주거지역 등으로 편입된 이후에 발생한 양도소득에 대하여도 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

주 문aaaaaaa 심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO계획이 승인OOO됨에 따라 주거지역으로 편입된 OOO 답 2,425㎡ 토지(이하 “쟁점농지”라 한다)를 OOO 양도하고, 이를 주거지역에 편입 후 3년이 경과한 토지로 보아 주거지역 편입일까지 발생한 양도소득에 대하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하고, 주거지역 편입일 이후 발생한 양도소득에 대하여는 감면을 적용하지 아니하는 것으로 하여 OOO 2014년 귀속 양도소득세 OOO을 예정신고․납부하였다.
• 나. 청구인은 주거지역 편입일 이후 발생한 양도소득에 대하여도 감면을 적용하여 기납부한 양도소득세 OOO 전액을 환급하여야 한다며 OOO 처분청에 경정청구하였고, 처분청은 주거지역 편입일 이후 발생한 양도소득은 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 OOO 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점농지는 사업시행자의 사유로 대규모개발이 지연되어 주거지역 편입일로부터 3년이 경과한 것인바, 조세특례제한법 시행령제66조 제4항의 예외조항에 따라 자경감면에 대한 양도소득세 감면의 적용 대상임에도 불구하고, 처분청은 자경농지에 대한 양도소득세 감면에 관련된 법률로 조세특례제한법 시행령제66조가 있음에도 불구하고 이를 무시하고 오직 조세특례제한법제69조 제1항 단서조항만을 근거로 청구인의 경정청구를 거부하였으므로 이는 위법한 처분으로 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세감면규정은 조세정책상 특혜를 주는 규정으로 주거․상업․공업지역에 편입된 농지 또는 환지로 지정된 농지의 경우에 편입 이후의 지가상승으로 발생한 양도소득에 대해서까지 감면한다는 것은 자경농지 감면 규정의 입법취지에 부합하지 아니하는 것으로 보아, 주거지역 등 편입일 이후의 양도소득에 대해서는 감면 규정을 배제하도록 조세특례제한법제69조 제1항 단서 규정을 둔 것인바, 쟁점농지가 조세특례제한법 시행령제66조 제4항에 따라 자경감면에 대한 양도소득세 과세 대상에 해당한다고 하더라도, 취득일로부터 주거지역 편입일까지 발생한 양도소득에 한하여 감면이 되고, 편입일 이후에 발생한 양도소득에 대하여는 감면이 배제되는 것이므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점 주거지역 등으로 편입된 이후에 발생한 양도소득에 대하여도 자경농지에 대한 양도소득세감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우
• 다. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가

• 취득 당시 기준시가) 양도 당시 기준시가 - 취득 당시 기준시가 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점농지는 OOO고시 OOO로 OOO로 지정 고시되고, OOO고시 OOO로 지구계획 승인 고시되었으며, OOO고시 OOO 로 정정고시, OOO고시 OOO 및 OOO로 지구지정 변경 및 지구계획 변경 승인 고시, OOO고시 OOO로 지구지정 변경 승인된 OOO에 속한 농지였으나, OOO고시 OOO 로 공공주택건설 등에 관한 특별법제6조, 제12조 및 같은 법 시행령 제4조, 제10조에 따라 공공주택지구 지정이 해제된 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 아래 <표1>과 같이 2014년 귀속 양도소득세 자진 신고 시, 조세특례제한법 시행령제66조 제7항의 산식에 따라 계산된 취득일로부터 주거지역 편입일까지 발생한 양도소득 상당액인 OOO을 감면대상소득금액으로 하여, OOO을 감면신청하고, 양도소득세 OOO을 예정신고․납부한 것으로 나타난다. <표1> 양도소득세 당초 자진 신고 내역

(3) 청구인은 OOO의 지정 고시문에 의하면 지구면적이 17,367,000㎡이고 사업시행자가 OOO로서 사업시행자의 사유로 사업이 지연되었으므로, 쟁점농지는 편입일로부터 3년이 경과하였더라도 모두 감면대상이므로 기납부한 양도소득세 OOO을 환급하여 달라는 취지로 경정청구한 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 주거지역 편입일 이후에 발생한 양도소득에 대하여도 감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에서 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역 등에 편입된 경우에는 주거지역등에 편입된 날까지 발생한 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있으므로, 쟁점농지가 조세특례제한법 시행령제66조 제4항에 따라 자경감면에 대한 양도소득세 과세 대상에 해당한다고 하더라도, 취득일로부터 주거지역 편입일까지 발생한 양도소득에 한하여 감면이 되고, 편입일 이후에 발생한 양도소득에 대하여는 감면이 배제되는 것으로 봄이 타당한 점, 청구인은 당초 양도소득세 자진신고 시 취득일로부터 주거지역 편입일까지 발생한 양도소득에 대하여 감면을 적용하여 양도소득세를 신고․납부한 점 등에 비추어 처분청이 취득일로부터 주거지역 편입일까지 발생한 양도소득에 한하여 감면이 적용되는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.