업무와 관련이 있는 인건비는 손금으로 산입하는 것이나, 조특법상 영세율이 적용되는 사료의 공급은 농어업경영정보를 등록한 자에게 공급하는 것으로 한정함
업무와 관련이 있는 인건비는 손금으로 산입하는 것이나, 조특법상 영세율이 적용되는 사료의 공급은 농어업경영정보를 등록한 자에게 공급하는 것으로 한정함
OOO세무서장이 2016.7.14. 청구법인에게 한 2012～2015사업연도 법인세 합계 OOO원(<별지1> 기재 참조)의 부과처분은 OOO에게 지급한 인건비 합계 OOO원(2012사업연도 OOO원, 2013사업연도 OOO원, 2014사업연도 OOO원, 2015사업연도 OOO원)을 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) OOO에 파견된 OOO는 청구법인의 고유업무를 수행하였으므로 쟁점인건비는 청구법인의 손금에 산입되어야 한다. (가) 법인이 해외자회사 등에 임직원을 파견하고 인건비를 지급한 경우 인건비가 ‘사업관련성’과 ‘통상성’이 인정된다면 손금으로 인정되는 것으로, 파견 임직원이 해외 관계회사의 소속이라는 이유로 내국법인이 지출한 인건비를 업무무관비용으로 보아 손금부인하는 것은 허용되지 아니한다. 이와 관련하여 대법원은 내국법인이 미국자회사에 직원을 파견하고 이들 인건비를 부담한 사안에서, 현지법인에 파견한 직원이 내국법인의 고유업무를 수행한 점 등에 비추어 내국법인이 부담한 해외 파견 관리직의 인건비를 손금으로 인정한 원심 판결이 정당하다고 판단한 바 있고(대법원 2010.3.25. 선고 2007두18017 판결 등 참조), 조세심판원도 중국 합작법인에 파견되어 상품부품의 수입 요청, 중국 거래처 현지인력 근태․생산․자금․영업 등 관리․감독 업무를 수행한 관리부 차장의 인건비는 손금에 산입하는 것이 타당하다고 결정한 바가 있으며(국심 2004서723, 2005.8.23. 참조), 국세청 해석사례 역시 100% 출자한 해외자회사에 관리직 및 기술직 직원을 파견한 경우 해당 법인이 현지법인에 파견한 기술자 및 관리자의 인건비는 당해 기술자 등이 행하는 업무의 성격 등으로 보아 사실상 내국법인의 업무에 종사하는 것으로 인정되는 때에는 손금에 산입할 수 있다고 해석하였다 (서면2팀-2108, 2004.10.18. 참조). (나) 청구법인의 해외자원 개발사업 투자경위 및 진행사항은 다음과 같다. 우리나라는 주요 곡물을 수입에 의존하고 있고 특히 밀, 옥수수의 경우 90% 이상을 수입에 의존하고 있는 세계 6위의 곡물수입국인 관계로, 정부는 2009년 9월 ‘해외농업개발 10개년 기본계획’을 수립하고 수입의존도가 높은 곡물․사료 작물이 안정적으로 확보될 수 있도록 ‘해외농업개발사업’을 추진하였다. 그리고 민간의 해외농업개발사업을 지원하기 위하여 한국농어촌공사 및 사단법인 해외농업개발협회를 통해 자금융자 등의 사업도 진행하였다. 청구법인은 옥수수 등을 이용한 배합사료업을 주업으로 하고 있는 법인으로 2009년부터 OOO 현지법인인 OOO을 설립하여 해외농업 개발사업을 추진하였고, 농어촌공사로부터 사업 추진을 위한 정책자금을 차입하여 OOO에 출자 및 대여의 형식으로 투자하였다. 그리고 청구법인은 2010년 1월경 소속 임원인 OOO 상무를 OOO의 대표이사로 파견하여 사업의 현황 및 진행경과 파악, 투입된 자금의 올바른 집행 등 해외농업개발사업의 제반 관리업무를 수행하도록 하였고, 2013년 7월경 OOO을OOO의 공장장으로 파견하여 생산 관련 관리업무를 수행하도록 하였다. (다) 청구법인은 농어촌공사로부터 차입한 자금과 관련하여 관련법규에 따라 사업현황 등에 관한 보고의무를 부담한다. 해외농업개발사업의 체계적 추진을 위하여 2011.7.14. 