세금계산서 교부시기로부터 3개월이 경과하여 거래사실확인 신청을 한 것으로 보아 이를 거부한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO에 지하 2층․ 지상 6층 규모(1,882.28㎡)의 ‘OOO’을 신축하는 공사(이하 “쟁점공사”라 한다)의 건축주로서 쟁점공사와 관련하여 2011.3.4. OOO 주식회사(이하 “쟁점시공사”라 한다)와 공사금액 OOO원(공급가액)에 도급계약을 체결하였고, 2012.7.30. 공사금액을 OOO원으로 증액하는 변경계약을 체결하였으며, 2012.8.22. 쟁점공사를 준공(사용승인)하였으나 쟁점시공사로부터 공사금액 중 공급가액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 세금계산서를 수취하지 못하였다.
• 나. 청구인은 2012.11.15. 쟁점시공사를 상대로 손해배상청구소송을 제기하여 2015.10.29. 대법원에서 판결을 받은 후 2015.11.19. 매입자발행세금계산서를 발급하기 위하여 처분청에 거래사실확인신청을 하였으나, 처분청은 쟁점금액의 공급시기를 사용승인일(2012.8.22.)로 보고 세금계산서의 교부시기부터 3개월을 경과하여 신청한 것으로 보아 2015.12.30. 이를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.2.17. 이의신청을 거쳐 2016.4.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 건설업을 영위하는 사업자가 기성금 등에 대한 다툼이 있어 법원의 판결에 의하여 대가가 확정되는 경우 당해 건설용역의 공급시기는 부가가치세법 시행령제29조 제2항에서 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때로 규정하고 있는바, 쟁점공사에 대한 공사금액(OOO원) 중 OOO원에 대하여는 매입세금계산서를 수취하였으나, 나머지 쟁점금액에 대한 세금계산서를 수취하지 못하였고, 2012년에 쟁점 시공사를 상대로 손해배상청구 소송을 제기하여 대법원에서 2015.10.29. 판결을 받았으므로 이 때를 쟁점금액의 공급시기로 보아야 한다. 따라서, 대법원 판결일(2015.10.29.) 로부터 3개월 이내인 2015.11.29. 처분청에 매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실 확인신청을 하였음에도 처분청이 신청기한을 경과한 경우에 해당한다고 보아 거래 사실의 확인신청을 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 공사대금의 정산에 관한 분쟁으로 소송까지 제기되어 그에 관한 판결에서 공사잔금이 확정되었다고 하더라도, 이는 공급이 완료된 용역의 하자 및 공사지연으로 인한 손해배상에 관한 문제이거나 별도의 추가공사용역에 관한 문제일 뿐, 그로써 역무제공의 완료시 공급가액이 확정되지 아니한 경우에 적용되는 구 부가가치세법 시행령제22조 제3호(역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때)를 적용할 것은 아니라고 할 것(대법원 2005.5.27. 선고 2004두9586 판결)인바, 쟁점공사와 관련된 법원의 판결서(대법원 2015.10.29. 선고 2015다214691 및 214707 판결)에서 ‘건물 신축공사의 공정이 종료되고 주요구조 부분이 약정한 대로 시공되었다면 그 공사는 완성된 것이고, 일부 미시공된 부분이 있다고 하더라도 이는 건물에 하자가 있는 것에 불과하다’라고 판시하여 사용승인일 이후 공사는 단순한 하자보수나 추가공사에 불과한 것이므로 청구주장은 이유 없다. 또한, 청구인이 주장하는 부가가치세법 시행령제29조 제2항의 규정은 실질적인 마무리 공사에 한해서 적용하는 것이고 쟁점공사와 같이 단순한 하자보수나 추가공사에 있어서는 적용할 수 없는 것이다. 따라서, 쟁점공사의 공급시기는 사용승인일(2012.8.22.)이므로 청구인이 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 처분청에 거래사실의 확인을 신청하지 아니하여 신청기한을 경과한 것으로 보고 이를 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 세금계산서를 발급받지 아니한 쟁점금액에 대하여 세금계산서 교부시기부터 3개월이 경과하여 거래사실확인신청을 한 것으로 보아 이를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제16조 【용역의 공급시기】① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제29조 【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우

