청구인이 종합소득세 신고시 무신고로 간주됨으로 감면배제 요건을 충족하였으나,국세청이 발간한 책자 기재내용 및 국세청의 유권해석이 있기 전까지 비과세관행이 성립된 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 신의칙을 위반한 것으로 보이므로 청구인에게 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있음
청구인이 종합소득세 신고시 무신고로 간주됨으로 감면배제 요건을 충족하였으나,국세청이 발간한 책자 기재내용 및 국세청의 유권해석이 있기 전까지 비과세관행이 성립된 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 신의칙을 위반한 것으로 보이므로 청구인에게 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있음
(2) 중소기업 육성 및 발전을 위해 세액을 감면하는 조특법 제6조 및 제7조의 입법취지는 무신고가산세를 부과하기 위한 소득세법 제70조제4항 의 입법취지와 달라 소득세법의 과세요건을 근거로 중소기업특별세액 감면을 배제하는 것은 부당하며 이는 조세법규에 대한 엄격해석 원칙에 반하는 것이다. (3) 추계신고하는 복식부기의무자에게 소득상한배율 3.0배 적용과 무신고가산세 부과에 더해 중소기업특별세액감면 등을 배제하는 것은 불이익을 이중으로 가하는 과도한 조치로서 간편장부대상자는 추계신고에도 감면이 인정되는 것과 비교하면 조세형평에도 어긋난다. (4) 2016.7.13. 국세청의 과세기준자문에 대한 해석을 근거로 추계신고시 중소기업특별세액감면 등을 배제하는 처분청의 과세는 기존 예규 등과 다른 새로운 해석으로 소급과세 금지 원칙에 반하는 것으로 그에 따른 납부불성실 가산세 부과도 부당한 처분이다. <청구인 추가 항변> (1) 2006년 소득세법 제70조 제4항 개정이후 9년간 추계신고시 중소기업 특별세액감면을 적용해 왔고 국세청 고객만족센터 안내책자에도 “무신고․기한후 신고시 감면배제”라고 하였고, “①추계시에도 감면가능”이라고 적시되어 법정기한내 신고한 청구인에게 중소기업특별세액감면을 배제하는 것은 신의칙위반이다. (2) 또한, 조세심판원 결정례(조심 2014중4437, 2015.2.2.)도 당초 추계로 신고한 소득금액에 대한 중소기업특별세액 감면은 정당하다는 취지로 보이므로 당해 종합소득세 부과고지는 위법하다. (3) 처분청의 결정(경정)결의서의 경정사유 및 산출근거에 “중소기업특별세액감면 등에 대한 감면을 부인한다”고만 되어 있을 뿐 “무신고 결정 한다”는 내용은 없는바 무신고에 따른 경정 또는 결정을 받은 바 없으며, 2014년 귀속 종합소득세는 과세표준확정신고기일부터 1년이 경과한 결정 또는 경정으로 소득세법 시행령 제142조 제2항 을 위반한 처분이다.
(4) 청구인은 정당한 신고방법 중 하나인 추계소득금액으로 성실하게 신고하여 세법상 기본의무인 신고의무를 성실히 이행하였으므로 납세자의 기본의무를 불이행한 청구인에게 중소기업특별세액감면 등을 배제하는 것은 당연하다는 처분청의 주장은 잘못된 것이다.
(1) 청구인이 종합소득세 확정신고시 제출하여야 하는 서류를 제출하지 않고 추계신고하여 소득세법 제70조 제4항 에 따라 확정신고를 하지 않은 것으로 간주되어 처분청은 같은 법 제80조 제1항에 따라 추계신고와 동일한 과세표준에 감면세액을 배제하여 세액을 결정하였다. (2) 조특법 제128조는 세법상 기본적인 신고의무 이행을 하지 않은 자에 대하여 감면을 배제하도록 하여 성실신고한 납세자와 차이를 두기 위한 것으로 이는 소득세법 제70조 제4항 의 입법취지와 배치되는 것이 아니다.
