국내에 미등록된 특허권에 대한 사용료는 국내원천소득에 해당함

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO 세법상 파트너쉽으로 취급되는 유한책임회사로, 2015.1.7. OOO 주식회사(반도체 소자를 제조ㆍ판매 하는 내국법인, 이하 “OOO”라 한다)와 특허권(이하 “쟁 점특허권”이라 한다) 실시계약(patent license agreement)을 체결하였다. OOO는 2015.1.22. 청구법인에 쟁점특허권의 사용료로 OOO를 지급하면서, 동 사용료가 대한민국과 OOO 간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 “OOO 조세조약”이 라 한다) 및 법인세법에 따른 국내원천소득이라고 보고, OOO 조 세조약 제14조 제1항에 따른 제한세율 15%를 적용하여 OOO를 원천징수(이하 “이 건 원천징수세액”이라 한다)한 후, 같은 날 처분청에 이를 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 청구법인은 2015.10.8. 처분청에 쟁점특허권이 국외 등록ㆍ국내 미등록되어 있어서 그 사용료가 국내원천소득에 해당하지 아니한다는 이유로 이 건 원천징수세액의 환급을 구하는 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 하였다.
• 다. 청구법인은 처분청이 이 건 경정청구를 받은 날부터 2개월 이내에 청구법인에게 과세표준 및 세액의 결(경)정 또는 그 이유가 없다는 뜻을 통지하지 아니한 것(이하 “이 건 부작위”라 한다)에 이에 불복하여 2016.8.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점특허권이 대부분 국외에 등록되어 있었는바, 이에 대한 사용료는 국내원천소득에 해당되지 아니함에도, 이에 대한 원천징수세액의 환급을 구하는 이 건 경정청구를 거부한 이 건 부작위는 위법ㆍ부당하다. (가) 쟁점특허권은 세계 각지에 등록된 특허로 구성된다. 청구법인은 쟁점특허권 사용계약에 따라 OOO(그 자회사 포함)에 청구법인이 보유한 기술 OOO에 대한 특허 라이선스 권리 등의 사용권을 허여하였는데, 동 기술은 멀티미디어 카드 인터페이스를 가진 컨트롤러가 결합된 제품(주로 스마트폰, 테블린PC 등 모바일 제품)에 사용되고, 세계 각지에 등록된 특허들로 구성되는바, 청구법인에 허여된 특허는 총 197건(등록된 건 기준)이다. (나) OOO 조세조약에 따라 쟁점특허권의 사용료는 국내원천소득에 해당되지 아니한다. 1) 청구법인은 ‘OOO 거주자’에 해당된다. OOO 조세조약 제3조 제1항 (b) (ⅱ)에 따른 ‘OOO 거주자’의 정의에 의하면, 법인 또는 OOO의 법에 따라 법인으로 취급되는 단체는 OOO 거주자의 정의에서 제외하고 있고, 조합원 또는 수탁자로서 행동하는 인(人)의 경우 그러한 인에 의하여 발생되는 소득은 거주자의 소득으로서 OOO의 조세에 따르도록 규정하고 있는바, 쟁점특허권의 사용료가 OOO 조세조약이 적용되는 OOO 거주자의 소득에 해당하는지 여부는 파트너쉽인 청구법인의 투자자, 즉 파트너 기준으로 판단하여야 한다. 청구법인은 OOO OOO 정부에 제출한 유한책임회사 정관OOO상 ‘파트너쉽’에 해당하고, 같은 주에 소재하는 유한책임회사인 OOO를 유일한 파트너로 두고 있다. 또한, OOO도 파트너쉽으로, OOO법인인 OOO를 유일한 파트너로 두고 있다. 따라서, 청구법인의 최종 투자자(파트너)인 OOO이 OOO에서 100% 과세되는 법인에 해당하므로, 청구법인은 OOO 조세조약상 OOO 거주자에 해당한다. 2) 아래와 같은 OOO 조세조약 규정 및 국내 법원의 판결에 따라 국내에 등록되지 않은 특허로부터 발생한 소득은 국내원천소득에 해당되지 아니한다. 