[요지] 중소기업 유예기간 및 관계기업 제도의 도입 취지, 법령개정 연혁 등을 감안할 때, 조특법 시행령 제2조 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 그 유예기간을 적용하지 아니하는 ‘중소기업’에는 이미 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않는다고 보기는 어려운 점, 청구법인은 규모기준 초과로 인한 유예기간을 ****사업연도에 최초로 적용받은 경우로서 이와 함께 동 사업연도에 관계기업 유예 배제와 동시에 적용되므로, 관계기업 유예 배제를 적용하지 아니하고 규모초과로 인한 유예기간만을 적용하여 위의 ‘유예기간 중에 있는 기업’이라고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 중소기업 유예제도는 중소기업으로서의 법적 지원을 받아오다가 그 인적·물적 시설의 확대 등으로 기준을 초과하는 경우 기존의 지원을 일시에 중단함으로써 받는 충격을 완화해 주기 위한 것으로, 입법취지 및 해석에 비추어 조특법 시행령 제2조 제2항 본문과동항 각 호 외의 부분 단서의 관계는 중소기업의 유예에 관하여 원칙과 예외를 각 규정하고 있는 것인바, 조특법 시행령 제2조 제2항 본문이 단서에 우선하여 적용되므로 청구법인의 자기자본이 OOO원 이상이 되는 2012사업연도와 그 다음 3개 과세연도인 2015사업연도까지 유예기간을 적용하여 중소기업으로보아야 한다. (2)헌법재판소(2010헌바448, 2012.4.24.)는 ‘대규모기업집단에 속한 계열회사는 통상 당해 회사의 규모가 작더라도 대기업으로부터 유형·무형의지원을 받을 수 있으므로 국가의 보호 필요성을 인정하기 어렵다’라고 판시하고 있는바, 외형적·형식적으로 중소기업으로 볼 수 있다하더라도 그 내부적·실질적으로 중소기업으로 볼 수 없는 사정이 있어, 이를 중소기업으로보호한다면 오히려 중소기업을 보호하고자 하는 취지와 반하는 결과를초래할 수 있다는 점에서 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호에의한 기업외 기업의 경우 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하는 것이고, 청구법인은 2012사업연도에 규모의 확대로 인하여 최초로 중소기업에 해당하지 아니하므로 조특법 시행령 제2조 제2항 본문 규정에 따라 중소기업 유예기간이 적용됨에도 불구하고 청구법인의 자기자본의5%에도 미치지 못하는 종속기업의 지분을 보유하였다고 하여 중소기업유예기간을 배제하는 것은 부당하다. 또한, 2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정(2015.1.1.시행)된 조특법 시행령 제2조 제2항에서 관계기업이 중소기업 요건을 이탈하는 경우에도 중소기업 유예제도를 적용하기로 개정한 이유는 종전규정의 불합리함을 해소하여 과세형평을 재고하기 위한 것이므로 중소기업 유예제도의 입법취지와 조특법 시행령 개정이유 등을 고려할 때, 청구법인에게 중소기업 유예기간을 적용함이 타당하다. (3)법원의 판례(대법원 2016.8.29. 선고, 2016두33902판결, 대전지방법원 2015.1.14.선고, 2014구합3176 판결 등)에서 조특법 시행령은 ‘관계기업에 속하는 기업’에 대한 규정을 두어 중소기업의 요건으로 새로 인정하면서도,이미 유예기간 중에 있는 기업이 ‘관계기업에 속하는 기업’으로서의 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우에 유예기간이 실효되는지 여부에 대하여는 아무런 규정을 두고 있지 아니한 사정, 조특법 시행령 제2조 제2항 단서 및 제2호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있는데, 위 단서는 위 제2호 사유 외에는 ‘중소기업’이 각 호의 어느 하나의 사유로 ‘중소기업’에 해당하지 아니하게 된 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로, 이러한 문언에 비추어 위 제2호 사유를 제외하고 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’에 대하여 정한 위 단서 규정을 가지고 이미 진행 중이던 유예기간의 실효규정으로까지 해석하기는 어려운 사정들에 비추어 조특법 시행령 제2조 제2항 단서에 따라 그 유예기간을 적용하지 아니하는 ‘중소기업’에는 이미 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않는다고 해석함이 타당하다고 판시하고 있다. 또한, 이러한 판시에도 불구하고 청구법인과 같이 2012사업연도에 중소기업 요건을 충족하지 못하여 중소기업 유예제도와 관계기업 제도의 적용을 동시에 받게 된 법인에 대해서 유예제도를 인정하지 않는다면, 아래 표에서 보는 바와 같이 중소기업을 더 늦게 졸업한 법인에 대해서 중소기업으로서 받는 혜택을 더 빠르게 빼앗는 불합리한 결과를 초래하므로, 조특법 시행령 제2조 제2항 단서에 따라 그 유예기간을 적용하지 아니하는 ‘중소기업’에는 이미 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않는 것이며, 청구법인을 ‘유예기간 중에 있는 기업’으로 봄이 타당하다.
