쟁점보조금은 민간투자법 제4조 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 사회기반시설 건설용역과 관련된 보조금으로서 조특법 제105조 제1항 제3호의2에 따라 영세율 적용 대상으로 봄이 타당
쟁점보조금은 민간투자법 제4조 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 사회기반시설 건설용역과 관련된 보조금으로서 조특법 제105조 제1항 제3호의2에 따라 영세율 적용 대상으로 봄이 타당
처분청이 2015.11.5. 청구법인에게 한 2011년 제1기 부가가치세 OOO원, 2012년 제1기 부가가치세 OOO원, 2013년 제1기 부가가치세 OOO원, 2014년 제1기 부가가치세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
(1) 조특법 제105조 제1항 제3호의2에 의하면 ① 민간투자법 제2조 제7호 에 따른 사업시행자가 ② 부가가치세가 과세되는 사업을 할 목적으로 ③ 민간투자법 제4조 제1호 부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 ④ 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 민간투자법상 사회기반시설 및 사회기반시설의 건설용역은 영세율을 적용하도록 규정하고 있는바, ① 청구법인은 민간투자법에 따른 사업시행자에 해당하고, ② 청구법인이 영위하는 OOO 운영업은 부가가치세가 과세되는 사업에 해당하며, ③ 쟁점민간투자사업은 민간투자법 제4조 제3호 에 의한 방식으로 추진된 민간투자사업이고, ④ 토지기반공사에 따라 설치된 도로, 주차장, 오수 및 하수처리시설 등은 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 민간투자법상 사회기반시설 및 사회기반시설의 건설용역에 해당하므로 청구법인이 민간투자법에 따라 교부받은 쟁점보조금은 당연히 영세율이 적용되어야 한다.
(2) 처분청은 토지기반공사가 쟁점민간투자사업과는 별도의 용역계약에 따라 진행된 것으로 보고 있으나, OOO 관광지 조성사업의 시설물은 그 전체가 민간투자법상 사회기반시설에 해당하고, 실시협약상 OOO 관광지 조성사업에 의한 사업시설에 관련 부속시설을 포함하는 것으로 규정하면서 부속시설을 본 시설과 일치가 되어 그 효용을 다하게 하는 시설로 정의하고 있는바, 토지기반공사에 의한 시설물(도로, 주차장, 오수처리시설, 우수처리시설 및 방음벽)도 부속시설로서 쟁점민간투자시설을 구성하는 것이므로 기부채납대상 자산에 해당하는 것으로 보아야 한다.
(1) 쟁점보조금은 민간투자법에 근거하여 지급받은 건설보조금으로서 그 사용이 토지기반공사에 한정되어 있고, OOO의 공문 등 서류에 의하면 2011년부터 2014년 준공시점까지 기성금 청구 집행항목이 모두 토지기반공사로 나타나는바, 쟁점보조금은 토지기반공사비를 충당하기 위해 지급한 건설보조금으로서 사회기반시설의 건설용역과는 별도의 토지기반공사 용역에 대한 대가에 해당하므로 부가가치세 영세율이 적용되는 “민간투자법상 사회기반시설 및 사회기반시설의 건설용역”의 대가로 볼 수 없다.
(2) 청구법인은 토지기반공사에 의한 시설물이 쟁점민간투자시설의 부속시설로서 기부채납자산이므로 조특법 제105조에 따른 부가가치세 영세율 적용 대상이라고 주장하나, 조특법상 부가가치세 영세율 적용 대상은 기부채납 대상 민간투자시설물에 한정되는 것이고 정부 등의 보조금으로 신축한 시설물까지 영세율이 적용되는 것은 아닌바, 토지기반공사에 의한 시설물 및 동 시설물이 설치된 토지는 모두 OOO 소유이므로 청구법인이 30년 소유 수익 후 OOO에 소유권이 이전되는 기부채납대상 자산에는 해당하지 아니한다. 따라서, 쟁점보조금은 조특법 제105조의 부가가치세 영세율 적용 요건을 충족하지 아니한다.
(1) 쟁점민간투자사업은 민간투자법 제2조 제1호 머목의 “관광진흥법에 의한 관광단지 등”을 조성하기 위한 것으로, OOO은 2007.5.18. 쟁점민간투자사업의 사업자 선정을 위하여 그 제안내용을 공고하였고, 이후 청구법인이 민간투자사업자로 선정되어 OOO과 2008.12.30. 쟁점실시협약을 체결하였는바 쟁점실시협약의 주요 내용은 <별지1>과 같다.
(2) 쟁점실시협약에 의하면 쟁점민간투자사업은 민간투자법 제4조 제3호 (BOT, Built-Own-Transfer)의 방식으로 시행하고, 청구법인이 OOO를 조성하여 이를 30년간 소유 수익한 후 OOO에 소유권을 무상이전하는 것으로 되어 있다.