가) OOO 조세조약 제6조 제3항 및 법인세법 제93조 제8호 본문의 해석에 따라 쟁점특허권의 사용료는 국내원천소득에 해당하지 아니한다. OOO 조세조약 제6조 제3항은 특허권 등의 재산이 어느 일방체약국 내에서 사용되는 경우에 한하여 해당 재산의 사용대가가 동 일방체약국에 원천을 둔 소득으로 취급된다고 규정하고 있다. 그런데, 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정(이하 “이 건 일부개정”이라 한다)된 법인세법 제93조 제8호 단서는 특허권 등이 국외에 등록되었고, 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다고 규정(이하 “이 건 규정”이라 한다)하고 있다. 처분청은 이 건 규정을 근거로 쟁점특허권을 포함하여 특허권이 국내에서 제조ㆍ판매에 사용된 경우 국내 등록 여부와 무관하게 이에 근거하여 지급된 사용료는 국내원천소득에 해당한다는 의견이다. 그러나, OOO 조세조약은 이른바 ‘사용지주의’를 채택하고 있고, 이와 같은 취지의 이 건 규정의 본문에 따라 특허권이 국내에 등록된 경우에만 그 사용료를 국내원천소득으로 보아야 할 것인바, 쟁점특허권은 국내에 특허로서 등록되지 않았고, 이는 국내에 관련 기술의 특허권이 존재할 수 없음을 의미하므로, 쟁점특허권의 사용료는 국내원천소득에 해당하지 아니한다. 나) 이와 관련한 국내 법원의 판결에 따를 경우에도 쟁점특허권의 사용료는 국내원천소득에 해당하지 아니한다. 대법원 2007.9.7. OOO 판결(이하 “이 건 판결Ⅰ”이라 한다)에서 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산ㆍ사용ㆍ양도하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미치므로, 구 법인세법 제93조 제9호나 OOO 조세조약상 국내원천소득에 해당하는 ‘특허권 을 국내에서 사용하고 받은 대가’는 OOO법인이 국내에 특허권을 등록함으로써 생긴 특허실시권을 사용하고 받은 대가를 의미한다고 보았다. 또한, OOO지방법원 2012.10.12. OOO 판결에서도 OOO 등록특허권 등의 사용대가인 소득은 그 원천이 해당 특허권의 등록이 이루어진 OOO에 한정된다고 할 것이므로 국내원천소득으로 볼 수 없다고 판시하였다. 이러한 판례들은 특허권의 속지주의원칙상 ‘특허실시’에 대한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 효력이 미치고, OOO법인이 특허권을 국내에 아니하는 한, 특허권의 생산ㆍ사용ㆍ양도ㆍ대여 또는 수입 등 ‘특허실시’라는 개념이 애당초 상정될 수 없으므로 미등록 특허권의 국내사용이 있을 수 없음을 의미한다. 이 건의 경우, 청구법인이 OOO에 사용을 허여한 쟁점특허권 중 국내에 등록된 특허는 197건 중 8건(약 4%)에 불과하므로, 쟁점특허권의 사용료는 국내에 효력이 미치는 특허로부터의 소득으로 볼 수 없고, 그렇다면 이는 국내원천소득에 해당되지 아니하므로 국내에서 과세될 수 없다. (2) 처분청 의견에 대한 항변 (가) 이 건 규정을 근거로 쟁점특허권의 사용료를 국내원천소득으로 보아야 한다는 의견 관련 대법원 2014.11.27. OOO 판결(이하 “이 건 판결Ⅱ”라 한다)에서 국제조세조정에 관한 법률 제28조 는 비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여 소득세법 제119조 및 법인세법 제98조 에도 불구하고 조세조약이 우선 