청구법인이 주식등변동상황명세서를 누락제출한 것으로 보아 가산세를 부과한 처분은 정당

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1976.10.18. 개업하여 레미콘․시멘트제품 제조업 등을 영위하는 사업자로서 2012사업연도의 대차대조표상 자본금은 OOO원이었고, 2013.7.2. 청구법인의 대표이사 OOO로부터 OOO 소재 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산” 이라 한다)을 현물출자받았으며, 2013사업연도의 대차대조표상 자본금을 OOO원으로 계상하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 2013사업연도 중 쟁점부동산을 현물출자받아 자본금이 OOO원OOO 증가하였음에도 2013사업연도 귀속 법인세 신고시 제출한 주식등변동상황명세서상 이에 따른 주식변동사항의 기재를 누락한 것으로 보아 법인세법제76조 제6항 및 국세기본법제49조 제1항 제2호에 따라 2016.2.5. 청구법인에게 2013사업연도 귀속 법인세 OOO원(주식등변동상황명세서 누락제출가산세)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.3.15. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 조세특례제한법제31조에 따라 대표이사 OOO가 경영하던 개인사업체인 OOO을 흡수통합하면서 그 사업용 고정자산인 쟁점부동산 중 토지를 OOO원, 건물을 OOO원으로 평가하고 재무상태표상 부채 OOO원을 공제한 OOO원을 순자산으로 하여 현물출자받아 1주당 발행가액을 OOO원으로 하여 액면가 OOO원인 신주 OOO주를 발행하기로 하는 중소기업통합계약을 체결(2013.4.30.)하고 법원에 현물출자에 대한 인가신청(2013.6.5.)을 하였으나, 법원에서 2013.5.31. 쟁점부동산에 근저당이 설정되어 있는 금액인 OOO원과 보증금반환채무액 OOO원을 합한 가액이 쟁점부동산의 감정평가액인 OOO원을 초과하므로 실제 피담보채권에 대하여 소명하라는 보정명령를 하여 청구법인이 쟁점부동산의 근저당설정액 중 중복채무를 제외한 채무액이 OOO원이고, 임대보증금 채무액이 OOO원이라고 소명한 후, 법원에서 쟁점부동산의 현물출자가액을 OOO원으로 하고 1주당 발행가액을 OOO원으로 하여 신주 OOO주OOO를 발행하도록 승인하여 자본금이 OOO원이 증가되었으며, 청구법인의 쟁점부동산의 보증채무 상당액을 예수금으로 회계처리하고 2014년 1월 및 2월에 5차례 걸쳐 현금을 OOO로부터 납입받고 추가로 증자하여 자본금이 OOO원OOO 증가하였으며, 이에 따른 주식변동사항을 기재한 주식등변동상황명세서를 2014사업연도 귀속 법인세 신고시 제출하였다. 법인세법에 따라 주식등변동상황명세서에 기재하여 제출하여야 하는 주식변동사항은 발행하여 교부한 주식만을 대상으로 하는 것인바, 2013사업연도에는 신주를 OOO주만 교부하였고, 2014사업연도 중 쟁점부동산과 관련한 보증채무를 OOO가 상환받고 이를 주금으로 납입하여 추가로 증자한 것임에도 처분청이 쟁점주식 발행에 따른 주식변동사항에 대하여 2013사업연도 귀속 법인세 신고시 제출한 주식등변동상황명세서에 기재를 누락하였다는 이유로 가산세를 부과한 이 건 처분은 위법하다
• 나. 처분청 의견 청구법인이 2013.4.30. 청구법인의 대표이사인 OOO로부터 쟁점부동산을 현물출자받아 그에 따른 소유권이전등기가 2013.7.2. 경료되었고, OOO는 쟁점부동산 현물출자에 따른 양도일을 2013.7.12., 양도가액을 OOO원으로 하여 산정한 양도소득세 OOO원 전액에 대하여 이월과세를 적용하여 양도소득세를 신고하였다. 청구법인은 쟁점주식 중 OOO주만 2013사업연도 중 발행하고 나머지 OOO주는 2014사업연도 중 쟁점부동산과 관련한 보증채무 상당액을 OOO가 상환받고 이를 주금으로 납입하여 추가로 증자하였다고 주장하나, 일련의 정황에 비추어 이는 쟁점부동산을 현물출자하여 쟁점주식을 발행하는 것이 여의치 않자 이를 만회하기 위한 형식상의 절차로 보이고, 만일 청구주장이 사실이라고 한다면 청구법인이 쟁점부동산의 보증채무 상환을 명목으로 OOO에게 지급한 OOO원 상당하는 부분은 현물출자가 아닌 유상양도에 해당하므로 OOO의 쟁점부동산에 대한 양도소득세 이월과세를 배제하여야 한다. 또한, 청구법인은 회사가 증자의 등기를 하거나 주식을 발행․교부하는 시기를 기준으로 주식등변동상황명세서상 주식변동사항을 기재하는 것이라고 주장하나, 증자의 등기는 제3자에 대한 대항적 효력 발생시기일 뿐이고, 상법제421조 및 제423조에 따라 청구법인이 현물출자를 원인으로 쟁점부동산의 소유권을 이전받은 시점인 2013.7.2.을 증자시기로 봄이 타당하므로, 그에 따른 주식변동사항은 2013사업연도의 주식등변동사항명세서에 기재하여 제출하여야 하며, 청구법인이 쟁점부동산의 현물출자에 따른 자본금의 증가를 2013사업연도의 대차대조표에 계상하였고, 쟁점부동산 현물출자와 관련한 중소기업통합계약서, 이사회회의록, 감사보고서 등에도 OOO의 쟁점부동산 현물출자에 따라 1주당 발행가액을 OOO원으로 하여 쟁점주식을 2013사업연도 중 발행한 것으로 나타나는 등 OOO는 2013사업연도 중 쟁점주식에 대하여 주주로서의 권리를 행사할 수 있는 지위를 갖게 된 것으로 봄이 타당하므로, 사실상 청구법인이 2013사업연도 중 쟁점부동산을 현물출자 받고 증자하여 쟁점주식을 발행한 것으로 봄이 타당하다 할 것인바, 청구법인이 그에 따른 주식변동사항을 2013사업연도의 주식등변동상황명세서에 기재를 누락하였으므로 이 건 가산세 부과처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 주식등변동상황명세서를 누락제출한 것으로 보아 가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제76조[가산세] ⑥ 납세지 관할 세무서장은 사업연도 중에 주식등의 변동사항이 있을 때 제119조에 따라 주식등변동상황명세서(이하 이 항에서 "명세서"라 한다)를 제출하여야 하는 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나의 경우에 해당하면 미제출, 누락제출 및 불분명하게 제출한 주식등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