(3) 청구법인은 2011년 3월 시공사와 도급계약을 체결하여 공사를 진행하였고, 2014.4.25. 준공확인을 거쳐 영업을 개시하였는바, 완공된 OOO는 OOO 및 부대시설들(주차장, 내부도로 등)로 이루어져 있고, 쟁점이 되는 토지기반공사에 의한 시설물은 OOO 내부의 시설물이며, 외부 진입로 등 OOO 외부의 기반시설은 OOO의 재정사업으로 완공되었다.
(4) 청구법인은 2011년 3월부터 2014년 1월까지 OOO으로부터 총 사업비 OOO원(쟁점보조금)을 총 6회에 걸쳐 교부받았는바, 처분청의 청구법인에 대한 부가가치세 조사종결보고서에는 청구법인의 쟁점보조금 수령 내역 및 집행사업 내역이 다음 <표1>과 같이 기재되어 있고, 동 내역은 OOO이 2015.3.20. 청구법인에게 시행한 공문에 첨부되어 있는 OOO 관광지 개발 보조금 지급 현황”에 근거하고 있다. <표1> 쟁점보조금 수령 내역 및 집행사업 내역
(5) 처분청은 쟁점보조금이 사회기반시설의 건설용역과는 별도의 토지기반공사 용역에 대한 대가에 해당한다고 하면서 OOO 내부보고자료인 “OOO 관광지조성 민간투자사업 주요 진행상황 및 협상(안) 보고(2008.5.9.)” 및 “OOO 관광지조성 민간투자사업 보조금 교부 검토 보고(2011.3.)”를 제출하였는바, 위 보고서에는 “단지 내 기반시설은 사업자가 건설분담금으로 시공”, “보조사업은 OOO 관광지의 기반시설을 지원하는 사업”이라는 내용이 각각 기재되어 있다.
(6) 청구법인은 OOO이 실시협약 제57조에 따른 정부지원시설(진입로)의 적기 준공을 위하여 제3자와 별개의 용역계약을 체결하여 공사를 진행하였고, 이와 관련하여 OOO은 진입도로 및 교량에 대한 사업비는 쟁점보조금에 포함되어 있지 아니하다고 확인하여 주었다고 하면서 “OOO 관광지 조성 민간투자사업 정부지원시설(진입로) 추진 관련 협약서(2012년 11월)”, “OOO 사업관련 질의 회신 답변 내용(2016.4.15.)”을 제출하였다.
(7) 우리원은 ① 토지기반공사가 쟁점실시협약과는 별도의 용역제공인지 여부, ② 쟁점보조금이 토지기반공사의 대가로 지급된 것인지 여부와 관련하여 2016.8.25. OOO에 심리자료 제출요청 공문을 발송하였고, 이에 대하여 OOO가 2016.9.5. 우리원에 회신한 공문의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 쟁점실시협약 체결 전 협상과정에서 쟁점보조금OOO)을 특정용도에 사용하기로 협상한 사실을 확인할 수 있는 보존문서 등은 확인할 수 없고, 다만 청구법인이 사업비 항목을 공공기반시설에 사용하는 내용으로 사업비를 신청하였으며, 주무관청은 보조사업의 내용이 공공기반시설 등 사업목적에 적합하다고 확인되어 사업비를 보조하였다. (나) 2008.12.30. 실시협약을 체결하기까지 사업시행자와 주무관청은 7회에 거쳐 실시협약에 관한 협상을 진행하였고, 협상 과정에서 사업시행자와 합의된 사항을 실시협약서로 확정하였으며(협상내역 <별지2>), 건설분담금 OOO원도 협의 과정에서 합의된 금액이다OOO. (다) 건설보조금은 청구법인의 건설보조금 지급 요청의 건에 대하여 보조사업 내용의 적정여부[관광지의 기반시설(우수시설, 오수시설, 주차장, 외곽도로 등) 지원] 등을 검토한 후 보조사업 목적에 적합하다고 확인되어 사업비를 보조하였다.
