자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 과세한 처분은 정당함

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2009.7.29. 상속으로 취득한 OOO리 276-6 전 988㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 2015.6.11. 양도한 후,조세특례제한법제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면(감면세액 OOO원)을 적용하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 청구인이 쟁점농지를 보유한 기간 동안 매년 총급여액이 OOO원 이상인 사실을 확인하고 조세특례제한법 시행령제66조 제14항(이하 “쟁점시행령”이라 한다)에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 2016.6.22. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.7.11. 이의신청을 거쳐 2016.10.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인의 아버지 정OOO은 1976.4.6. 쟁점농지를 취득하여 사망 시까지 직접 경작하였고, 청구인은 어릴 적부터 아버지를 도와 농사일을 하다가 아버지가 사망함에 따라 2009.7.29. 상속으로 취득한 후 계속하여 경작한 후 2015.6.11. 양도하였는바, 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 경작한 기간에서 제외한다는 내용의 쟁점시행령은 2014.2.21. 신설되면서 2014.7.1.이후 양도분부터 시행되었으나, 시행일인 2014.7.1. 이전에 청구인 및 피상속인인 정OOO의 자경기간을 합하여 8년을 초과하여 이미 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하였으므로 쟁점시행령은 진정소급입법에 해당하고, 쟁점농지의 위 감면요건을 충족한 당시에는 쟁점시행령이 존재하지도 아니하여 청구인은 쟁점농지를 처분하여도 감면이 적용될 것이라고 신뢰하여 단지 시행일 이후에 양도하였다는 사실만으로 과세한 것은 신뢰보호원칙에 위반되므로 쟁점시행령에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 이 건 처분은 부당하다. 즉, 농지에 대해 상속이 이루어진 경우 양도소득세 감면을 배제하는 신설된 쟁점시행령의 적용이 가능한 것은 신설 당시에 감면요건을 충족하지 못한 경우에 국한하여야 함에도 시행일인 2014.7.1. 이전에 이미 감면요건을 충족한 사안에 대하여 쟁점시행령을 적용하는 경우 그 불이익이 너무나 과대할 뿐만 아니라 단지 처분일에 따라 감면의 결과가 다르게 되어 평등의 원칙에 위배되므로 쟁점시행령을 적용하는 것은 진정소급입법에 해당되는 것이고, 청구인은 2014.7.1. 이전에 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하여 그 처분일이 언제이든 감면대상이라고 신뢰하였을 것이고 그러한 신뢰는 농지를 보유하며 성실히 자경한 자들이 갖는 정당한 기대이익이라고 할 것이므로 처분청이 이와 같은 신뢰를 배반하여 과세하여서는 아니된다 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점농지의 보유기간 이전부터 양도일 이후까지 계속해서 상시 근무를 필요로 하는 군무원으로 근무하고 있었고, 청구인이 쟁점토지를 양도한 시기는 2015.6.11.로 쟁점시행령이 적용되어 이미 시행되는 시기이므로 쟁점농지의 양도 시점에 양도소득세가 과세되지 아니할 것이라고 신뢰한 것은 청구인이 법리를 오해 또는 곡한 것에 불과하고, 쟁점시행령에 따라 쟁점농지 보유기간 중 총급여액이 OOO원 이상인 과세기간은 경작한 기간에서 제외하는 것이고 청구인이 쟁점농지를 보유한 기간 동안 모두 총급여액이 OOO원 이상이므로 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점농지에 대하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[괄호 생략] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것) 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)

2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 소득세법 제45조 제2항 에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 부칙 <대통령령 제25211호, 2014.2.21.> 제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터 시행하고, 제66조 제14항, 제66조의2 제13항, 제67조 제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 및 제116조의2 제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제19항ㆍ제20항ㆍ제21항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행하며, 제63조제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의2 제4항 및 제100조의6 제2항 제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】 ③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.

(3) 국세기본법(2015.12.15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것) 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 답변서, 주민등록초본 등의 심리자료를 보면, 청구인은 1965.4.5. OOO리 258 소재지에서 출생하여 같은 리 1098-1에서 거주하다 2007.10.5. 위 출생지에 전입하여 현재까지 거주하고 있고, OOO리에 소재한 군부대의 군무원으로 근무한 자로 쟁점농지 보유기간 중 청구인의 총급여액 내역은 아래 <표1>과 같으며, 2009.7.29. 협의분할에 의한 상속으로 취득한 쟁점농지를 2015.6.11. OOO원에 양도한 것으로 나타난다. <표1>

(2) 처분청은 청구인이 쟁점농지를 보유한 전체기간 동안의 매년 총급여액이 OOO원 이상으로 이를 자경기간에서 제외함에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 아래 <표2>와 같이 양도소득세를 과세한 사실이 결의서 등에서 확인된다. <표2>

(3) 청구인은 농지원부, OOO의 매입내역, OOO 조합원증명서(가입일 2009.11.25.) 등을 제출하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 거주자의 사업소득금액과 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 거주자가 경작한 기간에서 제외한다는 쟁점시행령이 2014.2.21. 신설되었고, 부칙에서 2014.7.1. 시행 후 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는바, 청구인이 쟁점농지를 2015.6.11. 양도하여 쟁점시행령의 적용시점에는 쟁점농지 양도라는 과세요건이 완성되지 아니하여 소급과세금지원칙 등에 반하는 것으로 볼 수 없는 점, 청구인은 쟁점농지의 보유기간인 2009년부터 2015년까지 연간 총급여액이 OOO원을 초과한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.