거래처 가공매출 확정됨에 따라 기납부한 매출세액 환급 적정 여부

OOO세무서장이 2015.7.26. 청구인에게 한 2010년 제2기 부가가치세 OOO(2013.1.24.자 OOO세무서장이 감액 경정․결정한 세액) 의 환급청구 거부처분은 동 부가가치세액을 청구인에게 환급(지급)하는 것으로 결정한다.

• 가. 청구인은 2010.7.1. OOO에서 ‘OOO’이 라는 상호로 개업하여 고철․비철 도소매업을 영위하다 2010.12.31. 폐업한 자로, 2010년 제2기 부가가치세 과세기간에 실물재화의 공급 없이 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금 계산 서”라 한다) 를 발급하고 관련 부가가치세 OOO원(이하 “쟁점세 액” 이라 한 다)을 매출세액으로 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 2회(2011.4.27.～2011.6.15. 및 2012.11.22.～2012.12.7.)에 걸쳐 청구인의 2010년 제2기 부가가치세 신고분에 대한 거래질서관련 조사를 실시한 결과, 쟁점세 금계산서가 가공세금계산서에 해당한다고 보아 2012.12.18. 청구인이 신고․납부한 쟁점세액을 전액 감액 경 정․ 결정한 다는 세무조사결과를 통지하고,조세범처벌법에 따라 고발조 치 하였으며, 2013.1.24. 쟁점세액을 감액 경정․결정한 후, 환급조치는 하 지 아니하였다.
• 다. 청구인은 2015.8.31. 쟁점세액을 환급하여 줄 것을 처분청에 경정(환급)청구하였으나, 처분청은 2015.10.26. 국세청의 예규(법규과-180, 2007.1.11., 법규과-1234, 2010.7.28. 외 다수)에 반한다는 이유로 쟁점 세액을 환급할 수 없다는 검토결과를 통지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2016.1.19. 이의신청을 거쳐 2016.5.27. 불복청 구를 제기하였

• 가. 청구인 주장 처분청은 청구인의 2010년 제2기 부가가치세 과세기간의 매출이 가공 거래로 확인되었다는 세무조사결과를 통지하면서 종합소득세 OOO원, 부가가치세 OOO원으로 예상(감액․경정)고지하였으나, 종 합 소 득세만 환급처리하고 부가가치세는 아무런 이유없이 환급하지 아니 하였다. 국세환급금에 대한국세기본법등 관계법령과 납세자의 권리보호취지를 고려한다면 세무조사 결과 결정된 국세환급금의 환급 이 불가할 때에는 가공거래확인, 환급금결정사실과 함께 결정된 환급금 이 환급이 불가하다는 사실과 그 이유를 통지하여야 할 것임에도 환급불 가 통지 등 환급거부처분이 없는 처분청의 부작위로 인하여 위법ㆍ부당 한 상태가 존속되고 있다. 다수의 조세심판결정례와 같이 실물거래 없이 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고ㆍ납부한 사실이 확인되어 처분청이 감액경정을 한 경우 이는 과오납금에 해당하므로국세기본법제51조 규정에 의해 쟁점세액을 즉시 환급하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 국세기본법 (2014.1.1. 법률 제12162호로 개정되기 이전의 것) 제45조의2 제1항에 의하면 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다 음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국 세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.”고 규정하고 있다. 2010년 제2기분인 쟁점세액에 대한 통상적인 경정청구는 법정신고기 한(2011.1.25.)부터 3년 이내인 2014.1.25.까지 청구하여야 할 것 인데, 청구인은 2015.8.31.에 이르러서야 경정청구를 제기하였으므로 부 적법 한 청구에 해당하고, 부적법한 청구에 기인하여 제기한 이 건 심판청구 역시 부적법한 청구에 해당한다.

• 가. 쟁 점 처분청이 가공매출로 보아 감액 경정․결정한 세액(미환급) 에 대한 환급청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】(2014.12.23 법률 제 1 2848호 로 개정되기 전의 것) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신 고기 한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해 당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부 터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청 구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세 액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초 과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 제51조【국세환급금의 충당과 환급】① 세무서장은 납세의무자가 국 세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초 과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부·이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다. 제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부 당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변 경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. (2) 국세기본법 시행령 제33조 【국세환급금 등의 환급】① 세무서장은 법 제51조에 따라 국세환급금(국세환급가산금을 포함한다)을 충당하 고, 남은 금액이 있는 경우에는 이를 해당 연도의 소관 세입금 중에서 납 세자에게 지급하도록 한국은행에 통지하여야 한다.

② 한국은행은 제1항에 따른 통지를 받았을 때에는 지체 없이 환급에 필요한 절차를 밟아야 한다.

③ 법 제51조제1항 후단에 따른 환급청구를 하려 는 자는 기획재정부령으로 정하는 환급신청서를 관할 세무서장에게 제출하여 야 한다. (3) 국세기본법 시행규칙 제14조의2 【착오ㆍ이중납부에 대한 환급 청구】영 제33조 제3항에 따른 환급청구는 별지 제20호서식의 국세환 급금 환급신청서에 따른다. (4) 부가가치세법 제57조 【결정과 경정】① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관 할 세무서장 등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하 는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락 된 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 쟁점세금계산서 거래내역 및 부가가치세 신고내역에 의하면, 청구인은 2010년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO 상사에게 공급가액 총 OOO원, (주)OOO에게 공급가액 총 OOO원의 세금계산서를 교부한 후, 2011.1.25. 2010년 제2 기 부가가치세 확정신고를 하면서 부가가치세 OOO원을 납부한 것 으로 나타난다.