제정된 구해외농업개발협력법(현재는해외농업․산림자원 개발협력법으로 변경)은 청구법인과 같은 해외농업개발 사업자가 해외농업개발 사업을 수행하는 경우 그 활동 및 진행사항 등을 주무부장관에 보고하도록 규정하였고, 같은 법 시행령에서는 이를 구체화하여 해외농업개발사업자가 사업의 진행상황을 매 반기 종료 후 30일 이내에 주무부장관에 보고하도록 하였다. 또한 한국농어촌공사는 2009.3.24. 해외농업개발사업자에 대한 자금 융자사업과 관련하여 해외농업개발자금 융자 및 관리지침을 제정하여, 해외농업개발자금의 차용인에게 매 반기별로 ① 사업추진사항, ② 생산현황 및 판매실적, ③ 융자금집행실적 등 ‘사업에 관한 사항’에 대한 보고의무를 부과하고, 공사가 필요한 경우 차용인의 재산상황, 경영성과 및 자금운영상황을 조사할 수 있고, 이에 대해서는 차용인이 협력의무를 부담하도록 규정하였다. (라) OOO는 OOO의 수도인 OOO에서 체류하면서, ① 사업진행 및 자금 운용 등의 현황조사를 위해 OOO에 방문하는 OOO 직원들에 대한 대응 업무, ② OOO 및 OOO 보고 관련 자료 수취 업무, ③ 자금집행의 통제․관리업무 등 청구법인의 고유업무를 수행하였다. OOO 및 OOO의 직원들은 통상적으로 청구법인의 차입금 운용현황 조사 및 점검 또는 해외농업개발사업의 일환인 복합영농단지(Multi Industry Cluster; MIC)사업 조사 목적으로 OOO를 방문하였고, OOO는 관련 자료 준비, 일정 조율, 현장조사 동행 등 OOO 직원들의 인도네시아 방문 및 조사 관련 업무를 전담하여 수행하였다 한편, OOO는 OOO 수도인 OOO에서 거주하면서, OOO에 있는 사무실에서 근무하였다. OOO은 OOO에서부터 비행기로 OOO시간 거리에 있는 OOO에 소재하고 있으며, OOO는 통상적으로 월 OOO회 정도OOO을 방문하여 월별 결산업무 및OOO 공장점검 업무를 수행하였을 뿐이다. 이와 같이, OOO의 거주지, 근무처, OOO의 방문 빈도를 보더라도, OOO가 OOO에 전속되어 현지법인의 고유업무만을 수행하였다고 볼 수 없음을 알 수 있다. (마) 청구법인이 OOO에 지급한 급여는 월 OOO 원 정도이고, 직위가 OOO인 점, OOO 현지에 파견되어 근무하고 있는 점을 고려할 때 통상적인 수준의 급여에 해당한다. OOO의 업무 수행과 관련하여, ① OOO에게 지급되는 급여, ② OOO 소재 사택 및 사무실 임차료, ③ 기타 여비교통비 등이 발생된다. 동 비용은 아래 <표1>과 같이 청구법인이 연간 OOO원 정도의 급여를 분담하였고, OOO은 연간 OOO원 정도의 급여(연간 OOO), OOO원 정도의 사택비용(연간 OOO), OOO원 정도의 사무실비용(연간 OOO) 및 여비교통비를 분담하였다. 이와 같이 청구법인은 OOO의 업무와 관련하여 발생한 비용을 전액 부담한 것이 아니며, OOO가 OOO의 대표이사인 점, OOO의 업무가 OOO의 업무와도 연계되어 있는 점 등을 고려하여 OOO과 적절히 분담하였다. (바) 파견인력은 현지법인으로부터 국내에서와 동일한 급여를 지급받는 것은 현실적으로 매우 어려운바, 이와 같은 사정도 충분히 고려되어야 한다. 내국법인이 소속 임직원을 국외로 파견하고자 할 때, 현지의 급여․물가수준 등이 국내 보다 낮다고 해서, 현지 수준의 급여를 지급할 수는 없다(인도네시아 현지 수준으로 급여를 지급하게 되면 아무도 파견을 가려고 하지 않을 것이기 때문이다). 그런데 한편으로는 현지법인 역시 현지고용 인력과의 차별 대우 등이 문제될 수 있어, 한국에서 파견된 임직원에게만 한국 수준의 급여를 지급 할 수도 없는 실정이다. 이에 국외에 진출하는 내국법인으로서는 현지법인으로 하여금 파견 임직원에게 현지 수준의 급여를 지급하도록 하고, 한국의 급여 수준과의 차액을 내국법인이 별도로 지급하는 방법을 빈번하게 사용하고 있다. 이에 심판원 결정례 역시 중국과의 임금 격차를 고려하여 파견인력의 급여를 모두 현지에서 지급하는 것이 현실적으로 어렵다는 점을 인정한 바 있다(국심 2001중1698, 2001.12.20. 같은 뜻).
