청구법인이 세무신고를 위한 허위 전산장부를 작성·관리하였으므로 10년의 국세부과제척기간을 적용하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1963.2.9.부터 현재까지 OOO에서 시내·외버스 운수업을 영위하는 사업자이다.
• 나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.9.15.부터 2015.11.23.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 한 결과, 청구법인이 OOO원의 매출을 누락한 것을 확인하고 다른 조사내용을 포함 하여 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2015.12.1. 청구법인에게 다음 <표1>과 같이 2005∼2014사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다. <표1> 2005∼2014사업연도 법인세 고지내역
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.2.25. 이의신청을 거쳐 2016.6.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인의 매출누락 행위는 다음과 같은 이유로 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당하지 않으므로 청구법인에게 부과된 과세처분 중 2005 ∼2009사업연도 법인세 는 5년의 국세부과제척기간이 만료된 이후의 처분에 해당하여 취소되어야 한다. (가) 매출누락의 경우 장부를 근거로 관련 세액이 부과되므로 실제 장부의 확보 여부가 중요한데, 이중장부의 작성 등의 매출누락 과정 보다는 실제 장부를 어떻게 보관하여 과세관청으로 하여금 부과처분을 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하였는지가 사기나 그 밖의 부정한 행 위를 판단하는데 있어서 중요한 요소가 된다. 이 건의 경우 청구법인의 경리이사 OOO이 작성한 실제 매출액 등이 기재된 ‘매출총괄집계표’를 비밀장소에 보관하여 과세관청의 추적이나 포착을 어렵게 한 것이 아닌 점, ‘매출총괄집계표’를 사업자등록지로서 공개된 장소인 회사 사무실에 위치한 경리이사의 컴퓨터에 보관하여 이를 살펴볼 수 있는 권한이 있는 과세관청이 언제나 방문하여 볼 수 있도록 관리한 점 등에서 청구법인이 조세의 부과를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 했다고 볼 수 없다. (나) 또한 조사청의 청구법인에 대한 조사 착수 이후 장기간의 추적 조사를 통해 매출누락 자료(매출총괄집계표)를 포착한 것이 아니라 조사 착수 당일 매출누락 자료를 포착하여 용이하게 법인세 부과처분을 한 사실이 이를 입증하고 있는바, 처분청에 사업자 등록한 청구법인의 사업장 소재지 내 공개된 장소에 실제 장부가 보관된 점에서도 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당하지 않는 단순 매출누락으로 보아야 한다. (다) 조사청에서는 매출 관련 전산장부의 삭제는 장부와 기록의 파기에 해당된다는 의견이나, 청구법인의 경리담당 이사가 2010사업연도 이전의 전산자료를 삭제한 것은 일반적인 회계장부의 보관기간(5년)이 경과하였기 때문이고, 이는 세무조사시 조사팀에서 삭제된 자료를 포함하여 모든 전산자료와 서류의 복사본을 가지고 간 이후에 이루어진 것이어서 이로 인해 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란해 졌다고 보기 어렵다. (2) 청구법인의 대표이사가 2005~2012사업연도 매출누락 금액에서 수시로 지급받은 급여 및 2011사업연도 직원 격려금, 자녀 장학금 등은 손금산입되어야 한다. (가) 청구법인은 2005사업연도부터 2014사업연도까지 매년 전 대 표이사 OOO(1999.6.18.~2016.1.15. 청구법인 대표이사)의 급여로 OOO까지 지급하였는데, 이중 2005사업연도부터 2012사 업연도까지는 청구법인의 자금운용 편의상 현금 매출누락액을 재원으로 하여 ‘수시지급액’이라는 명목으로 대표이사에게 급여를 지급한 것으로서 세무신고(원천세 신고 또는 법인세 손금산입)를 하지 않았다. 하지만, 청구법인은 이와 같은 자금운용 관행의 회계처리상 문제점을 인식하여 2012년 4월부터 2012년 12월까지는 합계 OOO원 상당의 급여를 ‘정시지급액’이라는 명목으로 대표이사 급여로 세무신고를 하 였고, 2013사업연도부터 대표이사 급여로 약 OOO원의 보수를 정식으로 신고하여 과거의 관행과 같은 편의적인 보수 지급을 더 이상 하지 않고 있다. (나) 위와 같이 청구법인은 2005~2012사업연도까지 매년 임시주주 총회 결의에 따라 당시 대표이사 OOO에게 합계 OOO원의 급여를 현금매출액의 세무신고 누락액에서 지급하였으므로 대표이사 급여로 실제 지급된 위 금원은 손금산입되어야 한다. (다) 설령 위 (나)의 금원 전부가 인정될 수 없다고 하더라도 조사 청의 고발에 따라 OOO에서는 청구법인의 조세포탈 및 대표이사의 업무상 횡령 등의 혐의에 대한 수사를 시작하였는 바, 수사과정에서 2007~2012사업연도의 대표이사 급여 OOO원이 현금매출 누락분에서 지급된 사실이 밝혀졌으므로(연평균 OOO원) 2005~2012사업연도의 대표이사 급여로 최소한 OOO원은 손금산입되어야 할 것이다. (라) 청구법인은 회사 창립기념일을 맞이하여 2011.2.9. 우수사원 4명에 대해 각각 OOO원씩의 격려금을 지급하였고 직원 자녀들에게도 OOO원의 장학금을 각 지급하였는바, 이는 직원들의 확인서로 지급사실이 확인되므로 2011사업연도 직원 격려금 등으로 지급된 금액 OOO원도 손금산입되어야 한다.
• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 매출누락 행위와 관련하여 적극적으로 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’를 한 것으로 보아 10년의 국세부과제척기간을 적용한 이 건 부과처분은 다음과 같은 이유로 적법․타당하다. (가) 청구법인의 매출누락 과정을 살펴보면, 청구법인의 경리과 여 직원은 청구법인이 운영하고 있는 매표소에서 판매한 원시자료 및 차량 운전기사들이 실제로 받아온 현금매출 자료 등을 영업관리 프로그램에 전산입력 시켜 실제 수입금액을 기재한 전산자료를 수록․보관하고 있었으나, 청구법인의 경리이사 OOO이 법인세 등을 포탈할 목적으로 전산 프로그램 조작에 의해 위 수입금액 중 현금매출금액에 대하여 일정액을 차감한 전산자료를 세무신고용 자료로 작성하여 관리․보관하고 있었다. (나) 청구법인은 수입금액 관리 프로그램의 공급처 기사로 하여금 실제 수입금액과 신고용 수입금액을 별도로 구분하여 관리될 수 있도록 프로그램 조작을 통하여 실제 수입금액과 신고용 수입금액을 이중으로 관리하였으며, 조사공무원의 예치과정에서는 프로그램상 신고용 수입금액 화면을 보여주며 실제 수입금액 관리를 숨기려 하였으며 신고 직책에 따른 프로그램 접근권한이 달라 경리이사 OOO만이 해당 화면에 접근할 수 있었다. (다) 이와 같이 청구법인은 실제 사업관련 수입금액이 기재된 수입금액 일보를 전산으로 작성 보관하고 있었음에도 허위의 수입금액 장부(이중장부)를 전산으로 작성하고 신고관련 장부를 거짓으로 기장하여 수입금액을 과소신고 하였으며 조사 착수 이후에는 실제 수입금액을 확인할 수 있는 전산 및 수동자료를 삭제·파기하였다. (라) 청구법인의 위 행위는 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것이 아니라 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나, 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위에 해당하는 것으로서조세범처벌법제3조 제6항의 “사기나 그 밖의 부정한 행위”에 해당하는 것으로 판단된다.