(1) 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있는 조특법 시행령 제2조 제1항은 그 중 독립성 요건에 관하여 제3호에서 실질적인 독립성이 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합할 것을 요구하면서, “중기법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목을적용할 때 ‘별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느하나에 해당하는’은 ‘조특법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는’으로 본다”고 규정하고 있으므로 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 중기법 시행령 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수가 1,000명 미만, 자기자본이 OOO원 미만이어야 이를 중소기업으로 볼 수 있고, 중기법 시행령 제3조의2에 따르면 지배기업이 단독으로 또는 친족과 합산하여 직전 사업연도 말일 현재 종속기업의 주식 등을 30% 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 상호간에 지배 또는 종속의 관계가 성립하여 관계기업에 속하게 되는바,청구법인은 2007사업연도부터 종속기업의 주식 등을 50%이상 소유하면서 최다출자자이므로 중기법 시행령 제2조 및 제3조에 의해관계기업에 해당하고, 환산자기자본이 2011사업연도부터 OOO원 이상으로 2012.1.1. 시행하는 조특법 시행령 제2조 제1항 3호의 실질적 독립성 요건을 충족하지 아니한다. 조특법 시행령 제2조 제2항은 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 제1항 각 호 외의 부분 단서가 규정하고 있는 중소기업 제외요건에해당하거나 제1항 제1호의 중소기업 규모기준에 해당하지 않게 된 경우에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보도록 규정하면서, 단서에서 제1항 제3호의 실질적 독립성의 요건을 충족하지 못하는 사유로 중소기업에해당하지 않게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고있어 조특법 시행령의 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되면 유예기간 적용이 배제됨은 관련규정상 명백하다.
(2) 청구법인은 관계기업의 도입 취지가 대규모기업집단을 규제하기 위한 것으로 형식적으로는 중소기업이라 하더라도 실질적으로 중소기업으로 보지 아니하는 경우 유예기간을 인정하지 않는 것인바, 청구법인의 자기자본의 5%에도 미치지 아니하는 종속기업의 지분을 보유하였다고 하여 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없다는 것은 부당하다고 주장하나, 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목은 “관계기업에 속하는 경우 같은 법 시행령 제7조의4에 따라 산정한 상시근로자수 등이 조특법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는 경우 실질적 독립성 요건을 갖추지 못하여 중소기업으로 보지아니한다”라고 규정하여 종속기업의 규모에 따라 차등 적용이 아닌 중기법 시행령 제7조의4에 따라 산정한 상시근로자수 등의 기준에 따라 중소기업을 판단하여야 하는 것이고, 중소기업 판정시 유예기간을 적용하지 않는 경우를 조특법 시행령 제2조 제2항 각 호로 규정하고 있고, 제3호로 “제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당하는 경우”를 명시하고 있으므로관계기업을 포함하여 실질적인 독립성 기준을 위반하는 경우 유예기간이 적용되지 아니한다. 또한, 2015.2.3. 개정된 조특법 시행령 제2조 제2항은 2015.1.1. 개시하는 사업연도부터 시행하는 것이므로 청구법인이 2012∼2013사업연도에 중소기업 유예기간을 적용하여 중소기업으로 보아야 한다는주장은 이유 없다.
(3) 유예기간 중에 있는 중소기업에 대하여 관계기업 규정을 적용하여 유예기간을 배제할 수 없다는 판례에 따라 청구법인도 유예기간을 인정하여 중소기업으로 보아야 한다고 주장하나, 2012.1.1. 이후 관계기업 기준을 적용함에 따라 중소기업에서 제외되는 경우에는 실질적 독립성 기준 위반에 해당하여 유예기간이 적용되지 않는다고 봄이 입법취지에 부합하고, 조특법 시행령 제2조 제2항 단서에서 '제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우'로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 않는 것으로 규정하고 있으므로 청구법인과 같이 관계기업에 해당되어 중소기업에 해당되지 않는 경우 유예기간을 적용하지 않은 것으로 보아 연구·인력개발비에 대한 세액공제시 일반법인에 대한 공제율을 적용하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 조세특례제한법 시행령(2012.12.28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것) 제2조【중소기업의 범위】① 조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업, (중 략) 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
1. 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것
2. 삭제 <2000.12.29>
3. 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 “별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는”은 “조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.
