[요지] 해당 사업연도에 쟁점원재료가 내부적인 회계처리 등의 이유로 하여 매출원가를 구성하지 않았다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이나 현재 조사된 내용만으로 손금 중복계상 여부를 단정하기 어려운 점, 청구법인은 이미 이에 대해 세무조사를 받았다고 주장하므로 이에 대한 중복조사 해당 여부를 판단할 필요가 있으나 당시 이 건 손금 중복계상 여부와 관련한 조사행위가 있었는지 여부가 불분명한 점 등에 비추어 관련 내용들을 재조사하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당함
[주 문] OOO세무서장이 2015.12.14. 및 2016.1.19. 청구법인에게 한 2008사업연도 법인세 OOO원 및 소득금액변동통지 OOO원의 각 부과처분은 청구법인이 2007년 OOO에 소재한 유한회사 OOO와 체결한 시스템공급 계약과 관련하여 매입한 원재료 OOO원을 2007사업연도 및 2008사업연도에 각각 손금으로 중복계상하였는지 여부, 이 건 부과처분이 중복조사에 의한 것인지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 국세부과제척기간이 만료되었는지 여부를 결정하고 그 과세표준 및 세액, 소득금액변동통지금액을 각각 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 쟁점원재료가 중복으로 계상되었다고 보았으나, 이는 미흡한 사실확인에서 기인한 것으로 쟁점원재료가 2007·2008사업연도에 각각 계상된 것이라면 2008사업연도 계상분은 실제로 거래처에 대금을 지급하고 세금계산서를 수취하여 정상적으로 회계처리한 것이므로 2007사업연도 계상분이 중복되었다는 의미이고 이는 당해 금액이 사외로 유출되었는지 여부에 의하여 판단하여야 할 것이다. 일반적으로 매출원가는 원재료 계정에서 재료비(제조) 계정으로, 재료비 계정에서 재공품 계정으로, 재공품 계정에서 제품 계정으로 그리고 제품 계정에서 매출원가 계정으로 각 전기되어 최종적으로 산출되는데, 쟁점원재료는 2007.12.25. 원재료 계정에 계상된 후 연말에 재료비 계정으로 전기되었고 동 계정에서 재공품 계정으로 전기되었다가 다시 제품 계정으로 전기되었다. 그러나 제품 계정을 확인해 보면 쟁점원재료가 제품 계정에서 매출원가 계정으로 전기된 것이 아니라 지분법적용투자주식 계정으로 전기되어 상계된 것으로 나타난다. 즉, 쟁점원재료는 매출원가를 구성하지 아니하고 가공자산으로 계상된 지분법적용투자주식 계정과 상계된 사실을 확인할 수 있다. 따라서 2007사업연도의 쟁점원재료는 2008사업연도의 원재료와 중복으로 계상된 것이 아니라 2007사업연도에 가공자산을 수정분개하면서 상계되었으므로 매출원가를 구성하지 아니한다. (가) 쟁점원재료와 관련한 2007사업연도 말 회계처리 내용을 살펴보면 아래와 같고, 쟁점원재료 OOO원을 포함한 금액은 재료비 및 재공품 계정을 거쳐 제품 계정으로 전기되었으나 매출원가 계정으로 전기되지 아니하고 제품 계정에서 가공자산인 지분법적용투자주식과 상계된 것으로 확인되므로 당기 손익에는 영향이 없다. (나) 당초 청구법인은 분식회계(추정) 목적으로 아래와 같이 제품 계정을 감액시키고 상대 계정으로 가공자산인 지분법적용투자주식 계정으로 대체하여 매출원가를 과소계상하였다. 그러나 외부회계감사인이 감사를 실시하는 과정에서 위 회계처리를 발견하여 수정분개를 하였고 그 내용은 전표21과 전표23에 기재되어 있는데, 먼저, 전표21의 흐름을 살펴보면 다음과 같다.
