쟁점금액이 기술료로 지급된 것인지를 명확히 확인되지 않는 점, 손금으로 처리하기 위해 가공세금계산서인 쟁점세금계산서를 수취한 것은 부정행위로 보이는 점 등에 비추어 이 건 법인세 부과처분은 잘못이 없으나, 귀속이 쟁점기술자들 등으로 확인되므로 귀속이 불분명하다고 보기 어려우므로 청구법인의 대표자에게 전액을 상여처분한 것은 잘못이 있음
쟁점금액이 기술료로 지급된 것인지를 명확히 확인되지 않는 점, 손금으로 처리하기 위해 가공세금계산서인 쟁점세금계산서를 수취한 것은 부정행위로 보이는 점 등에 비추어 이 건 법인세 부과처분은 잘못이 없으나, 귀속이 쟁점기술자들 등으로 확인되므로 귀속이 불분명하다고 보기 어려우므로 청구법인의 대표자에게 전액을 상여처분한 것은 잘못이 있음
OOO세무서장이 2016.1.7. 청구법인에게 한 2005년 귀속 OOO원 의 소득금액변동통지(대표자 상여) 처분은 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점금액은 청구법인의 기술개발과 관련하여 타 회사에 재직하는 OOO(이하 “쟁점기술자들”이라 한다)에게 지급한 기술료이므로 손금에 산입하여야 한다. (가) 청구법인은 2002년 반도체 및 디스플레이 제조장비의 소재로 사용되는 PVC(Polyvinyl Cholride, 염화비닐수지) 플레이트 생산업체들로부터 플레이트의 표면지에 사용될 무정전 코팅제품의 개발납품요청이 있었는바, 그 당시 무정전 코팅제품은 전량 일본으로부터 고가에 수입되고 있어 국내개발이 요구되는 실정이었다. 이에 청구법인은 무정전 코팅제품을 수익성 개선을 위해 필수적으로 개발해야 하는 제품으로 생각하고 동 제품의 개발에 매진하였으며, 다양한 코팅제에 대한 테스트를 시도하였으나 만족스러운 결과를 얻지 못하고 있었다. (나) 무정전 코팅제품의 개발이 늦어지자 납품을 요구했던 회사인 주식회사 OOO”이라 한다)에 근무 중인 쟁점기술자들이 납품지연의 문제를 해결하기 위해 기술적인 도움을 주게 되었다. 쟁점기술자들이 각종 코팅방법 및 관련 기술을 습득하고 있는 전문가라는 것이 경력증명서 등을 통해 알 수 있고, 쟁점기술자들은 청구법인이 개발 중인 무정전 플레이트 표면지 코팅방법 등에 관하여 결정적 아이디어를 제공하여 여러 문제점들(프레스가공성 및 내약품성 등)을 해결하게 되었으며, 그 결과 무정전 코팅제품의 개발에 성공할 수 있었다. 쟁점기술자들이 기술노하우를 제공하였으나, 청구법인에 근무하지 아니하여 쟁점기술자들로 특허발명자 등록을 하기 어려웠고, 쟁점기술자들도 근무하는 회사로부터 오해를 받을 수 있어 특허발명자 등록을 거부하였으며, 대신 금전적인 보상으로 기술료(1m당 OOO원, 10년간 지급하는 조건)를 지급하기로 한 것이다. (다) 청구법인이 직접 기술료를 지급하는 것이 쟁점기술자들이 근무하는 OOO)로부터 오해를 받을 소지가 있어 제3자인 OOO 을 통해 기술료를 지급받기로 하였고, 청구법인은 기술료(쟁점금액) 지급에 대한 영수증이 필요하여 OOO로부터 쟁점세금계산서를 교부받은 후 기술료상당액을 OOO의 법인계좌로 송금하였다. 조사청의 조사내용에 따르면, 청구법인이 OOO에 매출세금계산서를 발행하고 동 세금계산서에 상당하는 금액을 수수하면 그 금액을 다시 OOO에 송금하고, OOO은 쟁점금액을 쟁점기술자들과 OOO의 배우자인 OOO, 신원미상의 OOO에게 재입금하였다고 조사하였으나, 청구법인은 OOO의 매출금액에서 12.4%～18%를 OOO에 지급하고 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 확인되므로, 조사내용 자체가 잘못된 것이다. 