청구법인이 제품단가를 재조정 해 준 것은 거래관행에 부합하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 00일보사에 신문용 흑색잉크를 저가로 공급한 것으로 보아 그 차이금액을 접대비로 보아 한도초과액을 손금불산입한 처분은 잘못이 있음
청구법인이 제품단가를 재조정 해 준 것은 거래관행에 부합하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 00일보사에 신문용 흑색잉크를 저가로 공급한 것으로 보아 그 차이금액을 접대비로 보아 한도초과액을 손금불산입한 처분은 잘못이 있음
OOO세무서장이 2015.12.7. 청구법인에게 한 2011～2014사업연도 법 인세 합계 OOO원 OOO의 각 부과처분 중 접대비 한도초과분 2011사업연도분 OOO원, 2012사업연도분 OOO원, 2013사업연도분 OOO원, 2014사 업연도분 OOO원을 해당 사업연도의 익금에서 제외하여 그 과세 표준 및 세액을 경정하고, 청구법인이 2011년부터 2014년까지 지출한 연구소 인건비 합계 OOO원OOO을 조세특례제한법제10조에 의한 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 금액으로 하여 세액을 경정한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 청구법인은 1998년 10월 기술개발촉진법에 의거 기업부설 연구소를 설립하였고 현재 연구소장을 비롯한 6명의 연구원이 상주하면서 국책사업인 친환경 잉크개발 등 연구에 매진하여 왔는 바, 처분청이 연구소의 실태, 연구소 직원의 업무일지, 청구법인의 홈페이지에 기재된 연구소의 연구활동이나 실적 등 그간 축적된 기술로 신문잉크 1위 업체로의 위상 등이 연구소의 활동을 객관적으로 대변해 주고 있는 사실을 간과하고 작업지시서, 업무분장표 등에 기재된 자구를 근거로 연구원의 출장행위를 단순한 A/S활동으로 판단하여 연구인력·개발세액공제를 부인한 이 건 처분은 위법․부당하므로 취소되어야 한다. 처분청에서는 제품작업지시서를 근거로 원재료 투입량 결정에 연구원들이 참여하여 생산에 관여하고 있다고 주장하고 있으나, 작업지시서의 내용 중 제품설계란에 연구원의 성명이 기재되어 있는 것은 청구법인이 새로운 시스템을 구축하면서 생산할 제품코드를 입력하면 자동으로 동 제품의 설계자인 연구원의 성명이 생성되도록 하여 향후 제품의 트러 블이 발생할 경우 설계자가 누구인지를 확인하기 위한 목적이지 생산과 관련하여 어떠한 관여도 없는 것이다. 가격협상 및 기술A/S와 관련한 해외출장시에도 연구소장이 동행 출장하고 있는 것은 앞서 제품개발과정에서와 같이 현지의 인쇄환경과 각종 제품개발을 위한 정보를 수집하고 개발된 제품의 시험인쇄, 제품의 트러블에 대한 원인을 규명하기 위한 출장이며, 가격협상은 해외마케팅팀에서 별도로 하고 있는데 처분청에서는 해외 출장시 연구원이 가격협상팀과 동행한 사실을 근거로 연구인력이 영업활동을 한 것이라고 오인하고 있다 처분청에서는 2013년도에만 52회에 걸쳐 연구소 직원이 A/S출장으로 영업활동에 관여하고 있다고 주장하나, 2013년 출장보고서 검토표 및 보고서를 살펴보면 연구원들은 윤전기의 상태, 인쇄환경, 인쇄용지 등 정보 수집 및 개발된 신제품을 시험인쇄 및 트러블을 해소하기 위하여 출장한 사실을 알 수 있으며, 잉크제품의 특성상 잉크 자체로 평가되어지는 것이 아니고, 인쇄물로 비로소 평가되어지므로 개발된 제품을 실제로 윤전기에 삽입하여 인쇄를 해 보아야만 적합한 제품 여부가 결정되고, 인쇄시 발생되는 트러블은 제품을 설계한 연구원이 아니라면 그 원인을 규명할 수 있는 사람이 없는 것이다. 