[요지] 이 건 관련 조문인 조특법 제98조의3 제2항 및 제5항과 대법원 판결 관련 조항인 조특법 제99조의3 제1항과는 조문이 다르며, 조특법 제99조의3에 관한 대법원 판결 이후 조특법 시행령 제99조의3 제2항이 2016.2.5. 대통령령 제26959로 개정된 것으로 나타나는 반면, 조특법 제98조의3은 개정되지 않은 점으로 보아 조특법 제98조의3과 관련한 이 건을 조특법 제99조의3과 관련한 대법원 판결에 따라 동일하게 적용하기는 어렵다고 판단되므로 청구주장을 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 조특법 제98조의3 제1항 본문 전단에서 거주자 또는 국내사업장이 없는 비거주자가 미분양주택(제2항의 자가건설주택 포함)을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있다.
(2) 대법원은 2014.12.11. 선고, OOO 판결 등에서 조특법 제99조의3 제1항 본문은 거주자가 신축주택을 취득하여 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제한다고 규정하면서 감면대상이 되는 양도소득의 발생기산일은 특별히 명시하고 있지 않으며, 신축주택 취득일전의 양도소득이 양도소득세의 과세대상에 포함되는 경우를 감면대상으로 정하면서도 감면되는 세액을 안분하는 산식을 별도로 마련하지 아니한 채 양도소득세 전액을 면제한다고 규정하고 있을 뿐이므로, 신축주택 취득일로부터 5년 이내의 양도의 경우에는 기존주택의 취득일로부터 신축주택의 양도일까지의 양도소득과 신축주택 취득일로부터 양도일까지의 양도소득을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다고 판시하였다.
(3) 양도소득세의 과세특례 조항인 조특법 제98조의3이나 조특법 제99조의3 규정은 아래와 같이 국가경제가 어려운 시기에 주택의 신축과 분양 및 거래를 장려하여 침체된 건설경기와 부동산 시장을 활성화하려는 입법취지로 제정되었으나, 조특법 제98조의3은 감면대상지역, 감면대상주택, 감면세액 등에서 조특법 제99조의3보다 폭넓게 규정하고 있다. ◯◯◯
(4) 위와 같이 동일한 사안임에도 불구하고 쟁점주택에 해당조항인 조특법 제98조의3이 조특법 제99조의3의 경우와 달리 아직 판례 등이 없다 하여 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법하다.
3. 심리 및 판단
(1) 조세특례제한법 제98조의3(미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자 또는 소득세법 제120조에 따른 국내사업장이 없는 비거주자가 서울특별시 밖의 지역(소득세법 제104조의2에 따른 지정지역은 제외한다)에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 다음 각 호의 기간 중에 주택법 제38조에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체(20호 미만의 주택을 공급하는 경우 해당 주택건설사업자를 포함한다)와 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100(수도권과밀억제권역인 경우에는 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(수도권과밀억제권역인 경우에는 양도소득금액의 100분의 60에 상당하는 금액)을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
1. 거주자인 경우: 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간
2. 비거주자인 경우: 2009년 3월 16일부터 2010년 2월 11일까지의 기간
② 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 1.도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택
2. 거주하거나 보유하는 중에 소실·붕괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택
⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.
2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택
④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년 간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 조세특례제한법 시행령 제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) ① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 소득세법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득 금액 × 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가
• 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가
• 취득당시의 기준시가 제98조의3(미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) ① 법 제98조의3 제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 말한다. 다만, 수도권과밀억제권역 안의 지역인 경우에는 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 연면적이 149제곱미터(공동주택의 경우에는 전용면적 149제곱미터) 이내인 주택에 한정한다. 1.주택법제38조에 따라 주택을 공급하는 사업주체(이하 이 항에서 "사업주체"라 한다)가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 해당 사업주체가 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2009년 2월 11일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 2009년 2월 12일 이후 선착순의 방법으로 공급하는 주택 2.주택법 제16조에 따른 사업계획승인(건축법 제11조에 따른 건축허가를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 받아 해당 사업계획과 주택법 제38조에 따라 사업주체가 공급하는 주택(2009년 2월 12일 이후 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 도래하는 주택에 한정한다)
3. 주택건설사업자(20호 미만의 주택을 공급하는 자를 말하며, 제1호와 제2호에 해당하는 사업주체는 제외한다)가 공급하는 주택(2009년 2월 11일까지 매매계약이 체결되지 아니한 주택을 포함한다) 4.주택법에 따른 대한주택보증주식회사(이하 이 조에서 "대한주택보증주식회사"라 한다)가 같은 법 시행령 제107조 제1항에 따라 매입한 주택으로서 해당 대한주택보증주식회사가 공급하는 주택
5. 주택의 시공자가 해당 주택의 공사대금으로 받은 주택으로서 해당 시공자가 공급하는 주택 6.법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호의5에 따른 기업구조조정부동산투자회사 등이 취득한 주택으로서 해당 기업구조조정부동산투자회사 등이 공급하는 주택
7. 주택 외의 시설과 주택을 동일건축물로 건설·공급하는 건축주가 2004년 3월 30일 전에 건축법 제11조에 따라 건축허가를 신청하여 건설한 주택(2009년 2월 11일까지 매매계약이 체결되지 아니한 주택에 한정한다)으로서 해당 건축주가 공급하는 주택 8.자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 신탁업자가 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호의7에 따라 취득한 주택으로서 해당 신탁업자가 공급하는 주택
② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 주택은 제외한다.