적용된다고 규정하고 있는바, 국외에 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 OOO법인의 특허권 등이 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용된 경우 OOO법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지 여부는 OOO 조세조약에 따라 판단하여야 하는데, OOO 조세조약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어서 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없으므로 OOO법인이 특허권을 국내에 등록하지 아니한 경우에는 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다고 판시하였다. 또한, 최근 국내 미등록 특허권 사용료의 원천징수 여부에 대한 유사한 사건에 대한 대법원 2016.6.9. OOO 판결에서도 특허권에 관한 속지주의 원칙상 특허실시권은 특허권이 등록된 국가 영역 내에서만 효력이 미치므로, 국내에 등록되지 아니한 국내 미등 록 국외특허를 국내에서 제품의 제조ㆍ판매 등에 사용한다고 하더라도 원고는 특허권 침해를 주장하지 못한다고 판시한 원심 OOO을 확정하고 심리불속행 판결하였다. OOO 조세조약 제6조 제3항 및 같은 조약 제14조 제4항을 종합적으로 해석하면, 특허권의 속지주의 원칙상 특허실시권은 특허권이 등록된 국가의 영역에서만 그 효력이 미치는 것이므로, OOO법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에 특허실시권을 가지는 경우에 한하여 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만 국내원천소득으로 정하였을 뿐, 국내에 특허권을 등록하지 아니한 특허의 사용대가로 지급받는 소득은 국내원천소득에서 제외하고 있다. 따라서, 이 건 판결Ⅱ의 취지대로 외국 등록ㆍ국내 미등록 특허권의 사용대가를 OOO법인이 지급받은 경우 그 사용료가 국내원천소득인지 여부는 OOO 조세조약에 따라 판단하는 것이지, 이 건 규정과 같이 국내 제조ㆍ판매 등에 사실상 동 특허권의 사용 여부에 따라 판단할 필요는 없고, 이 건 판결Ⅱ의 법리는 이미 대법원 판례로 확정되어 있는바, 국내 미등록 특허권에 대한 사용료는 국내원천소득이 될 수 없음은 더 이상 논란의 여지가 없다고 보이므로, 이 건 규정을 근거로 쟁점특허권의 사용료가 국내원천소득이라는 처분청 의견은 이유 없다. (나) 이 건 판결Ⅱ가 이 건 규정의 입법 취지를 감안하지 않았다는 의견 관련 위 (가) 기재와 같이, 국내원천소득의 구분에 대해서는 국내 세법에 불구하고 조세조약이 우선 적용되는 것이다. OOO 조세조약 제6조 제3항의 해석상 국내원천소득이 되기 위한 ‘사용’은 국내의 재산을 사용하는 것을 의미하는데, 특허권 등과 같이 등기ㆍ등록을 해야만 권리자로서의 효력이 발생하는 재산의 경우 등기ㆍ등록되지 않은 상태에서는 체약국 내의 재산이라는 개념이 성립될 수 없는바, 이러한 재산을 ‘사용’한다는 것은 동 체약국 내의 재산으로 등기ㆍ등록된 것을 ‘사용’함을 의미하는 것이다. 아울러, 이 건 판결Ⅱ 이후에도 대법원은 이와 관련한 사건에서 일관된 입장을 유지하고 있다OOO. 따라서, 이 건 판결Ⅱ는 타당한데도 이를 ‘위헌적인 법률해석의 소지’가 있다고 본 처분청 의견은 전혀 이유 없다. (다) OECD 모델조세조약 및 관련 국내 논문ㆍOOO 판례 등에 따 를 경우에도 쟁점특허권의 사용료는 국내원천소득에 해당한다는 의견 관 련