따라서, 제품의 개발·개발된 제품의 시험인쇄·제품의 트러블 해소를 위해 거래처를 출장하는 것은 연구소의 연구활동의 일환이지 일반적인 A/S활동으로 볼 수는 없다. 처분청에서는 연구소 개발팀 업무분장표상의 품질관리(안료·제품·반제품), 신문사A/S, 거래처A/S, 전표처리 및 구매/수리의뢰, 서무업무 등은 연구활동과 무관한 영업활동을 수행하는 것이라고 주장하고 있으나, 신문사 A/S나 거래처 A/S는 제품의 트러블에 대한 원인의 규 명과 해결방안을 찾아 새로운 제품을 개발하는 행위로 일반적인 A/S인 수리·부품교환 등과 같은 성격으로 볼 수 없다. 일반적인 품질관리는 업무분장표와 같이 품질관리팀이 별도로 존재하여 그 부서에서 맡고 있으며, 연구소의 품질관리는 일반적인 품질관리와는 다른 것으로 제출한 시험보고서와 같이 제품개발시 사용되는 안료의 적용가능성을 시험한다거나 트러블이 발생한 제품, 반제품을 분석하는 과정과 원인을 파악 하는 과정에서 원재료의 성능과 품질을 시험하는 것을 말하는 것이다. 한편, 청구법인은 2007년 OOO세무서로부터 2005년 귀속 법인세 정기조사 시 연구개발세액공제에 대한 적정성 여부가 조사되었고, 합당하다고 인정받은 바 있어 청구법인의 입장으로서는 연구·인력개발세액공제는 당연히 공제받는 것으로 받아들여져 현재에 이르고 있는바, 1998년 연구소 설립 이후 현재까지 연구원들의 업무가 변경된 사실이 없고, 2007년 이후 연구·인력개발세액공제에 대한 세법규정이 특별히 변경되지 아니하였음에도 불구하고, 처분청이 이 건 세액공제를 부 인 하는 것은국세기본법제18조 제3항의 세법해석이나 국세행정의 관 행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 이후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위는 정당하다는 규정에 위반된다.
(1) 2013년을 기준으로 작성한 신문용 잉크 판매가격(시가)을 살펴보면 청구법인은 신문용 잉크를 청구법인의 거래처인 OOO 외 타 신문사에 kg당 OOO원에서 OOO원에 판매한 것으로 나타나고 있으나 OOO에는 특별한 사정이 없이 kg당 OOO원에 저가로 판매한 사 실이 나타나고, 경쟁사인 OOO도 타 신문사에는 kg당 OOO원에서 OOO원에 판매한 것으로 나타나고 있다. OOO도 청구법인과 같이 OOO에만 저가로 판매한 사실은 OOO가 특별한 사정없이 부당하게 저가로 판매하였는지 조사를 통하여 접대비 등 해당여부를 살펴볼 문제이고 청구법인이 OOO 에게 정당한 금액으로 판매하였다는 직접적인 근거가 될 수는 없으며, OOO에 대한 저가판매 여부는 조사업체 내의 타 거래처에 대한 판매금액을 비교하여 적정여부를 판단하여야 하는 것이다. OOO와 같이 청구법인의 출자자로서 같은 특수관계에 해당하는 OOO 등의 경우에도 연간 거래량이 OOO와 큰 차이가 없으나 정상적인 시가에 판매하고 있고, 비 출자자인 청구법인의 거래 처에 대한 판매내역을 살펴보면 단기간에 현금으로 수금이 되고 있으나 OOO처럼 저가로 판매하고 있지 않는 것으로 나타나 매출에누리에 해당한다는 청구법인의 주장과 배치되고 있으며, OOO에 대한 대금회수 기간은 익월 7일이고, 타 신문사의 대금회수기간을 150일로 본다 하더라도 거래대금의 21.09%를 저가로 판매하고 있는 사실을 매출에누리로 보는 것은 타당성이 없다 할 것이다. 따라서, 청구법인이 OOO에 대하여 흑색잉크를 타 신문사에 비하여 저가로 판매한 것으로 나타나고 이는 영업과 관련하여 OOO에만 특혜를 준 것으로 판단되므로 정상가격과의 차액에 대하여 접대비로 보아 법인세를 경정한 이 건 처분은 정당하다.