① 원재료 계상 당초 쟁점원재료 계상 당시(2007.12.25.) 분개를 살펴보면, 차변에 ‘원재료’ 항목으로 OOO원이, 대변에 ‘미처분이익잉여금’ 항목으로 OOO원이 각각 계상되었다. 차 변 대 변 원재료 OOO 미처분이익잉여금 OOO
② 원재료 계정을 제품 계정으로 대체(내부 대체분개) 위와 같이 차변에 계상된 쟁점원재료는 이후 원가계산을 통하여 제품으로 대체되는데 아래와 같이 차변에 ‘제품’ 계정으로 OOO원이, 대변에 ‘원재료’ 계정으로 OOO원이 각각 계상되었다. 차변 대변 제품 OOO 원재료 OOO 다음으로 전표23의 흐름을 살펴보면, 외부감사인(OOO)이 2007사업연도 결산시 쟁점원재료를 다음 <표1>과 같이 “전표23”의 내용과 연계하여 가공자산인 지분법적용투자주식 계정과 상계하여 제품매출원가에서 제외하였다. <표1> 전표23의 분개 내역 그런데 위 “전표23”의 내역에 따르면 차변에 ‘미처분이익잉여금’ OOO원이 누락되어 있음을 알 수 있다. 이는 “전표21”에서 원재료 계정의 상대 계정으로 계상하였던 미처분이익잉여금 OOO원이 2007사업연도 이익잉여금처분계산서상 증가로 표기되지 아니하였기 때문인데, 이를 통하여 차변 합계 차이금액인 OOO원이 미처분이익잉여금인 것을 확인할 수 있다. 따라서 위와 같은 “전표21”과 “전표23”의 분개 내역을 종합하여 표시하면 다음 <표2>와 같고, 여기서 중복되는 회계처리를 제거하면 다음 <표3>과 같다. <표2> “전표21”과 “전표23”의 분개 내역 종합 <표3> 중복내역 제거 이후 회계처리 위 <표3>에 따르면 미처분이익잉여금 OOO원이 증가하였으므로 이익잉여금처분계산서상 그 변동내역이 존재하여야 하나 2007사업연도 이익잉여금처분계산서상 증가로 반영되어 있지 아니하므로 위 <표3>의 대차차액 OOO원은 차변에 ‘미처분이익잉여금’으로 기재되어야 할 것이 누락된 것임을 명백히 알 수 있다. 따라서 위 차액 OOO원을 포함하여 수정하면 다음 <표4>와 같이 대차의 합계가 일치하는 것으로 나타난다. <표4> 누락 부분을 포함할 경우의 회계처리 이상에서 살펴본 바와 같이 “전표21”에서 쟁점원재료는 당초 상대 계정을 미처분이익잉여금으로 계상되었으나, “전표23”에서 결국 제품 계정으로 대체되어 당초 감액 기장한 제품을 원상회복시키는(가공자산인 지분법적용투자주식을 상계하기 위한) 매개 역할만 하였고 상대 계정인 미처분이익잉여금도 상계되었으므로 쟁점원재료는 2007사업연도의 매출원가에 포함되지 아니하였다. (다) 청구법인은 청구주장의 타당성을 확인하기 위하여 이 건 과세전적부심사청구시 처분청에 제출한 원재료원장, 결산분개전표 등 관련 서류 일체를 외부회계감사기관인 “OOO”과 “OOO” 및 공인회계사 OOO에게 제시하여 쟁점원재료와 관련된 회계처리에 대하여 검토의견을 의뢰한 결과, 청구주장과 동일하게 쟁점원재료가 2007사업연도의 제품매출원가로 계상되지 아니하였다는 검토의견서를 회신받았다. 따라서 지금까지 설명한 분개와 관련 내용은 결산서가 처분청에 제출된 이후에는 임의로 조작할 수 있는 것이 아닌바, 미처분이익잉여금이 대변의 증가로 계상되었다 하더라도 결산서에 반영되지 아니하였다면 차변에 동일한 금액의 분개가 있어야 한다는 것은 복식부기의 기본원리이자 단순한 분개의 문제로 차변에 ‘미처분이익잉여금’으로 기재되어야 할 것이 누락된 것임을 명백히 알 수 있으므로 쟁점원재료는 2007사업연도의 매출원가에 포함되지 아니하였다.
