청구법인이 쟁점건물을 취득한 후 총 부가가치세 3과세기간에 걸쳐 임대업에 공하다가 건축물을 철거한 것으로 확인되고, 반드시 쟁점건물을 철거할 수 밖에 없었다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 쟁점매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
청구법인이 쟁점건물을 취득한 후 총 부가가치세 3과세기간에 걸쳐 임대업에 공하다가 건축물을 철거한 것으로 확인되고, 반드시 쟁점건물을 철거할 수 밖에 없었다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 쟁점매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
[주 문] OOO장이 2015.10.7. 청구법인에게 한 부가가치세 합계 OOO의 각 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 청구법인의 쟁점건물 취득 목적이 토지를 사용하기 위한 것이므로 부가가치세법 시행령 제80조 제2호 에 의거 쟁점매입세액이 불공제 되어야 한다고 하나, 동 규정은 건물이 있는 토지를 취득하여 기존건물의 활용이나 사용함이 없이 즉시 또는 짧은 기간(6개월 정도) 내에 철거하는 경우에 해당하고, 청구법인의 경우처럼 쟁점건물을 취득한 후 부가가치세 3과세기간 동안 수익사업을 영위하고 사업변경에 따라 건물을 철거한 경우에는 부가가치세법제38조에 의거 자기의 사업을 위하여 사용되거나 사용할 재화에 해당하므로 쟁점매입세액은 공제되어야 한다.
(2) 건물을 취득할 당시부터 철거목적이 있었다는 이유만으로 동 건물의 매입세액을 토지관련 매입세액으로 볼 수 없고, 건축물의 취득목적이 동 건축물과 다른 용도로 신축하기 위한 것임에도 수익사업을 영위한 경우 그 취득이나 철거에 관련된 매입세액은 공제되어야 한다(국심 2004서2038, 2004.10.29., 국심 2005중4120, 2006.4.27.).
(3) 청구법인이 임대차계약서 등에 관광숙박업 계획을 밝힌 것은 관광숙박시설 확충특별대책적용시한인 2015.12.31. 전에 사업을 추진하기 위해 건축 인허가 승인기간 등을 감안한 것이다.
(4) 청구법인이 이 건 쟁점에 관하여 국세청에 질의한 결과, 기존 해석 사례(부가가치세과-313, 2014.4.9.)를 참고하기 바란다고 회신받은바, 동 해석 사례에 의거 청구법인은 쟁점건물 취득 후 상당기간 임대업을 영위하였으므로 쟁점매입세액은 공제되어야 한다.
(1) 청구법인은 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물의 활용이나 사용함이 없이 곧바로 철거하는 경우에만 부가가치세법 시행령제80조를 적용해야 한다고 주장하나, 기존건물의 매입 및 철거비용은 기존 건축물을 매입하여 철거하는 일련의 비용으로서 궁극적으로 신건물을 건축하기 위한 토지를 사용하기 위하여 지출한 비용에 해당하고, 청구법인은 부동산을 취득하여 임대사업에 공하다 철거한 건물의 매입세액은 과세사업을 위하여 사용된 재화의 공급과 관련된 것이라고 주장하나, 관광숙박시설 건축사업을 위한 조건 충족시까지 일시적으로 임대한다는 사실이 부동산매매계약서 및 설계용역계약서 등에 의하여 확인되므로 부동산임대업을 영위하기 위해 쟁점건물을 취득했다는 주장은 신뢰성이 없다.
(2) 청구법인은 쟁점건물 취득 목적이 취득한 건축물과는 다른 용도로 신축하기 위한 것임에도 수익사업을 영위하였기 때문에 취득과 철거 관련 매입세액이 공제되어야 한다고 주장하나, 청구법인의 경우 토지와 건물을 일괄구입한 후 관광호텔 건물신축 인허가를 받기 전까지 일시적으로 임대한 경우로 기존 건물 취득과 관련된 제비용은 토지관련 매입세액에 해당하여 매입세액 불공제대상이다.