1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우
3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다 부칙 제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, …(중략)…, 제2조 제1항 제3호 전단(중소기업기본법 시행령제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
(2) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것) 제2조【중소기업의 범위】① (중 략) 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
1. 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
2. 삭제 <2000.12.29.>
3. 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합할 것. (생략)
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. 1.중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우
3. 제1항 제3호(중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1 항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.
(3) 중소기업기본법(2009.3.27. 법률 제9184호로 개정된 것) 제2조【중소기업자의 범위】① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 “중소기업시책”이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 자로 한다.
1. 다음 각 목의 사항을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것
③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.
(4) 중소기업기본법 시행령(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 개정된 것) 제2조【정의】이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. “관계회사”란 개인 또는주식회사의 외부감사에 관한 법률제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 다만,자본시장과 금융투자업에 관한 법률제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서주식회사의 외부감사에 관한 법률제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 회사 또는 연결재무제표에 포함되는 국내회사는 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단으로 본다. 제3조【중소기업의 범위】중소기업기본법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
1. 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2, 제7조의2 및 별표 2의 개정규정: 2011년 1월 1일 2.제3조 제1호 다목ㆍ라목 및 제9조 제3호의 개정규정: 2012년 1월 1일 제2조【경과조치】이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2 및 제7조의2의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다.
(5) 중소기업기본법 시행령(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 것) 제2조【정의】이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. “관계기업”이란 주식회사의 외부감사에 관한 법률제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조【중소기업의 범위】① 중소기업기본법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업
1. 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원
2. 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족
1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 “자회사”라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
(1) 심리자료에 의하면, 청구법인은2012사업연도에 자기자본 OOO원을 초과하여 조특법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 규정의 중소기업에 해당하지 않게 되었고, 2012사업연도에 종속기업의 주식 등을 62.88% 소유한 최대출자자이므로중소기업기본법 시행령제2조 및 제3조에 의해 관계기업에 해당하며,조특법 시행령 제2조 제1항 제3호에 따른 실질적 독립성 규정에 적합한 기업외의 기업에 해당하게 된 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 판례 등을 들어 조특법 시행령 제2조 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 그 유예기간을 적용하지 아니하는 ‘중소기업’에는 이미 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않으므로, 청구법인이 관계기업 의 독립성 기준을 충족하지 못하더라도 이미 규모기준 초과로 인한 유예기간 중에 있어 계속 유예기간을 적용하여야 한다고 주장하나, 중소기업 유예기간 제도는 중소기업의 규모 확대나 법령상 기준의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에도 조세정책적 고려에서 일정기간 세제혜택을 부여하는 것이고, 관계기업 제도는 대규모기업집단을 규제하기 위한 것으로 2009.3.25. 중기법 시행령 개정으로 도입되어 2010.12.30. 조특법 시행령의 개정으로 제2조 제1항 제3호에 의해 관계기업으로 중소기업요건에 해당하지 않게 되는 경우 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없도록 개정되었으며 동 규정이 2012.1.1. 시행되었는바, 중소기업 유예기간 및 관계기업 제도의 도입 취지, 법령개정 연혁 등을 감안할 때, 조특법 시행령 제2조 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 그 유예기간을 적용하지 아니하는 ‘중소기업’에는 이미 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않는다고 보기는 어려운 점, 청구법인은 규모기준 초과로 인한 유예기간을 2012사업연도에 최초로 적용받는 경우로서 이와 함께 동 사업연도에 관계기업 유예 배제와 동시에 적용되므로, 관계기업 유예 배제를 적용하지 아니하고 규모초과로 인한 유예기간만을 적용하여 위의 ‘유예기간 중에 있는 기업’이라고 단정하기 어려운 점, 2015.2.3. 개정된 조특법 시행령 제2조 제2항은 2015.1.1. 개시하는 사업연도부터 시행하는 것으로 청구법인의 2012, 2013사업연도에 적용하기 어려운 점 등에 비추어청구법인이 2012사업연도부터 관계기업으로 유예기간이 적용되지 아니하는 것으로 보아 2012, 2013사업연도의 연구·인력개발비에 대한 세액공제시 일반법인에 대한 공제율을 적용하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.