(2) 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호에서 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득 및 기타 사외유출로 할 것이나 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 규정하고 있어 대표자에 대한 상여처분은 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명하나 그 귀속이 불분명한 경우에만 하는 것인데 처분청은 쟁점계약 중 2008사업연도 계상분은 2007사업연도 계상분에 대한 세금계산서를 지연해서 교부받은 것이고 2007사업연도 계상분은 세금계산서 없이 한 것이므로 원재료금액이 중복으로 계상되었다 하여 손금불산입하고 상여로 소득처분하였다. 즉 2007사업연도 계상분은 세금계산서 수취 없이 한 것이고 2008사업연도 계상분은 2007사업연도에 세금계산서 수취 없이 계상한 금액을 2008사업연도에 세금계산서를 수취하고 중복 지출된 것으로 본 것이다. 처분청이 2008사업연도 세금계산서 지연수취분이라고 본 금액은 거래처에 지급된 사실이 확인되고 중복 계상되지도 아니하였다. 그렇다면 2007사업연도 쟁점원재료가 사외에 유출되었는지 여부에 따라 소득처분이 결정된다 할 수 있는데 2007사업연도의 쟁점원재료의 분개를 보면 차변에 원재료를 계상하고 상대 계정인 대변에 미처분이익잉여금으로 처리하여 사외로 유출되지 아니하였다. 또한, 청구법인은 단순히 원재료에 대한 공급가액만 계상하였을 뿐 부가가치세를 공제받은 사실이 없음에도 처분청은 유출된 금액에 상당하는 부가가치세액도 상여처분액에 포함하였는바, 부가가치세는 매입세액을 공제받고 사외로 유출된 것이 확인되어야 소득처분할 수 있다. 한편, 일반적으로 부외매출인 경우를 제외하고는 장부에 계상된 금액에 대하여 손금불산입 또는 익금산입할 경우에는 복식부기의 특성상 그 상대 계정을 확인하여 사외유출 여부를 결정하여야 할 것임에도 처분청은 쟁점원재료에 대하여 손금불산입한 금액이 사외에 유출되었음을 입증할 수 있는 근거도 제시하지 아니한 채 유출되었다고 보았으므로 이 또한 미흡한 사실 판단에 기인한 것이라 부당하다.
(3) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당하기 위해서는 조세포탈의 의도를 가지고 그 수단으로서 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위가 있었으며 그로 인하여 조세의 부과징수가 불능 또는 현저하게 곤란하게 되는 인과관계가 인정되어야 할 것(대법원 2014.5.16. 선고 2011두29168 판결, OOO법원 2012.5.4. 선고 2011구합35088 판결 등 같은 뜻임)인바, 청구법인이 조세포탈의 의도를 가졌다면 2007사업연도 원재료 계정에 구체적으로 ‘2008년 원재료분’이라고 기록하지 아니하였을 것이고, 외부회계감사인이 청구법인을 감사하면서 쟁점원재료 이중계상 문제를 지적하였어야 하나 그러한 사실도 없다. 또한, 처분청 의견대로 쟁점원재료에 대한 세금계산서를 2008년 1월 및 2월에 수취하여 2008사업연도의 원재료로 계상한 것으로 본다면 이는 기간 귀속의 차이일 뿐 중복 계상에 해당하지 아니한다. 따라서 청구법인은 허위의 증빙을 수취하거나 고의로 허위기장한 것이 아니라 단순 착오에 의하여 분개를 누락한 것에 불과하고, 조세포탈의 의도를 가졌다거나 부과징수를 현저하게 곤란하게 한 사실도 없으므로 5년의 국세부과제척기간을 적용함이 타당하다.