(2) 청구법인은 매출누락분 중 일부가 장부에 계상되어 있지 않은 대표이사의 급여 및 직원 격려금 등으로 지급된 것으로 보아 손금으로 추가 인정해야 한다고 주장하나, 청구법인은 ‘수시지급액’이라는 명목으로 대표이사에게 급여를 지급하였다고만 주장하고 있을 뿐 그와 관련하여 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점, 우수사원 격려금 및 장학금은 지속적으로 지급되는 과정에서 비용처리가 누락된 것이 아니라 1회성 행사에 그쳤고 그 지급사실 또한 관련 직원들의 확인서 외에 객관적으로 확인할 수 있는 증빙자료(우수사원 선발기준 및 대상자 선발과정 명단 또는 장학금 지급대상 직원자녀의 선발기준 및 선발과정 명단 등)는 전혀 제시되지 않는 점, 각 계정과목의 분개를 토대로 재무제표를 작성한 청구법인이 유독 해당 금액만을 장부에서 누락하였다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 주장하는 대표이사 급여, 직원 격려금 등을 손금으로 인정하기는 어렵다고 판단된다.

• 가. 쟁 점

① 청구법인의 매출누락을 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로 보아 국세부과제척기간 10년을 적용하여 법인세를 과세한 처분의 당부

② 대표이사 급여 및 직원 격려금 등을 매출누락액에 대응하는 부외경비로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제26조의2 【국세 부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는국제조세조정에 관한 법률제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[국제조세조정에 관한 법률제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여법인세법제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급·공제받아법인세법제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.

