처분청의 법인세 무신고법인 처리지침은지침은 법률 등과 같이 대외적으로 표방한 것이 아니라 소급과세금지 원칙 등의 적용대상으로 보기 어렵고, 청구인이 제시한 인건비 자료는 원천징수 사실이 확인되지 않고 법인의 급여명세서의 지급내역이 불분명해 보이는 등 대표자 상여처분 정당함
처분청의 법인세 무신고법인 처리지침은지침은 법률 등과 같이 대외적으로 표방한 것이 아니라 소급과세금지 원칙 등의 적용대상으로 보기 어렵고, 청구인이 제시한 인건비 자료는 원천징수 사실이 확인되지 않고 법인의 급여명세서의 지급내역이 불분명해 보이는 등 대표자 상여처분 정당함
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 처분청이 제시한 “법인세 무신고법인 처리지침”(2012년 12월 및 2014년 10월 OOO국세청장 작성, 이하 “업무처리지침”이라 한다)은 2011사업연도 법인세 부과와 관련 하여 적용할 수 없는 것으로, 2011.12.31. 이전의 업무처리지침에 의하 지 않은 법인세 부과처분은 소 급과 세금지에 위배되는 것이다. 처분청은 2011사업연도 법인세 납세의무 성립일 당시(사업연도 종료 일)의 정당한 법령․업무지침 등을 청구외법인에게 적용한 것이 아니라 조세불복의 과정을 거치면서 연도를 달리하여 업무지침을 제 시하고 있는 것으로 보아 청구외법인에 대한 과세표준과 세율을 결정할 당시 정확한 근거에 의하지 아니하였다고 보여진다. 처분청이 제시한 업무처리지침에 ‘폐업기준을 무신고자 결정일로 판단하는 것이 아님’의 내용이 존재하더라도 이는 세법의 규정을 확 장 해석한 것이며, 처분청은 추계결정 관련 ‘폐업한 때’의 기준이 해당 사업연도 종료일이라고 주장만 할 뿐, 주장의 법령근거, 판례 및 유권해석 등을 제시하지 못하고 있다. (2) 청구외법인은조세특례제한법제7조 제1항 및 같은 법 시행령 제6 조 제5항 제2호에 따른 건설업 법인으로 매출액이 100억이 넘지 않으면서 종업원 수가 50명 미만인 소기업에 해당하는바, 법인세법 시행령제104조 제2항 제3호에서는 추계결정 판단 기준에 있어 ‘소 기업이 폐업한 때’라고 언급만 할 뿐, 언제 폐업한 법인에 대해 적용 할 것인지 여부가 불분명하므로, 심판사례 등에 따라 조사 또는 부과처 분 시점을 기준으로 폐업 기준을 판단하여야 한다. 따라서 청구외법인의 경우 부과처분 시점 이전부터 폐업 상태에 있었 던 소기업에 해당하므로 법인세법 시행령제104조 제2항 제3호 에 따라 기준경비율이 아닌 단순경비율 등을 적용하여 소득금액을 추계결정하여야 한다. (3) 조사관서가 산정한 청구외법인의 2011사업연도 추계결정소득률은 OOO%로 청구외법인의 2011사업연도 매출액인 OOO원 대비 지나치게 과다하고, 기준경비율 등의 방법에 의해 청구외법인의 2011 사업연도 소득금액을 추계결정하는 경우에도 당초 신고누락한 인 건 비 OOO원이 존재하므로 이를 추계소득금액에서 차감하여야 한다.
(2) 법인세 무신고에 대한 소득금액 추계결정시 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호의 적용대상인 폐업법인 여부 판단에 있어 폐업일 은 조사일이나 부과처분일이 아니라 사업연도 종료일을 기준으로 하는 것이다. 청구외법인은 2012년 제1기 부가가치세 신고를 2012.9.1.자로 기한후 신고 하였고, 2011년 하반기에 약 OOO원의 매출이 발생하였으며, 청구 외법인 을 승계하고자 하는 OOO에게 2012.1.11. 주식을 모두 이전한 것 으로 나타 나는 점에서 2011사업연도에는 계속사업자의 지위에 있었던 것으로 보여지고, 전산조회에 나타나는 폐업일도 2012.7.31.로 나타나 청구외법인의 2011사업연도 법인세의 경우 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 의 적용대상이 아니다.