(3) 2016.7.13. 국세청 예규는 세법에 대한 새로운 해석이 아닌 소득세법 제70조 제4항 및 조특법 제128조 제2항에 대한 민원인 질의에 대한 회신으로 소급과세금지원칙에 위배되는 행위가 아니며, 납부불성실 가산세는 감면세액을 추징하면서 정상적으로 부과한 것이다. <처분청의 추가 답변>
(1) 청구인이 제시한 심판례(조심 2014중4437, 2015.2.2.)는 당초 기장신고한 사항에 대해 장부미비 등의 사유로 추계경정하면서 경정되어 증가된 소득에 대해 중소기업특별세액감면을 배제한 것으로 당초 신고시 관련서류를 제출하지 않고 추계로 신고한 청구인의 사례와는 다른 것이다.
(2) 처분청은 조사내용․경정사유․납세고지서 산출근거에 모두 감면배제 근거조항인 소득세법 제70조 제4항 과 조특법 제128조 제2항을 명시하였으므로 결의서 등에 무신고결정이라는 내용이 없다는 청구인의 주장은 사실과 다르다.
(3) 소득세법 제160조 에 따라 모든 사업자는 복식부기에 따라 장부를 기록하고 관리하여야 하나, 일정규모 미만의 영세사업자에게 복식부기에 따른 부담을 경감하여 사업에 전념하도록 한 예외를 복식부기의무자인 청구인이 조세형평을 들어 이중불이익을 주장하는 것은 부당하다.
① 소득금액을 추계하여 신고한 복식부기의무자인 청구인이 무신고자로 창업중소기업세액감면 및 중소기업특별세액감면의 배제대상자인지 여부
② 청구인에 대하여 창업중소기업세액감면 및 중소기업특별세액감면을 배제한 처분이 비과세관행 또는 신의성실의 원칙에 반하는 것인지 여부
3. 사업소득금액을 제160조 및 제161조에 따라 비치·기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 경우에는 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무상태표·손익계산서와 그 부속서류, 합계잔액시산표(合計殘額試算表) 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 조정계산서. 다만, 제160조 제2항에 따라 기장(記帳)을 한 사업자의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 간편장부소득금액 계산서 제80조[결정과 경정] ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.
② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우
③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제143조[추계결정 및 경정] ① 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우
2. 기장의 내용이 시설규모·종업원수·원자재·상품 또는 제품의 시가·각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우
3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우
(3) 조세특례제한법 제6조[창업중소기업 등에 대한 세액감면]
① 2018년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 중소기업창업 지원법 제6조 제1항 에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 이 항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 2018년 12월 31일 이전에 창업한 창업중소기업으로서 대통령령으로 정하는 청년창업기업에 대해서는 해당 사업에서 발생한 소득에 대하여 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
② 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2018년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도 까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 다음 각 호의 사유가 있는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.
③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.
19. 학원의 설립·운영 및 과외교습에 관한 법률에 따른 직업기술 분야를 교습하는 학원을 운영하는 사업 또는 근로자직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업(직업능력개발훈련을 주된 사업으로 하는 경우에 한한다) 제7조[중소기업에 대한 특별세액감면] ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.
② 소득세법 제80조 제1항 또는 법인세법 제66조 제1항 에 따라 결정을 하는 경우와 국세기본법 제45조의3 에 따라 기한 후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조 제1항·제3항, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제96조, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니한다.
③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항 에 따라 경정(제4항 각 호의 어느 하나에 해당되어 경정하는 경우는 제외한다)을 하는 경우와 과세표준 수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우에는 대통령령으로 정하는 과소신고금액(過少申告金額)에 대하여 제6조, 제7조, 제12조 제1항·제3항, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제96조, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니한다.
(4) 국세기본법 제15조[신의·성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제16조[근거과세] ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.