1. OECD 모델조세조약 제12조의 해석 관련 처분청은 동 규정이 사용료 소득에 대하여 ‘등록 여부와 관계 없이’라는 문언을 통해 국내원천소득의 범위를 정하고 있는 것처럼 보고 있다. 그러나, 동 규정은 사용료의 일반적인 의미를 정의하고 있을 뿐, OOO 조세조약 제6조 제3항과 같은 소득의 원천지에 대한 판단을 하고 있는 것은 아니므로, 동 처분청 의견은 근거 없다.

2. 국내 논문ㆍOOO 판례 등 관련 처분청은 동 국내 논문의 내용에 포함된 OOO 판례OOO를 근거로 특허 등의 ‘등록 기준’을 충족하지 못하는 경우도 ‘사용 기준’으로 국내원천소득이 될 수 있다는 의견이다. 그러나, 위 국내 논문ㆍOOO 판례는 근본적으로 OOO 조세조약과 같이 명시적으로 ‘사용지 기준’을 통해 사용료 소득의 원천지를 판단하도록 명시한 조세조약의 경우에는 적용될 수 없다(즉, OOO 조세조약의 규정이 우선 적용되어야 할 뿐, OOO 판례의 해석 방법이 우선될 수 없다). 나아가, 이 건은 쟁점특허권의 적용 대상인 판매행위가 국내사업장을 통해 이루어지지 아니하였는바, 위 OOO 판례의 사례와 다르므로 이를 이유로 이 건에 대한 판단이 달라질 이유가 전혀 없다. 즉, 동 OOO 판례는 국내 미등록 특허라고 하더라도, OOO의 특허법 등에 비추어 특허권의 적용 대상이 되는 행위가 OOO 국내에서 일어날 수 있는 예외적인 사정을 전제로 한 것이고, 단순히 그러한 행위의 결과, 국외에서 특허로 등록된 기술이 적용되었다는 것만으로 국내사용을 인정할 수 없다는 취지인바, 이는 특허법상의 법리를 기초로 ‘사용’ 여부를 판단하였다는 점에서 이 건 판결ⅠㆍⅡ와 궤를 같이 한다고 볼 수 있다. 또한, OOO의 OOO 사건, OOO의 실버정공 사건 등 국제적인 추세에 의하면, 청구주장과 같이 등록된 특허의 사용지는 그 등록지를 기준으로 판단하는 것이 이중과세를 방지하는 조세조약의 취지, 예측 가능성 측면에서 바람직하다고 할 것이다. (라) 청구법인이 OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)의 보정 등 요구에 대한 회신을 하지 않았다는 의견 관련 청구법인은 이 건 경정청구 후 2회(2016.2.2.ㆍ2016.4.19.)에 걸쳐 이 건 경정청구 관련 ‘요구자료 제출요청에 대한 회신’을 통해 조사청 요청사항에 대하여 충분히 소명하였다. 즉, 청구법인은 2016.2.2.자 회신을 통하여 쟁점특허권 사용계약서상 특허 목록OOO과 관련 기술 분야 및 그 내용에 대한 상세한 설명을 위한 특허군 및 개별 특허목록OOO을 각 제출하였다. 쟁점특허권 사용료의 수익적 소유자에 대해서는 청구법인의 설립등록 관련 서류OOO, 청구법인 및 청구법인의 최종 모회사인 OOO의 각 거주자 증명서OOO를 제출하였는바, 이를 통해 청구법인이 OOO 파트너쉽이고, OOO은 OOO 거주자임을 소명하였다. 또한, 쟁점특허권을 구성하는 총 197개 특허권 중 국내 등록된 특허는 8개(약 4%)에 불과하여 나머지 대부분이 국외 등록된 특허에 해당하는바, 이는 이 건 경정청구에 대한 거부(이 건 부작위) 사유가 될 수 없다. 이 건의 본질은 대법원이 이 건과 같은 쟁점에 대하여 계속하여 동일한 입장(국외 등록ㆍ국내 미등록 특허에 대한 사용료 ≠ 국내원천소득)임에도, 처분청이 이에 따르지 않고 이 건 경정청구에 대한 거부(이 건 부작위)를 한 것일 뿐, 청구법인이 보정 등 요구에 대한 회신이 없다는 처분청 의견은 부수적인 것에 불과하다. 아울러, 처분청은 이 건 경정청구와 관련된 자료를 추가로 수집하거나 청구법인이 제출한 증빙자료만으로도 이 건 경정청구의 취지대로 결(경)정할 수 있는바, 이를 종합하면, 위 처분청 의견은 이유 없다.

