쟁점주식의 양도세율을 10%로 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2011.9.21. 주식회사 OOO(이하 “청구외법인”이라 한다)이 발행한 주식 386,650주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2016.1.27. 양도한 후 2016.5.25. 쟁점주식의 양도가액을 OOO원, 취득가액은 OOO원, 필요경비 OOO원, 양도세율 20%를 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다가 2016.8.1 쟁점주식의 양도세율이 10%에 해당된다고 주장하며 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 2016.1.1. 이후 중소기업의 대주주가 주식을 양도할 경우 양도세율을 20%로 적용하는 것으로 개정 한소득세법제104조 제1항 제11호 및 동법 부칙 제12조(법 시행일 현재 의무적으로 보호예수 중인 중소기업 주식을 보호예수기간 종료일로부터 6개월이 되는 날까지 양도시 종전 양도세율 10% 적용)에 따라 청구인은 개정된소득세법제104조의 시행일 현재 보호예수 중인 중소기업 주식을 보유하지 아니하여 10% 양도세율을 적용할 수 없다는 이유로 2016.10.4. 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.11.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 이 건 처분은소득세법제104조 제1항 제11호에 대한 부칙 제12조의 규정을 문언 그대로 해석하여 의무보호 예수기간이 이 법 시행일 이후에 종료된 경우에만 기존 규정에 의한 양도세율(10%)이 적용되는 것이나, 이와 같은 해석은 부칙 규정을 기계적으로 해석한 것으로서 부칙 규정을 둔 취지에 부합하지 아니하며, 조세공평원칙에 위배된다.

(2) 위 부칙 규정을 기계적으로 해석하면 신법 시행일 현재 보호예수기간 중인 경우에는 보호예수기간 종료 후 6개월이라는 충분한 기간 동안에 주식을 처분하면 기존의 양도세율(10%)을 적용받을 수 있지만 청구인과 같이 이 법 시행일 15일 전에 보호예수기간이 종료되는 경우에는 15일 이내에 급하게 주식을 처분하여야 비로소 기존의 양도세율(10%)을 적용받을 수 있으며, 이 법 시행일 하루 또는 이틀 전에 보호예수기간이 종료하는 경우 하루 또는 이틀만에 주식을 처분하여야 기존에 양도세율(10%)을 적용받을 수 있는 불합리한 문제점이 있다.

(3) 부칙 제12조는 의무보호예수기간이 종료된 주식을 처분하는데 소요되는 통상적인 기간을 6개월로 법정하고 있으므로 개정소득세법이 시행된 이후에 주식을 양도하더라도 부칙에서 정한 6개월 이내에 주식을 처분하는 경우에는 종전 규정에 의한 양도세율을 적용할 수 있도록 하고 있는데 문제가 되는 것은 청구인과 같이 개정된 법 시행일을 얼마 남기지 않은 상태에서 의무보호예수기간이 종료된 경우이다. 법률이 정한 의무보호예수기간으로 인하여 주식을 처분하지 못하였다는 점에서는 개정된 법 시행일 이후에 그 기간이 종료된 사람이나 개정된 법 시행일 전에 기간이 종료된 사람이나 동일한데 법률에 의하여 재산처분의 자유를 제한당하였다는 측면에서 양자는 동일하므로 양자를 합리적 이유 없이 차별하는 것은헌법상 평등원칙과 세법상 조세공평주의에 위배된다.

(4) 의무보호예수 제도로 인하여 부득이 개정된 법 시행일까지 주식을 처분하지 못한 자들에게 불이익을 주지 않기 위하여 개정법상의 상향된 양도세율(20%)을 적용하지 않고 종전 규정에 따르도록 한 위 부칙 규정은 그 입법 취지에 비추어 “개정된 법 시행일 이전에 의무보호예수기간이 종료된 자가 6개월 이내에 주식을 처분하는 경우에는소득세법제104조 제1항 제11호의 개정에도 불구하고 종전 규정에 따른다”라는 취지의 새로운 부칙 규정을 신설하거나, 또는 과세 행정청의 해석에 의하여 종전 규정에 따른 세율의 적용을 인정하는 것이 타당하다.