(8) 처분청 담당자는 OOO 조세심판관회의에 출석하여 한 의견진술에서 “청구법인은 협상 과정에서 토지기반공사 비용으로 OOO원을 요구하였고, 이에 OOO이 감정평가법인, 설계업체 등을 통해 시뮬레이션을 해 본 결과 OOO원 정도면 충분히 토지기반공사를 할 수 있다고 보아 결국 해당 금액으로 청구법인에게 토지기반공사에 대하여 용역제공의뢰를 하였던 것이다”라고 진술하였는바, 이에 우리 원은 처분청 담당자에게 OOO이 감정평가법인, 설계업체 등을 통해 시뮬레이션을 하였다는 주장의 근거자료 제출을 요청하였으나, 처분청 담당자는 OOO이 감정평가 등을 통하여 보조금을 OOO원으로 정하였다는 내용은 OOO로부터 구두로 전해들은 것이므로 근거자료는 없다고 회신하였다. 이와 관련하여 OOO도 보조금을 감정평가 등을 통하여 정하였다는 내용이 나타나는 자료는 없다고 하였고, OOO가 2016.9.5. 우리원에 회신한 공문의 협상내역(<별지2>)에도 그와 같은 내용은 나타나지 아니한다.
(9) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 조특법 제105조 제1항 제3호의2는 민간투자법 제2조 제7호 에 따른 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 할 목적으로 같은 법 제4조 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역에 대한 부가가치세는 영의 세율을 적용한다고 규정하고 있고, 민간투자법 제4조 제3호 는 민간투자사업의 추진방식 중 하나로 “사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되며 그 기간이 만료되면 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식”을 규정하고 있다. 위 민간투자법은 사회간접자본시설에 대한 민간의 투자를 촉진하여 창의적이고 효율적인 사회간접자본시설의 확충·운영을 도모함으로써 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 하고 있고, 국가는 민간투자를 촉진하기 위하여 조특법이 정하는 바에 의하여 조세를 감면할 수 있는데, 조특법의 입법취지는 민간투자법에 의한 사업시행자가 시행하는 사회간접자본시설의 공급에 대하여 부가가치세 부담을 완화함으로써 민간투자사업을 활성화하려는 것에 있다 하겠다. (나) 먼저, 쟁점보조금이 사회기반시설의 건설용역과는 별도의 토지기반공사 용역에 대한 대가이므로 부가가치세 영세율 적용대상으로 볼 수 없다는 처분청 의견에 대하여 살펴본다.
1. 쟁점보조금을 사회기반시설의 건설용역과는 별개의 용역에 대한 대가로 보기 위해서는 OOO과 청구법인 사이에 명시적으로나 묵시적으로 별도 용역제공을 위한 약정이 전제되어야 할 것인데, 쟁점실시협약 외에는 OOO과 청구법인 간의 명시적인 약정이 나타나지 아니하고, 쟁점실시협약을 보더라도 토지기반공사 용역을 쟁점민간투자사업과는 별개로 제공한다는 내용이 나타나지 아니하는바, OOO과 청구법인 사이에 토지기반공사를 별도 용역제공하기로 하였다는 명시적인 약정이 있었다고 보기는 어렵다.
2. 처분청은 OOO 내부보고자료인 “OOO 관광지조성 민간투자사업 주요 진행상황 및 협상(안) 보고(2008.5.9.)” 및 “OOO 관광지조성 민간투자사업 보조금 교부 검토 보고(2011.3.)” 등을 제출하면서 OOO과 청구법인 사이에 토지기반공사를 별도 용역제공하기로 하는 묵시적인 약정이 있었다는 취지로 주장하나, OOO이 2016.9.5. 우리원에 회신한 공문에 의하면 쟁점실시협약 체결 전 협상과정에서 쟁점보조금OOO을 특정용도에 사용하기로 협상한 사실을 확인할 수 있는 보존문서 등은 확인할 수 없다고 하였고, 쟁점실시협약 제5조 제1항은 본 협약 체결과 관련하여 그 전에 협약당사자 간에 이루어진 모든 의사표시 또는 합의에 우선한다고 하여 민간투자사업과 관련한 협의 내용은 모두 실시협약에 따르는 것으로 명시하고 있으므로, 설령 쟁점실시협약 체결 이전에 OOO과 청구법인 사이에 어떠한 협상 내용이 존재한다고 하더라도 실시협약에 포함되어 있지 아니한 이상 해당 내용은 쟁점실시협약 제5조 제1항에 따라 효력이 인정될 수 없다고 판단되며, 실시협약 후 사후적으로 쟁점보조금이 토지기반공사에 지급된 내역이 나타나나 전체 공정의 순서상 토지기반공사에 자금이 먼저 투입된 것으로 볼 수 있어 이러한 내용만으로는 사전에 쟁점보조금을 특정 용도에 사용할 것으로 정하였다고 보기 어려운바, 처분청이 제출한 자료에 의하더라도 토지기반공사 용역을 쟁점민간투자사업과 별개로 제공하기로 약정하였다는 처분청 의견을 뒷받침하기는 어렵다.