• 나. 처분청 의견 (1) 아래와 같은 이유로 쟁점특허권의 사용료는 국내원천소득에 해 당 하므로, 이 건 경정청구를 거부한 처분(이 건 부작위)은 적법ㆍ정당하다. (가) OOO 조세조약 제6조 제3항 및 이 건 규정의 해석에 따라 쟁점특허권의 사용료는 국내원천소득에 해당한다. 1) 동 규정들의 해석 OOO 조세조약 제6조 제3항은 “사용료는 어느 체약국 내에서 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다”라고 규정하고 있는바, 이는 OOO 조세조약이 각 조세조약상 사용료의 원천지국, 즉 이에 대한 과세권을 배분함에 있어 판단기준인 ‘사용지주의’ 또는 ‘지급지주의’ 중 ‘사용지주의’를 채택한 것이다. 그런데, ‘사용지주의’를 해석할 때, 이에 대하여 선험적으로 이해되는 기준이 없고, 위 규정에서 ‘사용지’ 또는 ‘사용’의 판단기준을 제시하고 있지 않은바, 조세조약의 맥락(context) 또는 해석상 보충적 수단을 통해 이를 결정하여야 하나, OOO 조세조약상 이를 판단할 기준도 찾을 수 없으며, 청구주장과 같은 ‘특허법의 속지주의’를 전제를 하고 있다고 해석할 근거도 없다. 그렇다면, OOO 조세조약은 소득의 과세권 배분에 대해서만 규정하고 있을 뿐, ‘사용지’ 또는 ‘사용’에 대한 판단기준을 제시하고 있지 아니하므로 이에 대한 판단은 국내 세법 등에 따라야 한다. 당초, 법인세법 제93조 제8호 는 이 건 일부개정 전에는 특허권 등의 사용료에 대하여 조세조약상 사용지를 기준으로 국내원천소득 여부를 판단하도록 규정하고 있는바, 이에 따라 국외에서 사용된 특허권의 사용료는 그 사용료의 국내 지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 않도록 하였다. 그러나, 이 건 일부개정으로 이 건 규정이 신설되면서, 권리의 행사에 등록이 필요한 특허권 등이 국외에 등록되어 있고, 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용된 경우에는 동 특허권 등의 국내 등록 여부에 관계없이 이를 국내에서 사용한 것으로 보도록 하였다. 참고로, 2014년 11월 국세청이 발간한 ‘비거주자ㆍ외국법인의 국내원천소득 과세제도 해설’ 책자(제4장 ‘소득종류별 과세대상소득의 조세조약’)를 살펴보면, OOO의 경우 사용료를 발생시키는 자산 등이 사용되는 국가에 원천이 있다(사용지 기준)고 기재되어 있다. 이를 종합하면, 쟁점특허권이 국내에 등록되어 있지 않더라도, 그 사용료가 국내원천소득이 되는바, 쟁점특허권이 국내에 등록되어 있지 않다는 이유로 그 사용료를 국내원천소득으로 볼 수 없다는 청구주장은 이유 없다. 2) 이와 관련한 조세심판원 선결정례 등 가) 조세심판원도 이 건 규정에 따라 특허권 사용료의 원천지국을 판단하였다. 즉, 조심 OOO은 OOO 조세조약 제6조 제3항의 사용료에 대하여 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다고 규정하고 있는바, 이는 사용지 기준을 규정하고 있을 뿐, 사용지에 대한 판단기준을 규정하고 있지 아니하므로 사용지에 대한 판단은 국내 세법에 따르는 것이 타당하고, 이 건 일부개정으로 이 건 규정에서 특허권 등이 국외에서 등록되었고, 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다고 규정하고 있는바, 국내 미등록 특허권이라는 이유로 이에 대한 사용료가 국내원천소득이 될 수 없다는 청구주장을 기각하였다. 나) 이 건 판결Ⅱ는 이 건 규정의 입법 취지를 감안하지 아니한 판결로 보인다. 대법원은 이 건 판결Ⅱ를 통해 OOO 조세조약상 사용료의 원천지 판단기준이 되는 사용지에 대하여 특허권의 등록지라고 판시하였고, 이는 이 건 일부개정 전 국내 미등록 특허권 사용료에 대한 대법원의 판결과 같은 취지이다. 그러나, OOO 조세조약은 위에서 살펴보았듯이 ‘원천지국 〓 사용지’라고만 규정하고 있을 뿐, ‘사용지 〓 특허권 등의 등록지’라는 규정이 있거나 그와 같이 해석될만한 여지도 없다. 또한, 이 건 규정은 동 과거 대법원 판결에 따른 입법적 미비점을 보완(즉, 간추린 개정세법상 이 건 규정의 개정이유에 나타나듯이 이 건 규정은 ‘대법원 판결에 따라 국내에 등록되지 아니한 특허권의 사용대가에 대하여 과세할 수 없는 문제점 보완’)한 것이다. 그렇다면, 이 건 판결Ⅱ는 과거 대법원의 국내 미등록 특허권 사용료에 대한 해석론 또는 적용방법을 달리 하기 위하여 입법을 통하여 새로 도입한 법률상 개념 또는 기준(이 건 규정)을 도입하였음에도, 과거 대법원 판례와 같은 해석방법을 따른 것이므로 위헌적인 법률해석의 소지가 있다고 보인다. (나) OECD 모델조세조약 및 관련 국내 논문ㆍOOO 판례 등에 따를 경우에도 쟁점특허권의 사용료는 국내원천소득에 해당한다.

1. OECD 모델조세조약 제12조 우리나라, OOO 등 OECD 회원국들이 따라야 할 OECD 모델조세조약 제12조는 사용료의 정의를 공인등록기관의 등록여부와 무관하게 권리의 사용 또는 사용할 권리에 대한 지급금으로 규정하고 있는바, 이는 이 건 규정의 취지와 같은 반면, 청구주장과 상반된다.

2. 국내 논문OOO 위 논문의 결론에 의하면, 최소한 2009.1.1. 이후에는 우리나라도 법 규정의 체계상 사용기준, 지급기준 또는 등록기준이 국내원천소득 판단의 기준으로 제시될 수 있고, 그에 따르면, 설사 등록기준에서 볼 때, 우리나라에 등록되지 않은 특허라도 이를 국내에서 사용한 경우에는 그에 대한 대가의 지불은 충분히 국내원천소득으로 볼 수 있다고 나타난다.

