청구법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 쟁점토지를 고유목적사업에 사용한 것인지 및 쟁점분양대행수수료를 손금으로 볼 수 있는지 여부

OOO장이 2015.6.13. 청구법인에게 한 2011사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은, OOO 임야 596㎡의 양도거래로 인하여 발생한 손금내역을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 2004.4.28. 취득한 OOO 임야 596㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2011.5.31. 임의경매로 양도한 후, 쟁점토지를 장애인들의 숙소 등 청구법인의 고유목적사업인 ‘중증장애인에 대한 복지사업’으로 사용하였다고 보아 법인세를 신고하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지가 비영리법인의 고유목적사업에 사용되지 아니한 것으로 보아 2015.6.13. 청구법인에게 2011사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.9.2. 이의신청을 거쳐 2016.1.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 법인세법 제3조 제3항 제5호 에서 “고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입”은 비영리내국법인의 소득에서 제외하는 것으로 규정하고 있는바, 청구법인이 개발제한구역 안의 쟁점토지에 비닐하우스를 설치하여 복지사업을 한 사실은 쟁점토지 촬영사진, 장애인 복지카드 등에 의하여 확인되므로 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 사용되지 아니한 것으로 보아 법인세를 과세한 처분은 부당하다. 또한, 처분청은 청구법인이 양도일인 2011.5.31.까지 쟁점토지를 계속하여 고유목적사업에 사용하지 아니하였다는 의견이나, 쟁점토지는 토지거래허가구역 내에 위치하였기 때문에 거래가 쉽지 않았고, 따라서 우선 매수자를 구하여 동인들을 근저당권자로 하여 근저당권을 설정해주고 매매대금을 받은 후, 동인들이 임의경매를 신청하여 쟁점토지를 경락받아 소유권을 취득하는 방식을 취하였는바, 실질적인 쟁점토지의 양도시점은 위 근저당권 설정일인 2010년 7월로 보아야 하므로 청구법인이 처분일 현재 계속하여 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하지 아니하였다고 보아 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 2010.7.7. 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)와 쟁점토지 분양대행계약(이하 “쟁점분양대행계약”이라 한다)을 체결하였고, 동 계약서에 의하면 평당 분양대행수수료를 OOO원으로 하여 총 분양대행수수료(이하 “쟁점분양대행수수료”이라 한다)는 OOO이며, 청구법인이 OOO의 계좌로 송금한 금액은 OOO원으로 나타나 계약상 금액 OOO원과 거의 차이가 없는바, 쟁점분양대행수수료와 관련하여 아무런 손금을 인정하지 아니하고 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 위 법인세법 조항의 위임을 받은 법인세법 시행령제2조 제2항에서 “처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용”한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 소득에서 제외하는 것으로 규정하고 있는바, 쟁점토지의 등기부등본에 의하면 청구법인은 2011.5.31. 쟁점토지의 소유권을 이전한 것으로 확인되나, 청구법인 또한 2010년 5월까지만 장애인들의 숙소로 제공한 것을 인정하고 있고, 쟁점분양대행계약도 2010.7.7.에 체결된 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 ‘처분일 현재 3년 이상 계속하여’ 고유목적사업에 사용하였다고 보기 어려우므로 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다. 또한, 쟁점토지는 등기부등본상 지목이 ‘임야’로서 청구법인의 주소지와 연접해 있지 아니하고, 청구법인이 제출한 사진이 쟁점토지에서 촬영한 것인지도 확인되지 아니하며, 장애인들의 숙소생활과 관련된 전기·가스, 상하수도 사용내역 등의 증빙 제출이 없고, 쟁점토지 촬영사진, 감정평가서 등에도 비닐하우스 등 가건물이 설치되었다는 사실이 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하지 아니하였다고 보아 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다.

(2) 쟁점분양대행계약서상 대상토지는 쟁점토지의 분할 전 지번과 면적인 OOO1,324㎡으로 기재되어 있고, 청구법인이 제출한 매입계산서상 분양대행수수료는 총 OOO원으로서 청구법인이 주장하는 분양대행수수료 OOO원과 큰 차이가 있고, OOO가 신고한 청구법인에 대한 매출액은 총 OOO원으로 위 금액들과 또 다른 금액으로 확인되는 점, OOO의 대표이사 OOO가 작성한 확인서에 의하면 다른 토지인 OOO을 모두 분양한 후 분양대행수수료를 제외한 토지대금을 입금한다고 되어 있어 청구법인이 주장하는 분양대행수수료를 쟁점토지에 대한 손금으로 특정하기 어려운 점 등에 비추어 쟁점분양대행수수료와 관련된 손금을 인정하지 아니하고 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점