처분청은 청구법인이 쟁점기술자들에게 OOO을 통하여 쟁점금액을 지급해야 하는 이유를 신뢰할 수 없고, 쟁점기술자들이 제공하였다는 기술노하우의 실체를 뒷받침할 구체적인 증빙 등을 제출하지 못하고 있다고 주장하나, 쟁점금액이 쟁점기술자들에게 귀속된 사실은 기 조사된 내용이고 당시 2005년 과세기간에 대해서는 국세부과제척기간이 임박하다는 이유로 조사청에서 청구법인 및 쟁점기술자들을 확인하거나, 관련 내용에 대해 소명받지 아니하고 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 일방적으로 처분청에 통보하였다. 처분청도 청구법인이 제출한 금융거래내역, 확인서 및 수정신고서 등에 의해 쟁점금액의 귀속자가 쟁점기술자들임이 밝혀졌음에도 그 진위여부를 조사하지 아니하고 법인세 부과처분 및 대표이사 백OOO에 대한 소득처분을 하였다. 처분청은 쟁점기술자들이 청구법인에 기술지원을 하고 이러한 과정에서 커미션(수수료)에 대한 세무처리를 위해 부득이 실물거래 없는 쟁점세금계산서를 수취하였다는 취지로 진술하였다고 주장하나, 조사청과 처분청에서 이에 대한 사실관계를 확인한 적이 없고, 청구법인이 쟁점금액을 커미션이라고 주장한 적도 없으며, 청구법인은 쟁점금액이 쟁점기술자들의 기술료라고 일관되게 진술하였다.
(2) 이 건 법인세 과세표준과 세액의 신고는 사기 기타 부정한 행위가 아니므로 10년의 국세부과제척기간을 적용할 수 없다. 청구법인이 OOO로부터 사실과 다른 위장세금계산서를 교부받은 것이므로 부가가치세와 관련해서는 부정한 방법이 될 수 있으나, 2005사업연도 법인세 과세표준과 세액의 신고에 사기 기타 부정한 행위는 없었다. 법인세법상 손금이라 함은 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 수익과 직접 관련성이 있는 비용으로 정의하고 있는바, 청구법인은 쟁점기술자들의 기술노하우 제공으로 무정전 코팅제품을 개발할 수 있었고 그 기술과 관련된 특허를 받았으며, 기술개발에 따른 제품의 매출도 달성하였다. 청구법인이 OOO을 통해 쟁점세금계산서를 수취하고 쟁점기술자들에게 쟁점금액을 지급한 사실이 증명되므로 쟁점금액은 사실상 손금이기 때문에 법인세를 포탈하거나 환급․공제받은 사실이 없다. 조세범 처벌법(2010.1.1. 법률 제9919호로 개정되기 전의 것) 제9조의2 제1호에는 법에 의한 소득금액결정에 있어서 세무회계와 기업회계와의 차이로 인하여 생긴 금액은 사기 기타 부정한 행위가 아니라고 규정하고 있는바, 청구법인은 기술개발로 많은 혜택을 보았기 때문에 쟁점금액을 기술료로 쟁점기술자들에게 지급한 것이므로 쟁점금액은 기업회계상 당연히 비용이고, 세법상으로도 기술료로서 손금산입이 되는 것이다. 사기 기타 부정한 행위로 법인세를 포탈한 것이란 허위세금계산서 등을 이용하여 법인자금을 빼돌리는 한편, 그 허위지출액을 경비(손금)로 계상함으로써 이익이 감소된 만큼 법인세를 탈루하는 것을 의미하는 것인바, 이 건과 같이 쟁점금액을 지불하고 사실과 다른 세금계산서로 손금계상을 하였다 하더라도 이를 사기 기타 부정한 행위라고 볼 수 없다. 그리고 모범납세자로서 2012.3.5. 국세청장 표창을 수상하였으며, 코스닥 상장기업이기도 한 청구법인이 법인세를 포탈하기 위해 허위로 기술료를 계상한 후 이를 빼돌리는 부정한 행위를 한 적이 없다.
(3) 쟁점금액의 귀속자가 쟁점기술자들임이 밝혀졌음에도 대표이사인 OOO에게 소득처분을 한 것은 부당하다. 쟁점기술자들은 OOO이 납부한 부가가치세 및 수수료 7～8%를 차감한 쟁점금액을 각 1/2씩 분배받았고 수령한 쟁점금액에 대해 종합소득세를 수정신고하였다. 따라서 쟁점기술자들에게 지급한 쟁점금액은 가공의 금원을 빼돌리기 위해 허위로 지급한 것이 아니고, 청구법인이 제출한 입증자료로 기술료임이 확인된다. 만약, 기술료가 허위라면 청구법인의 임․직원이 동 금액을 되돌려 받았을 것인데 그런 사실이 전혀 없으므로 쟁점기술자들이 쟁점금액의 실제 귀속자임을 알 수 있다.