1. 명세서를 제출하지 아니한 경우

2. 명세서에 주식등의 변동사항을 누락하여 제출한 경우

3. 제출한 명세서가 대통령령으로 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우 제119조[주식 등 변동상황명세서의 제출] ① 사업연도 중에 주식등의 변동사항이 있는 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등은 제외한다)은 제60조에 따른 신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 주식등변동상황명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식등에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다.

1. 주권상장법인으로서 대통령령으로 정하는 법인: 지배주주(그 특수관계인을 포함한다) 외의 주주등이 소유하는 주식등

2. 제1호 외의 법인: 해당 법인의 소액주주가 소유하는 주식등

③ 제2항에 따른 지배주주 및 소액주주의 범위, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제161조[주식 등 변동상황명세서의 제출] ⑥ 법 제119조의 규정에 의한 주식등변동상황명세서는 기획재정부령으로 정하며, 동 명세서에는 주식등의 실제소유자를 기준으로 다음 각 호의 내용을 적어야 한다.

1. 주주등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호ㆍ사업자등록번호 또는 고유번호

3. 사업연도 중의 주식등의 변동사항

⑦ 제6항제3호에서 주식등의 변동은 매매ㆍ증자ㆍ감자ㆍ상속ㆍ증여 및 출자 등에 의하여 주주등ㆍ지분비율ㆍ보유주식액면총액 및 보유출자총액 등이 변동되는 경우를 말한다. (2) 국세기본법 제49조[가산세 한도] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 가산세에 대해서는 그 의무위반의 종류별로 각각 5천만원(중소기업기본법제2조제1항에 따른 중소기업이 아닌 기업은 1억원)을 한도로 한다. 다만, 해당 의무를 고의적으로 위반한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 소득세법제81조 제1항, 제3항부터 제6항까지, 제12항 및 제14항에 따른 가산세

2. 법인세법제76조 제3항, 제5항부터 제7항까지, 제9항(제4호는 제외한다), 제10항 및 제13항에 따른 가산세 (3) 상법 제37조[등기의 효력] ① 등기할 사항은 이를 등기하지 아니하면 선의의 제3자에게 대항하지 못한다.