3. 뿐만 아니라, OOO은 외부 진입로 등 OOO 외부의 기반시설에 대해서는 제3자와 별개의 용역계약을 체결하여 공사를 진행한 것으로 나타나는바, 만일 내부의 토지기반공사가 쟁점민간투자사업과는 별도의 용역제공이라면 그에 대해서도 외부 기반시설과 같이 별개의 용역계약을 체결하여 공사를 진행하였을 것으로 보인다. 4) 처분청은 OOO이 청구법인에게 토지기반공사에 대하여 용역제공의뢰를 하기 위하여 감정평가법인, 설계업체 등을 통해 공사금액을 산정하였다고 주장하면서도 명확한 근거를 제시하지는 아니한 점, 이와 관련하여 OOO도 해당 사실과 관련된 자료는 없다고 하였으며, OOO가 2016.9.5. 우리원에 회신한 공문의 협상내역(<별지2>)에도 그와 같은 내용은 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 토지기반공사 용역을 쟁점민간투자사업과 별개로 제공하기로 약정한 것이라는 처분청 의견은 설득력이 부족한 것으로 보인다.
5. 이상과 같은 사실들에 비추어 볼 때 쟁점보조금이 사회기반시설의 건설용역과는 별개의 토지기반공사 용역에 대한 대가라고 하여 부가가치세 영세율 적용대상이 아니라는 처분청 의견은 받아들이기 어렵다 (다) 다음으로, 토지기반공사에 의한 시설물은 기부채납대상 자산이 아니므로 쟁점보조금을 부가가치세 영세율 적용대상으로 볼 수 없다는 처분청 의견에 대하여 살펴본다.
1. 처분청은 민간투자법 제4조 제3호 에서 “사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되며 그 기간이 만료되면 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식”이라고 규정하고 있으므로 소유권이 사업시행자에게 인정되었다가 다시 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 시설물에 대해서만 부가가치세 영세율이 적용되는 것인데, 도로, 주차장, 하수처리시설 등은 소유권이 청구법인에게 이전되지 아니하고 OOO이 소유권을 그대로 유지하고 있으므로 해당 시설물의 공사비용인 쟁점보조금은 부가가치세 영세율 적용 대상이 아니라는 의견이다.
2. 그러나, 조특법 제105조 제1항 제3호의2는 민간투자법 제4조 제1호 부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 공급하는 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역은 영세율을 적용한다고 규정하고 있을 뿐 해당 시설의 소유권 귀속 여부에 따라 영세율 적용을 달리하고 있지 아니하다.
3. 또한, 민간투자법은 도로 및 도로의 부속물, 하천시설, 어항시설, 항만시설 등 토지에 부합되어 별도의 소유권이 인정되지 아니하는 시설물도 동법의 적용 대상인 사회기반시설로 규정하고 있는바, 이러한 사회기반시설이 토지와는 별도의 소유권이 인정되는 사회기반시설과 함께 민간투자사업으로 시행되는 경우에 민간투자법상 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역에서 제외된다고 해석하기 보다는 해당 시설물 전체가 민간투자시설에 해당한다고 판단하는 것이 보다 합리적일 것이다.
4. 이 건의 경우 쟁점실시협약 제3조 제32호에 의하면 “본 사업시설은 민간투자법 제4조 제3호 에 의한 방식으로 추진되는 OOO시설로서 그 부속시설을 포함한다”라고 하고 있고, 같은 조 제34호는 “부속시설은 본 시설과 일치가 되어 그 효용을 다하게 하는 시설”이라고 하고 있는바, 토지기반시설공사에 따라 설치된 도로, 주차장, 오수 및 하수처리시설 등은 본 사업시설과 일치가 되어 그 효용을 다하게 하는 부속시설로서 본 사업시설에 포함되어 쟁점민간투자시설을 구성하는 것으로 봄이 타당하고, 그렇다면 OOO 관광지 조성사업 시설물은 그 전체가 민간투자법 제4조 제3호 의 방식에 의한 사회기반시설에 해당한다고 보아야 한다. 5) 이와 같이 토지기반시설공사에 따른 시설물이 본 사업시설과 일치가 되어 그 효용을 다하게 하는 부속시설로서 민간투자법 제4조 제3호 의 방식에 의한 사회기반시설에 해당하는 이상, 토지기반시설공사에 따른 시설물의 소유권 귀속 여부를 이유로 쟁점보조금에 대하여 조특법 제105조 제1항의 부가가치세 영세율 적용을 배제해야 한다는 처분청의 의견은 받아들이기 어렵다. (라) 그렇다면 쟁점보조금은 민간투자법 제4조 제1호 부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 공급하는 사회기반시설 건설용역과 관련된 보조금으로서 조특법 제105조 제1항 제3호의2에 따라 영세율 적용 대상으로 봄이 타당한바, 청구법인에게 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.