(1) 쟁점금액은 청구법인의 손금산입 대상이 아니다. (가) 청구법인은 쟁점세금계산서는 가공세금계산서가 아니라 OOO의 임원인 쟁점기술자들에게 노하우 제공에 대한 기술료를 지급하는 과정에서 발행된 위장세금계산서라고 주장하나, 조사청의 조사내용에 따르면, 청구법인은 OOO에 매출세금계산서를 발행하고 동 세금계산서에 상당하는 금액을 수수하면 그 금액을 다시 OOO에 송금하고, OOO은 동 금액을 인출하여 OOO의 임원인 OOO(쟁점기술자들), OOO의 배우자인 OOO 및 신원미상의 OOO에게 재입금한 것으로 조사되었다. 또한, 쟁점기술자들은 청구법인에 제공한 기술노하우에 대한 대가를 청구법인으로부터 직접 받는 것은 근무하는 회사(OOO)로부터 오해의 소지가 있어 OOO을 통하여 기술료를 받았고, 이에 대한 증빙이 필요하여 불가피하게 세금계산서를 수수한 것처럼 진술하나, 이는 근거 없는 일방적인 주장일 뿐이다. 청구법인이 직접 지급하는 것은 오해의 소지가 있다고 주장하나, 청구법인의 매출처인 OOO으로부터 쟁점기술자들이 받을 수 있는 오해를 받을 소지가 무엇이고, OOO을 거쳐서 받으면 왜 오해의 소지가 없는지 등에 대해 납득이 가능한 설명을 하지 못하였다. (나) 쟁점기술자들이 제공한 기술노하우의 실체는 어디에서도 확인할 수 없다. 청구법인 대표이사가 작성한 기술료지급 경위 및 확인서를 근거서류로 제시하고 있으나, 이는 쟁점세금계산서 발행 및 수취내역을 통해 추정컨대 오히려 청구법인이 OOO에 실제 거래없이 세금계산서를 교부하고 그에 대한 매입세금계산서를 OOO로부터 수취하면서 실거래를 가장하기 위해 OOO에서 대금을 청구법인에 지급하고 청구법인은 그 대금을 인출하여 다시 OOO에 이체하면, OOO은 해당 금원을 OOO의 임원, 임원의 부인 등의 통장으로 이체한 것으로 볼 수도 있는 것이다. 즉, 실제 거래를 가장하기 위해 입출금 내역을 생성하는 과정에서 OOO과의 거래가 아닌 OOO과의 거래가 문제가 되자 이에 대한 자금흐름을 이용하여 법인세 손금인정을 받기 위해 기술료를 지급한 것으로 주장한다면 OOO과의 거래도 실거래가 아닌 가공세금계산서를 교부하였을 가능성도 배제할 수 없다. OOO과 거래를 실제 거래로 가장하기 위하여 거래대금을 OOO으로부터 송금을 받고 이를 다시 OOO을 통해 OOO의 임원인 OOO(쟁점기술자들) 및 OOO의 배우자의 개인계좌 등으로 되돌려준 것으로 추정이 된다는 것도 배제할 수 없는 사실이므로 기술지원에 대한 수수료임을 입증할 명백한 자료의 제시 없이는 오히려 매출거래까지 사실과 다른 세금계산서로 오해할 수 있는 여지가 있는 것이다. (다) 법인세 과세처분에 있어서의 과세근거가 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 과세관청에 있으나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있기 때문에 납세의무자가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안하면, 쟁점금액을 법인의 손금에 산입하고자 하는 경우 쟁점금액의 금원이 실질적으로 명확하게 청구법인의 업무와 관련이 있다는 점을 청구법인이 입증하여야 할 것이다.
