청구인이 추계의 방법에 의하여 신고한 소득금액을 부인하고 실지조사에 의한 방법으로 소득금액을 경정하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부

OOO세무서장이 2015.9.1. 청구인에게 한 2013년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은소득세법제80조 제3항 단서 및 같은 법 시행령 제143조 제3항 제1호의 2의 규정에 따라 소득금액을 계산하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 2011.4.1. 부동산개발 및 매매업(업종코드: 703012)으로 사업자등록한 사람으로 2013.9.5. 청구인과 이OOO이 공동으로 소유하던 OOO동 325-2 외 11필지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 조OOO에게 OOO원에 양도한 후 장부 및 기타 증빙서류가 없거나 주요한 부분이 미비한 경우로 보아소득세법 제80조 단서의 규정에 따라 청구인의 소득금액을 추계하여 2013년 귀속 종합소득세를 신고하였다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구인에 대한 개인통합조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점부동산의 실제 소유임을 확인하고 소득금액을 청구인에게 합산․결정하면서 실제 확인되거나 토지 취득당시의 기준시가에 의해 계산한 필요경비 OOO 원을 반영하여 경정하도록 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청 은 이에 따라 2015.9.1. 청구인에게 2013년 귀속 종합소득세 OOO 원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2015.11.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 처분청은 청구인의 추계소득 신고를 부인하고 장부 및 증빙 서류 등으로 소득금액을 산정하면서 토지의 취득가액을 기준시가로 적용한 것은 추계에 의한 방법으로 토지가액을 결정한 것으로서, 이는 단일 사업장의 과세목적물에 대하여 실지조사결정과 추계조사결정을 혼합하여 적용할 수 없다는 관련 법령(국세청 서일 46011-11096 외 다수 같은 뜻)을 위반한 처분에 해당한다.

(2) 조사청은 2002년 및 2004년의 개별공시지가가 크게 변동될 정도의 대규모 토목공사가 시행되었던 사실 및 2012년 건축물이 완공된 사실을 인지하고 있었으나, 이에 투입되었을 공사비에 대하여는 증빙이 없다는 이유로 필요경비로 인정하지 아니한 과세처분은 이미 장부 및 증빙서류들이 없거나 중요한 부분이 미비된 사실을 인정하고 있다는 반증에 해당된다.