(3) 국세청 예규(부가-313, 2013.4.9.)에서 부동산 개발을 위해 철거예정 건축물을 취득하고 개발사업 절차가 확정될 때까지 상당기간 소요되어 임대업에 공하는 경우 건축물의 취득가액에 대한 매입세액은 공제대상이나, 동 예규의 임대기간은 5년인 반면 청구법인의 임대기간은 15개월에 불과하여 상당기간 임대한 것으로 볼 수 없다.
(4) 청구법인은 당초 관광숙박업 계획을 밝힌 것이 건축 인허가 기간 등을 감안하였기 때문으로 이에 대하여 쟁점매입세액이 불공제되는 것이 불합리하다고 주장하나, 관광숙박시설 확충을 위한 특별법은 일몰시한이 2015.12.31.로 청구법인이 쟁점관광호텔 신축을 목적으로 쟁점건물을 취득하여 일몰시한 도래 전에 사업 승인받아 쟁점건물을 철거하고 쟁점관광호텔을 신축할 것을 인지하고 있었음을 입증하는 것이다.
(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정된 것) 제38조[공제하는 매입세액] ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액
② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 부칙 <법률 제11873호, 2013.6.7.> 제1조(시행일) 이 법은 2013년 7월 1일부터 시행한다. 제12조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과하였거나 부과하여야 할 부가가치세 또는 환급하였거나 환급하여야 할 부가가치세에 대하여는 이 법의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정된 것) 제80조[토지에 관련된 매입세액] 법 제39조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액
(3) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제17조[납부세액] ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액 (4) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제60조[매입세액의 범위] ⑦ 법 제17조 제2항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 매입세액을 말한다.
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액
(1) 이 건에 대한 주요 사건흐름은 아래 <표1>과 같다. <표1> 주요 경위
(2) 청구법인의 부가가치세 신고 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 부가가치세 신고 내역
(3) 청구법인의 대표자 진성국(매수인)은 2013.3.29. 매도인과 쟁점부동산에 대하여 토지 OOO원(부가가치세 OOO원)을 매매대금으로 하는 부동산 매매계약서를 작성하였고, 그 주요 내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점부동산의 매매계약서 주요 내용
(4) 청구법인은 2013년 3월 (주)OOO과 OOO 면적 2,045.90㎡에 지하 6층, 지상 9층 숙박시설(관광호텔) 신축공사와 관련하여 계약금액 OOO원(부가가치세 별도)으로 건축물의 설계표준계약서를 작성하였고, 용역명은 “OOO 신축을 위한 OOO 결정(변경)용역”으로 나타나며, 2013.6.18. (주)OOO과 용역명은 OOO 신축을 위한 OOO 결정(변경)용역, 계약금액은 OOO으로 기술용역계약서를 작성하였다.
(5) 매도인 명의로 2013.4.9. 업종을 관광숙박업(관광호텔업)으로 하고, 쟁점소재지에 시설규모를 지하 5층, 지상 14층, 객실 252실로 하며, 소요자금을 OOO원으로, 준공예정연월일을 2016년 4월로 하는 내용의 사업계획 승인신청서를 OOO에 접수하였다가, 2013.5.9. 기접수한 사업계획 승인신청서에 대하여 취하원을 접수하였고, 청구법인은 2013.7.29. OOO에게 “ 관광숙박시설 확충을 위한 특별법 적용을 위한 시정책 결정”이라는 제목으로 민원서류를 접수한(접수번호: OOO) 후, 2013.8.28. 기접수한 민원서류에 대하여 취하원을 접수하였으며(접수번호: OOO) 동일자에 OOO은 청구법인의 요청에 대하여 수용 불가하다고 회신하였다.