② 등기한 후라도 제3자가 정당한 사유로 인하여 이를 알지 못한 때에는 제1항과 같다. 제423조[주주가 되는 시기, 납입해태의 효과] ① 신주의 인수인은 납입 또는 현물출자의 이행을 한 때에는 납입기일의 다음 날로부터 주주의 권리의무가 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인이 2012～2014사업연도분 법인세 신고시 제출한 대차대조표상 자본금 계상액은 다음과 같다. (단위: 천원) ◯◯◯ (나) 청구법인이 2012～2014사업연도분 법인세 신고시 제출한 주식등변동상황명세서상 주주현황 및 자본금 기재액은 다음과 같다. (단위: 천원) ◯◯◯ (다) 청구법인의 법인등기사항전부증명서상 자본금 변동내역은 다음과 같다. (단위: 천원) ◯◯◯ (라) 부동산 등기부등본 등에 의하면, 쟁점부동산은 2013.4.30. 현물출자를 원인으로 하여 2013.7.2. 청구법인에게 소유권이전등기가 경료된 것으로 나타나고, 국세청의 국세통합전산망에 의하면, 청구법인은 쟁점부동산을 사업장소재지로 하고 부동산임대업을 주업으로 하여 사업자등록(2013.7.19.)을 한 후 계속하여 사업을 영위하는 것으로 나타난다. (마) 청구법인이 2013.4.30. OOO와 체결한 중소기업통합계약서 등에 의하면, 청구법인은 OOO가 경영하던 개인사업체인 OOO을 중소기업통합방법에 의하여 인수하면서 그 사업용 고정자산인 쟁점부동산 중 토지를 OOO원, 건물을 OOO원으로 감정평가하고 재무상태표상 부채 OOO원을 공제한 OOO원을 순자산가액으로 하고 쟁점부동산을 동 가액으로 현물출자받아 신주 OOO주를 1주당 OOO원에 발행하기로 계약한 것으로 나타난다. (바) OOO의 쟁점부동산 현물출자에 따른 신주발행 조사보고서 인가신청에 대한 OOO지방법원의 보정명령(2013.5.31.)을 보면, 현물출자 대상인 쟁점부동산에 근저당권의 채권최고액이 OOO원에 이르고, 임대관계에 따른 보증금반환채무액이 OOO원에 이르러 그 합계액이 쟁점부동산의 감정평가액OOO을 초과하므로 실제 쟁점부동산의 피담보채무액 등에 대하여 소명하도록 한 것으로 나타나며, 이에 청구법인이 쟁점부동산의 근저당설정액 중 임대보증금과 중복되는 채무를 제외한 채권최고액이 OOO원이고, 임대보증금 채무액이 OOO원이라고 소명한 후, 쟁점부동산의 현물출자가액을 OOO원으로 하고 1주당 발행가액을 OOO원으로 하여 신주 OOO주OOO를 발행하도록 하는 인가결정(2013.6.24.)이 이루어졌으며, 한편, 청구법인이 쟁점부동산에 근저당이 설정된 보증채무를 쟁점부동산에 대한 감정평가액에서 공제하지 아니하여 쟁점부동산의 현물출자에 따라 발행하는 신주의 수를 OOO주가 아니라 OOO주로 경정하여야 한다는 신청을 하였으나, 이를 2013.12.3. 대법원이 기각하는 결정을 하였다. (사) 청구법인의 임시주주총회회의록(2014.1.6.)에 의하면, 쟁점부동산의 현물출자와 관련하여 법원에서 인가한 발행주식수와 감정평가가 상이하여 신주 OOO주OOO에 상당하는 OOO원을 청구법인이 OOO에게 추가로 현금을 지급하고, OOO는 이를 금원으로 하여 청구법인의 증자절차를 이행하기로 의결한 것으로 나타난다. (아) 청구법인의 2013사업연도 감사보고서를 보면, 합병기준일을 2013.6.30.로 하여 OOO의 개인사업체인 OOO(임대업)을 현물출자방식으로 흡수합병하고, 쟁점부동산 현물출자의 대가로 1주당 발행가액을 OOO원으로 하여 총 OOO주(쟁점주식)의 신주를 발행․교부한 것으로 나타난다. (자) OOO의 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고내역을 보면, 쟁점부동산 현물출자에 따른 양도일자를 2013.7.12., 양도가액을 OOO원, 양도소득세액을 OOO원으로 산정하고 조세특례제한법제31조에 따른 이월과세를 적용한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2013.4.30. 청구법인의 대표이사로부터 쟁점부동산을 OOO원에 현물출자받고 쟁점주식을 발행하기로 하는 계약을 체결한 후, 법원에서 그 현물출자가액을 OOO원으로 하여 인가하고 신주를 OOO주만 발행하도록 결정하자 청구법인의 대표이사인 OOO에게 보증채무 상환을 명목으로 2014사업연도 중 OOO원을 지급한 후, 이를 주금으로 납입받고 OOO주의 신주를 발행하여 추가로 증자하였다고 주장하나 그 주금의 납입내역을 확인할 수 있는 금융증빙을 제출하지 아니하고 있는 반면, 청구법인에 대한 2013사업연도 감사보고서상 쟁점부동산을 현물출자 받고 쟁점주식을 발행․교부한 것으로 나타나고, 청구법인의 2013사업연도말 대차대조표에도 쟁점주식 발행에 따라 증가한 자본금이 계상되어 있는 점 등에 비추어 사실상 청구법인이 2013사업연도 중 쟁점부동산을 현물출자 받아 자본금 OOO원을 증자한 것으로 보이므로, 2013사업연도 귀속 법인세 신고시 제출한 주식등변동상황명세서상 이에 따른 주식변동사항의 기재를 누락한 것으로 보아 처분청이 주식등변동상황명세서 누락제출가산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.