(3) 조세심판원 심판례(국심 2004구25547, 2005.9.28.)의 요지는 경정소득금액이 추계소득금액보다 4배 이상 차이가 발생할 경우 이를 정상적인 소득금액이라고 판단하기 어렵다고 하고 있으며, 이에 비추어 추계소득금액 대비 경정소득금액이 475% 달하는 이 건 조사 결정은 위 심판례에 비추어 정상적인 소득금액이라고 볼 수 없다 할 것이다. 따라서, 이 건은 소득세법 시행령제143조 제1항의 규정에 비추어 필요한 장부 및 기타 증빙서류가 없거나 주요한 부분이 미비한 경우에 해당되므로 청구인이 당초 신고한 추계 소득금액으로 재경정하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 실지조사결정에 의한 경정소득금액이 추계조사경정에 의한 소득금액의 475%에 달하므로 정상적인 소득금액이 아니라고 주장하나, 소득세 과세표준의 결정은 실지조사결정에 의하는 것을 원칙으로 하고 실지조사결정이 불가능할 경우에만 예외적으로 추계조사결정의 방법에 의하도록 하고 있음에 비추어 실지조사방법에 의하여 결정된 소득세액보다 많은지 적은지에 따라 그 과세표준의 결정방법의 적법여부가 좌우되는 것은 아니라 할 것이며(대법원 1996.1.26. 선고 95누6809 판결), 단순히 처분청의 결정소득금액이 추계결정에 의한 소득금액보다 높다는 사실만으로는 추계조사방법에 의하여 소득금액을 결정할 수 없다. (2) 소득세 필요경비의 입증책임에 관한 다수의 판례에서 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리할 것일 뿐만 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입 증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것이다. 따라서 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위 임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 입증할 필요가 있다(대법원 1994.10.28. 선고 94누5816 판결, 1995.7.14. 선고 94누3407 판결, 1996. 4.26. 선고 96누1627 판결 등 참조)는 입장이다.측량·수로조사 및 지적에 관한 법률 시행령제67조는 지목변경을 신청할 수 있는 사유로, 제1호는국토의 계획 및 이용에 관한 법률등 관계 법령에 따른 토지의 형질변경 등의 공사가 준공된 경우, 제2호는 토지나 건축물의 용도가 변경된 경우, 제3호는 법 제86조에 따른 도시개발사업 등의 원활한 추진을 위하여 사업시행자가 공사 준공 전에 토지의 합병을 신청하는 경우로 규정하고 있다. 따라서 지목변경이 되었다고 하여 반드시 형질변경을 위한 토목공사 등을 수반한다고 할 수 없으며, 청구인은 2011년 이후의 토목공사에 대하여는 공사계약서, 세금계산서 등을 보관·제출하면서 2002년∼2004년까지의 토목공사에 대하여는 아무런 증빙도 제출하지 못하고 있는바, 실제 대규모의 토목공사가 이루어졌다는 청구인의 주장을 인정하기 어렵다. (3) 청구인은 처분청이 실지조사방법에 의하여 소득금액을 결정하면서 토지의 취득 가액은 추계조사방법에 의하여 기준시가를 적용한 것은 잘못이라고 주장하나,소득세법제39조 제2항 및 같은 법 시행령 제89조 제3호는 취득가액이 불분명한 자산에 대하여 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세·등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액으로 규정하고 있고, 이에 따른 소득세법 시행규칙제48조는 “기획재정부령이 정하는 시가”에 법인세법 시행령제89조를 준용하고 있으며, 한편 법인세법 시행령제89조 제2항은 시가가 불분명한 경우, 제1호에서 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액을, 제2호상속세 및 증여세법제61조부터 제66조를 준용하여 평가하도록 하고 있고, 같은 법 제61조 제1항 제1호는 부동산에 대한 평가는부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별공시지가로 한다고 규정하고 있다. 따라서, 처분청이 쟁점부동산과 관련된 공사비용 등을 세금계산서에 의해 확 인된 금액으로 인정하면서 토지의 취득가액이 불분명한 경우 기준시가로 인정한 것은 위 법령에 따른 처분으로서 적법하다.

• 가. 쟁점 청구인의 추계조사결정방법에 의해 계산․신고한 소득금액을 부인하고 실지조사결정방법으로 재계산하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등 (1) 소득세법 제39조【총수입금액과 필요경비의 귀속연도 등】② 거주자가 매입ㆍ제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다.

④ 제1항의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도, 제2항의 취득가액의 계산이나 기타 자산ㆍ부채 등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제80조【결정과 경정】③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제55조【사업소득의 필요경비의 계산】① 사업소득이 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.

② 부동산의 양도 당시의 장부가액(건물건설업과 부동산 개발 및 공급업의 경우만 해당한다). 이 경우 사업용 외의 부동산을 사업용으로 사용한 것에 대해서는 해당 사업자가 당초에 취득 한 때에 제89조를 준용하여 계산한 취득가액을 그 장부가액으로 한다. 제89조【자산의 취득가액 등】ⓛ 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세·등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조·생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정 부령이 정하는 시가에 취득세·등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금 액 제143조(추계결정 및 경정) ① 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

② 법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 과세표준을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 제3항의 규정에 의하여 산출한 소득금액에서 법 제50조 내지 제52조의 규정에 의한 인적공제와 특별공제를 하여 과세표준을 계산한다.