(2) 연구·인력개발비세액공제를 적용하기 위해서는 실제 연구소 직원들이 어떤 업무를 수행했는지가 중요한 판단자료인바, 조사당시 처분청은 연구소 소속 직원들의 연구 외 영업활동 참여 여부에 대하여 확인하였는데 품목별 제품작업 지시서에 의하면 원재료 투입량 결정에 연구원들이 참여하고 있는 사실이 나타나고, 연구소 직원들의 신문사 등 A/S관련 출장내역이 확인되고 있는 등 연구소 직원들이 연구활동 외 영업활동과 관련된 업무인 제품의 품질관리 업무에 참여하고 있는 것으로 판단된다. 가격협상 및 기술A/S 관련 해외출장 시에도 연구소장이 동행출장 하는 것으로 나타나고, 2013년도에만 52회에 걸쳐 연구소 직원의 A/S등 관련 출장내역이 조사되었으며, 연구소 개발팀의 업무분장표를 살펴보면 ‘안료, 제품, 반제품의 품질관리’, ‘신문사A/S’, ‘거래처A/S’, ‘전표처리 및 구매/수리의뢰 등의 서무업무’ 등 연구활동과 무관한 영업활동에 해당하는 업무내용을 명확히 기재하고 있는 사실이 확인된다. 결국 청구법인의 연구소 직원들은 제품생산부터 사후관리까지의 영업활동 전반에 걸쳐 업무에 참여하고 있는 것으로 조사되고, 이는 조세특례제한법에서 규정한 공제 요건을 충족하지 못한 것으로 판단되므로 처분청이 청구법인의 연구․인력개발세액공제를 부인한 이 건 처분은 정당하다.
① 청구법인이 OOO에게 흑색잉크를 저가공급한 것에 대하여 접대비로 보아 한도초과액을 손금불산입한 처분의 당부
② 연구소 직원들이 연구활동 외 영업활동에 참여하는 것으로 보아 연구․인력개발비 세액공제를 부인한 처분의 당부
① 영 제51조 제3항 제1호의2 본문에 따른 매출에누리는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 물품의 판매에 있어서 그 품질·수량 및 인도·판매대금결제 기타 거래조건에 따라 그 물품의 판매당시에 통상의 매출가액에서 일정액을 직접 공제하는 금액 (3) 조세특례제한법 제9조 【 연구·인력개발준비금의 손금산입 】
① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.
⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. 제10조 【 연구·인력개발비에 대한 세액공제 】
① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25
2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기 업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 (4) 조세특례제한법 시행령 제8조 【 연구 및 인력개발준비금의 범위 등 】
① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 [별표6]의 비용을 말한다.
② 제1항의 연구개발활동에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.
2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험
4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동
5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무
6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동
제9조 【 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 】
⑨ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구 및 인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. [별표 6] 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련) 구분 비용
① 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 "전담부서"라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비
② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)
③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구·시험용 시설(제10조제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목ⓛ에 규정된 기관의 연구·시험용 시설의 이용에 필요한 비용
① 다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용
② 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한한다)에게 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용 (5) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【 연구 및 인력개발비의 범위 】
① 영 제8조 제1항에 따른 영 [별표 6]의 제1호 가목에서 "전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "일반연구인력개발 전담부서"라 한다)를 말한다.
1. 기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서
③ 영 제8조 제1항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목①에서 "기획재정부령이 정하는 자"란 일반연구인력개발 전담부서에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.(1.～3. 생 략)
(6) 기술개발촉진법 제2조 【 정의 】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. "기술개발"이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료·제품·장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다.
(1) 처분청 심리자료를 보면, 청구법인은 OOO 등 신문사들에게 신문용 잉크를 공급하고 관련 매출액과 부설연구소 종사 연구원들의 인건비 등에 대하여 연구․인력개발비 및 연구개발투자설비 세액공제를 적용하여 법인세를 신고․납부하였고, 처분청은 청구법인에 대한 세 무조사를 실시하여 청구법인이 OOO에 공급한 신문용 흑색잉크에 대하여 다른 거래처보다 저가로 공급한 사실을 확인하고 차이금액을 접대비로 보아 한도초과액을 손금불산입하고, 연구소 직원들이 연구활동 외 영업활동에 참여한 것으로 보아 관련 인건비에 대한 연구․인력개발비 세액공제액을 부인하여 청구법인에게 이 건 처분을 한 사실이 나타난다.
