쟁점도시계획토지의 양도에 대하여 장기보유특별공제 및 현금보상에 따른 15% 감면을 적용해야 하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 OOO 건설사업(이하 “쟁점주택건설사업”이라 한다)의 시행자인 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)에 OOO답 2,023㎡ 및 792-2 답 20㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 2분의 1 지분을 OOO에 양도한 후, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 OOO 양도소득세 OOO을 신고하였다.
• 나. 청구인은 이후 쟁점토지 중 아래 <표>와 같은 도시계획시설사업 수용대상 토지 503㎡(이하 “쟁점도시계획토지”라 한다) 중 청구인 지분인 2분의 1이 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호 의 공익사업용 토지에 해당하므로 장기보유특별공제 및 현금보상에 따른 15% 감면을 적용해야 한다며 OOO 처분청에 2015년 귀속 양도소득세 OOO의 경정청구를 하였으나, 처분청은 민간건설업자인 OOO이 공익사업의 시행자에 해당하지 아니한다고 보아 OOO 청구인의 경정청구를 거부하였다. <표> 쟁점토지 및 쟁점수용대상토지 내역
• 다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 이의신청을 거쳐 OOO 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 제77조 제1항 및 제2항에서 거주자가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 “토지보상법”이라 한다)이 적용되는 공익사업에 필요한 토지를 공익사업의 시행자로 지정되기 전의 사업자에게 2015.12.31. 이전에 양도한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우, 토지의 양도대금을 현금으로 받는 부분에 대해서는 양도소득세의 100분의 15에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다. OOO시장은 2015.10.30. 주택법에 따라 OOO을 사업주체로 하여 쟁점주택건설사업 계획을 승인 고시하면서 ‘도시계획시설사업 시행자지정’을 의제한다고 명기하였는바, ‘도시계획시설사업’은 토지보상법 제4조 제5호 의 공익사업에 해당하므로 OOO이 공익사업의 시행자에 해당한다는 점은 명백하므로 쟁점토지 중 쟁점도시계획토지에 대한 양도소득세 100분의 15를 감면하여야 한다는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. 또한, 소득세법 제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제3항 제3호에서 토지보상법에 따라 협의매수되는 토지를 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정하고 있는바, 앞서 본 바와 같이 쟁점도시계획토지는 토지보상법상 공익사업의 시행자에게 협의매수되었으므로 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 대법원은 “주택건설사업은 공익 목적의 사업으로서 사업시행자에게 수용 권한이 인정되는 국가·지방자치단체·대한주택공사·한국토지공사 및 지방공사의 국민주택건설사업의 경우로 한정되고, 민간 건설업체의 민영주택건설 사업에 관하여는 그 과세특례가 인정되지 않는다고 해석함이 상당”(대법원 2009.2.26. 선고 2008두12597 판결)하다고 판시하였고, 조세심판원은 “도시계획시설사업 시행자 지정은 공동주택건설 사업부지내에 국한하여 기존에 있었던 도로를 포함하여 공동주택 건설에 필요한 도로를 신설하기 위한 것으로, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의하여 독립적으로 사업시행자로 지정된 것이 아니라 주택법제17조 제5호의 규정에 따라 관계행정기관이 협의를 통해 주택건설에 필요한 부수적인 도시계획시설사업시행자 지정을 의제한 것”(조심 2010전2983, 2010.11.29.)이라고 판시하였다. 위와 같은 판시에 의하면, 쟁점주택건설사업의 시행자인 OOO은 민간 건설업체로서 과세특례 대상이 되는 토지보상법상 공익사업의 사업시행자에 해당한다고 보기 어려운바, 조세특례제한법 제77조 제1항 의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면대상 및 장기보유특별 공제대상으로 보기 어려우므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 쟁점도시계획토지의 양도에 대하여 장기보유특별공제 및 현금보상에 따른 15% 감면을 적용해야 하는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제77조 [공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2018년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 공공주택 특별법 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(괄호 생략)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

② 거주자가 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 “사업시행자”라 한다)로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 “지정 전 사업자”라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지등(제1항 제1호의 공익사업에 필요한 토지등 또는 같은 항 제2호에 따른 정비구역의 토지등을 말한다. 이하 이 항에서 같다)을 2015년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다.(후문 생략) (2) 소득세법 제95조 [양도소득금액] ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(괄호 생략)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(단서 생략)에 대하여 그 자산의 양도차익(괄호 생략)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.(단서 생략)

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하며, 제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다. (3) 소득세법 시행령 제168조의14 [부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등] ③ 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

3. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일(괄호 생략)이 사업인정고시일부터 2년 이전인 토지 (4) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제2조 [정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “공익사업”이란 제4조 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다.