(2) 처분청의 이 건 부가가치세 부과처분은 모법에 위배된 시행령 조항에 근거하여 이루어진 처분으로 무효일 뿐만 아니라 실제 축산업자에 공급되어 축산업에 사용된 사료에 대해서 영세율 적용을 배제한 것으로조세특례제한법의 입법취지에 심히 반하는 부당한 처분으로 취소되어야 한다. (가)농․축산․임․어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정(이하 “축산용 기자재 부가세 특례규정”이라 한다) 제2조 제1항은 모법에 위배되어 영세율 적용대상을 축소함으로써 과세범위를 확대하고 있는바, 조세법률주의 원칙에 위배되어 그 효력이 없다. 조세특례제한법제105조 제1항 제5호는 “대통령령으로 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자”에게 공급하는 농업용․축산업용 또는 기자재에 대해서 부가가치세 영세율을 적용하도록 규정하고 있고, 축산용 기자재 부가세 특례규정 제2조 제1항 제1호에는조세특례제한법이 정하는 ‘대통령령으로 정하는 농민’을농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제4조 제1항에 따라 농어업경영정보를 등록한 자’로 한정하고 있다. 즉 농민이라고 하더라도 농어업경영정보를 등록하지 않은 자에게 공급하는 농업용․축산업용 또는 기자재에 대해서는 영세율을 적용하지 않고, 농어업경영정보 등록을 한 농민에 대한 공급분에 대해서만 영세율을 적용하도록 하여, 영세율 적용대상 농민의 범위를 축소시키고, 결과적으로 부가가치세 과세대상의 범위를 확대하고 있다. 그런데, 납세자로서는 모법인조세특례제한법의 규정 자체로부터 영세율 적용 대상 농민이 농어업경영정보를 등록한 자에 한정될 것임을 전혀 예측할 수 없었다.조세특례제한법은 제66조 내지 제68조에서농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농법인․영어조합법인․농업회사법인 등을 법인세 면제 및 감면의 적용대상으로 명시하고 있는 반면, 제105조 제1항 제5호 규정에서는 ‘대통령령으로 정하는 농민’으로만 규정하고 있을 뿐, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 또는 ‘농어업경영정보 등록’과 관련한 어떠한 사항도 기재하고 있지 아니하다. 따라서 축산용 기자재 부가세 특례규정 제2조 제1항 제1호는 이미 모법에서 구체적으로 위임되어 있는 사항을 규정한 것이 아니며, 영세율 적용 대상에 모법 자체에서는 예측하기 어려운 조건을 추가함으로써, 영세율 적용 대상을 축소시키고 과세대상의 범위를 확대시킨 것으로, 위임의 범위를 벗어나 조세법률주의의 원칙을 위배한 위법이 있다. (나) 영세율 적용과 관련하여 개인 축산업자에게 농업경영정보 등록을 요구하는 것은 과도한 납세의무를 부담시키는 것으로 심히 부당하다. 농업경영정보 등록은 국립농산물품질관리연구원에서 관리하였는데, 국립농산물품질관리원의 지원 및 사무소의 경우 각 군에 1곳 정도만 있는 상황이라 읍․면사무소 등에 비해서 접근성이 매우 떨어진다. 축산업의 경우에는 오물․악취 등의 문제로 거주지에서 멀리 떨어진 곳에서 운영되고 방역 등으로 인해 출입이 쉽지 않다. 특히 개인 축산업자의 경우 고령인 경우도 많아서 농업경영정보 등록을 위하여 국립농산물품질관리연구원 사무소를 방문하는 것도 용이하지 아니하다. 