(1) 청구법인과 OOO 간에 작성된 계약서, 수출입통관자료, AL/07년 수출실적 현황 및 전표(2007.12.25.) 등을 종합하여 검토하면, 청구법인은 쟁점계약과 관련한 제품을 제조하여 2007.12.31. 기준으로 수출을 완료하였다. 즉 2007사업연도에 원재료를 매입하고 재화의 인도가 있었음에도 관련 매입세금계산서의 수취 없이 원재료로 처리하였음에도 2008사업연도에 세금계산서를 지연 수취하여 다시 비용으로 처리하여 가공원가를 계상하였다. (가) 청구법인이 2014년 10월 현장확인시부터 2015년 8월 법인세 부분조사 종결시까지 처분청의 자료제출 요구서에 대한 회신과 권리보호신청 내용을 정리하면 다음 <표5>와 같다. <표5> 청구법인의 의견서 제출요약 청구법인은 2014.10.22. 현장확인 착수일부터 2015.2.25. 세무조사 착수일까지 127일이라는 기간이 있었고, 이 건 조사를 착수하여 2015.8.19. 종결시까지 조사기간 20일과 소명자료 미제출로 인한 세무조사중지기간 156일 총 303일 동안 전산 장부를 보관하고 있었음에도 보관하고 있지 아니하다는 이유로 증빙자료를 제출하지 아니한 채 세무조사가 부당하다고 주장하며 미소명하였으나, 처분청은 청구법인이 없다고 주장하던 회계프로그램 백업파일을 회계팀 서버 컴퓨터에 보관하고 있는 사실을 확인하여 이 건 과세기간 동안의 원재료 계정별원장을 제출받았다. 또한, 2007.12.25. 원재료 구입시 전표21의 적요란에 “알마티 제품 제작시 08년 원재료분”이라고 기재되어 있어 그 내용이 비정상적이라 할 수 있고 이는 2008사업연도에 원재료를 이중으로 계상할 의도로 보이므로 단순한 실수가 아니라 가공비용을 계상하려는 적극적인 의도라 할 것이다. 위 전표의 회계처리 내용을 살펴보면 원재료에 대응하는 계정이 현금 또는 부채가 아니라 “미처분이익잉여금”으로 되어 있어 대금을 지급한 사실도 없고 동 미처분이익잉여금을 부채(외상매입금)로 대체분개한 사실도 없다. (나) 청구법인은 2015.2.25.부터 2015.8.19.까지 조사기간 20일 및 소명자료 미제출로 인한 세무조사 중지기간 156일 등 총 176일이라는 기간 동안 가공원가 및 세금계산서 미수취에 대하여 어떠한 소명도 하지 아니하다가 이 건 과세전적부심사시 처음으로 쟁점원재료를 분식회계와 관련하여 매출원가에서 제외하였다고 주장하고 있다. 또한, 청구법인은 2007.10.17.부터 2007.12.28.까지 총 10건의 전표로 아래와 같이 회계를 조작하고 금융기관이 청구법인에게 발급해야 하는 수출실적증명서를 청구법인의 해외자회사가 청구법인에게 발급하는 것으로 위조하였다. 청구법인은 ‘제품’을 감액하고 다른 자산 계정인 ‘지분법적용투자주식’으로 계상하였기 때문에 매출원가를 그만큼 감액한 것이라고 주장하나, 전표23을 통하여 지분법적용투자주식은 같은 금액이 대변에 계상되면서 상계되었고 제품 계정에 OOO원을 차변에 계상하여 다시 동 금액만큼 매출원가를 증액하였다. 청구주장과 같이 분식회계하여 과소 계상된 매출원가 OOO원을 원상회복하려면 제품 계정 차변에 같은 금액이 계상되어야 함에도 청구법인은 전표23에 OOO원만 기재하고 나머지 OOO원은 계상하지 아니하였다. 또한, 전표23에 제품이 아닌 해외출장비·해외시장개척비·보험료·원재료·제품매출원가 등을 비용처리하면서 가공비용을 계상하여 매출원가를 감액한 만큼 모두 비용으로 다시 계상하면서 상대 계정으로 제품 OOO원을 대변에 기재하여 매출원가를 감액한 금액을 모두 비용으로 다시 처리하는 방법으로 사실상 분식회계로 비용을 적게 계상한 것이 상쇄되는 효과를 초래하였다. 따라서 청구법인은 전표23을 통하여 분식회계한 OOO원에 대하여 가공비용 OOO원을 계상하여 분식회계의 효과를 상쇄하고 다시 별도로 전표21에서 세금계산서 수취 없이 쟁점원재료를 계상하여 매출원가에 포함한 것이라 할 수 있다. (다) 일반적으로 제품이 대변에 계상되려면 재고자산의 장부 수량과 실제 수량이 차이가 나거나 실제로 제품을 매출하고 장부에 계상하지 아니하는 등의 사유가 있어야 함에도 청구법인은 재고자산 수불부, 재고수량 증빙자료 등 관련 소명자료 없이 마치 제품을 차감한 것이 당연한 회계처리인 것으로 주장하며 사실을 왜곡하고 있다. 