3. “사업시행자”란 공익사업을 수행하는 자를 말한다. 제4조[공익사업] 이 법에 따라 토지등을 취득하거나 사용할 수 있는 사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업이어야 한다.

5. 국가, 지방자치단체, 공공기관의 운영에 관한 법률 제4조 에 따른 공공기관, 지방공기업법에 따른 지방공기업 또는 국가나 지방자치단체가 지정한 자가 임대나 양도의 목적으로 시행하는 주택 건설 또는 택지 및 산업단지 조성에 관한 사업 (5) 주택법 제15조 [사업계획의 승인] ① 대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하려는 자 또는 대통령령으로 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하려는 자는 다음 각 호의 사업계획승인권자(괄호 생략)에게 사업계획승인을 받아야 한다.(단서 및 각 호 생략) 제17조[다른 법률에 의한 인·허가 등의 의제 등] ① 시·도지사가 제16조의 규정에 의하여 사업계획을 승인함에 있어서 다음 각호의 허가·인가·결정·승인 또는 신고 등(이하 “인·허가 등”이라 한다)에 관하여 제3항의 규정에 의한 관계행정기관의 장과 협의한 사항에 대하여는 당해 인·허가 등을 받은 것으로 보며, 사업계획의 승인고시가 있은 때에는 다음 각 호의 관계법률에 의한 고시가 있은 것으로 본다.

5. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제30조 의 규정에 의한 도시관리계획(괄호 생략)의 결정, 동법 제56조의 규정에 의한 개발행위의 허가, 동법 제86조의 규정에 의한 도시계획시설사업시행자의 지정, 동법 제88조의 규정에 의한 실시계획의 인가, 동법 제118조의 규정에 의한 토지거래계약의 허가 및 동법 제130조 제2항의 규정에 의한 허가

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO시장의 쟁점주택건설사업 계획 승인 고시(2015.10.30.)의 ‘5. 다른 법률의 의제사항’ 란에는 도시계획시설사업 사업자지정이 기재되어 있고, 쟁점도시계획토지는 쟁점주택건설사업과 병행하여 추진되는 도시계획시설사업에 의하여 수용 또는 사용될 토지에 포함되어 있다.

(2) 청구인의 질의에 대한 OOO시장의 회신문OOO 내용은 아래와 같다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 주택건설사업은 공익 목적의 사업으로서 사업시행자에게 수용 권한이 인정되는 국가·지방자치단체·대한주택공사·한국토지공사 및 지방공사의 국민주택건설사업의 경우로 한정되고, 민간 건설업체의 민영주택건설 사업에 관하여는 그 과세특례가 인정되지 않는다고 할 것(대법원 2009.2.26. 선고 2008두12597 판결, 같은 뜻임)이고, 도시계획시설사업 시행자 지정은 공동주택건설 사업부지 내에 국한하여 기존에 있었던 도로를 포함하여 공동주택 건설에 필요한 도로를 신설하기 위한 것으로, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의하여 독립적으로 사업시행자로 지정된 것이 아니라 주택법제17조 제5호의 규정에 따라 관계행정기관이 협의를 통해 주택건설에 필요한 부수적인 도시계획시설사업시행자 지정을 의제한 것(조심 2010전2983, 2010.11.29., 같은 뜻임)인바, 민간 건설업체인 OOO은 쟁점주택건설사업에 따라 도시계획시설사업 사업자로 의제된 것이므로 동 법인을 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호 에 따른 공익사업의 시행자로 보기 어려우므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.