(2) 쟁점세금계산서 수수 및 쟁점금액 지급행위는 사기 기타 부정한 행위에 해당되어 10년의 국세부과제척기간이 적용되어야 한다. 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에 의하면 납세자가 사기 기타 부정한 행위로서 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간 국세를 부과할 수 있다고 규정하고 있고, 사기 기타 부정한 행위라 함은 조세의 포탈을 가능케 하는 행위로서 사회통념상 부정이라고 인정하는 행위 즉, 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란케 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위로 볼 수 있다. 청구법인이 매입세액 공제 및 필요경비 손금산입한 쟁점세금계산서는 실제 거래 없이 가공으로 교부받은 가공세금계산서이고, 가공세금계산서를 수취하여 필요경비를 공제받은 경우 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에 해당한다고 규정하고 있으므로 국세부과제척기간은 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년이다. 또한, 쟁점세금계산서에 상응한 거래사실은 이를 주장하는 자가 객관적인 자료에 의하여 입증하여야 할 것이고, 장부 등 증빙서류의 보존기한이 경과되었다고 하여 위와 같은 입증책임이 전환된다고 볼 수도 없는바, 기술료(쟁점금액)를 지급한 것에 대한 처리방법으로 사실과 다른 세금계산서를 수취하였다는 청구주장을 전제로 하여 국세부과제척기간이 도과되었다고 주장하나, 이는 일방적 주장으로 실제 거래 없이 수취한 쟁점세금계산서를 근거로 부가가치세 매입세액공제를 받고 결산시 손금산입하여 필요경비로 반영한 경우에는 국세부과제척기간을 10년으로 보아야 한다.
(3) 쟁점세금계산서가 가공세금계산서인 것으로 조사되었고 쟁점금 액의 귀속이 불분명하므로 대표자에게 상여처분한 당초 처분은 정당하다. 청구법인은 OOO이 납부한 부가가치세 및 수수료 7～8%를 차감한 쟁점금액을 쟁점기술자들에게 각 1/2씩 분배하였고 수령한 금액에 대해 종합소득세 수정신고를 하였다고 주장하나, 청구주장대로라면 OOO의 2006년～2013년 결산서상 수수료 수익계정 등에 쟁점금액과 관련된 내역이 반영되어야 하나, 결산서의 재무제표 어느 계정에도 쟁점금액과 관련한 수수료 지급액이 반영되지 않는 등 청구주장을 뒷받침할 근거가 확인되지 않는다. 또한, 쟁점기술자들에게 사업소득 또는 기타소득 등을 원천징수한 근거도 확인되지 않는바, 대표자에게 상여처분한 것은 부당하다는 청구주장은 이유 없다.
① 쟁점금액이 손금산입대상인지 여부
② 법인세 부과처분에 대해 10년의 국세부과제척기간을 적용한 처분의 당부
③ 쟁점금액을 대표자에게 상여처분한 처분의 당부
(1) 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제26조의2[국세부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간
2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간
(2) 법인세법(2007.12.31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제67조[소득처분] 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (3) 법인세법 시행령(2008.8.22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제106조[소득처분] ① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
(1) 조사청의 OOO에 대한 부가가치세 부분조사 종결보고서(2015년 12월)의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구법인에 발행한 세금계산서의 가공여부에 대한 조사결과, 청구법인은 OOO에 화학제품을 공급하고, OOO은 거래대금의 일부를 OOO이 지정하는 쟁점기술자 등에게 송금할 것을 요구하였으며, 청구법인은 이들에게 지급하는 비용에 대한 지출증빙이 필요하여 OOO에 세금계산서를 발행할 것을 요구하였다. (나) 청구법인이 OOO의 법인계좌로 송금하면 OOO은 OOO의 개인계좌로 이체한 사실이 확인되고, 쟁점세금계산서 수수와 관련하여 OOO과 청구법인의 대무대리인(OOO 세무사)의 진술이 일치하므로 상기 거래를 가공거래로 확정하고 관할세무서(처분청)로 자료파생하였다.
(2) 조사청이 통보한 과세자료에 대한 처분청의 자료처리 검토서(2016.2.27.)에 의하면, 조사청에서 청구법인의 거래처인 OOO에 대한 부가가치세 부분조사를 실시한 결과, OOO의 대표이사가 2005년 제1기부터 2013년 제2기까지 청구법인의 요구로 실물거래 없이 가공의 세금계산서만 발행한 것으로 확인서를 작성하여 자료 통보하였고, 청구법인에게 조사내용에 대한 소명요구를 하였으나, 거래대금이 지출된 사실을 인정하고 동 거래에 대하여 실거래를 주장하면서도 관련 증빙 등을 제시하지 못하고 있으며, 청구법인이 조사청에서 관련 경비는 손금산입할 수 있는 지출이라고 소명을 하였다고 주장하여 조사청에 확인을 의뢰한바, 부가가치세 및 법인세 과세대상임을 확인한 것으로 되어 있다.