(2) 조세법처벌법 제3조【조세 포탈 등】⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징 수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작 6.조세특례제한법제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위 (3) 법인세법 제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 조세특례제한법제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제112조 【장부의 비치․기장】납세의무 있는 법인은 장부를 비치하고 복식부기에 의하여 이를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증빙서류를 비치․보존하여야 한다. (4) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

18. 제1호 내지 제17호 외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면, 조사청은 법인통합조사를 통하여 청구법인의 매출누락을 확인하고 처분청은 이에 따라 이 건 처분을 하였는바, 청구법인의 매출누락 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간 다툼이 없다. (2) 국세청 대내포털시스템에 의하여 확인되는 청구법인과 주식회사 OOO 의 당시 대표이사 OOO에 대한 급여 지급 신고 내역은 다음 <표2>와 같다. <표2> 대표이사 급여 신고 내역

(3) 조사청의 청구법인 및 주식회사 OOO에 대한 조세범칙조사 종결보고서(2015년 11월) 등의 주요내용은 다음과 같다. (가) 조사청은 현금수입금액 누락 및 적격증빙 미수취 불성실신고 혐의로 청구법인을 비정기통합조사 대상자로 선정하여 조사하였다. (나) 청구법인은 실제 사업관련 수입금액이 수록된 전산자료를 보관․관리 하고 있음에도 허위의 수입금액 장부를 작성하고 거짓으로 수입금액 신고하였다. (다) 실제수입금액과 신고한 수입금액의 차액은 청구법인 직영 매표소에서 현금 판매한 인화권 금액 및 시내․시계버스 운송용역 중 현금판매분에 대하여 일부분 신고 누락한 사실 확인하였다. (라) 2011~2014사업연도 수입금액은 조사 착수 시 확보한 매출총괄 집계표(월별)에 의하여 수입금액을 산정, 범칙조사 전환 및 조사범위 확대로 사업장 출장시 원시장부 등 파기로 실제 수입금액 총괄 집계한 관련서류 미확보로 상무이사 컴퓨터에 보관 되어 있던 수입금액 누락 상세명세 및 현금 수납일보 등 기타 자료에 의하여 수입금액 결정하였다. (마) 신고누락 금액은 현금 매출에 대한 금액으로 대부분 장부상 계상없이 사외유출 및 대표이사의 차입금(현금입금)입금, 차입금 반제과정을 거쳐 대표이사에게 사외유출 되었음이 확인된다. (바) 조사청이 청구법인이 이중장부를 작성하였다는 근거로 청구법인의 경리이사 OOO의 컴퓨터에서 확인된 서로 다른 금액을 매출총괄집계표 2종류(2011년~2014년분)를 보면, 실제 매출총괄집계표상 매출총계와 신고용 매출총괄집계표상 매출총계의 금액이 상이한 것으로 나타난다. (사) 이에 따라, 조사청이 적출한 매출누락금액 및 적출소득금액은 다음 <표3>․<표4>와 같다. <표3> 매출누락금액 <표4> 적출소득금액 (4) 조사청의 청구법인의 경리이사 OOO에 대한 서면문답서(2015년 11월)에 의하면, OOO은 매출총괄집계표가 2종류로 작성된 이유에 대하여, “실제 매출액이 기재된 매출총괄집계표와, 회사 운영에 필요한 영업비용 및 장부에 계상하지 못한 비용(부외경비 등) 등을 보전하기 위하여 현금매출액 중 일부를 공제한 매출총괄집계표가 별도로 작성되었다”고 답변하였고, 범칙조사 전환 후 컴퓨터에 보관하고 있던 전산장부(실제 수입금액이 수록된 전산자료)가 확인되지 않는 이유에 대하여 “조사착수 당시 갑작스러운 세무조사로 인하여 저희 회사에 예기치 못한 피해를 받지 않을까 하는 짧은 생각에 매출총괄내역을 삭제하게 되었다”고 답변한 것으로 나타난다.