(2) 심리일 현재 청구법인의 사업자등록 기본사항은 다음 <표1>과 같다. <표1> 청구법인 사업자등록 내역 ◯◯◯
(3) 먼저, 쟁점①에 대해서 살펴본다. (가)법인세법상 “접대비 범위”에 관하여는 명확한 규정은 없는 바, 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 상대방이 사업에 관련 있는 자들이고 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 데 있는 것을 말하는 것으로 접대비는 기부금, 광고선전비, 판매부대비용, 노무관리비, 회의비 등과 그 구분이 명확하지 아니하므로 그 지출목적, 지출상대방 등을 기준으로 실질내용에 따라 판단하여야 할 것이다. (나) 처분청은 다음과 같은 심리자료를 제시하면서 청구법인이 OOO에 공급한 신문용 흑색잉크에 대하여 다른 거래처보다 저가로 공급한 점에서 그 차이금액을 접대비로 보아야 한다는 의견이다.
1. 과세기간 동안 신문용 흑색잉크 평균납품단가를 비교하면 청구법인은 OOO에만 흑색잉크를 저가로 공급한 사실이 나타나고, OOO와 같이 청구법인의 출자자로서 같은 특수관계자에 해당하는 타사 등의 경우에도 연간 거래량이 OOO와 큰 차이가 없으나 OOO와 달리 정상적인 가격에 판매하고 있으며, OOO에 대한 대금회수기간은 익월 7일이고, 타 신 문사의 대금회수기간을 150일로 보더라도 거래대금의 21.09%를 저가로 판매하는 것을 매출에누리로 보는 것은 부당하다.
2. 비출자자인 일반신문사 등에 대한 판매내역을 살펴 보면 단기간 에 현금수금되고 있으나 OOO처럼 저가로 판매하고 있지 않는 것으로 나타나 저가판매분이 매출에누리에 해당한다는 청구주장과 맞지 아니하다. (다) 청구법인은 OOO에게 흑색잉크를 저가공급한 것은 청구법인의 자발적인 접대비가 아니라 시장경쟁 체제 하에서 기업생존차원에서 조정된 정상적인 시장가격이라고 주장하면서 아래와 같이 소명하였다. 1) 청구법인은 최대 매출처인 OOO의 경쟁체제 유도전략에 따라 OOO와 경쟁구도가 형성되었고 이에 따라 매출이 급감함에 따라 기업생존전략에서 납품단가를 인하하였다. <표5> 청구법인의 OOO에 대한 매출현황 ◯◯◯
2. 2004년 초 OOO가 먼저 OOO에게 흑색잉크를 OOO원/kg으로 납품하게 되자 청구법인도 부득이 최대 매출처인 OOO를 확보하고자 OOO원/kg으로 납품단가를 인하하였으므로 청구법인의 자발적인 접대비가 아닌 바, 위 과정이 청구주장에 대한 증빙으로 제시한 청구법인과 OOO 간 잉크 가격 조정관련 서류 및 청구법인 부장 OOO의 노트에 나타난다.
3. 청구법인은 OOO의 납품단가 인하요구에 따라 상호 협상을 통하여 납품단가를 인하하는 대신 대금 수금조건을 7일 이내 현금결제 조건으로 합의하여 거래하였고, 납품단가를 인하하지 아니한 OOO 등 타 신문사의 수금조건은 대부분 150일 이상의 어음결제 조건인 점에서 차이가 있다. <표6> 청구법인의 주요 신문사별 매출현황 및 대금회수조건 ◯◯◯ (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 OOO에게 흑색잉크를 다른 거래처보다 저가공급한 것에 대하여 접대비로 보아야 한다는 의견이나, 접대비는 기업활동의 원활과 기업의 신장을 도모하기 위하여 필요한 경비로서 기업체의 영업규모와 비례관계에 있으므로 이를 엄격하게 해석하여야 할 것이어서 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 상대방이 사업에 관련 있는 자들이고 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 데 있는 것이라면, 그 비용은법인세법상 접대비라고 할 것이나, 그렇지 않은 경우에는 이를 섣불리 접대비로 단정하여서는 안 되는 바OOO, 경쟁사인 OOO의 납품으로 청구법인의 잉크공급의 독점적인 지위가 무너지면서 경쟁이 심화된 상태에서 경쟁업체의 납품단가 인하소식을 접한 후 청구법인이 OOO의 납품단가와 비슷하게 