② 제1항에 따라 국세를 조사·결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. 제18조[세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아 들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제47조의2[무신고가산세] ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법 및 종합부동산세법에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다. 제47조의4[납부불성실·환급불성실가산세] ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만, 인지세법 제8조제1항 에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.
(1) 청구인은 2014년, 2015년 귀속 종합소득세 확정신고시 소득금액을 추계하여 종합소득세 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출하였으나, 재무상태표 등 소득세법 제70조 제4항 제3호 에서 규정한 서류는 제출하지 않았다. 처분청은 청구인의 추계신고를 무신고로 보아 창업중소기업감면과 중소기업특별세액감면을 배제하여 종합소득세 등을 결정하였으나, 소득금액은 청구인이 추계신고한 것과 동일하였다.
(2) 청구인의 신고내용과 처분청의 결정내용은 아래 <표1>과 같다. (3) 소득세법 제70조 제4항 및 제81조가 2006.12.30. 아래 <표2>와 같이 개정되었으나, 같은 법 제81조 제3항의 규정이 같은 법 제70조[종합소득세 과세표준확정신고]로 이동하면서 가산세에 한하여 무신고로 간주하는 내용이 삭제되었다. <표2> 2006.12.30. 소득세법 개정내용 구 소득세법 (법률 제7837호, 2005.12.31.) 개정된 소득세법 (법률 제8144호, 2006.12.30.) 제70조[종합소득 과세표준확정신고]
④ 종합소득과세표준확정신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <후문 신설>
3. 부동산임대소득금액 또는 사업소득금액을 제160조 및 제161조의 규정에 의하여 비치·기장된 장부와 증빙서류에 의하여 계산한 경우에는 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표·손익계산서와 그 부속서류 및 합계잔액시산표와 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 조정계산서. 다만, 제160조 제2항의 규정에 의하여 기장을 한 사업자의 경우에는 대통령령이 정하는 간편장부소득금액계산서 제81조[가산세]
① 거주자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 결정세액에 가산한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니한다.
③ 복식부기의무자가 제70조 제4항 제3호의 대차대조표·손익계산서·합계잔액시산표와 조정계산서를 과세표준확정신고서에 첨부하지 아니한 때에는 제1항의 적용에 있어서 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다. 제70조[종합소득 과세표준확정신고]
④ 종합소득과세표준확정신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제160조제3항의 규정에 따른 복식부기의무자(이하 "복식부기의무자"라 한다)가 제3호의 규정에 따른 서류를 제출하지 아니한 경우에는 종합소득과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다. <좌동> 제81조[가산세] ※ 국세기본법 제47조의2 및 제47조의3으로 이동 ※ 소득세법 제70조 제4항 후단으로 이동(개정시 밑줄 부분 삭제)
(4) 2006.12.30. 소득세법 제70조 [종합소득과세표준확정신고] 개정에 대하여 간추린개정세법이나 재정경제부(現 기획재정부)의 보도자료에 개정이유 등 관련 내용이 없다.