또한, 농업경영정보 등록의 경우 약 71개의 항목을 상세히 기재해야 하고, 추정 소득 및 자산․부채 등의 정보도 기재 대상에 포함되어 있어 개인 축산업자들의 경우에는 등록을 꺼려하는 경우가 많았고, 제도 홍보도 제대로 이루어지지 않아 제도 시행 자체를 모르는 경우가 대부분이었다. 청구법인이 사료를 제공하는 개인 축산업자들의 경우에도 이와 마찬가지였고, 청구법인이 설득하고 관련 자료 준비를 도와줘서 2015년까지 일부 축산업자들이 등록절차를 마쳤을 뿐이었다. 2016년 3월경이 되어서야 인터넷을 통하여 농업경영정보 등록이 가능하게 되었고, 그 이후 개인 축산업자들의 농업경영정보 등록이 크게 증가하였다. 이와 같이, 축산용 기자재 부가세 특례규정 제2조 제1항 제1호가 2010.12.30. 개정되면서 영세율 적용요건으로 농업경영정보 등록을 규정하였지만, 2015년까지도 농업경영정보 등록제도는 제대로 운영되지 않았는바, 제도의 실제 운영현황을 보더라도 이 건 부가가치세 부과처분이 심히 부당하다는 점을 알 수 있다. (다) 축산업 영위 여부는 축산업 등록 등 다른 방법으로 충분히 확인할 수 있음에도, 영세율 적용을 위해 농업경영정보 등록을 요구하는 것은 행정편의주의적 규제로 부당하다. 개인 농민에게 영세율 적용의 조건으로 농업경영정보의 등록을 요구하고 있는 것은, ① 실제 농업을 영위하고 있지 않거나, ② 일시적으로 농업을 영위하는 자가 부당하게 세제상의 혜택을 누리는 것을 방지하기 위한 것이다. 그런데 개인 농민 중 개인 축산업자에 대해서는 과세관청이 ① 축산업자들의 축산업 등록 여부 등을 확인하여 실제 축산업을 영위하고 있는지 확인이 가능하며, ② 지속적으로 가축을 양육하여야 하는 축산업의 특성상 일반적인 농업과는 달리 일시적인 영위가 불가능한바, 굳이 축산업자들에게 농업경영정보 등록을 요구할 필요가 없다. 그럼 에도 과세관청은 축산업의 특성을 전혀 고려하지 않고, 축산용 기자재 부가세 특례규정을 기계적으로 적용하여 축산업자를 포함한 개인 농민의 경우 일률적으로 농업경영정보 등록을 하지 않으면 영세율이 적용될 수 없다고 판단하였는바, 이는 지나친 행정편의주의적인 규제 이
(1) 청구법인이 OOO에게 지급한 쟁점인건비는 청구법인과 OOO과의 거래가 전혀 없고, 청구법인의 매출과 직접적으로 연결되지 않는 점, OOO의 국내체류기간이 연평균 OOO일로 OOO의 경영에 집중하였고, 농어촌공사의 보고서는 차입한 자금에 대한 보고서로 6개월마다 옥수수 수집량, 판매량, 자금집행내역에 대한 단순 보고사항 이라는 점 등으로 볼 때, 쟁점인건비는 손금불산입 대상이다. (가) OOO은 OOO에 설립되어 옥수수를 수집하여 현지에 판매하는 유통업체로 청구법인이OOO%, OOO가 OOO%의 지분을 보유하고 있다. 청구법인은 2010년 1월경 OOO를 해외현지법인의 대표이사로 파견하여 사업의 현황 및 진행경과 파악, 투입된 자금의 올바른 집행 등 해외농업개발사업의 제반 관리업무를 수행하게 하였다고 하나, OOO 소재 OOO은 현지에서 옥수수를 수집한 후 제3자에게 매출하는 유통업체로 청구법인과 거래가 전혀 없고, 매출·매입이 현지에서 다 이루어지고 있으며, 현지법인의 경영이 청구법인과 동일하다고도 볼 수 없어 현지법인의 매출이 청구법인의 수익과 직접 연결되지 않는다. (나) OOO는 OOO의 대표이사로 현지법인의 경영총괄 등 현지법인의 고유 