3. OOO 판례(국외 소재 권리의 자국 내 사용에 대한 과세 관련) OOO 소득세법 제49조 에 의하면, 설사 국외 소재 권리라도 그 권리가 국내의 고정설비 등에 사용(Verwerten)된다면, 그 권리 사용의 대가는 국내원천소득에 해당한다. 동 규정과 관련한 OOO 판례OOO에 의하면, 수행(Ausübung)의 경우 그 역무제공 장소가 국내일 경우에만 행위자에 대해 제한적 납세의무를 지울 수 있으나, 사용(Verwerten)의 경우 어떤 대상에 내재된 가치(Wert)를 끄집어내어 이용하는 것으로, 비록 그 사용의 대상이 되는 특허권 등의 권리가 국외에 소재하더라도 대여ㆍ임대의 형식으로 국내의 물적 고정시설에서 사용된다면, 그 사용의 대가에 대해 대여자 등이 제한적 납세의무를 지는 것이라고 판시한 바 있었다. 또한, 동 OOO 판례는 저작권법상 사용의 의미에 대해 복제, 유포, 전시와 같은 가치실현의 뜻을 포함한다고 하면서, 사용의 측면에서는 특허권이나 라이선스가 저작권과 다르지 않다고 판시하였다. 이는 비거주자의 수행 장소와 사용 장소가 일치하지 아니할 경우 가치창출 장소인 사용장소를 소득의 원천으로 봄으로써 비거주자에 대한 원천지국 과세에 충실한 해석이라고 할 수 있다. OOO에서는 동 판례의 관점(권리 소재지가 아니라 그 권리가 자국 내 고정시설에서 사용되는지 여부가 국내원천소득 여부의 기준이 된다는 것)이 그 후속 판례 및 학회에서 일관되게 유지되고 있다. (2) 설사, 청구주장에 따르더라도, 아래와 같은 이유로 쟁점특허권 중 국내 미등록 또는 국외 등록 중인 것 등에 대한 검토가 필요하나, 청구법인은 이에 대한 보정 등을 하지 않았으므로 환급세액을 특정할 수 없다. (가) 청구법인은 조사청의 서류보정에 대한 회신을 하지 아니하였다. 쟁점특허권 허여계약서에 따르면, 청구법인이 OOO에 허여한 전체 특허권 197개 중 OOO에 등록된 것 63건, 국내 등록된 것 9건 외에 특허 신청 중이거나 승인되지 아니한 것 등도 다수 포함되어 있었다. 조사청은 한국에 등록된 특허권의 가치 등을 확인하여 위하여 아래 사항에 대한 보정ㆍ회신을 요구하였으나, 청구법인은 이에 대한 회신을 하지 아니하였다. 청구법인은 이에 대한 검토없이 쟁점특허권의 사용료 전부를 국 내 미등록 특허권에 대한 대가로 보고, 이 건 원천징수세액 전부의 환급 을 구하는 이 건 경정청구를 하였으나, 쟁점특허권은 OOO 양국에 모 두 등록되지 아니한 특허가 대부분을 차지하는 것으로 보인다.

• 아 래 - 1) 쟁점특허권 허여계약서에 첨부된 서류 OOO에는 특허권의 제목만 표기되어 있었고, 동일한 제목의 특허권이 국내 외 다른 국가에서 등록되어 있는 건수가 다수(96건) 기재되어 있어 동 특허권의 상세내역을 청구법인에게 보정할 것을 요청하였다.

2. 청구법인에 총 5회에 걸쳐 쟁점특허권 허여계약서 번역본, 특허권 사용료의 구체적 산정근거, 특허권 상세내역, 수익적 소유자 등을 요청하였다. (나) 따라서, 이 건과 같이 국내에 특허로 등록되지 아니한 관련 기술이 대부분이라고 하여 이에 대한 사용료를 국내원천소득에 해당되지 아니한다고 본다면, 이를 악용하는 사례가 발생하는 등 과세상 형평성에 위배된다고 볼 수밖에 없다.

• 가. 쟁점 원천징수의무자인 내국법인이 쟁점특허권의 사용료를 국내원천소 득 으로 보아 이에 대한 법인세를 원천징수한 경우, 쟁점특허권이 국내 에 등록되지 아니하였는바, 그 사용료는 국내원천소득이 아니므로 동 원 천 징수세액의 환급을 구하는 경정청구를 거부(부작위)한 것은 위법ㆍ부 당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 일부개정되기 전의 것) 제93조[국내원천소득] 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 "권리등"이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지(使用地)를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 "특허권등"이라 한다)는 해당 특허권등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.

