쟁점부동산은 공업사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면대상 배제함이 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO구역 제4지구 도시환경정비사업구역 내에 소재하는 OOO 토지 및 건물의 5분의 1 지분(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 ㈜OOO(이하 “매수법인”이라 한다)에게 OOO원에 양도하기로 2010.4.23. 매매계약하고, 매수법인에게 2010.5.25. 소유권이전등기를 한 후,조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제77조에 따른 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 매수법인은 2010.6.16. 쟁점부동산을 ㈜OOO에게 양도하였고 ㈜OOO은 2012.8.1. OOO구청장으로부터 OOO구역 제4지구 도시환경정비사업의 시행자로 지정받았다.
• 다. 처분청은 OOO지방국세청장의 양도소득세 조사에 따른 과세자료를 통보받아 매수법인이 도시환경정비사업의 시행자로 지정된 사실이 없어 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 공익사업용 토지 등에 대한 감면의 적용을 배제하여 2016.2.12. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지(농어촌특별세 OOO원은 감액경정)하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2016.3.8. 이의신청을 거쳐 2016.7.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 매수법인은 OOO구청장으로부터 OOO구역 제4지구 도시환경정비구역 사업시행자로 지정받는 절차를 진행하는 동시에 위 구역 내의 부동산을 매집하는 중이었는바, 청구인은 2010.5.25. 사업시행예정자였던 매수법인에게 쟁점부동산을 양도하면서, 당시 시공사였던 ㈜OOO의 관계자가 입회한 가운데 2010.4.23. 매매계약을 체결한 점, 쟁점부동산이 양도소득세 감면요건에 해당된다는 사실을 당시 조합 및 매수법인의 관계자로부터 수차례에 걸쳐 확인하였고 감면관련 서류를 매수법인으로부터 받은 점, 매수법인이 자금사정으로 사업시행을 완료하지 못한 상태에서 쟁점부동산의 소유권, 신탁자로서의 권리를 포함한 사업권 일체를 2010.6.16. ㈜OOO에게 양수도로 승계한 점, 이에 따라 ㈜OOO이 2012.8.1. 사업시행자가 된 점, 양도대금 중 잔금 OOO원은 ㈜OOO이 2010.7.13. 청구인에게 지급한 점, 매수법인 및 ㈜OOO은 사실상 사업시행자였고 ㈜OOO이 조특법 제77조 제2항에 따른 감면적용 대상기간 내인 2012.8.1. 사업시행자로서 지정된 점, 조특법의 투자세액공제 등에 있어 사업의 승계에 해당되는 경우에는 감면추징사유에 해당되지 않는다고 규정하고 있는 점 등에 비추어 청구인은 사실상 OOO구역 제4지구 도시환경정비사업 사업시행자인 매수법인에게 양도한 것이므로 조특법 제77조에 따른 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면의 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 ㈜OOO이 매수법인의 모든 사업권을 승계 받아 사업시행자로서의 역할을 하였으므로 감면부인은 부당하다고 주장하나, 조세감면요건은 특혜규정이므로 확장해석하거나 유추해석하지 아니하고 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하며, 조특법 제77조의 감면을 적용받기 위해서는 사업시행자에게 양도하여야 하며 지정 전 사업자에게 양도할 경우에는 양도일로부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받아야 하는 것으로 규정하고 있는바, 매수법인은 OOO지구 제4지구 도시환경정비구역의 사업시행자로 지정된 사실이 없음이 OOO구청장의 공문에서 확인되는 점, 당초 양도소득세 신고시 조특법 제77조에서 정비사업의 시행자임을 확인할 수 있는 서류를 제출하게 되어 있음에도 청구인은 이를 제출하지 아니한 점, 청구인이 ㈜OOO으로부터 잔금을 받은 것과는 관계없이 2010.5.25. 매수법인에게 쟁점부동산의 소유권이전등기되어 양도가 완료된 점, 잔금을 늦게 지급한 것은 매매계약서상 특약에 따라 소유권이 불분명한 토지로 인한 것에 불과하고 이 토지 역시 2010.5.25. 소유권이전등기된 점, 잔금의 지급은 매수법인과 ㈜OOO의 채권채무 인수인계로 인한 것으로 청구인이 ㈜OOO에게 쟁점부동산을 양도한 것으로는 볼 수 없는 점 등에 비추어 사업시행자에게 지정된 사실이 없는 매수법인에게 양도하였으므로 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면의 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산이 조특법 제77조에 따른 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면대상 토지에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 (2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것) 제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2012년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20[괄호 생략]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

② 거주자가 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 “사업시행자”라 한다)로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 “지정 전 사업자”라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지등(제1항 제1호의 공익사업에 필요한 토지등 또는 같은 항 제2호에 따른 정비구역의 토지등을 말한다. 이하 이 항에서 같다)을 2012년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다. 이 경우 감면할 양도소득세의 계산은 감면율 등이 변경되더라도 양도 당시 법률에 따른다.

