쟁점토지가 양도 당시 농지가 아닌 것으로 보아 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 처분의 당부

OOO세무서장이 2015.12.10. 청구인에게 한 2014년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1991.1.1. OOO 전 3,828㎡ 및 같은 리 392-2 전 526㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)을 취득하여 보유하던 중, 2014.5.23. 정OOO(이하 “매수인들”이라 한다)에게 양도하고, 쟁점토지가 8년 이상 자경한 농지에 해당된다 하여 조세특례제한법제69조에 따라 산출한 세액 OOO원을 감면대상으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 실지조사를 실시한 후 쟁점토지가 양도될 당시 농지가 아닌 것으로 보아 감면 적용을 배제하여 2015.12.10. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2015.12.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인과 매수인들은 2014.1.13. 건축허가를 조건부로 하고, 그 후 매매계약서를 새로이 작성하기로 하는 특약사항이 기재된 쟁점토지 매매계약(이하 “쟁점①계약”이라 한다)을 체결하였고, 이에 따라 매수인들은 2014.3.18 건축허가를 받아 2014.3.24. 착공하였으며, 청구인과 매수인들은 2014.4.28. 특약사항에 따라 매매계약(이하 “쟁점②계약”이라 한다)을 새로이 약정하였으며, 위 계약을 원인으로 하여 2014.5.23. 쟁점토지의 소유권이전등기를 경료하였다. 처분청은 2014.5.23. 쟁점토지를 양도할 당시 공사가 진행 중이었으므로 농지가 아니라는 의견이나, 조세특례제한법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조 제5항 단서에서 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지기준으로 한다고 규정하고 있는바, 쟁점토지를 허가조건부로 매매하기로 한 쟁점①계약을 체결할 당시(2014.1.13.)에는 착공하기 전이라서 농지이므로 감면요건을 충족한다. 처분청은 또한 쟁점①계약과 쟁점②계약은 매수인들과 토지의 면적이 각 상이하므로 동일한 것으로 볼 수 없고, 쟁점②계약이 체결될 당시에는 이미 건물 등을 건축하기 위한 공사가 진행되고 있었으므로 감면요건을 충족하지 못한다는 의견이나, 쟁점①계약의 매수인들은 정OOO이고, 쟁점②계약의 매수인들은 정OOO이므로 실질적으로 달라졌다고 볼 수 없고, 쟁점①계약과 쟁점②계약상 토지의 면적이 상이한 것은 쟁점토지를 합병한 후 분필하였기 때문일 뿐 그대로 양도한 것이라 쟁점①계약과 쟁점②계약은 사실상 동일하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지는 양도(2014.5.23.)가 되기 전에 건축허가를 받고, 착공(2014.3.24.)을 하여 당시에는 농지라 할 수 없고, 청구인의 주장대로 매매계약일 현재를 기준일로 본다 하더라도 쟁점①계약과 쟁점②계약은 매수인들 및 토지 면적이 상이하여 같은 것이라 인정할 수 없으므로 쟁점②계약을 체결할 당시를 농지 여부를 판단하는 기준시점으로 하여야 한다. 쟁점②계약의 체결당시인 2014.4.28.에는 이미 건축을 위한 공사(2014.3.24.)가 진행 중이라 쟁점토지는 농지로 볼 수 없으므로 양도소득세 감면 적용을 배제하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 타당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지가 양도 당시 농지가 아닌 것으로 보아 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점토지 인근에서 거주하고 8년 이상 자경한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구인과 심OOO은 청구인이 소유한 쟁점토지 및 심OOO이 소유한 OOO 전 2,790㎡, 같은 리 392-1 전 1,028㎡를 OOO에게 건축허가를 받는 것을 조건으로 하여 양도하기로 약정한 사실이 쟁점①계약서에 나타나고, 주요 내용은 다음과 같다. OOO

(3) 쟁점토지는 2014.2.25. 합병되었다가 2014.4.11. 다음 <표1>과 같이 분할된 사실, 2014.3.18. 건축허가가 승인된 사실, 2014.3.24. 건축착공을 한 사실이 건축․대수선․용도변경 신고필증 및 토지․건축물대장에 의하여 확인된다. OOO

(4) 청구인은 2014.4.28. 다음 <표2>과 같이 쟁점토지를 매매하기로 하는 쟁점②계약서를 작성하였고 2014.5.23. 소유권이전등기되었다. OOO

(5) 처분청은 당초 다음과 같은 사유로 쟁점토지의 양도에 대하여 감면을 배제한 사실이 조사종결보고서(2015년 10월) 및 양도소득세 결정결의서에 나타난다. OOO

(6) 처분청이 제출한 쟁점토지의 위성사진을 보면 2013.10.22. 현재농지로, 2014.4.1. 현재 나대지로, 2015.3.15. 현재 공장부지로 각 사용되고 있는 사실이 나타난다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지 양도일 현재 형질변경 및 공사가 시작되어 농지가 아니라는 의견이나,조세특례제한법제69조 및 같은 법 시행령 제66조 제5항 단서에서 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공을 한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 하여 농지여부를 판정한다고 규정하고 있고, 청구인은 건축허가를 조건으로 하여 양도계약을 체결하였고 그에 따라 건축허가를 받아 형질변경을 하고 양도하였으므로 양도시점이 아니라 매매계약일 현재를 기준으로 농지 여부를 판단하는 것이 타당하고, 처분청은 또한 매매계약일 현재를 기준으로 농지 여부를 판단하더라도, 등기원인이 되는 쟁점②계약 체결일 현재를 기준으로 하여야 한다는 의견이나, 쟁점②계약은 쟁점①계약을 실질적으로 동일하거나 상세하게 규정한 것에 불과하여 쟁점①계약 체결일 현재를 기준으로 판단하는 것이 타당하고 이 경우 쟁점토지는 농지로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지가 양도 당시 농지가 아닌 것으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.