「소득세법」 제100조에 따라 기준시가로 안분하여 과세한 처분은 잘못이 없음

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2013.6.3. OOO 소재 토지와 건물(OOO이고, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO원에 양도하였고, 2013.8.28. 양도가액 OOO원 중 토지 OOO원 및 건물 OOO원으로 하여 양도소득세를 신 고하였으며, OOO세무서장은 이를 신고시인하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 2015.10.7.～2015.10.23. 기간 동안 OOO세무서장에 대한 정기 종합감사를 실시하여 쟁점부동산의 경우 토지와 건물의 양도가액이 합리적 안분기준 없이 임의로 결정된 것으로 보아 토지와 건물의 양도가액을 기준시가로 안분하여야 할 것을 감사지적하였고, 이에 따라 OOO세무서장 및 OOO세무서장은 쟁점부동산의 토지가액을 OOO원, 건물가액을 OOO원으로 각 재계산하여 2016.2.12. 청구인에게 2013년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 각 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.5.9. 이의신청을 거쳐 2016.9.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 매매 당시 쟁점부동산 건물의 대수선 비용 등을 고려하여 청구인과 양수인 간 당사자의 합의에 의해서 실지가격을 정한 점, 인근 매매사례가액에 비해 쟁점부동산 토지의 가액이 높게 책정되거나 쟁점부동산 건물의 가액이 낮게 책정된 것이 아닌 점 등에 비추어 청구인이 양도소득세 신고 시 제출한 매매계약서상 구분되어 표시된 가액은 합리적 기준에 의한 것이므로 처분청이 소득세법 제100조 에 따라 기준시가로 안분하여 청구인에게 부가가치세 및 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 쟁점부동산의 토지․건물가액을 적정하게 안분하였다고 인정할만한 합리적․객관적인 근거를 제시하지 못하고 있고, 쟁점부동산의 매매계약서상 총 양도대금 OOO원은 기준시가대비 107.3%이고 토지가액은 기준시가 대비 156.9%인데 반해, 건물가액은 기준시가 대비 36.8%인 점, 주변 유사 건물에 비해 쟁점부동산 토지가액이 지나치게 높은 점 등에 비추어 청구인이 양도소득세 신고 시 제출한 매매계약서상 구분 표시 가액은 합당하지 아니하므로 소득세법 제100조 에 따라 기준시가로 안분하여 청구인에게 부가가치세 및 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산의 토지․건물 양도가액이 합리적 기준 없이 임의로 결정되었다고 보아 소득세법 제100조 에 따라 기준시가로 안분하여 토지․건물 가액을 재계산한 후 청구인에게 부가가치세 및 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】⑥법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다. (3) 부가가치세법 시행령(2013.7.1. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제48조의2【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물등중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 이의신청결정서 등 심리자료에 의하면 다음의 사실이 확인된다. (가) 청구인의 양도소득세 신고내역은 다음과 같다. ◯◯◯ (나) 처분청이 기준시가로 안분계산하여 경정한 내역은 다음과 같다. ◯◯◯ (다) 토지·건물 안분기준에 따른 세액을 비교하면 다음과 같다. ◯◯◯ (라) 청구인의 쟁점부동산 임대업 관련 소득세 신고현황은 다음과 같다. ◯◯◯

(2) 청구인은 아래와 같이 청구인의 신고가격이 매매당시 토지 및 건물의 시세를 정확하게 반영한 것일 뿐만 아니라 매매당사자의 합의에 의하여 결정된 실지가격이라고 주장한다. (가) 취득당시 기준시가로 안분한 토지가액이 기준시가의 1.56배였으므로, 양도시 매매당사자의 합의하에 토지는 기준시가의 약 1.56배인 OOO원으로 건물은 양도가액에서 토지의 가액을 제외한 OOO원으로 각 명시하여 매매계약서에 기재하였다. (나) 쟁점부동산 매매계약은 건물이 아닌 토지의 효용가치에 중점이 있었고, 매수인이 건물을 인수한 이후 대수선 등 수리비용을 감안하여 시가를 결정하였다. 양도 당시 쟁점부동산의 경제적 효용가치는 거의 없었고, 매수인의 리모델링 비용 등을 고려하여 거래 가격을 정한 것이며, 실제로 매수인은 매수 즉시 약 3개월의 기간 동안 영업을 정지하고 OOO원의 비용을 투입하여 대수선 공사를 하였다(청구인은 그 증빙으로 인테리어 공사계약서을 제시하고 있음). (다) 쟁점부동산 매도 당시 인근 부동산 매매사례가액에 비추어 청구인이 기재한 토지의 ㎡당 가액은 높게 책정된 것이 아니고, 건물의 ㎡당 가액은 낮게 책정된 것이 아니다. 처분청이 제시하고 있는 인근 부동산의 매매사례가액은 건물의 가치가 지나치게 높게 평가된 감정가액이고, 실제 낙찰가액을 비교하면 청구인의 신고가액과 큰 차이가 없다. 감정평가법인의 매매당시로 소급 감정한 감정평가서에 의하더라도 쟁점부동산의 토지가액은 OOO원, ㎡당 OOO원으로 매매계약서상의 ㎡당 OOO원과 유사하다.

(3) 이에 반해 처분청은 청구인이 신고한 양도가액 OOO원은 기준시가 대비 107.3%로 기준시가 수준이고, 토지가액은 OOO원으로 기준시가 대비 156.9%인 반면, 건물가액은 OOO원으로 기준시가 대비 36.8% 밖에 되지 아니한 점, 청구인이 제시한 쟁점부동산의 감정가액은 처분청에 대한 감사가 종료된 이후인 2015.11.19.(토지) 및 2016.5.3.(건물)에 감정을 의뢰하여 받은 것인 점, 2010년부터 2014년까지 쟁점부동산 소재지와 동일한 OOO에 소재하는 숙박시설 경락물건에 대한 감정가액과 쟁점부동산의 양도가액을 비교해 보면 청구인이 토지가액은 높게, 건물 가액은 낮게 책정하여 신고한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구주장을 인정할 수 없다는 의견이다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점부동산의 양도가액은 기준시가 대비 107.3%인데 반해, 건물 신고가액은 기준시가 대비 36.8%에 불과한 점, 청구인이 신고한 전체 양도가액 중 건물 가액의 비율이 종합소득세 신고서상 전체 장부가액 중 건물 가액 비율에 비해 현저히 낮게 나타나는 점, 제시된 사진을 보면, 쟁점부동산 양도 이후 양수인도 모텔을 운영한 것으로 나타날 뿐만 아니라 모텔 상호와 외관이 다소 달라졌을 뿐 건물자체가 특별하게 달라져 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구인이 합리적인 기준에 의하여 안분하여 쟁점부동산의 토지․건물 양도가액을 신고하였다고 보기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 소득세법 제100조 에 따라 기준시가로 안분하여 쟁점부동산 토지․건물 가액을 재계산한 후 청구인에게 부가가치세 및 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.