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 사업시행자는 제1항 또는 제2항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

2. 제1항 제2호에 따른 사업시행자가 대통령령으로 정하는 기한까지 도시 및 주거환경정비법에 따른 사업시행인가를 받지 아니하거나 그 사업을 완료하지 아니하는 경우

⑨ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 상속받거나 소득세법 제97조제4항 이 적용되는 증여받은 토지등은 피상속인 또는 증여자가 해당 토지등을 취득한 날을 해당 토지등의 취득일로 본다. 부칙 <법률 제10361호, 2010.6.8.> 제25조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례】제77조제2항, 제3항, 제5항 및 제9항(“제1항 및 제2항”의 개정부분만 해당한다)의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세기간에 최초로 양도하는 분부터 적용한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제72조【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】④ 법 제77조 제2항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 기한”이란 사업시행인가에 있어서는도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행자의 지정을 받은 날부터 1년이 되는 날, 사업완료에 있어서는 도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 사업시행계획서상의 공사완료일을 말한다.

⑥ 법 제77조 제5항에 따른 감면신청을 하고자 하는 공익사업 또는 정비사업의 시행자는 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 당해 공익사업 또는 정비사업의 시행자임을 확인할 수 있는 서류(특약체결자의 경우에는 특약체결 사실 및 보상채권 예탁사실을 확인할 수 있는 서류를 포함한다)를 첨부하여 양도자의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 답변서, 이의결정서, 등기사항전부증명서 등의 심리자료를 보면, 쟁점부동산의 전체부분은 OOO 88-7 토지 356㎡, 88-10 토지 4.6㎡ 및 같은 곳 2층 점포로, 2001.1.7. 청구인의 부친이 사망하여 청구인을 포함한 자매 5명이 상속받아 위 부동산의 각 5분의 1 지분을 소유하게 되었고, 청구인은 2010.4.23. 매수법인에게 쟁점부동산을 OOO원에 양도하는 매매계약서를 체결한 후 2010.5.25. 매수법인에게 소유권이전등기하였으며, 2010.6.11. 매수법인은 쟁점부동산을 ㈜OOO은행에게 신탁하였고, ㈜OOO에게 쟁점부동산을 매매로 2010.6.16. 소유권이전등기를 하였으며, ㈜OOO은 2012.8.1. OOO구청장으로부터 쟁점부동산이 소재하는 OOO구역 제4지구 도시환경정비사업의 시행자로 지정받았고 2012.12.5. OOO 주식회사로 변경된 것으로 나타난다.

(2) OOO지방국세청장이 질의한 결과 매수법인은 OOO구역 제4지구 도시환경정비사업 시행자로 지정된 사실이 없다고 OOO구청장이 2015.11.25. 회신하였고, 처분청은 아래 <표>와 같이 청구인이 신고시 적용한 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 과세한 사실이 결의서 등에서 확인된다. <표>

(3) 청구인은 매수법인과 체결한 쟁점부동산의 매매계약서 특약의 주요내용은 다음과 같고, 청구인은 쟁점부동산의 잔금 OOO원(OOO원의 5분의 1)은 2010.07.13 ㈜OOO으로부터 지급받은 것으로 청구인이 제출한 계좌내역에서 나타난다.

(4) 청구인은 매수법인이 OOO구역 제4지구 도시환경정비구역 변경 신청서를 OOO구청장에게 2009.12.28. 제출한 공문접수증, 변경지정 주민제안(안)에 대한 관련부서 및 주민 의견을 매수법인에게 통보하고 조치계획을 제출할 것을 요청하는 OOO구청장의 공문(2010.6.14.), 신탁계약서 등을 제출하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조특법 제77조 제1항 및 같은 항 제2호에서도시 및 주거환경정비법에 따른 사업시행자에게 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세 감면을 적용하는 것으로 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점부동산을 매수법인에게 소유권을 이전등기한 점, 매수법인은 도시 및 주거환경정비법에 따른 사업시행자로 지정된 사실이 없음이 확인된 점, 조세를 감면하는 특례규정은 그 요건해당 여부를 엄격하게 적용하여야 할 사항으로 위 사업시행자의 범위가 법률에 명시되어 있어 이를 매수법인으로 확대해석할 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 공익사업용 토지 등에 대한 감면의 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.