청구법인의 법인세신고서 중 제조원가명세서 및 다음 <표6>의 원재료 계정별원장(전산장부)을 비교하면 기초잔액, 당기매입액 및 기말잔액이 각각 일치함을 알 수 있다. <표6> 원재료 계정별원장 청구법인이 만약 2007사업연도에 쟁점원재료 OOO원을 제조원가에서 제외하였다면 원재료 계정별원장 차변에 OOO원이 있거나 대변에 같은 금액이 계상되어야 함에도 그러한 내용이 회계처리된 사실이 없다. 청구법인의 전산장부상 ‘2007년 원재료 계정별원장’의 기초원재료, 당기원재료 매입액 및 기말원재료가 법인세 신고서에 포함된 ‘제조원가명세서’상 금액과 일치하므로 2007.12.31. 원재료 사용분이 재료비로 대체되면서 OOO원이 다시 제조원가(비용)로 대체되어 전액 비용처리가 되었으므로 쟁점원재료도 제조원가로 비용처리된 것으로 봄이 타당하다. 만약 청구주장과 같이 쟁점원재료를 차감하였다면 기초 및 당기 원재료 매입금액이 일치하므로 기말잔액이 OOO원이 아니라 OOO원이 증가한 금액이 되어야 하나 ‘원재료 계정별원장’과 ‘제조원가명세서’ 상의 기말잔액은 모두 OOO원으로 일치하므로 쟁점원재료를 차감한 사실이 없음을 알 수 있다. (라) 쟁점원재료가 2007사업연도에 제품으로 제조되어 모두 OOO 소재의 유한회사 OOO에게 매출되었음이 계약서, 수출실적현황 및 외화 입금액 등에 의하여 확인되므로 동 수출에 대응하는 원가(비용)는 모두 2007사업연도에 손금으로 계상되었다. (마) 청구법인은 과세전적부심사시 의견서를 제시하며 가공원가에 대하여 인정하였음에도 이의신청시 대변과 차변도 일치하지 아니하는 ‘전표23’을 증거자료로 제시하며 미처분이익잉여금 OOO원을 차변에 회계처리 하였으나 실수로 분개를 누락하였다고 주장하는데 복식부기에서 실수로 분개를 누락하였으니 분개되지 아니한 내용을 회계처리한 것으로 인정하여야 한다는 것은 왜곡된 주장에 불과하다. 회계전표 및 장부는 법인세가 신고된 내용대로 문리적으로 해석하여야 함에도 청구법인은 2007.12.25. ‘전표23’에 기재되지 아니하였으나 미처분이익잉여금 OOO원이 누락되었다고 주장하며 실제로 회계처리하지 아니한 추정된 수정분개를 근거로 가공원재료를 차감하였다며 위조된 수출실적증명서 및 차변과 대변의 잔액도 일치하지 아니하는 조작된 전표23을 제시한 것이다. 또한, 청구법인은 조사종결일까지 어떠한 서류도 보관하고 있지 아니하고 장부 및 계좌내역도 알 수 없다고 주장하였고 이 건 심판청구를 제기한 현재까지도 신고된 법인세와 동일한 내용으로 작성된 회계전표, 장부 원본, 원재료 및 제품 수불부 등을 제시하지 못하고 단지 의견서만으로 가공원가를 차감하였다고 주장하고 있다. (바) 청구법인의 외부감사는 2007사업연도에 OOO이, 2008사업연도에 OOO이 각각 하였다. 청구법인이 제시한 의견서는 공인회계사 OOO, OOO 및 OOO이 작성한 것으로 그들은 2007·2008사업연도에 청구법인을 감사한 사실이 없고 청구법인은 장부를 보관하고 있지 아니하다고 주장하고 있는데 대체 어떤 장부를 근거로 회계처리가 타당하다는 의견을 제시하였는지 이해하기 어렵다. 청구법인은 지분법적용투자주식 OOO원을 가공자산으로 계상하면서 제품 OOO원을 자산에서 차감하였고 그로 인하여 매출원가가 감소하여 이익 OOO원이 과다계상되는 효과가 초래되었으나, 외부감사인이 분식회계를 지적하여 전표23을 통하여 다시 제품 OOO원을 차변에 계상하여 매출원가를 원상회복하는 수정분개를 하였다고 하나, 그렇다면 매출원가로 회복되지 아니한 나머지 OOO원은 여전히 분식회계가 되어 이익을 과대계상한 것이라고 볼 수 있다. (사) 청구법인은 쟁점원재료를 포함한 금액이 재료비에서 재공품 계정을 거쳐 제품 계정으로 갔다가 매출원가 계정으로 전기되지 아니하고 제품 계정에서 가공자산인 지분법적용투자주식 계정과 서로 상계되어 당기손익에는 영향이 없다고 주장하나, 전표23을 살펴보면 가공자산인 지분법적용투자주식 OOO원을 대변에 기재하고 그 대응 계정으로 차변에 제품 OOO원이 계상되어야 하나 제품은 OOO원만이 기재되어 있다. 