쟁점부동산의 양도에 대한 국세부과제척기간이 경과하였는지 및 양도가액에서 *억원 상당액을 제외할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO리 869-1 대지 826㎡ 및 건물 93.24㎡와 같은 리 868-1 전 508㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO 주식회사 등에게 양도하는 계약서를 체결함에 따라 2006.2.16. 양도대금 OOO원을 수령하였고, 쟁점부동산이 2009.1.30. 토지거래허가구역에서 해제되었으나, 양도소득세를 신고하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원으로, 취득가액을 OOO원으로 하여 2015.12.10. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.3.7. 이의신청을 거쳐 2016.7.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 목사인 청구인은 OOO 주식회사가 아파트 건설사업을 한다고 하여 1997.9.4. 상속받은 쟁점부동산을 2006.2.16.에 일시불로 매각하여 대금을 수령하였으나, 쟁점부동산 및 주변 토지를 매입한 OOO 주식회사가 관련 세금문제는 일괄적으로 처리한다고 하여 청구인은 시일이 지나 자연스럽게 그 일을 잊게 되었고, 쟁점부동산의 양도대금은 목회활동에 사용하여 10년이 경과한 현재에는 보유자금이 거의 없는 상태인바, 양도일(2006.2.16.)로부터 국세부과제척기간 7년이 지난 이 건 양도소득세 부과는 부당하므로 취소되어야 한다. 또한, 양도대금 중 OOO원은 OOO 주식회사 등에서 회수하여 운영자금으로 사용되었는바, 양도대금을 수취한 날 OOO원이 수표로 출금된 점, OOO 주식회사는 아파트 시행사업을 하기 위해 쟁점부동산 주변 토지를 대지의 경우 평당 OOO원에 매입한 사실을 볼 때 쟁점부동산의 양도가액은 OOO원이 시가에 해당하는 점 등에 비추어 실제 양도대가는 OOO원 상당액이므로 쟁점부동산의 양도가액을 경정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 토지거래허가구역 안에 있는 토지를 토지거래허가 없이 매매하여 매매대금이 먼저 지급된 경우 토지거래허가구역 지정이 해제되었을 때 매매계약이 소급하여 유효한 계약이 되므로 그 양도시기는 대금청산일이나, 토지거래계약이 확정적으로 유효가 된 때에 양도인에게 비로소 자산의 양도로 인한 소득이 있게 되는 것이므로, 토지거래허가구역 해제일의 다음 연도 5월 31일까지 양도소득세 확정신고를 하여야 하고, 양도소득세 부과의 제척기간은 확정신고일 다음날부터 진행하는 것인바(대법원 2003.7.8. 선고 2001두9776 판결, 같은 뜻), 청구인은 2009.1.30. 쟁점부동산의 토지거래허가구역 지정해제가 된 다음 연도인 2010.5.31.까지 2006년 귀속 양도소득세를 무신고하여 그 국세부과제척기간 기산일인 2010.6.1.부터 7년이 경과하지 않은 2015.12.10.에 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다. 또한, 청구인은 양도대금 중 일부를 돌려주어 양도가액이 약 8억원 상당액이라고 주장하나, 제출한 계좌에서 대체거래 등으로 지급된 금액이 구체적으로 누구에게 송금되었는지 확인되지 아니하고 그 밖의 입증자료도 제출하지 아니하였으므로 청구주장을 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 양도에 대한 국세부과제척기간이 경과하였는지 및 양도가액에서 4억원 상당액을 제외할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률 (1) 소득세법 제96조 【양도가액】① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

8. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지인 경우

9. 그 밖에 해당 자산의 종류, 보유기간, 보유 수(數), 거래 규모 및 거래방법 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우 제110조【양도소득과세표준 확정신고】① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. (2) 국세기본법 제26조의2 【국세 부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 답변서, 이의결정서, 매매계약서 등의 심리자료를 보면, 청구인은 OOO 주식회사 및 주식회사 OOO와 양도대금 OOO원에 매매계약을 체결하고 2006.2.16. 청구인의 계좌OOO로 위 양도대금을 입금받았고, 쟁점부동산은 2002.11.20.에 토지거래허가구역으로 지정되었다가 2009.1.30. 해제OOO된 것으로 나타난다.

(2) 처분청은 양도소득세를 무신고한 청구인에 대한 조사결과 쟁점부동산 중 OOO리 868-1 전 508㎡는 청구인이 8년 이상 재촌·자경하지 아니하였고, 같은 리 869-1 대지 및 건물은 1세대 2주택 및 그 부속토지로 보아 양도소득세를 과세한 사실이 결정결의서 등에서 확인된다.

(3) 청구인이 제출한 청구인의 계좌OOO를 보면 2006.2.16. OOO원이 수표로 대체된 것으로 나타나고, OOO 주식회사가 쟁점부동산 주변의 토지를 평당 OOO원에 매입하였고 이를 기준으로 할 경우 쟁점부동산의 가액은 OOO원 상당액이라고 주장하면서 제출한 계약서 4매 사본의 내역은 아래 <표>와 같다. <표>

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 쟁점부동산은 2009.1.30. 토지거래허가구역 지정이 해제되었으므로 소득세법제110조 제1항에 따라 2010.5.31.까지 양도소득세 확정신고를 하여야 하고, 그 국세부과제척기간의 기산일은 2010.6.1.인바, 처분청이 7년이 경과하지 않은 2015.12.10.에 양도소득세를 결정, 고지하여 국세부과제척기간내에 처분이 이루어졌고, 청구인이 체결한 쟁점부동산의 매매계약서와 달리 실제 양도대금이 OOO원 상당액이고 양도대금 중 일부가 매수자인 OOO 주식회사 등에게 반환되었다는 주장을 입증할 객관적인 자료가 제출되지 아니하여 국세부과제척기간이 경과하였거나 양도가액이 경정되어야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.