업무가 대부분이고, 다만 OOO에 보고하는 해외농업개발사업 진행상황 보고서는 차입한 자금에 대한 보고서로 6개월마다 옥수수 수집량과 판매량, 자금집행내역을 취합하여 보고하는 단순한 사항이다. (다) OOO는 아래 <표2>와 같이 국내 체류기간이 짧으며, 실제 OOO에서 OOO일 이상 체류하면서 OOO 업무에 집중하였다. (라) 청구법인은 OOO의 업무수행과 관련하여 발생한 비용을 OOO과 적절히 분담하고 있다고 하였으나, OOO에서 지급했다는 급여, 사택비용, 사무실비용, 여비교통비 내역을 확인할 수 있는 객관적인 증거가 없다. (마) 청구법인의 계정별원장(2014사업연도)에는 OOO의 부친상 관련 비용을 복리후생비가 아닌 일부 접대비로 계정과목 처리하였다는 점은 OOO을 별도의 법인으로 보고 있다는 증거로 OOO의 인건비는 해외현지법인인OOO에서 지급해야 한다. (2)조세특례제한법제105조 제1항 제5호 및 축산용 기자재 부가세 특례규정 제2조 제1항 제1호에 따라 2011.7.1. 거래분부터 농업경영체에 등록된 농업인에 한하여 영농자재 구입의 부가가치세 영세율 적용이 가능하도록 개정하였으므로 농어업경영정보를 등록하지 않은 농민(개인)에게 사료를 공급하고 영세율을 적용하여 세금계산서를 발급한 청구법인에 대하여 영세율 적용을 배제하여 부가가치세를 부과한 처분은 적법하다. (가)국세기본법제55조에서 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받아 권리 또는 이익을 침해당한 자가 동 법에 의한 불복청구를 하도록 규정하고 있다. 조세심판청구의 대상은 구체적인 과세처분이 처분 당시의 세법에 위반되는지 여부에 대한 것일 뿐이며, 위헌 여부의 판단은 법률의 위헌 여부에 관한 심판을 관장하고 있는 헌법재판소에서 판단할 사항이므로 청구법인의 주장은 조세심판청구의 범위를 벗어난 주장이다. (나)조세특례제한법제105조 제1항 제5호에서 ‘대통령령으로 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자’에게 공급하는 농업용․축산업용 또는 임업용 기자재에 대해서 부가가치세 영세율을 적용하도록 규정하여 국가 및 그 구성원인 국민에게 중요하고도 본질적인 사항에 관해서 법률에 명확하게 명시를 하였기 때문에 청구법인 주장처럼조세특례제한법의 위임을 받아 제정된 해당 시행령은 모법의 위임범위를 벗어나거나 또는 법률유보의 원칙을 위배해서 제정된 시행령이 아님을 알 수 있다. (다) 영세율 적용과 관련하여 개인에게 농업경영정보 등록을 요구하는 것은 과도한 납세협력의무를 부담시키고 행정편의주의적 규제로 부당하며, 등록제도 자체가 제대로 운영되지 않아 부가가치세 부과처분이 부당하다고 주장하나, 농어업경영등록은농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조에 따라 농어업경영체가 농지원부의 정보 이외 축사, 원예 시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보를 농업인 스스로 등 록하고 관리하는 제도로 2008년 6월부터 이미 시행하고 있었으며, 농어업경영체 등록은 농어업경영인의 주민등록지의 농산물품질관리원(지원, 사무소)에 신청하되, 등록신청서를 작성하여 농산물품질관리소를 방문하거나 읍‧면사무소를 방문하여 우편 또는 팩스 등의 여러 방법으로 제출하도록 되어 있다. 