즉 지분법적용투자주식 OOO원은 대변에 계상되어 상쇄되었으나 제품은 차변에 OOO원만을 계상하여 나머지 OOO원은 누락된 것이고 이로 인하여 매출원가가 증가하게 되었다. 그렇다면 제품 OOO원을 누락하였으므로 여전히 분식회계로 인한 이익이 과대계상된 것으로 오해할 수 있으나, 실제로 청구법인은 제품 OOO원을 임의로 감액하여 매출원가를 감소한 후 2007.12.25. 전표23으로 가공비용 OOO원을 계상하고 별도로 전표21을 통하여 쟁점원재료 OOO원을 계상하여 매출원가를 구성하여 비용으로 인식한 것이다. 청구법인은 전표23의 차변에 경상연구개발비, 외주가공비, 용역비, 감가상각비, 급여, 잡급, 지급수수료, 제품, 해외출장비, 원재료, 수출제비용, 지급수수료 및 제품매출원가 등 총 OOO원(지분법적용투자주식에 대응하는 금액은 OOO원)을 비용으로 인식하였으나 정작 상대 계정으로 대변에 현금 또는 미지급금이 아니라 ‘지분법적용투자주식’으로 분개하여 그 대금을 지급할 수도 없고 대체된 계정도 없으므로 가공비용임이 명확하다. 따라서 청구법인이 가공비용으로 계상한 총 금액은 OOO이고 제품 계정에서 차감하는 방법으로 매출원가를 적게 계상한 비용은 OOO원이므로 그 차액인 OOO원이 최종적으로 세금계산서 없이 비용으로 처리한 쟁점원재료에 해당한다. (아) 청구법인은 전표21과 전표23을 하나로 취급하여 가공자산인 지분법적용투자주식 계정과 제품이 상계되어 매출원가를 구성하지 아니한 것처럼 주장하나, 청구법인이 분식회계한 내용을 수정분개하려는 적극적인 의도가 있었다면 아래와 같이 역분개를 통하여야 한다. (자) 청구법인은 회계감사시 OOO이 분식회계 OOO원을 지적함에 따라 이를 포기하고 실제 매입하였으나 세금계산서를 수취하지 아니한 쟁점원재료 OOO원 상당을 2007사업연도에 손금으로 계상하였고 동 회계법인도 실제 매입한 것이 사실이라 이의를 제기하지 아니하였다. 그러나 청구법인은 2008사업연도에 분식회계에 동의하지 아니한 OOO을 OOO으로 교체하였고 OOO은 쟁점원재료가 2007사업연도에 손금산입된 사실을 알지 못한 상태에서 청구법인을 감사하여 적정의견을 표명하게 되었다. 결과적으로 청구법인은 교체된 외부감사인이 위 사실을 모르는 점을 악용하여 쟁점원재료를 2008사업연도에 손금으로 중복 계상하여 가공원가를 비용처리하게 된 것이다. (차) 청구법인이 2007사업연도 법인세 신고시 제출한 ‘합계표준대차대조표(시산표)’와 회계프로그램의 백업파일에 저장되어 있는 ‘원재료 계정별원장’을 비교해 보면, 법인세신고서 중 제조원가명세서와 원재료 계정별원장의 기초잔액, 당기매입액 및 기말잔액은 일치하나 다음 <표7>과 같이 원재료 계정의 차·대변 증감합계는 서로 일치하지 아니하여 회계장부를 조작한 혐의가 있다. <표7> 회계장부 및 신고서상 원재료 계정 비교 위 전산장부 및 법인세신고서상 원재료 계정의 차액(㉠-㉡)에서 쟁점원재료를 차감한 금액을 2로 나누어 산정한 금액OOO은 다음 <표8>과 같이 전표23에 기재된 20번의 원재료 계정의 차변금액과 동일하고, 동 계정은 거래처의 상호 및 인적사항 등이 기재되어 있지 아니하고 세금계산서를 수취한 내역이 없으며 상대 계정이 현금 또는 외상매입금이 아니어서 대금을 지급할 수 없으므로 가공비용으로 볼 수 있다. <표8> 전표23 일부 발췌
(2) 법인세법상 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위해 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는데 그 취지가 있는 것(대법원 2008.9.18. 선고 2006다49789 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인이 2007·2008사업연도에 원재료를 이중으로 계상하여 결과적으로 2008사업연도에 재화의 공급 없이 세금계산서만 수취하여 가공 원재료가 손금산입된 것이므로 부가가치세를 포함한 원재료 상당액이 사외로 유출된 것으로 보아 대표자에게 상여로 소득처분함이 타당하다.