(3) 관련 조항의 산식에 따라 추계소득금액을 계산하였으므로 추계 소득률이 높다 하여 비정상적이라 할 수 없고, 청구인이 제시한 인건 비 자료는 원천징수된 사실이 없을 뿐만 아니라 소득자료수집처별 카드 등으로 확인되지 아니한 자료로 청구외법인의 사업과 관련하여 실제 지급된 것인지 여부가 불명확하다.
1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우
② 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.
1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.
① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.
1. 감면업종(생략)
2. 축산업ㆍ광업ㆍ건설업ㆍ출판업ㆍ물류산업 또는 운수업 중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것 (4) 조세특례제한법 시행규칙 제2조 【중소기업의 범위】② 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 상시 사용하는 종업원수는 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자 [주주인 임원, 소득세법 시행령제20조에 따른 일용근로자, 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 제1항 제2호 에 따른 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구전담요원 및 근로기준법 제2조 제1항 제8호 에 따른 단시간근로자(이하 이 항에서 ‘단시간근로자’라 한다) 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 미만인 근로자는 제외한다] 수로 한다. 이 경우 종업원 수는 해당 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로 하여 계산하며, 단시간근로자 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산한다.
(5) 구 부가가치세법 시행규칙 제6조 【폐업일의 기준】① 법 제5조제5항에 따라 폐업하는 때는 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날로 한다. 다만, 해산으로 청산 중인 내국법인 또는채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따라 법원으로부터 회생계획인가의 결정을 받고 회생절차를 진행 중인 내국법인인 사업자는 사업을 실질적으로 폐업하는 날로부터 25일내에 사업장관할세무서장에게 신고하여 그 승인을 받은 경우에만 잔여재산가액 확정일(해산일로부터 365일이 되는 날까지 잔여재산가액이 확정되지 아니한 경우에는 그 해산일로부터 365일이 되는 날)을 폐업일로 할 수 있다.
② 폐업한 때가 명백하지 아니한 경우에는 제4조 제1항에 규정하는 휴업(폐업)신고서의 접수일을 폐업일로 본다.
(1) 국세청 차세대 시스템 조회자료 및 법인등기부등본에 나타난 청구외법인의 대표이사 등 변경 이력은 아래 <표1>과 같은바, 임원 취임일은 등기부등본을 기준으로 작성하였고, 사업자등록 변경 이력과는 차이가 존재한다.
(2) 조사관서의 조사담당공무원이 2013.
7.
대한 2011사업연도 법인세 무신고법인 검토조서의 종합의견에 의하 면, 청구외법인은 2012.7.31.자 직권폐업된 법인으로 2011사업연도 종료일 기준으로 가동사업자에 해당하고, 2011사업연도 법인세를 무신고하여법인세법제60조에 의거 법인세를 추계결정한다고 기술하였다.
(3) 청구외법인의 법인세 결정결의서 등 심리 자료에 의하면, 조사관서는 청구외법인이 2011사업연도 법인세를 무신고하자, 해당 사업연도에 대하여 기준경비율을 적용한 추계결정방법으로 소득금액 OOO원을 산정하고, 재무제표에서 확인되는 대표자 가지급금 OOO원 및 가지급금에 대한 인정이자 OOO원 등 총 합계 OOO원에 대해 <표2>와 같이 익금산입한 후, 상반기 대표이사 인 OOO에게 OOO원(추계소득 OOO원, 가지급금 OOO원, 인정이자 OOO원)을, 청구인에게 OOO원(추계소득)을 상여처분하고, 청구외법인에게 소득금액변동통지한 것으로 나타난다. (4) 한편, 위 (3)의 소득금액변동통지와 관련하여 OOO이 이의신청을 제 기하자 처분청은 2014.