1. 매매계약일 현재 입주한 사실이 있는 주택
2. 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간(이하 이 조에서 "미분양주택 취득기간"이라 한다) 중에 사업주체(제1항 제3호에 따른 주택건설사업자, 같은 항 제4호에 따른 대한주택보증주식회사, 같은 항 제5호에 따른 시공자, 같은 항 제6호에 따른 기업구조조정부동산투자회사 등, 같은 항 제7호에 따른 건축주 및 같은 항 제8호에 따른 신탁업자를 포함한다. 이하 제3호, 제6항·제8항 및 제10항에서 같다)와 매매계약을 체결한 매매계약자가 해당 계약을 해제하고 매매계약자 또는 그 배우자(매매계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 매매계약을 체결하였던 주택을 다시 매매계약하여 취득한 주택
3. 미분양주택 취득기간 중에 해당 사업주체로부터 당초 매매계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 매매계약하여 취득한 주택
③ 법 제98조의3 제1항에서 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조에 따라 택지개발지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.
② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.
③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 다음 각 호의 1에 해당하는 주택을 말한다. 1.주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택
2. 조합원(도시 및 주거환경정비법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 주택법 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.
④ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택"이란 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.
⑤ 법 제99조의3 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 조합원"이란 도시 및 주거환경정비법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택법 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.
⑥ 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다. 제99조의3(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것)(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 "감면대상 양도소득금액"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.
1. 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한다. 다만, 재개발·재건축되기 이전의 주택(이하 이 조에서 "종전주택"이라 한다)을 재개발·재건축하여 취득한 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택인 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법제95조 제1항에 따라 계산한 기준시가 × 양도 당시 기준시가
• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도당시 기준시가
• 종전주택 취득당시 기준시가
2. 취득일로부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법제95조 제1항에 따라 계산한 기준시가 × 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가
• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도당시 기준시가
• 신축주택 취득당시 기준시가(다만, 종전주택을 개발·재건축하여 취득한 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득당시 기준시가)
(1) 청구인은 2005.9.5. OOO로부터 쟁점토지를 분양받아 2009.12.3. 쟁점토지 위에 단독주택 OOO㎡를 신축하여 2013.3.18. 쟁점주택을 양도한 후 쟁점주택의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하고, 조특법 제98조의3을 적용하여 쟁점주택 취득일로부터 양도일까지 발생한 양도소득에 대해 감면받는 것으로 하여 2013.5.31. 해당 양도소득세를 신고하였다가, 2015.8.31. 쟁점주택의 토지취득부터 쟁점주택 준공전까지 토지에서 발생한 양도소득에 대하여도 감면하는 것으로 하여 경정청구를 제기하였다.
(2) 처분청은 2015.11.4. 청구인의 경정청구가 쟁점주택의 토지취득부터 쟁점주택 준공전까지에 대하여는 조특법 제98조의3의 감면요건에 해당하지 아니한다는 취지로 경정청구 거부하였다.
(3) 쟁점주택의 일반건축물대장에는 쟁점주택의 건물연면적은 OOO㎡로, 허가일은 2009.10.23., 착공일은 2009.11.2., 사용승인일 2009.12.3.로 나타나고 있다.
(4) 청구인이 제시한 대법원 판결OOO의 주요 내용은 다음과 같다. ◯◯◯
(5) 조특법 제98조의3 제1항에는 거주자 또는소득세법제120조에 따른 국내사업장이 없는 비거주자가 서울특별시 밖의 지역에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택을 다음 각 호의 기간 중에 주택법 제38조에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체(20호 미만의 주택을 공급하는 경우 해당 주택건설사업자를 포함한다)와 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100(수도권과밀억제권역인 경우에는 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면하고, 제2항에서는 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공하고, 사용승인을 받은 주택을 포함한다고 규정하고 있으며, 제5항에서는 제1항 및 제2항을 적용할 때 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 조특법 제98조의3 제1항에서 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 조특법 제99조의3에 관한 대법원 판결OOO에 따라 조특법 제98조의3도 동일하게 적용하여 쟁점주택의 토지취득부터 쟁점주택 준공전까지 발생한 양도소득에 대하여도 감면하여야 한다고 주장하나, 조특법 제98조의3 규정상 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제98조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니한다 할 것이고, 이 건 관련 조문인 조특법 제98조의3 제2항 및 제5항과 위 대법원 판결 관련 조항인 조특법 제99조의3 제1항과는 조문이 다르며, 조특법 제99조의3에 관한 대법원 판결 이후 조특법 시행령 제99조의3 제2항이 2016.2.5. 대통령령 제26959로 개정된 것으로 나타나는 반면, 조특법 제98조의3은 개정되지 않은 점으로 보아 조특법 제98조의3과 관련한 이 건을 조특법 제99조의3과 관련한 대법원 판결에 따라 동일하게 적용하기는 어렵다고 보이는 점 등에 비추어 이에 대한 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.