• 나. 처분청 의견 2016.1.1. 이후 중소기업의 대주주가 주식을 양도할 경우 양도세율을 20%로 적용하는 것으로소득세법제104조 제1항 제11호를 개정하면서 동법 부칙 제12조에서 이 법 시행일 현재 의무적으로 보호예수중인 중소기업 주식을 보호예수기간 종료일로부터 6개월이 되는 날까지 양도시 종전 양도세율(10%)을 적용한다고 규정하고 있는바, 청구인은 2015.12.15. 의무보호예수기간이 종료되는 쟁점주식을 소유하고 있어 청구인은소득세법제104조의 시행일 현재(2016.1.1.) 보호예수중인 중소기업 주식을 보유하지 아니하여소득세법제104조 개정 전의 양도세율(10%)을 적용할 수 없는 것이므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점주식의 양도세율을 10%로 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률 (1) 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식 등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식 등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 다. 그 밖의 주식 등 양도소득 과세표준의 100분의 20 (2) 소득세법 부칙<제13558호, 2015.12.15.> 제12조(중소기업 주식양도세율 조정에 따른 경과조치)자본시장과 금융투자업에 관한 법률제294조에 따라 설립된 한국예탁결제원이 법 시행일 현재자본시장과 금융투자업에 관한 법률,채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따라 의무적으로 보호예수 중인 중소기업 주식을 보호예수기간 종료일로부터 6개월이 되는 날까지 양도하는 경우에는 제104조 제1항 제11호의 개정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구인은 2011.9.21. 쟁점주식을 취득하여 보유하였다가 2016.1.27. 양도한 후 2016.5.25. 쟁점주식의 양도가액을 OOO원, 취득가액은 OOO원, 필요경비 OOO원, 양도세율 20%를 적용하여 2016년 귀속 양도소득세를 신고․납부한 사실이 확인된다. (나) 쟁점주식의 취득 및 양도내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> (다) 청구외법인은 2014.12.17. 코스닥상장 법인으로 등록되었고, 청구인은 청구외법인의 대표이사 이OOO의 배우자이며, 청구인과 이OOO가 청구외법인의 발행주식 48.26%를 소유한 최대주주이고, 보호예수기간은 2014.12.17.～2015.12.16.임이 금융감독원 전자공시시스템 등에 의하여 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 2016.1.1. 이후 중소기업의 대주주가 주식을 양도할 경우 양도세율을 20%로 적용하는 것으로소득세법제104조 제1항 제11호를 개정하면서 동법 부칙 제12조에서 이 법 시행일 현재 의무적으로 보호예수중인 중소기업 주식을 보호예수기간 종료일로부터 6개월이 되는 날까지 양도시 종전 양도세율(10%)을 적용한다고 규정하고 있는바, 청구인은 2015.12.16. 의무보호예수기간이 종료되는 쟁점주식을 소유하고 있어 청구인은 법 시행일 현재(2016.1.1.) 보호예수 중인 중소기업 주식을 보유하지 아니하였고, 청구인은 쟁점주식을 2016.1.27. 양도한 사실이 확인되어소득세법제104조 개정 전의 양도세율(10%)을 적용할 수 없는 것으로 볼 수 있는 점, 개정된소득세법제104조의 시행일 이전에 의무보호예수기간이 종료된 자가 6개월 이내에 주식을 처분하는 경우에는소득세법제104조 제1항 제11호의 개정에도 불구하고 종전 규정에 따른다 라는 취지의 새로운 부칙 규정을 신설한 사실이 없는 점 등에 비추어 쟁점주식의 양도세율을 10%로 적용하여야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.