(3) 청구법인은 쟁점원재료를 고의로 이중계상한 것이 아니라고 주장하나, 청구법인은 전표21을 통하여 쟁점원재료의 상대 계정으로 미처분이익잉여금을 계상하여 대금을 지급할 수도 없는 회계처리를 하였고 이후 세금계산서를 수취하여 또다시 비용으로 이중처리하고 대금을 지급하는 회계처리를 하기 위하여 적극적이고 고의적인 허위의 분개를 하였다. 또한, 청구법인이 분식회계로 OOO원을 과대계상하고 별도의 가공비용 OOO원을 계상한 것은 장부를 조작하고 조세를 포탈할 의도를 가지고 적극적 행위를 한 것이라 사기 기타 부정한 행위로 볼 수 있으므로 10년의 국세부과제척기간을 적용함이 타당하다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점원재료비가 2007사업연도 및 2008사업연도에 손금으로 중복계상되어 사외로 유출되었는지 여부
② 국세부과제척기간이 만료되었는지 여부
(1) 국세기본법 제14조【실질과세】 ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득수익재산행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 제26조의2【국세부과의 제척기간】 ① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간
2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간(이하 생략) 제81조의4【세무조사권 남용 금지】 ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정 또는 제81조의15 제4항 제2호에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
(2) 법인세법 제19조【손금의 범위】 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제66조【결정 및 경정】 ② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때
(3) 조세범처벌법 제3조【조세 포탈 등】 ⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.
1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장
2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취
3. 장부와 기록의 파기
4. 재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐
5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작
6. 조세특례제한법 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작
7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위
(4) 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용 제106조【소득처분】 ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.
(1) 청구법인과 OOO 간에 작성된 시스템 공급 계약서 제4조에서 “청구법인이 OOO가 운영하게 될 시내버스에 통합교통카드단말기를 2007.11.30.까지 설치 완료하여 2007.12.16. 운영을 개시한다”고 약정하고 있다.
(2) 쟁점계약과 관련한 처분청 대내포털시스템의 수출입통관자료 및 청구법인의 ‘AL/07년 수출실적현황’에서 확인되는 내용은 다음 <표9>·<표10>과 같다. <표9> 수출입통관자료 <표10> 수출실적현황
(3) 2007사업연도 전표내역 파일과 제품 및 지분법적용투자주식의 계정별원장에 의하면 청구법인은 2007.10.17.부터 2007.12.28.까지 총 10회에 걸쳐 지분법적용투자주식 OOO원을 계상하고 동 금액 상당의 제품을 감액한 사실이 나타나고, 계정별원장 적요란에 기재된 내용과 처분청이 제시한 수출실적증명의 인보이스 넘버(Invoice No)가 일치하는 것으로 나타난다.
(4) 청구법인이 쟁점원재료와 관련하여 2007.12.25. 회계처리한 대체전표(전표21)의 기재 내용은 다음 <표11>과 같고 이와 관련하여 세금계산서를 수취한 이력은 없는 것으로 확인된다. <표11> 전표21 기재 내용
(5) 청구법인이 결산조정분개라고 주장하는 전표23(2007.12.25.)의 기재내용은 다음 <표12>와 같고, 동 내용을 제외한 ‘거래처’란 등은 공란으로 되어 있으며 차변과 대변이 불일치하여 OOO원의 차액이 발생한 것으로 나타난다. <표12> 전표23의 기재내용
(6) 청구법인의 2007사업연도 법인세 신고서에 포함된 제조원가명세서상 원재료비 내역은 다음 <표13>과 같다. <표13> 제조원가명세서
(7) 청구법인의 2007사업연도 전표 등을 근거로 제조원가의 흐름을 정리하면 아래와 같다.
