청구인이 양도한 쟁점토지를 8년 이상 자경농지로 인정할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2002.4.15.～2009.11.18. 기간 동안 취득한 OOO 외 4필지 전·답 3,691.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2014.7.15. 한국토지주택공사에 수용을 원인으로 양도하고, 양도소득세 신고 시 양도가액 OOO원, 취득가액OOO원, 양도소득금액 OOO원으로 신고하면서, 쟁점토지가 조세특례제한법 제69조의 8년 이상 자경농지에 해당한다 하여 OOO원의감면세액을 적용하여 2014년 귀속 양도소득세OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 그 후인 2015.3.20. 청구인이 쟁점토지를 보유한 기간 동안 청구인의 총급여액 등의 합계액이 연OOO원 이상인 관계로 감면 대상에 해당하지 아니한다는처분청 직원의 지적에 따라 2014년 귀속 양도소득세 수정신고 시 8년 자경농지에 의한 감면세액을 배제하고 조세특례제한법 제77조에 근거한 공익사업용 토지 등에 의한 양도소득세 감면을 적용하여 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 수정신고하고 OOO원을 추가로 납부하였다. 다.청구인은 2015.11.5. 처분청에 경정청구서를 제출하여, 총 급여액 등 OOO원 이상의 과세기간을 경작기간에서 제외하는 조세특례제한법 시행령 제14조는 2012.2.21. 개정되어 2014.7.1.부터 시행되었는바, 동 법 시행일 이전의 쟁점토지 보유기간에 대해서는 동 규정을 제외하여 자경농지에 대한 감면을 적용하여야 한다고 청구하였고, 처분청은 2016.1.5. 동 규정은2014.7.1 이후 양도농지에 적용한다 하여 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2016.2.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장

(1) 처분청은 2002년 청구인이 취득한 쟁점토지에 대해 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항에 따라 청구인의 사업소득 및 근로소득이 기준금액 OOO원을 초과하는 기간은 청구인의 자경기간에서 제외하여야 한다고 주장한다. 그러나, 해당 규정은 2014.2.21. 신설되었고 같은 법 시행령 부칙 제1조 단서에 따라 2014.7.1.부터 시행된 것인데, 청구인이 공익사업토지협의취득 용지매매계약을 체결한 것은 2014.6.27.(관련 계약 논의는 2012년 8월 이전부터 진행)이고, 잔금의 지급시점이 2014.7.15.이 되었을 뿐이므로 해당 규정을 쟁점토지의 취득시점부터 적용하는 것은 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지)에 위배되는 것이다. (2)청구인은 2002년부터 쟁점토지상에 묘목을 생육해왔으므로 쟁점토지는 조세특례제한법 제69조의 감면대상에 해당한다. (가)청구인은 1992년부터 OOO라는 상호로 양도일 현재까지 도소매 묘목을 취급하여 왔고(단순 도소매, 직접 생육 후 도매 등 포함), 2002.4.15.(청구외 배OOO 지분 중 일부) 및 2005.7.27.(배OOO 지분 전부) 쟁점토지를 취득하였다. 당초 2002년 계약 시 잔여지분에 대한 토지도 취득하는 조건으로 나무를 심었기 때문에 양도 당시에는 수령이 15년 이상이 되는 나무로 성장한 것이고, 이러한 변천과정은 항공사진을 통해서도 확인이 가능하며, 쟁점토지의 수용사실 확인서에서 확인되듯이 지장물(보상가액 OOO원) 중 수목(15년생 감나무, 대추나무, 25년생 동백나무, 20년생 동백나무 등) 이전 관련 보상금이 OOO원에 달한다. (나)일반 농작물의 경작과 달리, 수목은 일시적으로 초기 관리를 잘하면 1～2년이 지나면 저절로 잘 자라게 되고 특별히 손이 가는 일이 많지 않고 간헐적으로 비료를 공급하면 병충해가 없이 잘 자라는바, 이와 관련하여 청구인이 개인적으로 또는 조합원으로서(2010년 이후) 비료를 공급받은 기록도 남아있다. (다)청구인은 2012년 귀속 사업장현황신고분부터 매출액이 없는데, 이는 토지보상과 관련하여 보상 및 이전대상이 확정된 이후에는 더 이상의 거래가 불가능하기 때문이며, 최근 12년간의 사업장현황신고내역으로도 매출 및 묘목비용(구입, 운반)과 관련된 매입계산서·세금계산서가 확인된다.