③ 법 제80조 제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따른다. 다만, 제1호의2는 단순경비율 적용대상자만 적용한다. 1의2. 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법 (3) 소득세법 시행규칙 제48조【시가의 계산】영 제89조 제1항 제3호에서 “기획재정부령이 정하는 시가”라 함은 법인세법 시행령제89조를 준용하여 계산한 금액을 말한다. (4) 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한

• 다. 1.부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다. 2.상속세 및 증여세법제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우상속세 및 증여세법제63조 제2항 제1호 및 동법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다. (5) 상속세 및 증여세법 제61조【부동산 등의 평가】① 부동산에 대한 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역의 토지에 대하여는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료 등에 의하면, 청구인이 쟁점부동산 중 토지를 1988.9.19. 및 2008.8.1. 취득한 후인 2011.4.1. 부동산매매업자(703012) 로 사업자등록을 하였고, 토지상에 부지조성공사 등을 거쳐 2012.5.29. 건물을 준공하여 2013.8.27. 양도한 쟁점부동산의 양도금액이 OOO원이고, 단순경비율 적용대상으로 양도당시 쟁점부동산이 사업용자산이며, 쟁점부동산의 구체적인 취득·개발 및 양도과정은 아래 <표1>과 같다.

(2) 처분청은 청구인이 쟁점부동산의 공동소유자인 이OOO의 소유 지분에 대하여 매매, 증여, 전세권, 저당권, 임차권의 설정, 기타 일체의 처분행위를 금 지 하는 가처분등기를 하였고, 이OOO이 OOO계좌 (351-0647 -**-)로 수령한 양도대금 OOO원을 즉시 청구인에게 송금한 사실을 확인하고 이OOO 지분의 소득금액을 청구인에게 합산하였으며, 청구인이 쟁점부동산의 부지공사 및 진입로공사 등을 위하여 수취한 세금계산서의 금액 및 일부 공과금 내역은 아래 <표2> 와 같고, 그에 의해 계산한 필요경비는 아래 <표3>과 같

• 다. (3) 청구인은 쟁점부동산 중 토지의 경우 1988년에 OOO동 325-2, 산 55-1를, 2008년에 OOO동 327-2를 각 취득한 것인데, 취득시의 기준시가보다 훨씬 높은 가격으로 거래되었고, 취득이후 개발을 위해 거액의 부지공사비가 소요되었는데도 오래기간의 경과로 지출증빙이 분실되거나 보관하지 못한 것인데도 처분청이 소득금액을 결정하면서 기준시가로 결정한 것은 부당하다고 주장하면서 <표4>와 같은 개발내역 및 토지형질변경과 관련한 공사내역을 <표5>․<표6>․<표7>과 같이 제시하였다. 또한, 청구인은 쟁점부동산 중 건물(동․식물 관련시설, 3,491.12㎡)을 2012.5.29. 완공하였으나, 처분청 이 투입공사비를 확인조사하지 아니하고 합리적으로 산정가능한 지출비를 필요경비로 인정하지 아니한바, 그 증빙 등이 미비하거나 없으므로 소득세법 시행령제143조 제1항 제1호 규정에 의하여 소득금액을 산정하는 것이 타당하다는 주장이다.

(4) 쟁점부동산 중 토지에 대한 취득 이후 개별공시지가의 변동추이(양도 당시가 취득당시의 약 45배)는 아래 <표8>과 같고, 청구인의 이 건 부동산매매업(업종코드 703012)의 경정 전․후의 소득금액 및 기준경비율에 의한 추계결정할 경우 소득률 등은 아래 <표9>와 같다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청이 청구인의 사업소득을 결정함에 있어 일부는 확인되는 증빙 등에 의하여 계산하고, 나머지 토목공사비 또는 형질변경공사비의 지출증빙 미제시로 불인정하거나 토지의 취득가액을 기준시가로 추계결정하여 토지의 취득당시에 비해 25년이 경과한 개별공시지가에 의한 필요경비가 인정되는 결과로 경제적 합리성이 없어 불합리한 점, 이 건의 경정소득률이 추계신고소득률에 비해 475%에 이르고, 쟁점부동산이 양도당시의 기준시가 평가액OOO에도 미치지 아니한 양도가액OOO인 점 등에 비추어 청구인의 경우 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비한 경우에 해당한다 할 것이다. 따라서, 청구인의 2013년 귀속 사업소득금액을소득세법제80조 제3항 단서 및 같은 법 시행령 제143조 제3항 제1의2호의 규정에 따라 계산하여 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.