(8) 청구법인은 쟁점원재료가 중복계상되지 아니하였다고 주장하며 OOO의 구성원인 공인회계사 OOO이 작성한 ‘원재료 관련 회계처리에 대한 검토의견서’를 제시하고 있는데, 그 내용은 아래와 같다.
(9) 그 밖에 처분청이 제시한 쟁점계약과 관련한 수출실적증명서에 의하면, 금융기관이 발급해야 하는 동 증명서를 청구법인의 해외 자회사인 OOO이 한 것으로 나타난다. (10)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 분식회계를 목적으로 쟁점원재료 상당의 가공원가를 이중계상하였고 이는 사기 기타 부정한 행위에 해당하여 10년의 국세부과제척기간을 적용하여야 한다는 의견이나, 국세기본법제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 아니하나, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다 할 것(대법원 2015.9.15. 선고 2014두2522 판결, 같은 뜻임)인바, 처분청은 이 건 법인세를 조사하는 과정에서 확보한 청구법인의 전산장부 및 법인세 신고서 등을 근거로 제조원가명세서 및 전산장부의 원재료 계정별원장상 기초잔액, 당기매입액 및 기말잔액이 일치하여 당초 계상된 쟁점원재료가 차감된 사실이 없다고 보았으나, 청구법인은 쟁점원재료가 차감되지 아니하였다면 상대계정인 미처분이익잉여금이 동일 금액만큼 증가하여야 할 것이나 이익잉여금처분계산서에 변동내역이 나타나지 아니하는 점을 근거로 2007사업연도의 결산조정분개를 통하여 쟁점원재료를 가공자산인 지분법적용투자주식 계정과 상계하여 제품매출원가에서 제외하였다고 주장하고 있어 당사자들이 동일한 자료를 두고 다른 주장을 하고 있는 점, 청구법인이 처분청에 제시한 원재료원장, 결산분개전표 등의 서류를 외부회계감사기관인 “OOO”과 “OOO” 및 공인회계사 OOO에게 제시하여 쟁점원재료와 관련된 회계처리에 대하여 의견을 조회한 결과, 동 감사인들이 쟁점원재료는 최초에 미처분이익잉여금에 반영되어 원재료로 계상된 후 제품과 지분법적용투자주식으로 대체되었다가 최종적으로 결산조정분개를 통하여 제품 계정과 상계되었으므로 매출원가에 포함되지 아니하였다는 의견을 제시하고 있고, 청구법인도 이 건 분식회계와 관련하여 금융당국으로부터 과징금 부과나 검찰 고발 등의 제재를 받은 사실이 없는 점, 청구법인이 2007사업연도 당시 OOO의 사용을 위하여 법인세를 부담하더라도 이익을 과대계상할 의도는 있었으나 외부감사인의 권고에 따라 결산시 수정권고사항을 반영하여 회계처리를 정정하였고 쟁점원재료의 중복계상은 오히려 자금 조달을 어렵게 하는 것이라는 청구주장이 나름대로 설득력이 있는 점, 청구법인이 심판관회의에 출석하여 OOO국세청장으로부터 2011.12.1.～2012.1.29. 기간 동안 법인사업자 통합조사를 받았고 그 당시 쟁점계약과 관련하여 원가를 과대계상한 혐의가 중점 확인사항이었음에도 처분청이 동일한 항목에 대하여 다시 이 건 조사를 하는 것은 국세기본법에서 금지하는 재조사 또는 중복조사에 해당한다고 주장하고 있는 점 등에 비추어 이 건 조사가 국세기본법에서 금지하는 중복(재)조사에 해당하는지 및 쟁점원재료를 손금산입한 것이 가공비용의 중복계상에 해당하는지 또는 단순한 손익의 귀속시기 차이에 불과한지 여부 등에 대하여 재조사할 필요가 있다 할 것이다. 따라서 처분청은 이 건 조사가 중복(재)조사에 해당하는지, 쟁점원재료비가 중복계상되었는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 국세부과제척기간이 만료되었는지 여부를 결정하고 이 건 부과처분의 과세표준 및 세액, 소득금액변동통지금액을 각각 경정함이 타당하다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.