청구법인의 책임과 계산하에 쟁점세금계산서 중 허위외주비를 계상한 후 차액을 공동수주사의 대표자가 돌려받은 가공매입세금계산서에 해당함

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1981.6.25. 설립되어 건축․토건업을 영위하는 업체로 2006년부터 2007년까지 OOO이 발주한 ‘OOO간 도로개설공사’(이하 “쟁점 공 사”라 한다)를 청구법인 외 2개 회사와 공동으로 수주받아 시공하였고, 청구법인은 쟁점공사의 대표사로서 하도급과 관련된 사무 및 자금처리를 총괄하였으며, 공동수주 각사의 지분율은 청구법인 41%, 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다) 22%, OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다) 37%이다.
• 나. OOO세무서장은 OOO지방검찰청장이 통보한 공문에 따라 2010.11.4.부터 2010.11.8.까지 공동수주사인 OOO건설에 대한 세무조사를 실시하고, OOO건설이 쟁점공사 관련 하도급업체인 ‘OOO건설 주식회사 ‧OOO건설 주식회사 및 OOO조경 주식회사’로부터 거래금액을 실제 금액보다 과대 계상 한 후 그 차액을 OOO건설의 공동 대표자인 주OOO과 곽OOO의 개인계 좌 (이하 “부외계좌”라 한다)로 돌려받은 사실을 확인하고 청구법인이 2006년 제1기 공급가액 OOO원, 2006년 제2기 공급가액 OOO원, 2007년 제1기 공급가액 OOO원, 2007년 제2기 공급가액 OOO원의 각 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 실물거래없이 수취한 것으로 조사한 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라 2016.3.8. 청구법인에게 부가가치세 2006년 제1기분 OOO원, 2006년 제2기분 OOO원, 2007년 제1기분 OOO원, 2007년 제2기분 OOO원, 법인세 2006사업연도 OOO원, 2007사업연도 OOO원(합계 OOO원)을 각 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.5.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점공사의 대표사로서 쟁점공사와 관련된 모든 매입 자료를 일괄 수취하여 공동도급사인 OOO건설과 OOO에 각사의 지분율에 따라 공사원가를 안분하여 매출세금계산서를 발행․하도급 대금을 수금하여 청구법인이 일괄 수취한 매입자료에 대한 대금결제를 정상적으로 이행하였다. 당초 쟁점공사는 OOO광역시의 연고기업인 OOO의 주도하에 하도급업체의 선정 및 계약을 한 상태로서 단지 청구법인은 쟁점공사의 대표사로 하도급과 관련된 사무 및 자금처리를 총괄하여 진행하였을 뿐, OOO건설과 하도급업체간의 부당한 거래에 대한 리베이트 전액이 OOO건설 대표자 등에게 귀속된 것으로, 청구법인은 OOO건설의 비리와는 상관이 없는 선의의 피해자이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점공사에 대한 공동수주의 대표사로서 하도급공사와 관련된 모든 매입자료를 일괄 수취한 후 공동수주 2개사에 공사원가를 안분하고, 일괄 수취한 매입금액을 각사의 지 분율에 따라 매출세 금계산서를 발행하고, 공사대 금을 수령하며, 일괄수취한 매입자료의 대금결제를 이행하는 등 실질적으로 쟁점공사의 하도급 관련 사무 및 자금처리를 총괄하였고, 또한 청구법인이 쟁점공사와 관련하여 행한 관련제세 신고와 납부는 모두 자기 책임하에 계상하여 장부에 따라 신고한 것이다. 처분청은 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과 청구법인이 일괄수취한 매 입자료 중에 ‘하도급업체 로부터 실 제 거래금액보다 과다 계상한 허위 외 주비를 거래 금액으로 산정하고, 청구법인으로부터 대금을 지급받은 후 차액을 청구법인 외 공동수주사인 OOO건설의 부외계좌로 돌려받은 사실과 다른 매입세금계산서를 확인’하였고 이는 OOO지방검찰청의 공소장 내용과 OOO건설의 심판청구 결정문(조심 2011중1068, 2012중42)의 내용과도 동일이다. 또한, 청구법인이 동 사실과 다른 매입세금계산서(가공원가)를 지분비율에 따라 OOO건설과 OOO에 배분한 매출세금계산서는 당연히 사실과 다른 매출세금계 산서에 해당하여 수입금액에서 차감한 것이다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 일부 실물거래가 없는 가공세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 (1) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사·결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누 락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근 거를 결정서에 적어야 한다.

(2) 부가가치세법(2008.1.1. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것) 제17조 (납부세액) ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (3) 법인세법 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인에 대한 처분청의 부가가치세 조사종결보고서(2015년 12월)를 보면, 아래와 같이 기재되어 있다. (가) OOO건설에 대한 검찰수사 및 OOO세무서장이 실시한 세무조사 결과, OOO건설은 하도급업체로부터 실질 거래금액보다 과다하게 거래금액을 산정하여 이에 대한 대금을 지급한 후 차액을 부외로 돌려받은 형태로 거래하였고, 특히 쟁점공사의 경우 매입세금계산서는 공동원가배분에 따라 주관사인 청구법인으로부터 별도 수취한 것으로 하도급업체는 청구법인에게 세금계산서를 발행(관련 대금은 청구법인이 일괄 지급하고 증빙을 수취함)하고, 청구법인은 OOO건설과 OOO에게 세금계산서를 발행한 것으로 아래 <표1>과 같이 가공세금계산서를 수취하였다. <표1> (나) 하도급업체가 실제 공사대금보다 과다하게 계상한 공사원가를 부인하고 부가가치세 매입세액 을 불공제하며, 검찰수사결과에 의하면, OOO건설의 공동대표이사 주OOO과 곽OOO가 횡령한 것으로 확인되고, 이들에게 상여처분된 것이므로 전액 손금불산입OOO및 기타사외유출로 처분하고, 해당 가공원가를 지분비율에 따라 OOO건설(22%), OOO (37%)에 배분하여 매출세금계산서를 발행한 금액을 매출금액 및 법인세 수입금액OOO에서 차감하여야 한다.

(2) 공소장(OOO지방검찰청, 2010형제83279, 88450호)을 보면, OOO지방검찰청은 2010.11.12. OOO건설의 공동대표이사인 주OOO과 곽OOO가 2006.1.5.부터 2010.7.9.까지 하도급업체 등으로부터 외주비 201건에 OOO원 상당을 허위 계상하여 횡령한 것으로 조사하여 공소를 제기하는 한편, 관련 자료를 OOO세무서장에게 2010.10.27. 통보한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 쟁점공사의 대표사로 하도급과 관련된 사무 및 자금처리를 총괄하여 진행하였을 뿐, OOO과 하도급업체간의 부당한 거래에 대한 리 베이트 전액이 OOO 대표자 등에게 귀속된 것으로 청구법인은 OOO의 비리와는 상관이 없는 선의의 피해자라는 주장이다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO건설과 하도급업체간의 부정으로 인하여 발생한 일에 대하여 아는 바가 없는 등 쟁점세금계산서를 가공거래에 따른 것으로 과세한 처분이 부당하다고 주장하나, 이 건은 청구법인의 책임과 계산하에 쟁점세금계산서 중 허위외주비를 계상한 후 차액을 OOO건설의 공동대표자가 돌려받은 가공매입세금계산서에 해당하는 점, 쟁점세금계산서와 관련하여 부당공제 처리된 부가가치세와 손금산입액은 사실과 다른 세금계산서 및 손금부인대상으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서 공급가액에 대하여 매입세액을 불공제하고 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.