(6) 청구법인은 2013.6.27. OOO과 쟁점건물에 대하여 임대기간 6개월, 임대료 월OOO원(부가가치세 별도)으로 아래 <표4>와 같이 주차장 임대계약을 체결하였다. <표4> 주차장 임대 계약 내용
(7) 청구법인은 2014.6.24. (주)OOO과 쟁점건물에 대하여 계약금액을 OOO원(부가가치세 별도)으로, 착공일을 2014.7.1.로, 준공예정일을 2014.10.1.로 하여 건물철거공사 계약을 체결하였다.
(8) OOO은 2014.11.17. OOO에서 아래 <표5>와 같이 변경고시OOO를 하였다. <표5> 쟁점건물 관련 고시 내용
(9) OOO은 2014.12.5. 청구법인이 제출한 관광숙박업(관광호텔업) 사업계획 승인신청서에 대하여 사업계획 승인서 및 이행조건 안내문을 송부하였고, 2015.3.24. 청구법인이 제출한 쟁점토지에 건축허가(신축) 신청에 대하여 건축법 제11조 의 규정에 따라 건축허가서, 허가조건 및 행정안내 등을 청구법인에게 송부하였다.
(10) 청구법인은 아래와 같은 논거 등을 제시하면서 이 건 처분이 부당하다고 주장한다. (가) 주차장 건물을 이용한 과세사업은 쟁점건물 취득과 동시에 주차장 운영사업자(OOO)와 임대차계약을 체결하면서 임대기간을 6개월 단위로 하여 연장이 가능하도록 하였고, 임대차계약 특약으로 해당 사업장에 대한 관광호텔 신축허가를 득하여 호텔 착공을 하는 경우 명도하는 조건을 명시하였으며, 월 임대료는 세금계산서를 발급하여 부가가치세를 신고․납부하였고, 총 임대기간은 2013.6.27.부터 2014.6.30.까지로 총 3개과세기간이다. (나) 청구법인이 주차장 임대시 특약사항을 명시한 것은 주차장으로 사용하는 것보다 앞으로 관광호텔업을 영위하는 것이 사업성이 있을 것으로 판단하고 ‘OOO’ 변경결정을 통한 ‘관광호텔 용적율 완화 특례적용 요청’을 추진 및 신청한 때문이다. 하지만, 2013.8.28. OOO로부터 타 지역과의 형평성 등을 이유로 거절 및 반려된 바 있어, 해당 건축물에 2013년 7월 (주)OOO과 2014.2.4. OOO(주)를 임차인으로 추가하였는바, 이는 임대사업을 지속할 의도가 있음을 명확히 한 것이다. (다) 청구법인이 주차장용 건물 취득시부터 관광호텔 관련 사항을추진할 수밖에 없던 이유는 관광호텔업 사업계획은 용적율 등에 의해 사업성이 담보되기 때문에 용적율 등이 낮은 경우 용도변경과 용적률 완화를 먼저 추진한 후 지방자치단체장의 새로운 건축허가를 받는 데 짧게는 2∼3년 길게는 5년 이상이 될 수도 있고, 아예 사업이 불가능할 수도 있다. (라) 이후 청구법인이 신청한 ‘관광호텔 용적율 완화 특례적용 요청’은 한류바람으로 OOO 등 많은 수의 외국인 관광객이 유입되면서 우선적으로 숙박시설 확충이 필요하여 범정부적으로 제정된 특례법률인 관광숙박시설 확충을 위한 특별법에 힘입어 빠르게 진행되어 2015.12.31.까지 시한부로 건축 기준용적율 변경OOO, 기준층수 변경OOO을 내용으로 하는 OOO 도시관리계획이 2014.11.17. 결정고시 되었고, 청구법인의 관광숙박시설 사업계획은 2014.12.5. OOO으로부터 최종 승인과 2015.3.24. OOO으로부터 건축허가를 얻었다. 