조정하여 OOO와 거래관계를 계속 유지한 것은 당해 시장이나 시장참여자의 상황 또는 거래규모의 확대를 위한 영업정책의 일환으로 보이는 점, 청구법인에게 OOO는 전체 매출액 대비 30% 이상을 차지하는 가장 큰 거래처이며, 매출대금의 회수기간이 익월 7일 현금조건으로 조기 회수되어 청구법인의 자금유동성에 많은 기여를 하는 점에서 OOO의 단가인하 요구에 응하여 청구법인이 단가를 재조정 해 준 것은 거래관행에 부합하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 OOO 에 공급한 신문용 흑색잉크를 다른 거래처보다 저가로 공급한 사실에 대하여 그 차이금액을 접대비로 보기 어렵다 할 것이다. 따라서, 청구법인이 OOO에 공급한 신문용 흑색잉크에 대하여 다른 거래처보다 저가로 공급한 사실에 대하여 처분청이 그 차이금액을 접대비로 보아 한도초과액을 손금불산입하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(4) 다음으로, 쟁점②에 대해서 살펴본다. (가)조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조 연구․인력개발비에 대한 세액공제는 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위하여 창의적 핵심기술연구개발활동에 소요된 비용에 대하여 적용하는 것으로, 법령의 기본취지는 여타의 세액 공제가 대부분 일정 조건에 대한 설비투자액에 대한 공제인 점과 달리 이는 비용에 대한 세액공제로서 동일한 기술개발투자에 있어서도 설비 투자는 자산의 대체성, 잔존가액의 존재 등의 특성이 있는 반면 기술개발비용은 지출과 동시에 사외로 완전히 유출된다는 점에서 오히려 설비투자보다 위험내재요인이 더욱 많을 수 있어 기술개발이 위축되지 않도록 하기 위하여 동 제도를 도입하여 시행하는 것OOO이라 할 것이다. (나) 처분청은 청구법인의 기술연구소 연구원들이 다음과 같이 품질관리, 하자 보수 등 연구개발 활동과 관계가 적은 부수적인 업무 등 연구활동 외의 업무도 겸임하고 있었으므로 청구법인의 연구․인력개발세액공제를 부인한 이 건 처분은 정당하다는 의견이다.
1. 청구법인이 제출한 연구소 출장보고서와 연구소 업무일지의 내용에 따르면 주요 출장목적은 거래처에 납품한 잉크의 품질관련 하자, 인쇄불량 관련 내용으로 이는 연구·개발의 성격도 있지만 이보다는 품질관리 업무 및 제품관련 사후관리 성격의 업무에 더 가까워 보이며, 2013년에만 연구소 직원들의 A/S 등 관련 출장내역이 52회로 확인된다.
2. 청구법인의 기술연구소 개발1팀과 개발2팀의 업무분장표에 따르면 안료, 제품, 반제품의 품질관리업무가 연구원들의 업무에 속해 있는 것으로 나타나는 반면, 품질관리팀의 업무분장 내역에는 제품검사, 원료검사, 반제품 검사 항목만이 확인되고 있어 이 역시 연구·개발활동과 성격이 다른 제품 등의 품질관리 업무도 연구원들이 수행하고 있는 것으로 판단된다.
3. 청구법인의 법인세 신고내역 중 손익계산서상 경상개발비 계상액은 미미한 수준으로 연구원들이 연구활동에만 전념하였다고 보기 어려워 보인다. <표7> 청구법인의 손익계산서상 경상개발비 계상액 ◯◯◯ (다) 청구법인은 처분청이 작업지시서, 업무분장표 등에 기재된 자구를 근거로 청구법인의 기술연구소 연구원의 출장행위를 단순한 A/S활동으로 판단하여 연구인력·개발세액공제를 부인한 이 건 처분은 부당하다고 주장하면서 아래와 같이 소명하였다.
1. 청구법인의 기업부설연구소 연구원 인정서 및 기업부설연구소 연구개발 인력현황(2014.12.2.기준)을 보면, 연구원들은 연구소장 OOO 외 6인으로 확인되고, 연구원 전원은 화학(공학)을 전공한 것으로 나타난다.
2. 청구법인의 직제표를 보면 전담연구원이 근무하는 기술연구 소가 독립적으로 운영되고 있고, 기술연구소와 품질관리팀은 분리되어 있는 것으로 확인되고 이 건 연구인력·개발세액공제시 품질관리팀 직원의 급여는 연구인력개발비에 계상되지 아니하였다.