(2) 처분청 조사담당공무원이 작성한 조사복명서 및 세무조사결과 통지서 등에 의하면, 처분청은 2회에 걸쳐 청구인의 2010년 제2기 부 가가치세 신고분에 대해 거래질서관련 조사를 실시하였고, 그 결과 쟁점세 금계산서가 가공세금계산서에 해당한다고 보아 2012.12.18. 청구인이 신고․납부한 쟁점세액을 전액 감액 경정․ 결 정한다는 내용의 세무 조 사결과를 통지한 후, 2013.1.24. 쟁점세액을 감액 경정하는 결정을 하 였 으나, 쟁점 세액이 범칙행위와 관련된 세액이라는 이유로 환급하지 아 니한 사실이 확인된다.

(3) 쟁점세금계산서 거래가 가공거래로 확인되어 청구인에게 세무 조사 결과통지 및 처분청의 감액 경정․결정이 이루어진 후, 종합소득 세 의 경우, 청구인이 별도로 환급청구를 한 사실이 없음에도 처분청이 직권으로 청구인에게 환 급조치(지급요구일 2013.1.30.자)한 사실이 확인된

• 다. (4) 한편, 이 건 관련 청구인의 이의신청에 대한 OOO국세청장의 이 의재결 주요 내용은 다음과 같다. (가) 2010년 제2기분인 쟁점세액에 대한 경정청구는 법정신고기한 (2011.1.25.)으로부터 3년 이내인 2014.1.25.까지 제기하였어야 할 것인 데, 청구인은 2015.8.31. 경정청구를 하였으므로 이는 부적법한 경정청구 에 해당한다고 판단하였다. (나) 따라서, 청구인의 경정청구는 단순한 민원의 성격을 가지는 것으로 볼 수 있고, 처분청의 거부통지도 같은 성격의 민원회신이라 할 수 있으므로 이 건 이의신청은 불복대상이 존재하지 않는 부적법 한 청구에 해당한다고 재결하였다. (5) 국세기본법 제51조 제1항에서 세무서장은 납세의무자가 국 세·가 산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초 과 하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세 법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제 한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다고 규정하고 있다. (6) 국세환급금이란 국세에 관한 과오납금(초과납부액과 오납액)과 환 급세액으로 납세 의무자에 게 반환되어야 할 금액을 말하는데, 초 과납부액은 신고 또는 부과처분이 당연무효는 아니나 그 후 취소 또는 경정(당초 처분의 일부 취소)됨으로써 그 전부 또는 일부가 감 소된 세액을 말하고, 오납액은 납부 또는 징 수의 기초가 된 신고 (신고납세방식의 경우) 또는 부과처분(부과 과 세방식의 경우)이 부 존 재하거나 당연무효임에도 불구하고 납부 또 는 징수된 세액을 말한 다 할 것이다 (대법원 1989.6.15. 선고 88누6436 판결 외 다 수 참조). (7) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 처분청이 가공매출로 보아 감액 경정․결정한 쟁점세액(미환급) 에 대해 청구인이 한 국세환 급청구 를 거부한 처분이 타당한지 여부에 대해 살펴본다. (가) 처분청이 쟁점 세금 계산서를 가공세금계산서로 보아 쟁점세액 상당액을 감액 경정․결정하고도 동 세액이 조세범칙행위와 관련되었 다는 이유로 환급하지 아니 한 것은, 오납액ㆍ초과납부액 등을 국세환급금으 로 즉시 결정하여 환급하도록 규정하고 있는국세기본법제51조의 규정의 취지나 조세심판사례(국심 2007서5238, 2008.10.15. 합동회의 결정 외 다 수)에 비추어 볼 때, 법리 해석상 오해가 있었다고 보여진다. (나) 청구인이 환급 청구한 쟁점세액은, 국세의 경정․결정 전에 경정청구권을 가진 납세자가 과세관청에 경정(감액)․결정해 줄 것을 청구하는 절차를 규정한 국세기본법 제45조의 2 규정에 따라 경정 청 구하는 세액이 아닌, 같은 법 제51조에 규정 하는 초 과 납부액에 해당하 는 과오납금으로써, 처분청이 청구인의 환급세액 청구 를 단순한 민원 성격으 로 본 것은 인정된 사실관계에 대한 법 적용상의 오류 로 보여진다. (다) 과오납 국세 등의 환급 청구에 대한 거분 처분을 처분성이 없다는 이유 로 본안심리에서 배제하게 되면 납세자 권리구제나 소송비용 부담 측면에서 심히 불합리할 뿐 만 아니라, 과오납 국세 등의 환급과 관련하여 국가에게 의무를 부여하고 있 는국세 기본법제51조 규정이 국가 에게 재량을 허용한 것 처럼 해석 될 소지가 있어 이 또한 불합리하게 되 므로 국세환급금(환급 가산금) 의 결정 또는 거부처분은 처분성을 긍정하여 본안심리 대상으 로 취급함이 마땅하다고 보여진다(국심 1992중4209, 1993.3.23. 합동회의 결정 및 조심 2013서4626, 2015.3.4. 참조). (라) 같은 사유로 감액 경정․결정한 종합소득세는국세기본법 제51조 규정에 따라 처분청이 직권으로 환급 조치한 사실에서 처분청 이 정당한 사유 없이 쟁점세액을 환급 조치하지 아니하고 보유하고 있는것은 부적정하다고 보여진다. (마) 따라서, 처분청이 감액 경정․결정(부과결정)을 하고도 환급 결정(징수결정) 조치하지 아니한 쟁점세액은 청구인에게 환급 결정함 이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기 본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한