주차장용 건물의 철거는 청구법인이 “관광호텔 용적율 완화 특례적용”을 추진하면서 OOO OOO(2014.6.25.)와 OOO 심의처리(2014.8.28.)를 거친 관계로 사업승인이 확실시되어, 2014년 8월에 임대사업에 사용하던 주차빌딩을 철거하고 철거비에 대한 세금계산서를 수취하였다. (마) 부가가치세법 시행령 제80조 제2호 의 규정은 “건물이 있는 토지를 취득하여 기존건물의 활용이나 사용함이 없이 곧바로 철거하는 경우로 한정”하여야 함에도 처분청은 건물 취득후 3과세기간 수익사업을 영위한 경우까지 동 규정을 적용하여 수익사업을 영위하면서 사업변경 등에 따라 건물을 철거한 경우와 당초부터 수익사업 없이 건물을 철거한 경우를 동일한 사례로 취급하고 있으나, 이는 엄연하게 구분처리 되어야 할 사안으로 청구법인과 같이 쟁점건물 취득 후 쟁점관광호텔 신축허가에 소요되는 기간과 실현 자체를 확신할 수 없는 상황에서 사업변경을 추진하면서 수익사업을 영위한 사례는 부가가치세법 제38조 의 규정에 따라 자기의 사업을 위하여 사용되거나 사용할 재화에 해당하므로 동 재화 매입시 부담한 매입세액은 공제되어야 한다. (바) 조세심판례에서 당초부터 철거 목적이 있었다는 이유만으로 동 건물의 매입세액을 토지관련 매입세액으로 볼 수 없다는 점을 명확히 하고 있고(국심 2004서 2038. 2004.10.29.), 아파트용 토지로 사용하기 위해 취득하였으나 건물을 인허가 절차기간 동안 건물을 임대하여 과세사업에 사용한 경우 취득관련 매입세액을 인정하였다(국심 2005중 4120, 2006.4.27.). 따라서 청구법인과 같이 건축물 취득 목적이 취득 건축물과는 다른 용도로 신축하기 위한 것임에도 수익사업을 영위한 경우 그 취득이나 철거에 관련된 매입세액은 공제되어야 한다. (사) 청구법인이 당초부터 임대계약서 등에 관광숙박업 계획을 밝힌 것은 특별법령을 제정하면서까지 범정부적으로 추진한 관광숙박시설 확충특별대책 적용시한인 2015.12.31. 전에 사업을 추진하기 위한 건축허가 기간 등을 감안한 것으로, 이러한 경우까지 동 매입세액을 면세재화인 토지에 대한 자본적 지출로 보는 것은 부당하다. (아) 주차장용 건물철거비용 관련 매입세액도 위의 주장과 같이 수익사업을 영위하다가 건물철거에 따라 세금계산서를 수취하고 부담한 매입세액이므로 공제되어야 한다.
(11) 이에 대해 처분청은 아래와 같은 논거 등을 제시하면서 이 건 처분이 정당하다는 의견을 제시하였다. 쟁점건물의 취득 및 철거비용은 쟁점관광호텔 신축과 관련한 비용이므로 토지관련 매입세액에 해당되어 매입세액 불공제 대상이다. (가) 부가가치세법 시행령 제80조 제2호 의 규정은 “건물이 있는 토지를 취득하여 기존건물의 활용이나 사용함이 없이 곧바로 철거 하는 경우로 한정”하여야 한다는 주장에 대하여
1. 기존건물의 매입 및 철거비용은 기존 건축물을 매입하여 철거하는 일련의 비용으로서 궁극적으로는 신건물을 건축하기 위한 토지를 사용하기 위하여 지출한 비용이므로 부가가치세법 시행령 제80조 의 토지 관련 매입세액에 해당한다(조심 2009중3755, 2009.12.21. 외 다수).
2. ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우’에는 기존 건축물이 있는 토지를 나대지로 사용하는 경우 뿐만아니라 신축건물의 부지로 사용하는 경우를 포함하기 때문에 곧바로 철거하는 경우에만 부가가치세법 제80조 제2호 규정을 적용해야 한다는 청구주장은 법리해석에 오해가 있는 주장이다(대법원 2008.2.1. 선고 2007두2524 판결, 같은 뜻임). 3) 국세기본법 제20조 는 세법에 특별한 규정이 없는 경우 과세표준을 조사·결정함에 있어 당해 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 것은 이를 존중하도록 규정하고 있는데, K-IFRS 기준서(제1016호 유형자산, 제1103호 사업결합, 제1113호 공정가치측정)는 새 건물을 신축하기 위하여 기존 건물이 있는 토지를 취득하고 그 건물을 철거하는 경우 기존 건물의 철거 관련 비용은 토지의 취득원가에 산입한다는 기준을 제시하고 있는 점 등에 비추어 보면, 위의 ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우’라 함은 이 건과 같이 건물을 신축하기 위해 기존건물이 있는 토지를 취득하여 당해 기존건물을 일시적으로 사용하고 철거하는 경우도 포함되는 것으로 해석함이 타당하다. (나) 건축물 취득 목적이 취득 건축물과는 다른 용도로 신축하기 위한 것임에도 수익사업을 영위하였기 때문에 취득과 철거에 대한 매입세액이 공제되어야 한다는 청구주장과 관련하여 쟁점법인의 경우 토지·건물을 일괄구입한 후 개발사업 허가가 나기 전까지 일시적으로 임대한 것으로 구건물을 철거하고 신 건물을 신축하는 경우 구 건물 취득과 관련된 제비용은 토지관련 매입세액에 해당하여 매입세액 불공제대상이다(국심 2007서3390, 2008.6.25.). (다) 부동산을 취득하여 임대사업으로 공하다 철거한 건물매입세액은 과세사업을 위하여 사용된 재화의 공급과 관련된 것이라는 주장에 대하여
1. 청구법인이 관광호텔 사업승인이 나기 전 임대사업을 영위한 것이 일시적 임대가 아닌, 부동산임대업 등 과세사업을 영위하기 위한 목적으로 구건물을 취득했다는 주장은 경제적 합리성이 결여된 주장이다.
2. 아래 <표6>과 같이 청구법인이 부가가치세 3과세기간 동안 임대료로 회수한 금액은 건물원가 OOO원 대비 OOO%에 불과하여 부동산임대업을 목적사업으로 과세사업을 영위하였다는 청구법인의 주장은 신뢰할 수 없고, 개발사업을 위한 조건충족시까지 일시적으로 임대한다는 사실이 청구법인이 체결한 부동산매매계약서 및 설계용역계약서 등 각종 계약서에 의하여 확인되므로 일시적 임대에 해당되는 경우 기존건물의 취득과 철거비용은 토지의 자본적지출관련 매입세액으로 불공제하여야 한다. <표6> 청구법인의 임대료수입 신고내역 분석
3. 부동산개발을 위해 철거예정 건축물을 취득하고 개발사업절차가 확정될 때까지 상당기간 소요되어 그 기간까지 임대업에 공하는 경우 건축물 취득가액에 대한 매입세액은 공제대상(부가-313, 2013.4.9.)일 것이나 예규의 상당기간은 5년인 반면 청구법인의 임대기간은 3과세기간 및 13개월에 불과하여 상당기간 임대한 것으로 볼 수 없고, 주차장 취득일과 사업계획 승인을 확신한 도시계획위원회 심의처리일인 2014년 8월 간의 기간도 15개월에 불과하여 장기간이 소요된 것으로 볼 수 없다.
4. 청구법인이 제시한 조세심판례(국심 2004서2038, 2004.10.29.)는 월임차료 OOO원, 건물가액 OOO원으로 청구법인과 동일하게 13개월 임대시 누적임대수입이 건물가액의 OOO%(청구법인의 13개월 임대기간동안 회수비율은 OOO%에 불과함)로 건물가액의 상당부분을 회수가능하여 이 건과 사실관계가 달라 적용하기 어렵고, 또한, 다른 조세심판례(국심 2005중4120, 2006.4.27.)는 부동산 일부가 임대중이고 나머지는 임차인 모집중에 기존건물 미철거 상태로 이 건과 사실관계가 달라 원용하기 어렵다. (라) 당초부터 관광숙박업 계획을 밝힌 것은 건축허가 기간 등을 감안하였기 때문으로 이에 대하여 매입세액 불공제하는 것이 불합리 하다는 주장에 대하여 1)관광숙박시설 확충을 위한 특별법은 일몰시한이 2015.12.31.로 호텔신축을 목적으로 기존 토지·건물을 취득하여 일몰시한 도래 전에 사업승인을 통해 호텔 신축할 것임을 청구법인이 인지하고 있음을 반증하는 것으로 청구법인 주장은 이유없다.
