3조제2항 에 규정된 사업

4. 골프장·스키장 및 기타 운동시설 운영업

부칙 제23조[부가가치세의 면제 등에 관한 적용례] ① 제106조 제7항 제22호의2의 개정규정은 이 영 시행 전에 시ㆍ군 또는 자치구에서 설립한 지방공사가 지방공기업법 제78조 및 제78조의2에 따른 경영개선명령 등에 따라 공사ㆍ공단과 합병하거나 같은 법 제49조에 따른 설립 타당성 평가에 따라 자발적으로 공사ㆍ공단과 합병한 경우에도 적용한다. (3) 국세기본법 제55조 [불복] ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 나타난 주요 사실관계는 다음과 같다. (가) 경기도지사가 2010년 당시 행정안전부장관으로부터 통보받아 청구법인에 시달한 지방공기업 선진화 추진을 위한 경영개선명령(2010.4.6.)에 따라 청구법인은 2011.6.14. OOO을 흡수합병하였고, 합병 후 OOO에서 수행하던 시설관리 대행사업(쟁점사업)을 승계하였다. (나) 행정안전부의 지방공기업 선진화 추진을 위한 지방공사․공단 경영개선명령(2010.3.31.)을 보면, 경영진단결과 청구법인의 경우 2008년 3월에 설립되어 구체적인 사업실적이 미흡(발안도시계획도로 OOO원, 56만평) 외 예정사업전망이 불투명하며, 지원부서인력(42%)과 관리직(26%)의 비중이 높고, 계획 중인 사업에 대한 투자 및 재원조달방안이 불확실하며, OOO의 경우 무수익사업의 증가로 경영수지 악화가 우려(실질수지: OOO원)되어 경영개선명령에 따라 청구법인과 화성시시설관리공단을 통합하여 공사체제로 운영하는 것으로 경영개선명령을 한 것으로 되어 있다. (다) 청구법인은 1월～4월 중 1년 예산이 화성시로부터 예산을 부여받아 사업을 수행하고 있고, 연도말 각 대행사업에 대한 결산이 완료되면 미사용액(반환예정)을 차감한 나머지 금액을 대행사업 수익으로 계상하고, 미집행된 금액은 12월 중 화성시에 반납한 것으로 나타나며, 시설운영에 따른 수익금은 전액 세외수입으로 화성시에 입금된된다. <표1> 연도별 쟁점사업비 전입내역 (단위: 천원) * 전입금 - 반납액 (라) 청구법인은 화성시로부터 수령한 쟁점사업비를 면세 용역공급의 대가로 보아 부가가치세 신고시 과세표준에서 제외하고, 관련 매입세액은 면세사업 관련으로 매입세액 불공제하였으며, 법인세 신고시 쟁점사업비는 사업비 총액(반납분 정산금액)을 수익으로 하고, 동 금액만큼 집행된 지출을 비용으로 계상하여 신고하였다.

(2) 국세청장의 과세전적부심사결정(일부 재조사)에 따른 처분청의 재조사 종결보고서의 주요내용(2016년 7월)은 다음과 같다. (가) 처분청에서 청구법인에 대한 법인사업자 통합조사를 실시하여 청구법인이 OOO으로부터 승계 및 수행한 쟁점사업과 관련하여 화성시로부터 수령한 사업비를 부가가치세 과세대상으로 보아 관련 부가가치세를 경정하겠다는 내용의 세무조사결과를 통지하였고, 이에 청구법인이 제기한 과세전적부심사청구에 대해 재조사결정됨에 따라 부분조사대상자로 선정되었다. (나) 국세청장의 과세전적부심사에서 청구법인이 지방자치단체와 위․수탁 협약을 체결하고 부가가치세가 과세되는 사업을 대행하여 주면서 청구법인의 명의로 세금계산서를 발급하거나 발급받는 경우 매입세액은 수탁받은 과세매출세액에서 공제할 수 있으므로 청구법인의 대행사업과 관련된 매입세액에 해당하는지 여부에 대한 재조사를 통하여 과세표준과 세액을 경정하도록 결정하였다. (다) 쟁점사업 관련 부가가치세 과세표준 및 매입세액 공제대상 확정액은 <표2>․<표3>과 같다. <표2> 부가가치세 과세표준 (단위: 백만원) <표3> 매입세액 공제대상 확정액 (단위: 백만원) (라) 2011년 제2기～2014년 제2기 부가가치세 과세기간 중 대행사업(쟁점사업) 관련 매입세액 중 자산취득 및 불공제액을 제외한 OOO원을 부가가치세 과세표준에 대응되는 매입세액으로 공제하고, 대행사업 관련 비품 및 시설설치 매입세액 OOO원은 청구법인의 자산이 아닌 화성시의 자산을 구성하는 자본적 지출로서 매입세액 불공제하며, 차량유지비 등 수익사업과 비수익사업에 공통적으로 관련된 매입세액으로 그 구분을 확정할 수 없는 OOO원에 대하여 매입세액 불공제하였다.

(3) 처분청의 결의서를 보면, 2017.2.23. 개정된 조세특례제한법 시행령 제106조 제7항 제22호 및 부칙 제23조에 따라 2012년 제1기 부가가치세 OOO원을 직권으로 취소하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 2017.2.7. 개정된 조세특례제한법 시행령제106조 제7항 제22호 및 부칙 제23조에서 이 영 시행 전에 시ㆍ군 또는 자치구에서 설립한 지방공사가 지방공기업법 제78조 및 제78조의2에 따른 경영개선명령 등에 따라 공사ㆍ공단과 합병한 경우에도 정부업무를 대행하는 단체로 보아 그 단체가 공급하는 재화 또는 용역의 공급에 대해 부가가치세 면제를 적용한다고 규정하고 있는 점, 처분청은 2012년 이후 과세기간에 대한 부가가치세는 직권으로 감액경정한 점, 2011년 제2기 부가가치세 과세처분은 당초 국세부과제척기간 내에 이루어졌고, 납세자가 불복절차를 통해 이를 다투고 있는 중에 과세관청이 납세자의 불복내용을 받아들여 당초의 과세처분을 취소하는 처분은 부과제척기간의 경과 여부에 관계없이 그 불복절차의 진행 중 가능한 것으로 판단되는 점 등에 비추어 청구법인에게 부과된 2011년 제2기 부가가치세 과세처분은 이를 취소하는 것이 타당하다고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 국세기본법제55조 제1항에서 “이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다”라고 규정하고 있는바, 처분청이 2012년 제1기 부가가치세 OOO원을 직권으로 취소한 것으로 확인되므로 2012년 제1기․2013년 제1기․2014년 제1기 부가가치세 과세처분에 대한 심판청구는 국세기본법 제55조 제1항 소정의 ‘이 법 또는 세법에 의한 처분’이 존재하지 아니하거나 청구의 이익이 없는 부적법한 청구로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.