농업경영체 등록은 의무사항은 아니며, 농업인의 자유의사에 따라 등록하면 되나 다만 등록을 하지 않은 경우농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제8조에 의해 농어업경영체 육성 및 소득안정 등을 위한 각종 지원의 전부 또는 일부를 제한받을 수 있는 것이다. 영세율 적용대상으로 농․축산업용 기자재를 공급받는 농민의 범위를 농 어업경영정보에 등록한 경우로 한정한 것은 주말농장 등과 같이 일시적으로 농업에 종사하는 사례까지 지원되는 부작용을 최소화하고 문란한 유통질서를 바로잡기 위한 것인 만큼 관련 법 규정에 따라 농업경영정보에 등록한 농업인에게 지원을 하여 주는 것은 당연하다고 할 것이다. 따라서 농어업경영정보 등록제도가 제대로 운영되지 않았 다고 하여 법에 근거한 부가가치세 부과처분이 부당하다고 하는 것은 설득력이 없는 주장이다. (라) 축산업 등록 등 실제 축산업을 영위하는 개인에게 공급된 사료에 대해서는 영세율을 적용하는 것이조세특례제한법의 취지에 부합한다고 주장하나, 축산업 등록제를 도입하게 된 배경은 우리나라 축산업의 국내외 여건 및 구조변화와 밀접한 관련이 있다. 구제역․돼지콜레라 등 악성 가축질병의 발생국과 인접하고 있어 가축질병 예방 및 관리에 불리한 지리적인 조건을 갖고 있고 특히 WTO체제 출범이후 이들 나라들과의 인적ㆍ물적 교류가 확대되면서 악성가축질병 바이러스의 해외유입 가능성이 상존하고 있으며, 우리나라 축산업은 도시근교에서 환경용량을 초과하여 다두 사육하는 집단ㆍ밀집사육 형태가 많아 가축분뇨처리 문제가 발생하고, 농장 소독 및 사람ㆍ차량의 출입관리가 미흡한 농가들로 인하여 효율적인 가축질병의 예방관리도 어려운 실정이다. 가축질병의 예방을 위해서는 국경검역 강화와 함께 개별 농장단위의 철저한 소독 등 자율방역 체계를 강화하는 것이 무엇보다도 시급하고 이러한 이유로 축산업 등록제 도입이 무엇보다도 시급하다. 즉 축산업 등록의 입법 취지는 가축질병 방역ㆍ안전성 강화, 그리고 환경친화적 축산업 육성이 목적으로 조세부담의 경감을 통하여 농어민을 지원하고자 하는조세특례제한법등의 영세율 규정과는 그 취지를 달리하고 있고,축산법에 의한 축산업 등록 까지 농어업경영정보를 등록한 것으로 보는 것은 현행 법을 확대해석하는 것으로 농어업경영정보의 등록은농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따르도록 명시되어 있으므로 축산업을 영위하는 또는 축산업을 등록한 개인에게 부가가치세 영세율을 적용해야 한다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.
① 쟁점인건비가 청구법인의 업무와 관련이 없는 비용인지 여부
② 국립농산물품질관리원에 농어업경영정보를 등록하지 아니한 자에게 축산업용 기자재를 공급하는 것이 부가가치세 영세율 적용대상인지 여부
① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.
② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. (2) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
(3) 조세특례제한법 시행령 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다.