2. 청구법인은 2013년 3월 부동산매매계약과 동시에 관광호텔신축을 위한 설계용역을 의뢰하였고, 2013년 4월 등기부상 명의 변경 이전부터 OOO에 사업계획승인신청서를 접수하는 등 관광호텔 신축을 위한 허가작업을 진행하였으며, 2013년 6월 등기부상 명의변경이후 작성한 주차장 임대계약서에는 특약사항으로 개발사업 승인시 임대차 계약을 종료한다고 명백히 기재되어 있으므로 이는 청구법인이 호텔신축 목적으로 쟁점부동산을 취득하여 일시적 임대하였다는 증거이다.
(12) 국세통합전산망에 의하면, 쟁점부동산을 청구법인에게 양도한 매도인은 쟁점매입세액에 대응하는 매출세액을 납부하였고, 2014.5.15. 폐업한 것으로 나타난다.
(13) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부가가치세법 제38조 제1항 제1호 에서 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액은 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 규정하면서, 같은 법 제39조 제1항 제7호에서는 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 이를 받은 같은 법 시행령 제80조 제2호에서는 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 쟁점건물의 취득시부터 쟁점관광호텔에 대한 신축 타당성 여부를 수차에 걸쳐 하였으나 관련법의 제약을 받아 순조롭게 진행되지 아니하다가, 이후 OOO이 한시적 특별법에 근거하여 조례를 변경하면서 비로소 건축허가를 받을 수 있었으므로 만약, 조례변경이 안되었다면 쟁점관광호텔에 대한 사업타당성이 낮아 계속 임대사업(쟁점건물의 가액이 OOO원이고 신축한지 12년 정도 되었음)을 하거나 다른 사업을 할 수도 있었을 것이라는 사정을 배제할 수 없으므로 반드시 쟁점건물을 철거할 수밖에 없었다고 보기 어려운 점, 당초부터 철거 목적이 있었다는 이유만으로 제반 사정을 고려함이 없이 쟁점건물의 매입세액과 그 철거비용을 토지관련 매입세액으로 단정할 수 없는 점(국심 2004서2038, 2004.10.29. 같은 뜻임), 사업자가 부동산개발을 위해 철거 예정 건축물을 취득하고 부동산개발사업 절차가 확정될 때까지 상당기간이 소요되어 그 기간까지 부동산임대에 사용하면서 실제 임대차계약내용대로 임대업에 공하는 경우, 당해 건축물을 취득하면서 지출한 매입세액과 그 철거비용 관련 매입세액은 부가가치세법령에 따른 매입세액 불공제 사항을 제외하고는 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것으로 봄이 합리적이라 할 것이어서 청구법인이 쟁점건물을 취득한 후 총 부가가치세 3과세기간에 걸쳐 과세사업(임대업)에 공하다가 건축물을 멸실(철거)한 것으로 확인되고 있어 쟁점매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 것이 아니고 자기의 사업을 위하여 사용된 재화의 공급에 관련된 세액으로 봄이 타당한 점, 매도인이 쟁점건물에 대한 매출세액을 납부하였고, 폐업시 잔존재화로 과세되지 아니한 점 등에 비추어 주차빌딩을 취득하여 부가가치세 3과세기간 동안 부동산임대업에 공하다가 철거 후 관광호텔을 신축한 경우, 기존건물의 취득가액과 철거비용이 토지조성원가에 해당되는 것으로 보아 쟁점매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.