3. 청구법인의 업무분장표(부서 및 개인별 직무분장표)의 내용 중 기술연구소에 종사하는 직원들의 담당업무는 주로 시험 및 개발관련 업무가 대부분인 것으로 기재되어 있고, 개발1팀의 경우에는 신문사 A/S가, 개발2팀의 경우에는 거래처 A/S가 담당업무에 포함되어 있는 사실이 나타난다.
4. 청구법인의 2013년 국내출장보고서에 따르면 출장자는 기술연구소 연구원(일부 마케팅부 직원포함)으로 나타나고 출장목적은 총 출장횟수 55회 중 시험인쇄(20회), 업무협의(인쇄품질표준화 관련 농도문의, 2회), 현황파악(인쇄현황, 23회), 기술협의(잉크몰림 등 문제에 대한 대응방안 검토 등, 7회), 불량관련(시쇄시 전이불량, 2회), 업무협의(PS판 수거 및 적색잉크 소프트하게 조정, 1회)로 나타나고, 2013년 해외출장보고서에 따르면 해외출장 시 연구소장의 동행은 현지의 인 쇄환경과 각종 제품개발을 위한 정보를 수집, 개발된 제품의 시험인쇄 등을 위한 것이며 영업활동을 수행한 것은 아닌 것으로 나타난다.
5. 청구법인은 2007년 처분청으로부터 2005년 귀속 법인세 정 기조사시 연구개발세액공제에 대한 적정성 여부가 조사되어 적법하다고 인정받은 바 있고, 1998년 기술연구소 설립 이후 현재까지 연구원들의 업무가 변경된 사실이 없다. <표8> 2007년 청구법인에 대한 법인세 정기조사 내역 (단위: 원) ◯◯◯ (라) 청구법인의 불복대리인은 2016.4.21. 조세심판관 회의에 참석하여 청구법인의 기술연구소 연구원들의 연구개발 실적내역서 및 연구소 업무일지를 제출하였는바, 그 내역을 보면 청구법인의 기술연구소는 연구개발 목적으로 함수율측정기 외 54개 시험기기 및 장비를 보유하면서 그 동안 신문용 흑색잉크 등 연구개발제품 324개 OOO를 개발하였던 것으로 나타난다. (마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 기술연구소 연구원들이 품질관리, 하자보수 등 연구개발 활동과 관계가 적은 업무도 겸임하고 있으므로 청구법인의 연구․인력개발세액공제를 부인한 이 건 처분은 정당하다는 의견이나, 조특법 제10조 연구․인력개발비에 대한 세액공제의 기본취지는 동일한 기술개발투자에 있어서도 설비 투자는 자산의 대체성, 잔존가액의 존재 등의 특성이 있는 반면 기술개발비용은 지출과 동시에 사외로 완전히 유출된다는 점에서 오히려 설비투자보다 위험내재요인이 더욱 많을 수 있어 기술개발이 위축되지 않도록 하기 위하여 동 제도를 도입하여 시행하는 것인 점, 청구법인은 신문․인쇄잉크 제조업을 영위하는 법인으로서 청구법인의 직제표상 전담연구원이 근무하는 기술연구소가 독립적으로 운영되고 있고 기술연구소와 품질관리팀은 분리되어 있는 것으로 확인되며 연구원 전원은 화학(공학)을 전공한 것으로 나타나는 점, 연구·인력개발비 세액공제를 적용하기 위해서는 실제 연구소 직원들이 어떤 업무를 수행했는지가 중요한 판단자료인 바, 청구법인의 불복대리인이 조세심판관 회의에 참석하여 제출한 연구개발실적내역서 및 연구소 업무일지를 보면, 청구법인의 기술연구소 연구원들은 신문잉크 324개 제품을 개발하는 등 연구·개발활동에 계속하여 종사하고 있는 것으로 보이고, 신문사 등 A/S관련 출장 등은 단순한 출장과 달리 신문사별 인쇄환경에 최적화된 제품개발을 위한 필수적인 절차인 점에서 잉크개발 과정에서의 신제품개발 연구활동의 일환으로 판단되는 점, 2007년 처분청의 세무조사시 청구법인의 연구인력개발비 세액공제와 관련하여 품질관리팀 외 연구인력을 적법하게 인정한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 기술연구소 연구원들이 연구개발 활동과 관계가 적은 업무도 겸임하고 있는 것으로 보아 조특법 제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제 적용을 배제하고 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.