5. 대통령령으로 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(국가 및 지방자치단체와 농업협동조합법, 엽연초생산협동조합법 또는 산림조합법에 따라 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회와 농업협동조합법에 따라 설립된 농협경제지주회사 및 그 자회사를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용·축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
② 관할 세무서장은 제1항 제5호 각 목 외의 부분에 따른 농민에 해당하지 아니하는 자가 같은 호 라목 및 마목에 따른 축산업용 기자재 및 사료(이하 이 항에서 “축산업용 기자재등”이라 한다)를 부정하게 부가가치세 영의 세율을 적용하여 공급받은 경우에는 그 축산업용 기자재등을 공급받은 자로부터 그 축산업용 기자재등의 공급가액의 100분의 10에 해당하는 부가가치세액과 그 세액의 100분의 10에 해당하는 금액의 가산세를 추징한다.
(4) 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제2조【영세율 적용대상 농어민 등의 범위】
① 조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제105조 제1항 제5호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 농민”이란 통계법제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)상의 농업 중 작물재배업ㆍ축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “농민”이라 한다)를 말한다. 다만, 한국표준산업분류상 시설작물재배업 중 기획재정부령으로 정하는 업종에 종사하는 자를 제외한다.
1. 개인(농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제4조 제1항에 따라 농어업경영정보를 등록한 자만 해당한다)
④ 법 제105조 제1항 제6호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 어민”이란 한국표준산업분류상의 어업에 종사하는 자로서 다음 각 호 의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “어민”이라 한다)를 말한다.
(5) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “농업인”이란 농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법제3조 제2호가목에 따른 농업인을 말한다.
2. “농업법인”이란 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.
3. “농업경영체”란 농업인과 농업법인을 말한다.
7. “농어업경영체”란 농업경영체와 어업경영체를 말한다. 제4조【농어업경영정보의 등록】
① 농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항으로서 대통령령으로 정하는 것(이하 “농어업경영정보”라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.
1. 농업경영체:농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법제40조에 따른 농지ㆍ축사ㆍ원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보
② 제1항에 따른 농어업경영정보의 등록 및 변경 절차와 농어업경영정보 등록부의 작성ㆍ관리 등에 필요한 사항은 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정한다.
(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 아래 <표3>과 같이 쟁점인건비를 포함한 해외파견 인건비가 청구법인의 업무와 관련없는 비용으로 손금불산입 대상으로 보아 이 건 법인세를 과세하였다. (나) 청구법인은 OOO에게 지급한 쟁점인건비가 손금불산입 대상이 아니라고 주장하며 제시하는 증거서류 내역은 다음과 같다.
1. 해외농업개발사업 중간평가 및 향후 개선방안 연구용역 결과보고서 및 청구법인의 2009사업연도 감사보고서에는 정부의 ‘해외농업개발 10개년 기본계획’(2009년 6월)에 따라 한국농어촌공사 및 사단법인 해외농업개발협회를 통하여 자금융자 등의 사업을 진행하였고, 이에 청구법인이 정책자금을 차입하여OOO에 출자한 것으로 나타난다.
2. OOO와 OOO 직원 간의 이메일 송수신 내역에는 아래 <표4>와 같이 OOO 직원 등의 OOO 방문과 관련하여 일정표 등을 서로 점검하고 OOO가 관련 업무를 수행한 것으로 나타난다.
3. 한국농어촌공사의 2014년 상반기 해외농업개발 사업 진행상황 보고 요청(2014.7.1.) 문서 및 보고자료에는 OOO 등이 OOO에 옥수수 수집량 등을 보고한 것으로 나타난다.
4. OOO와 청구법인 직원 간의 이메일 송수신 내역에는 아래 <표5>와 같이 OOO가 OOO의 주요 경영상황을 청구법인에 주간 또는 월간 단위로 보고한 것으로 나타난다.
5. OOO의 비용분담내역은 앞 <표1>과 같다.
6. OOO 사무실 및 사택 임대차계약서(임차인 OOO) 등에는 OOO이 사택 및 사무실을 임차한 것으로 나타난다. 7) OOO와 청구법인 직원 간의 이메일 송수신 내역(양해각서 양식 포함)에는 아래 <표6>과 같이 청구법인이 OOO 소재 OOO을 인수하는 것과 관련한 업무를 OOO 등이 수행한 것으로 나타난다.