2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우

3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우

4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우

② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 (3) 조세특례제한법 제126조의4 【매입자발행세금계산서에 의한 매입세액공제 특례】①부가가치세법제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고부가가치세법제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이하 "매입자발행세금계산서"라 한다)를 발행할 수 있다.

② 제1항에 따라 발행한 매입자발행세금계산서에 기재된 그 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 「부가가치세법 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다.

③ 제1항 및 제2항 외에 매입자발행세금계산서의 발급대상, 발급방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 조세특례제한법 시행령 제121조의4 【매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등】② 법 제126조의4 제1항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는부가가치세법제34조에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

⑤ 신청인이 제4항의 기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음 각 호에 해당하는 경우에는 신청인의 관할세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다.

1. 제2항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우

2. 신청서의 내용으로 보아 거래당시 미등록사업자 및 휴·폐업자와 거래한 것이 명백한 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점공사에 대한 당초 도급계약서상 착공일은 2011.3.30.이고, 준공일은 착공 후 9개월 후인 2011.12.31.로 기재되어 있으며, 2012.7.30. 공사대금을 OOO원(공급대가)로 변경하는 변경계약을 체결하였는바, 도급계약서 및 변경계약서의 주요내용은 다음 <표1>과 같다. OOO

(2) 쟁점공사와 관련하여 OOO은 2012.8.22. 사용승인을 하였고, 쟁점시공사는 감리원을 경유하여 2012.9.6. 청구인에게 준공계를 교부하고 2012.12.24. 하자보수 이행각서를 작성하여 교부한 사실이 법원의 판결서 등에 나타난다.

(3) 쟁점시공사가 쟁점공사와 관련하여 청구인에게 발급한 세금계산서는 아래 <표2>와 같으며, 변경된 도급계약서상 금액에서 쟁점금액 상당액의 세금계산서가 발급되지 아니한 사실이 나타난다. OOO

(4) 쟁점공사와 관련된 대법원 판결서(대법원 2015.10.29. 선고 2015다214691 손해배상, 2015다214707 공사대금) 및 OOO법원 조정조서(2016.4.11.)의 주요내용은 다음 <표3>과 같다. OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점공사의 공급시기를 기성금 등에 대한 다툼이 있어 법원의 판결에 의하여 대가가 확정된 2015.10.29.이라고 주장하나, 계약에 의하여 받기로 한 대금이 정해진 상태에서 공사가 완료되었으나 공급이 완료된 용역의 하자 및 공사지연으로 인한 손해배상 등 대금에 대한 분쟁으로 발생한 소송에 의해 잔금이 확정되었다 하더라도 용역의 공급시기는 잔금확정일이 아니고 역무의 제공이 완료된 때라 할 것(대 법원 2005.5.27. 선고 2004두 9586, 같은 뜻임)인바, 청구인과 쟁점시공사 간에 쟁점공사에 대한 도급계약을 체결하여 사용승인일인 2012.8.22. 역무의 제공이 완료된 점, 대법원에서도 쟁점공사에 대한 건설용역은 사용승인일에 이미 완료되어 대금 중 미지급한 쟁점금액을 쟁점시공사의 공사대금채권으로 인정하고 있고 사용승인일에 채권 이행기가 도래하였다고 판단한 점, 사용승인일 이후의 공사는 단순한 하자보수나 추가공사에 불과한 점 등에 비추어 세금계산서를 발급받지 아니한 쟁점금액에 대하여 세금계산서 교부시기(2012.8.22.)부터 3개월이 경과하여 거래사실확인신청을 한 것으로 보아 처분청이 이를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.