① 청구법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 쟁점토지를 고유목적사업에 사용한 것인지 여부

② 쟁점분양대행수수료를 손금으로 볼 수 있는지 여부

• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (2) 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득세 대한 과세특례】

① 비영리내국법인(괄호 생략)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

③ 제2항을 적용할 때 소득세법 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(괄호 생략)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(괄호 생략)에서 소득세법 제95조 제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다. (3) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(괄호 생략)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 등기사항전부증명서(2014.8.8.)에 의하면, 쟁점토지는 2010.7.21. OOO에서 분할된 것으로 확인되고, 2010.8.26. OOO 등 6인을 근저당권자로 하여 근저당권이 설정되었으며, 2011.4.22. 임의경매로 인하여 아래와 같이 청구법인으로부터 위 OOO 등 6인에게 소유권이 이전되었다.

(2) 쟁점분양대행계약서(2010.7.7.)에는 대상토지가 ‘OOO’로 기재되어 있고, 쟁점분양대행수수료와 관련하여 “평당 분양가 OOO원에서 청구법인이 매매금액으로 OOO원을 영수하고 OOO의 분양수수료는 OOO원으로 수령한다”라고 기재되어 있다.

(3) 청구법인은 처분일 현재 3년 이상 계속하여 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하였고, 설령 그렇지 않다 하더라도 쟁점분양대행수수료를 손금에 산입하여야 한다고 주장하며 다음과 같은 증빙을 제출하였다. (가) 청구법인은 쟁점토지 지상의 장애인 숙소사진 10매와 장애인 8명의 복지카드 사본을 제출하였고, 청구법인 교인대표 6인의 사실확인서(2015.10.4.)에는 “청구법인이 2002년 5월부터 2010.5.31.까지 임시 주거지로 장애인들을 수용하여 교회에서 교인들이 봉사를 하면서 보살폈다”고 기재되어 있다. (나) OOO는 청구법인에게 6차례에 걸쳐 ‘컨설팅 비용’이라는 품목으로 공급가액 합계 OOO원 상당의 세금계산서를 교부하였고, 그 구체적인 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점분양대행수수료 관련 매입세금계산서 내역 (다) OOO 대표이사 OOO의 확인서(2015.7.29.)에는 “회사운영에 대한 초기자금과 쟁점토지를 분양하기 위한 홍보비를 우선 지불하기로 쌍방이 합의함에 따라 청구법인으로는 토지대금을 전혀 지급하지 않았다”고 기재되어 있다. (라) 청구법인은 2010년 7월 OOO에 5차례에 걸쳐 합계 OOO원을 송금하였고, 2010년 7월부터 11월까지 OOO로부터 4차례에 걸쳐 OOO원을 받았던 것으로 나타나며, 구체적인 거래내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구법인과 OOO의 금융거래 내역

(4) 처분청이 제출한 쟁점토지 경매 당시 감정평가서(2010년 11월)에는 장애인 복지시설이 설치되어 있다는 내용은 기재되어 있지 아니하고, 국세통합전산망 자료에 의하면 OOO의 청구법인과의 거래분에 대한 부가가치세 신고는 2010년 제2기 공급가액 합계 OOO원, 2010년 제2기 공급가액 합계 OOO원인 것으로 확인된다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점토지에 근저당권이 설정되었다 하더라도 청구법인의 소유인 이상 처분일까지 고유목적사업에 사용할 수 없었다고 단정하기 어렵고, 감정평가서 등에도 쟁점토지에 가건물이나 전기, 가스 등의 시설이 있었다는 기록도 나타나지 아니하는 상황에서 청구법인이 제출한 쟁점토지를 촬영한 사진과 장애인 복지카드 등만으로 쟁점토지가 장애인 숙소 등 청구법인의 고유목적사업으로 사용된 것이 확인되었다고 보기 어려우므로 청구법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하지 아니하였다고 보아 청구법인에게 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점분양대행계약서에는 분양대행수수료가 OOO원인 것으로 기재되어 있고, 청구법인이 OOO의 계좌로 송금한 금액은 총 OOO원으로 나타나는바, 쟁점토지의 양도와 관련하여 실제로 분양대행수수료가 지급되었을 개연성이 있는 것으로 보이나, 쟁점분양대행수수료와 관련된 세금계산서, OOO의 세금신고 내역에는 분양대행수수료와 토지매매대금이 명확히 구분되어 있지 않는 등 청구법인이 주장하는 손금과 그 금액에 차이가 있는 것으로 보이므로 처분청이 쟁점토지의 양도거래로 인하여 발생한 손금내역을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호․제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.