• 가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비밀스러운 공식 또는 공정(工程), 라디오·텔레비전방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리
• 나. 산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우 제98조[외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례] ① 외국법인 에 대하여 제93조 제1호·제2호 및 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자(제93조 제7호 에 따른 소득의 금액을 지급하는 거주자 및 비거주자는 제외한다)는 제9 7 조에도 불구하고 그 지급을 할 때에 다음 각 호의 구분에 따른 금액 을 해당 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다. (단서 생략)

3. 제93조 제1호·제2호·제8호 및 제10호에 따른 소득: 그 지급액(제93조 제10호 다목의 소득에 대해서는 대통령령으로 정하는 금액) 의 100분의 20. (단서 생략)

(2) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 일부개정되기 전의 것) 제93조[국내원천소득] 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

9. 다음 각 목의 1에 해당하는 자산·정보 또는 권리를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가 및 그 자산·정보 또는 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 자산·정보 또는 권리에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다.

• 가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권·특허권·상표권·디자인·모형·도면이나 비밀의 공식 또는 공정·라디오·텔레비젼방송용 필름 및 테이프 기타 이와 유사한 자산이나 권리
• 나. 산업상·상업상 또는 과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우 (3) 국제조세조정에 관한 법률(2014.12.23. 법률 제12849호로 개정 되기 전의 것) 제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

12. "제한세율"이란 조세조약에 따라 체약상대국의 거주자 또는 법인에 대하여 과세할 수 있는 최고세율을 말한다. 제28조[조세조약상의 소득 구분의 우선 적용] 비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조 에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다. 제29조[이자ㆍ배당 및 사용료에 대한 세율의 적용 특례] ① 조세조약의 규정상 비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득 중 이자, 배당 또는 지식재산권 등의 사용대가(조세조약에서 소득세법 제119조제4호 및 법인세법 제93조 제4호 에 따른 산업상ㆍ상업상ㆍ과학상의 기계ㆍ설비ㆍ장치 등을 임대함으로써 발생하는 소득을 지식재산권 등의 사용대가로 구분하는 경우 그 사용대가를 포함한다)에 대해서는 조세조약상의 제한세율과 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 세율 중 낮은 세율을 적용한다. (단서 생략)

1. 조세조약의 대상 조세에 지방소득세가 포함되지 아니하는 경우에는 소득세법 제156조 제1항 제3호 또는 법인세법 제98조 제1항 제3호 에서 규정하는 세율

(4) OOO 조세조약 제6조(소득의 원천) 이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다. ⑶ 제14조(사용료) ⑷항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본 조 ⑸항에 규정된 것 이외의 재산)의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다. ⑼ 본 조 ⑴항 내지 ⑻항이 적용되지 아니하는 항목의 소득원천은 각 체약국의 법에 따라 그 체약국에 의하여 결정된다. 전기 규정에 불구하고 일방 체약국의 법에 의한 어떤 항목의 소득원천이, 타방 체약국의 법에 의한 그러한 소득원천과 상이하거나 또는 그러한 소득원천이 어느 체약국의 법에 의하여 용이하게 결정될 수 없을 경우에, 양 체약국의 권한있는 당국은 이중과세를 회피하기 위하 여 또는 이 협약의 기타 목적을 촉진하기 위하여 이 협약의 목적을 위한 항목의 소득에 대한 공동의 원천을 확정할 수 있다. 제14조(사용료) ⑴ 타방 체약국의 거주자에 의하여 일방 체약국내의 원천으로부터 발생되는 사용료에 대하여 동 일방 체약국이 부과하는 조세는, 하기 ⑵항 및 ⑶항에 규정된 경우를 제외하고는, 그 사용료 총액의 15%를 초과해서는 아니된다. ⑷ 본 조에서 사용되는 “사용료”라 함은 다음의 것을 의미한다. ⒜ 문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술), 선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 이 건 경정청구 및 이 건 부작위 내역은 아래와 같다. (가) OOO는 2015.1.22. 청구법인에 OOO를 지급하면서 이 건 원천징수세액OOO 및 관련 지방소득세OOO의 합계액 OOO를 제외한 OOO를 송금하였다. 또한, OOO는 같은 날 처분청에 이 건 원천징수세액과 관련 지방소득세를 신고ㆍ납부하였다. (나) 청구법인은 2015.10.8. 이 건 원천징수세액의 환급을 구하는 이 건 경정청구를 하였고, 처분청은 2015.11.2. 조사청에 이를 이첩하였다. (다) 조사청은 5회에 걸쳐 ‘보정할 사항 제출 안내’ 제하로 쟁점특허권의 실시계약과 관련한 아래와 같은 사항의 보완을 요청하였고, 이에 대하여 청구법인이 제출한 자료는 아래와 같다. 1) 조사청의 쟁점특허권 실시계약서 및 대금 증빙의 제출요청에 대하여, 청구법인은 쟁점특허권 실시계약서(영문으로 작성된 것), 사용료 지급관련 금융거래내역, 지급명세서(OOO가 처분청에 제출한 것)를 제출하였다. 2) 조사청의 청구법인의 거주자 증명서의 제출요청에 대하여, 청구법인은 청구법인의 사업자등록증, 법인명 변경신청서, 정관 등을 제출하였다.