(5) 조사청의 청구법인의 대표이사 OOO에 대한 서면문답서(2015년 11월)에 의하면, OOO는 “수입금액 누락에 대하여 별도로 지시한 사실이 없으며, 일부 수입금액을 누락하여 회사 운영비용에 사용한 사실은 있다”고 하면서, “OOO 상무가 구체적으로 어떤 자료를 삭제하 였는지는 모르나, 조사 착수한 날 모든 전산자료를 가져간 것으로 알고 있었으므로 설령, 그 이후에 삭제하였다고 하여 수입금액 누락액을 은폐하였다고 생각하지는 않는다”고 답변하였다. (6) 청구법인은 매출누락 행위를 ‘사기 나 그 밖의 부정한 행위’로 볼 수 없으므로 이 건 처분 중 5년의 국세부과제척기간이 만료된 이후의 것은 취소되어야 하고, 당시 청구법인의 대표이사가 수시로 지급받은 급여 및 직원 격려금 등은 추가로 손금산입되어야 한다고 주장하면서 다음과 같은 증빙을 제시하였다. (가) 청구법인은 매출총괄집계표를 적극적으로 은닉 하지 않았다는 주장의 증빙으로 청구법인의 사무실 현장 사진 2매와 법인 주소지와 조사당시 사무실 주소지가 동일한 법인등기부등본을 제출하였다. (나) 청구법인은 2005~2012사업연도 기간 동안 매년 임시주주 총회 결의에 따라 당시 대표이사 OOO에게 다음 <표5>와 같이 합계 OOO 원의 급여를 현금매출액의 세무신고 누락금에서 지급하였 다는 주장의 증빙으로 해당 기간 동안 각 임원별 지급액과 지급방법에 대하여 의 결한 내용이 나타나는 임시주주총회 의사록을 제출하였다. <표5> 청구법인 주장 대표이사 급여 지급내역 (다) 청구법인은 대표이사 급여로 매출누락액에서 수시지급하였던 OOO원을 추가 손금으로 인정할 수 없다면, 적어도 경찰수사에서 2007~2012사업연도의 대표이사 급여 OOO원이 현금매출 누락분에서 지급된 사실이 밝혀졌으므로 2005~2012사업연도의 대표이사 급여로 최소한 OOO원은 손금산입되어야 할 것이라고 주장하면서 다음 <표6>과 같이 당시 대표이사 OOO 등의 경찰수사보고서를 제출하였다. <표6> 청구법인 대표이사 OOO 등의 수사보고서 (라) 청구법인은 창립기념일을 맞이하여 2011.2.9. 우수사원 4명에게 격려금으로 각 OOO원, 직원자녀 장학금으로 OOO원을 지급하였으 므로 OOO원이 손금산입되어야 한다고 주장하면서 해당 직원이 작성한 확인서 8매를 제출하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 매출누락 행위를 ‘사기 사기나 그 밖의 부정한 행위’로 볼 수 없으므로 이 건 처분 중 5년의 국세부과제척기간이 만료된 이후의 것은 취소되어야 한다고 주장하나, 국세기본법제26조의2 제1항의 입법 취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에는 과세관청이 탈루 신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기 어려워 당해 국세의 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있으므로, 같은 항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신 고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않지만, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있는바(대법원 2015.9.15. 선고 2014두2522 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 실제 매출액을 집계한 전산장부가 있음에도 이와는 별도로 세무신 고를 위한 허위의 전산장부를 작성․관리하면서 그 차액에 상당하는 금액을 과소신고한 점, 조사 당시 청구법인의 매출규모를 파악할 수 있는 전산자료의 2010년 이전 원시자료를 삭제한 것으로 확인된 점 등에 비추어 과세대상의 적극적 은닉의도가 나타나는 청구법인의 매출누락행위는 과세관청으로 하여금 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위에 해당하는 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 청구법인의 매출누락행위를국세기본법제26조의2 제1항 제1호에 따른 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로 보아 국세부과제척기간 10년을 적용하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴보면, 청구법인은 매출누락액에서지급한 대표이사 급여 및 직원 격려금 등을 추가로 손금산입하여야 한다고 주장하나, 매출누락에 대응되는 부외손금이 있다는 사실은 이를 주장하는 납세자가 입증하여야 할 것(조심 2015중1649, 2016.7.6., 같은 뜻임)인바, 청구법인은 수시지급액이라는 명목으로 당시 대표이사에게 급여를 지급하였다고만 주장하고 있을 뿐 그와 관련하여 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있고 우수사원 격려금 및 장학금의 지급사실 또한 해당 직원들의 확인서 외에 객관적으로 확인할 수 있는 증빙자료가 제시되지 않는 점, 각 계정과목의 분개를 토대로 재무제표를 작성한 청구법인이 유독 해당 금액만을 장부에서 누락하였다고 보기는 어려운 점, 청구법인의 임시주주총회 의사록 내용은 임원 보수 한도 및 지급방법을 승인한 것일 뿐 그 문서 자체로 대표이사의 급여를 현금매출액의 세무신고 누락액에서 지급하였 다는 사실에 대한 직접적인 증빙으로 볼 수는 없는 점 등에 비추어 대표이사 급여 및 직원 격려금 등을 매출누락액에 대응하는 부외경비로 인정하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.