8. 이외에도 OOO의 인사기록카드 등을 제출하고 있다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 정부의 해외농업개발사업 추진에 따라 한국농어촌공사 등으로부터 자금융자를 받고 2009년에 OOO을 설립한 것으로 청구법인의 융자금을 집행․관리 및 통제하는 현장 책임자가 필요하고, 사업의 현황 및 진행경과 등의 관리․보고업무가 있을 수밖에 없는 점, OOO의 공장은 OOO에 소재하고 있으나, OOO는 OOO 거주하고 있고 OOO 이외에 OOO의 공장장으로 OOO을 OOO에 파견하였으므로 OOO가 아닌 OOO이 주로 현지의 생산관리 업무를 수행한 것으로 보이는 점, OOO는 청구법인이 OOO에 소재한 사료업체 인수 등과 관련한 업무, 청구법인 또는 OOO 직원들의 OOO 현지확인 지원업무 및 청구법인 또는 OOO 등에 대한 사업 진행사항 등의 보고업무 등을 수행한 것으로 볼 수 있는 점, 한국과 OOO 간의 급여 수준의 차이로 인하여 불가피하게 청구법인에서 일정 금액을 OOO의 인건비로 부담할 수밖에 없었을 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 합리적인 범위 내에서 쟁점인건비를 부담한 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점인건비를 청구법인의 업무무관비용으로 보아 손금불산입하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 아래 <표7>과 같이 국립농산물품질관리원에 농업경영정보를 등록하지 아니한 자에게 공급한 사료에 대하여 부가가치세 영세율 적용을 배제하였다. (나) 국립농산물품질관리원에 농업경영정보 등록은 주민등록지 소재지의 국립농산물품질관리원에 등록신청서를 작성하여 사무소 방문, 우편 및 FAX 등으로 제출이 가능한 것으로 나타난다. (다) 조사청은 국립농산물품질관리원에 농어업경영정보 등록여부를 국립농산물품질관리원 홈페이지(http://www.naqs.go.kr)에서 청구법인으로부터 사료를 구매한 자의 성명 및 주민등록번호를 입력하여 확인하였다. (라) 청구법인은 사료를 실제 축산업자에게 제공하였으므로조세특례제한법제105조 제1항의 입법취지 상 부가가치세 영세율 적용대상이라고 주장하며 농업경영체 등록신청서 및 언론 보도자료 등을 제시하고 있다.
1. 농업경영체 등록신청서에는 사육시설형태, 생산량, 판매금액 및 주요 판매처 등을 기재하는 것으로 나타난다.
2. 청양신문 보도자료(2014.3.17.)에는 농업경영체 등록신청서의 작성이 너무 복잡하여 농업인들의 불만이 제기되고 있다는 내용, 충북신문 보도자료(2016.3.16.)에는 교통이 불편한 농촌지역의 농업인들이 농업경영체 등록이 어려워 농업경영체 등록 온라인 서비스를 실시한다는 내용이 나타난다. (마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법제105조 제1항 제5호 및 같은 호 마목에는 대통령령으로 정하는 농민에게 공급하는사료관리법에 따른 사료는 영세율 적용대상으로 규정하고 있고, 축산용 기자재 부가세 특례규정 제2조 제1항 제1호에는조세특례제한법제105조 제1항 제5호의 대통령령으로 정하는 농민은농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제4조 제1항에 따라 농어업경영정보를 등록한 자만 해당한다고 규정하고 있어, 동 농어업경영정보 등록을 하지 아니한 자에게 공급한 사료는 법령에서 정한 영세율 적용요건을 충족하지 못한 점, 법률의 위헌여부나 대통령령의 위헌 또는 상위법 위배여부에 대하여는 헌법재판소 또는 대법원에 그 판단권한이 있는 점 등에 비추어, 처분청이 국립농산물품질관리원에 농어업경영정보를 등록하지 아니한 자에게 공급한 사료가 부가가치세 영세율 적용대상이 아니라고 보아 과세한 이 건 부가가치세 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.