• 나. 처분청 의견

(1) 조세특례제한법 제69조의 적용 시 2014.7.1 이후 농지를 양도하는 경우 경작을 주장하는 자에게 다른 직업이 있는 경우 소득세법 제19조 제2항에 따른 사업소득금액과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간은 경작기간에서 제외하는 것이다. 청구인의 사업이력 및 근로소득으로 볼 때 청구인이 쟁점토지를 취득한 시점인 2002년 이후 청구인은 기준금액을 초과하는 소득을 얻은 것으로 보이므로 쟁점토지는 8년 자경에 따른 양도소득세 감면의 대상에 해당하지 않는다.

(2) 청구인의 사업이력에 따르면, 쟁점토지는 공부상 전, 답(실제로는 전)으로 표시되어 있다가 2005.9.5. 주재배 작물이 과수 및 관상수로 기록변경되었고, 관련 사업장 소재지가 최초 OOO에서 OOO를 거쳐 2007.2.13.에 비로소 쟁점토지 소재지인 OOO으로 최종 변경되었다. 그 외에도 청구인이 조합원으로 가입한 OOO의 거래처매출내역상 비료구입 등이 2009년∼2012년에 이루어진 사정 등을 고려하면, 청구인이 정확히 사업개시 시점부터 자경을 한 것인지 불명확한바, 자경요건을 만족하지 못하므로 청구인의 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구인이 양도한 쟁점토지를 8년 이상 자경농지로 인정할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2014.5.14. 법률 제12570호로 개정된 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 소득세법 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 소득세법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 부칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터 시행하고, 제66조 제14항, 제66조의2 제13항, 제67조 제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 및 제116조의2 제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제19항ㆍ제20항ㆍ제21항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행하며, 제63조 제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의2 제4항 및 제100조의6 제2항 제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 쟁점토지의 취득 및 양도시기는 다음 <표1>과 같고,수용 시 쟁점토지 내의 묘목 및 시설물 등 135건의 지장물에 대해 OOO원이 보상되었다. OOO (나) 청구인의 사업자등록 현황과 2002년 이후 종합소득 금액은 각 다음 <표2> 및 <표3>과 같다. OOO (다) 청구인은 2002년부터 2014년까지 OOO에서OOO원의 수입이 발생하였고, 2007년부터는 (주)OOO로부터 연 OOO원의 급여를 수령한 것으로 나타난다. (라) 쟁점토지 농지원부 내용에 따르면, 쟁점토지는 공부상 전·답이지만 실제로는 전이라 기재되어 있고, 경작구분에 자경으로 표시되어 있으며, 주재배작물은 2005.9.5. 관상수, 2008.3.31. 과수 및 관상수로 기재되어 있다. (마) 청구인은 2009년～2014년 비료 구입 증빙인 총금액 OOO원의 OOO 거래자별매출내역, 업체의 2004년～2007년 매입처·매출처별계산서합계표, 청구인이 자필로 작성한 것으로 보이는 일자별묘목 등의 매출매입 기록지 및 수기장부, 2008년～최근까지 묘목식재의흔적이 나타나는 항공사진 등을 자경에 대한 증빙으로 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 경작하였고, 2014.7.1. 시행된 조세특례제한법 시행령 개정 규정을 청구인에게 적용하는 것은 소급과세의 금지 원칙에 위배된다고 주장하나, 소득세법상 쟁점토지의 양도일은 소유권 이전일이자 잔금일인 2015.7.15.로 보아야 하는 것이고, 쟁점토지에 대한 용지매매계약의 체결이나 관련 논의가 이루어진 시점이 이보다 앞서 이루어졌다는 이유로 그 양도시점을 달리 볼 수는 없다. 따라서, 쟁점토지의 양도는 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항의 시행 시점(2014.7.1.) 이후의 양도에 해당하므로 청구인에게 해당 법령을 적용한 것은 소급과세금지원칙에 반하지 않는다. (나) 청구인은 쟁점토지를 경작한 기간 동안 OOO 외에도 (주)OOO 및 OOO의 대표자로서 소득이 발생한 것으로 이 중 2007년부터 OOO에서 수령한 연도별 급여액만 위 시행령에서 규정하고 있는 OOO원을 초과한 것으로 나타난다. (다) 이를 종합하면, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.