(5) 추계신고시 조특법 제128조 제2항 무신고시 감면배제와 관련된 국세청 등의 유권해석은 아래 <표3>, <표4>와 같이 2006.12.30. 소득세법개정 전․후로 그 내용이 다르다. (가) 2006.12.30.소득세법개정 전 유권해석은 <표3>과 같이 추계신고․결정 시에 중소기업특별세액 감면 등을 적용받을 수 있다는 내용이다. <표3> 2006.12.30. 소득세법개정전 유권해석 생산 일자 문서 번호 내용 비고 1993.3.4. 국세청 소득46011-526 중소제조업을 영위하는 거주자가 추계조사결정을 받는 경우에는 조세감면규제법 제15조의3(중소 제조업에 대한 임시특별별세액 감면)의 조세특례를 적용받을 수 있는 것임 조특법 제128조 제2항 신설 전 유권해석 1997.4.25. 국세청 소득46011-1158 중소제조업을 영위하는 거주자가 당해 연도의 소득세 과세표준을 추계로 확정신고하는 때에도 당해 제조업소득에 대하여는 조세감면규제법 제7조의 중소제조업특별세액감면을 적용받을 수 있는 것임 1998.12.28. 조세특례제한법 제정 조세감면규제법폐지와 조세특례제한법제정하는 과정에서 무신고시 중소기업특별세액감면 등을 배제하는 조문 신설 2002.9.2. 국세청 서일46011-11135 창업중소기업등에 대한 세액감면은 당해 거주자의 소득금액을 추계조사 결정․경정하는 때에도 적용받을 수 있음 2006.11.24. 국세청 서면인터넷 방문상담1팀 -1593 조세특례제한법 제128조 에 의거 소득세법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 추계를 하는 경우 같은 법 제102조의 산림개발소득에 대한 세액감면규정을 적용할 수 있는 것입니다. (나) 2006.12.30. 소득세법개정 후 유권해석은 아래 <표4>와 같이 감면을 배제하는 내용이나 약 10년간 감면을 배제하는 내용의 유권해석은 없었다. <표4> 2006.12.30. 소득세법개정 후 유권해석 등 생산 일자 문서 번호 내용 비고 2010.12.14. 국세청 소득세법 집행기준 70-130-1
① 복식부기의무자가 재무제표 등 신고 부속 서류 대신에 간편장부 소득금액계산서를 첨부 하여 과세표준확정신고를 하는 때에는 적법한 신고를 하지 않은 것으로 본다. 2016.7.13. 국세청 2016- 법령해석 소득-139 복식부기의무자가 종합소득 과세표준 및 세액을 추계하여 신고한 경우 소득세법 제70조 제4항에 의해 종합소득 과세표준 확정 신고를 하지 아니한 것으로 간주되므로 같은 법 제80조 제1항에 따라 종합소득 과세표준 및 세액을 결정하여야 하고 조특법 제128조 제2항에 의하여 조특법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액 감면의 적용은 배제되는 것임 과세기준 자문 2017.3.27. 기획재정부 조세특례제도과 -335 복식부기의무자가 종합소득 과세표준 및 세액을 추계하여 신고한 경우에는 조세특례제한법 제128조 제2항에 따라 중소기업특별세액감면을 적용하지 않는 것입니다. 다만, 복식부기의무자가 종합소득 과세표준 및 세액을 추계로 신고하면서 중소기업특별세액감면을 적용한 납세자(‘16.7.13 전 신고한 자에 한한다)에 대해서 소득세법 제80조에 따라 결정․경정 하는 경우에는 국세 기본법 제47조의4 제1항에 따른 납부불성실가산세를 부과하지 아니하는 것입니다. 2017.3.17. 기획재정부 국세예규 심사 위원회 결정
(6) 국세청 고객만족센터에서 발간한 전화․인터넷상담을 위한 확정신고 안내 및 실무책자 및 상담사례로 추계신고 시 중소기업특별세액감면의 적용여부에 대한 내용이 일치하지 않는다. (가) 국세청 고객만족센터의 2015.5.21. 상담사례는 “복식부기의무자가 소득세 확정신고시 복식부기에 의해 소득세를 신고하지 않고 추계신고하는 경우 소득세법 제70조 의 규정에 따라 소득세를 신고하지 않은 것으로 보아, 소득세법 제80조 제1항 을 적용받게 되는 것이며, 조특법 제128조 제2항의 규정에 따라 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 없음”이라고 되어 있다. (나) 반면에 국세청 고객만족센터에서 발간한 2014년 귀속 전화․인터넷상담을 위한 소득세 확정신고 안내 및 실무책자의 295쪽부터 300쪽까지에는 “나. 중소기업에 대한 특별세액감면(조특법7)”에 대한 부분에 “① 추계시에도 적용가능”이라고 기재되어 있으나, 같은 책의 384쪽에는 “무신고․기한후 신고시 감면배제”에 대한 내용에 “창업중소기업 등에 대한 세액감면”과 “ 중소기업에 대한 특별세액 감면”이 기재되어 있다. 위의 내용은 2015년 귀속분에 대한 같은 책자에도 동일하게 기재되어 있다. (7) 소득세법 시행규칙 [별지 제40호 서식(1)]의 종합소득세 과세표준신고서 등에는 기준경비율이 적용되는 복식부기의무자의 추계신고를 신고유형의 하나로 기재하고 있다. (가) 종합소득세 신고서의 앞면에는 “⑧신고유형”에 “ 추계－기준율”, “ 추계－단순율”이라고 기재되어 있다. (나) 종합소득세 신고서의 부속서류 중 하나인 추계소득금액계산서의 작성방법에는 “이 서식은 기준경비율에 따라 추계신고하는 경우에만 작성”이라고 기재되어 있다.