(3) 처분청의 과세근거 및 관련 증빙은 다음과 같다. (가) 조사청의 처분청에 보낸 시효임박 과세자료 통보 공문(2016.1.6.) 을 보면, 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세자료를 통보한 것으로 되어 있다. (나) OOO의 대표이사인 김OOO의 확인서(2015.12.30.)를 보면, 2005년 제1기부터 2013년 제2기까지 청구법인의 요구로 실물거래 없이 가공의 세금계산서만 발급한 사실이 있음을 확인한다고 기재되어 있다. (다) 쟁점세금계산서 발행 및 자금거래 내역은 아래 <표>와 같다. <표> (단위: 원) (라) 이의신청결정서에 기재된 사실관계를 보면, 청구법인에게 기술개발과 관련하여 쟁점기술자들이 개발과정에 참여하였다는 사실을 입증할 수 있는 계약서, 회의록, 이메일 송수신내역 및 개발일지 등을 요청하였으나, 쟁점기술자들과는 별도의 계약서를 작성한 바가 없고, 회의록 및 개발일지 등은 생성하지 않았으며, 이메일은 시일이 오래 경과되어 보관하고 있지 아니하여 제출할 수 없다는 회신을 받았다고 되어 있다.
(4) 청구법인의 주장 및 관련 증빙은 다음과 같다. (가) 청구법인의 대표이사의 기술료지급 경위 및 확인서(2016년 3월)를 보면, 2002년 청구법인의 수익구조개선을 위해 무정전 코팅제의 개발에 매진하였으나, 1년 이상 만족스러운 결과를 얻지 못한 상황에서 쟁점기술자들이 결정적 아이디어를 제시하여 문제점들을 해결하게 되었고, 기술료로 제품매입시 일정부분(코팅비 OOO0원/m)을 기술료로 지불하기로 하였으며, 쟁점기술자들이 청구법인으로부터 직접 받는 것을 원하지 않아 청구법인이 OOO으로부터 위장세금계산서를 수취하고 OOO에 기술료를 지급하면, OOO이 수수료 7～8%를 차감한 금액을 쟁점기술자들에게 지급하였고, 2013년 10월 청구법인과 쟁점기술자들은 더 이상 지술료 지급을 하지 않기로 합의하였으며, 쟁점기술자들이 수령한 기술료 소득에 대해 종합소득세를 신고․납부하지 못한 것에 대해서는 스스로 종합소득세를 기한 후 신고할 예정이라고 기재되어 있다. (나) 청구법인은 쟁점기술자들의 도움을 받아 코팅기술을 개발하고 특허권을 취득했다는 청구주장에 대한 근거로 제출한 공개특허공보(출원번호: 10-2004-0104987, 출원일자: 2004.12.13.)를 보면, 발명자는 OOO(2004년 당시 청구법인 직원들임)이고, 전도성 보호필름 및 그 제조방법에 관한 발명이라고 기재되어 있다. (다) OOO의 진술확인서(2016.4.6.)를 보면, OOO은 청구법인으로부터 2004년 기술아이디어에 대한 대가로 2005년부터 2013년 10월까지 기술료를 받았고, 쟁점기술자들이 청구법인의 개발에 직접 관여하는 것은 월권행위라는 생각에 이를 지양하다가 청구법인의 요청으로 코팅기술개발에 아이디어를 제공하고 기술료를 받게 되었으며, 부적절한 방법으로 기술료를 받은 것에 대해 반성하고 있고, 종합소득세를 수정신고 하겠다고 기재되어 있다. (라) OOO의 확인서(2016.4.28.)를 보면, OOO은 청구법인이 개발 중이었던 무정전 플레이트 표면지 무정전코팅에 관한 기술에 대하여 2004년 1월부터 2004년 11월까지 OOO과 함께 기술노하우를 청구법인에 제공하였고, 2010년 4월 이전에 기술개발에 대한 대가로 받은 기술료는 본인이 수령하여 그 중 50%를 OOO에게 송금하였으며, 2010년 4월 이후에는 본인이 퇴사함에 따라 OOO이 수령하여 그 중 50%를 본인에게 송금하거나 현금으로 지급하였고, 부적절한 방법으로 기술료를 받은 것에 대해 반성하고 있으며, 종합소득세 수정신고를 하겠다고 기재되어 있다. (마) 쟁점기술자들에 대한 졸업증명서와 경력증명서를 보면, OOO은 1983.2.26. OOO를 졸업하고, 1984.12.10.～2001.9.21. 기간 동안 OOO 주식회사 부품 2팀에서 근무하였고, OOO은 1990.8.21. OOO를 졸업하고, 1990.11.9.～2000.11.13. 기간 동안 OOO 주식회사 기능자재팀에서 근무한 것으로 나타난다. (바) 2010년～2013년 귀속 종합소득세 과세표준 수정신고에 대한 접수증(2016.5.10.) 