1.
15. OOO의 상여처분액을 OOO원으 로 경정하였고(청구인 OOO)하였고, 이후 청구인의 고충민원신청 결과에 따라 청구인의 상여처분액을 OOO원으로 최종 경정(OOO원)한 후 처분청에 소득자료로 통지하였다.
(5) OOO국세청장이 시달한 2011사업연도 법인세 무신고법인 처리지침상 ‘추계결정 방법 등 업무처리 요령’에 의하면, 폐업한 소기 업 추계결정시 유의사항으로 법인세법 시행령제104조 제2항 제3호 적 용 대상인지 여부는 사업연도 종료일을 기준으로조세특례제한법상 소기업에 해당되고 폐업된 법인인지 여부로 판단하되, 폐업기준을 무신고자 결정일로 판단하는 것이 아니라고 하면서 추계결정 대상 사업 연도 종료일(2011년 귀속) 이후에 폐업한 법인은 위 규정의 적용대상 이 아니라고 기술한 것으로 나타난다.
(6) 청구인은 청구외법인의 2011사업연도 소득금액을 추계결정하는 경우에도 청구외법인이 당초 제시하지 않은 아래 <표4>의 추가 일용직 인건비가 있으므로 이를 인정하여야 한다고 주장하면서 2011년 7월부터 12월까지의 월별 일용근로자 급여계산표 및 계좌이체내역(청구외법인 계좌에서 일용근로자 계좌로 이체), 공정별 노임대장 등을 제시하였으며, 청구외법인이 추가 인건비를 누락한 이유는 일용직 중 신용불량자들이 자신들의 소득이 노출되는 것을 꺼리는 경향이 있고 고용산재보험에 대한 부담 때문에 실제 인건비보다 축소하여 소득자료를 신고하였다고 주장하고 있다. (7) 위 사실관계 및 관련 법령 등 을 종합하여 쟁점①에 대하여 살피 건대, 처분청이 제시한 2012년 작성 업무처리지침이 2011사업연도 법인 세 신고분에 대한 것인 점, 동 지침은 행정기관 내부의 업무처리기준에 지나지 않고 법률이나 시행령 등과 같이 대외 적으로 표방한 것이 아니 라 소급과세금지원칙이나 신의성실원칙의 적용 대상으로 볼 수는 없는 점, 동 지침 중 폐업 기준일을 사업연도 종료일로 하라는 내용은 업무처 리에 있어 참고할 만한 관련 법령에 대한 해석기준이어서 이를 근거 로 이 건 부과처분이 세법 규정을 부당하게 확대해석 하였다고 보기는 어려운 점 등에서 동 부과처분이 소급과세금지원칙에 위배된다는 청구주장은 이유 없다고 판단된다.
(8) 다 음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 법인세 무신고 관련 소득금액의 경정시 폐업한 소기업에 대한 추계결정 규정을 적용함에 있어 소득금액을 경정하는 사업연도를 기준으로 폐업 여부를 판단함이 문언 해석상 타당한 것으로 보이는 점, 법인이 폐업하였더라도 장부기장을 지속한 소기업의 경우 임 원 이나 세무대리인이 장부를 제시할 수 있다고 보이는 점 등에서 폐업한 소기업의 기준을 처분청이 조사 또는 부과처분하는 시점으로 보아 법인세법 시행령제104조 제2항 제3호를 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(9) 다 음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인이 제시한 인건비 자료는 원천징수된 사실이 확인되지 아니하는 점, 청 구외 법인이 급여명 세서에 있는 인원에게 사업과 관련한 인건비조로 실제 급여 를 지급하였는지 여부가 불분명한 점, 전심 단계인 이의신 청 에서는 관련 주장이나 증빙을 제시하지 아니한 점 등에서 추가 일용 직 인건비를 주요경비로 인정하여야 한다는 청구주장은 이유 없다고 판 단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한
결정 내용은 붙임과 같습니다.