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 우선 쟁점①에 대하여 살펴보면, 2006.12.30. 소득세법이 개정되면서 제81조[가산세]에 있던 복식부기의무자의 관련서류 미제출시 무신고로 간주하는 조항이 제70조[종합소득 과세표준확정신고]로 이동하였고, 그 과정에서 “제1항의 적용에 있어서”라는 가산세 적용에 한하여 무신고로 간주하는 부분이 삭제되어, 그 밖에 조특법을 포함한 세법 적용의 전반에 있어서 무신고로 간주하는 것으로 해석되는 점, 청구인이 종합소득세 과세표준신고시 제70조 제4항 제3호에 규정된 서류를 제출하지 않아 같은 항에 따라 무신고로 간주되어 처분청이 2014년 및 2015년 귀속 종합소득세액을 경정․결정하여 조특법 제128조 제2항의 감면배제 요건을 충족한 점 등을 고려하면, 청구인은 창업중소기업세액감면과 중소기업특별세액감면을 적용받을 수 없다 하겠다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴보면, 신의칙이나 국세기본법 제18조 제3항 의 조세관행존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다 할 것(대법원1992.4.28. 선고 91누9848 판결 참조)이고, 동 조항의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정인이 아니라 불특정한 다수의 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고(대법원1992.3.31. 선고 91누9824 판결; 1987.8.18. 선고 86누537 판결 및 위 84누593 판결 등 참조), 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것(대법원1987.5.26. 선고 86누96 판결 참조)인바, 소득세법 시행규칙[별지 제40호 서식(1)]의 종합소득세 과세표준신고서에 복식부기의무자의 추계신고가 하나의 신고유형으로 기재되어 있는 점, 간추린 개정세법 등을 보아도 2006.12.30. 소득세법개정내용을 확인하기 어려운 것에 더하여 국세청이 발간한 2014년 귀속 전화․인터넷상담을 위한 소득세 확정신고 안내 및 실무책자에서 추계로 소득금액을 산정한 경우에도 중소기업특별세액감면을 받을 수 있는 것으로 기재되어 있고 2015년 귀속 책자에도 동일한 내용이 나타나는 점, 2006.12.30. 개정된 후에도 복식부기의무자로서 관련서류를 미제출한 납세자가 중소기업특별세액감면을 받아도 특별하게 관련세액을 추징한 사례가 2016.7.13. 국세청의 유권해석(2016-법령해석 소득-139)이 있기 전까지는 거의 없어 그 간에 비과세관행이 성립된 것으로 납세자가 신뢰할 만한 점 등을 고려하면 청구인에게 창업중소기업세액감면과 중소기업특별세액감면을 배제한 처분은 신의칙을 위반한 것이거나 또는 납세자에게 이미 받아들여진 비과세관행에 반하는 새로운 해석이나 관행에 의한 소급과세에 해당한다 하겠다. 따라서 처분청이 위 세액감면을 배제하고 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
OOO세무서장이 2016.11.12. 청구인에게 한 종합소득세 2014년 귀속분 OOO원, 2015년 귀속분 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다.