3. 조사청의 쟁점특허권의 상세내역의 제출 요청에 대하여, 청구 법인은 쟁점특허권 실시계약서의 첨부서류인 특허목록(SCHEDULE 1), 관련 기술 분야 및 그 내용에 대한 상세한 설명을 위한 특허군 및 개별 특허목록 등을 제출하였다.

4. 조사청의 쟁점특허권 사용료의 수익적 소유자가 청구법인인지, 청구법인이 동 사용료에 대한 OOO 내 납세의무자임을 소명한 청구법인의 주주OOO임을 입증할 설명자료 및 금융증빙자료의 제출요청에 대하여, 청구법인은 동 법인의 최종 파트너 OOO의 정관, 법인명 변경증명서, 거주자증명서 등을 제출하였다. 5) 조사청의 쟁점특허권 실시계약서 및 첨부 서류의 한글 번역본, 청구법인의 OOO 내 최근(2014년～2015년) 납세신고서, 특허권 사용료의 구체적인 산정근거 및 증빙서류, 청구법인의 지분투자자 명부 및 이를 확인할 수 있는 공신력 있는 기관으로부터 발급받은 증빙자료 등의 제출요청에 대하여, 청구법인은 관련 증빙자료를 제출하지 아니하였다. (라) 조사청 또는 처분청은 위 청구이유에 대한 처분청 의견과 같은 이유로 이 건 심판청구일 현재까지 청구법인에게 이 건 경정청구에 대한 통보를 하지 아니하였다. (2) 이 건 규정의 신설 배경은 아래와 같다. (가) 먼저, 청구법인은 이 건 판결Ⅱ의 취지대로 외국 등록ㆍ국내 미등록 특허권의 사용대가를 OOO법인이 지급받은 경우 그 사용료가 국내원천소득인지 여부는 OOO 조세조약에 따라 판단하는 것이지, 이 건 규정과 같이 국내 제조ㆍ판매 등에 사실상 동 특허권의 사용 여부를 판단할 필요는 없다(그 이유는 이 건 판결Ⅱ의 법리는 이미 대법원 판례로 확정되어 있는바, 국내 미등록 특허권에 대한 사용료는 국내원천소득이 될 수 없음은 더 이상 논란의 여지가 없다고 보이기 때문이다)고 주장한다OOO. (나) 다음으로, 이 건 규정의 신설 배경에 대하여, 기획재정부가 발간한 ‘2008년 개정세법 해설’ 책자에 의하면, 사용지 개념 중 국내에 등록되지 않은 특허권은 국내에서 사용한 것으로 볼 수 없어 국외원천소득에 해당한다는 판결OOO에 따라 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용대가에 대하여 과세할 수 없는 문제점을 입법적으로 보완하기 위하여 국내 등록유무에 불구하고 국내에서 사실상 사용되는 경우 사용지를 국내로 보아 국내원천소득으로 과세하는 것으로 이 건 일부개정시 이 건 규정을 개정한 것으로 나타난다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, OOO 조세조약 제6조 제3항에서 “사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다”라고 규정하고 있는데, 이는 사용지 기준을 규정하고 있을 뿐 사용지에 대한 판단기준은 규정하고 있지 아니하므로 사용지에 대한 판단은 국내 세법에 따르는 것이 타당할 것이다. 또한, 이와 관련하여 2008.12.26. 이 건 일부개정시 개정된 이 건 규정에서 “해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다”라고 규정하였고, 쟁점특허권 사용료의 지급은 이 건 규정의 시행 이후에 이루어졌으므로, 동 사용료가 국내에 미등록된 특허권에 대한 대가라 하더라도 국내원천소득에 해당하는 것으로 봄이 타당하다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점특허권의 사용료를 국내원천소득으로 보아 청구법인의 이 건 경정청구를 거부(부작위)한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.