및 영수증(2016.5.10.)을 보면, OOO은 2010년～2013년 종합소득세를 수정신고하고 총 OOO원)을 추가로 납부하였으며, OOO은 2010년～2013년 종합소득세를 수정신고하고 총 OOO원)을 추가로 납부하였다. (사) 청구법인의 주식등 변동상황명세서(2005년)를 보면, 발명특허에 대한 인센티브로 OOO에게 각 104,000주를, 장OOO 및 신OOO에게 각 40,000주를 배정하는 유상증자를 한 것으로 되어 있고, 청구법인이 제출한 2009년～2013년 기간 동안의 기술료 산정내역을 보면, 청구법인이 OOO에게 nano-c를 m당 단가 OOO원에 매출하고, 기술료로 m당 단가 OOO원을 산정한 것으로 되어 있다. (아) OOO의 금융거래내역(계좌번호: OOO은행 686--30007, 조회기간: 2006.1.4.～2010.3.22.)을 보면, 2006.1.12. 김OOO으로부터 OOO원을 OOO에게 이체한 것으로 되어 있고, 청구주장에 대한 입증자료로 그 밖에도 위장세금계산서 내역, 기술료 송금액 및 수령액 내역서, OOO의 금융거래내역(계좌번호: OOO은행 686--58407, 조회기간: 2010.1.6.～2012.8.7.) 및 청구법인이 국세청장으로부터 수령한 모범납세자 표창장 사본(2012.3.5.) 등을 제출하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점금액을 기술료 명목으로 쟁점기술자들에게 지급한 것이므로 손금산입대상이라고 주장하나, OOO의 대표이사인 김OOO의 확인서(2015.12.30.)를 보면, 2005년 제1기부터 2013년 제2기까지 청구법인의 요구로 실물거래 없이 가공의 세금계산서만 발급한 사실이 있음을 확인한 점, 청구법인은 쟁점기술자들과는 기술료 지급에 대한 별도의 계약서를 작성한 바가 없고, 대표이사와 쟁점기술자들의 확인서 외에 쟁점기술자들이 청구법인에 제공한 기술에 대한 객관적이고 구체적인 증빙이 없는 점 등에 비추어 쟁점금액을 청구법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 비용으로 보아 손금산입하기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구법인은 기술료로 지급한 쟁점금액은 법인의 손금이므로 법인세를 포탈한 적이 없고, 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 보아도 법인세 과세표준과 세액의 신고에는 사기 기타 부정한 행위를 한 적이 없으므로 법인세 부과처분에 있어 5년의 국세부과제척기간이 적용되어야 한다고 주장하나, 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 발행된 가공세금계산서로 조사된 점, 가공세금계산서를 교부․수취한 행위는 사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우에 해당하는 점, OOO로부터 쟁점세금계산서를 수취하여 부가가치세 신고시 매입세액을 공제받고 법인세 신고시 쟁점금액을 손금산입한 점 등에 비추어 허위의 세금계산서를 수취한 후 쟁점금액을 손금산입하여 법인세를 신고한 것에 대해 10년의 국세부과제척기간을 적용하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (다) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다. 쟁점세금계산서 발행 및 자금거래 내역을 보면 2005.8.12.～2005.9.14. 기간 동안 6차례에 걸쳐 청구법인이 OOO 에 OOO원을 송금하였고, OOO은 2005.8.12.～2006.1.12. 기간 동안 쟁점기술자들 중 한 명인 OOO원을 송금한 것으로 나타나 쟁점금액의 실질 귀속자가 불분명한 경우로 보기 어려우므로 쟁점금액을 대표이사 OOO에게 상여로 소득처분하여 2005년 귀속 OOO원의 소득금액변동통지를 한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.