쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제 및 농지대토에 대한 양도소득세 감면의 적용을 배제하여 과세한 처분은 잘못이 없음

심판청구를 기각한다

• 가. 청구인(OOO)은 2005.3.28. 취득한 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO에게 양도하는 매매계약을 체결(OOO)하고 OOO에게 소유권이전등기를 한 후, 장기보유특별공제 및조세특례제한법제70조에 따른 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지에 대한 실지조사를 실시하여 쟁점토지를 청구인이 농작업의 2분의 1 이상을 자기 노동력에 의하여 경작하지 아니한 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제 및 농지대토에 대한 양도소득세 감면의 적용을 배제하여 2015.12.3. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.2.24. 이의신청을 거쳐 2016.7.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지는 OOO으로 지정‧고시(시행방식은 환지방식)된 후 2012.1.11. 환지예정지로 지정‧공고되었고 2013.6.11. 주택건설사업계획 승인을 받아 공동주택 건축이 가능하게 되었는바, 아래 <표1>과 같이 청구인이 보유한 기간(9년 7개월) 중 도시개발구역으로 지정되어 사업이 완료된 2008.10.10.부터 2013.6.11.까지의 기간(4년 8개월)은 소득세법 시행령제168조의14 제1항 제1호에 따라 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 경우에 해당되어 사업용 토지로 보는 것이고, 소득세법 시행규칙제83조의5 제1항 제8호에 따라도시개발법에 따라 도시개발구역안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 토지에 대해 건축이 가능한 날로부터 2년간은 사업용 토지로 규정하고 있어 도시개발사업이 완료되어 건축이 가능한 2013.6.11.부터 양도일 2014.10.13.까지의 기간(1년 4개월)은 사업용 토지에 해당되므로, 양도 직전 6년은 사업용 토지에 해당한다. <표1> 구분 도시개발사업 사업시행기간 중 도시개발사업 완료 후 기간 2008.10.10.∼2013.6.11. 2013.6.11.∼2014.10.13. 해당 규정 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제8호 사업용 사용의제 사업시행기간 (구역지정고시일부터 사실상 완료일까지) 사실상 완료일부터 2년간 또한, 처분청은 도시개발구역으로 지정·고시되었다 하더라도 건축물의 인·허가 등만 제한될 뿐 전‧답 등은 본래 이용 목적인 경작이 금지·제한되지 아니한다는 의견이나, 환지를 하는 경우도시개발법제36조 제1항에 따라 환지예정지 지정일인 2012.1.11. 이후에는 종전의 토지를 사용하거나 수익할 수 없어 경작이 금지되고, 2011.2.24. OOO이 발송한 안내문에 경작이 금지된 사실이 확인되므로 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 도시개발구역으로 지정·고시되었다 하더라도 고시일부터 양도일까지의 기간은 건축물의 인·허가 등만 제한되고 전·답 등 토지 본래의 이용이 제한되지 아니하는 등 농작물 경작을 금지·제한하지 아니한 기간은 소득세법 시행령제168조의6 각 호에 규정된 기간에 포함되지 아니하는바(OOO), 쟁점토지는 취득시부터 양도시까지 청구인이 직접 경작하지 아니하고 OOO이 대리 경작하였으며, OOO. 도시개발구역으로 지정·고시되었으나 쟁점토지의 경작이 금지된 사실은 확인되지 아니하였고, 조사과정 및 이의신청 과정에서 확인된 대리 경작자 OOO의 진술에 따라 도시개발사업 지정‧고시(OOO)이후부터 양도일(2014.10.13.)까지의 토지사용 기간내역은 아래 <표2>와 같이 경작한 것으로 확인되어 도시개발사업 사업시행기간인 OOO.부터 양도일인 2014.10.13.까지 OOO년은 사업용 토지에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어려우므로 재촌·자경하지 아니한 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당되는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법(2014.12.23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것) 제104조의3【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

③ 제1항과 제2항을 적용할 때 농지·임야·목장용지의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 (2015.2.3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것) 제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제168조의7【토지지목의 판정】 법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다. 제168조의8【농지의 범위 등】

① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 “농지”라 함은 전·답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소(池沼)·농도·수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 “소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지”라 함은 농지의 소재지와 동일한 시(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 “재촌”이라 한다)하는 자가 농지법 제2조 제5호 의 규정에 따른 자경(이하 “자경”이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 제168조의14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 (3) 소득세법 시행규칙(2015.2.13. 기획재정부령 제459호로 개정되기 전의 것) 제83조의5【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 영 제168조의14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.(단서 생략)

8. 도시개발법에 따른 도시개발구역 안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 토지: 건축이 가능한 날부터 2년

12. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제11호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지: 당해 사유가 발생한 기간

(4) 도시개발법(2011.9.30. 법률 제11068호로 개정되기 전의 것) 제36조【환지 예정지 지정의 효과】

① 환지 예정지가 지정되면 종전의 토지의 소유자와 임차권자등은 환지 예정지 지정의 효력발생일부터 환지처분이 공고되는 날까지 환지 예정지나 해당 부분에 대하여 종전과 같은 내용의 권리를 행사할 수 있으며 종전의 토지는 사용하거나 수익할 수 없다

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 이의결정서 등의 심리자료를 보면, 청구인은 2005.3.28. OOO를 OOO원에 취득한 후, 2006.11.21. OOO에게 OOO원에 매도하기로 최초 매매계약을 체결하였고, 2011.7.17. OOO에 따라 위 토지에서 쟁점토지가 분할되었으며, 2014.8.31. 쟁점토지를 OOO원에 최종 양도하기로 계약변경한 후 2014.10.13. OOO에게 쟁점토지의 소유권을 이전등기하였으며, 청구인은 당초 양도대금 OOO원을 2006.11.24. 수취한 것으로 나타난다. (나) 쟁점토지는 OOO에 속한 부지로 OOO 도시개발구역지정 및 개발계획수립이 고시되었고, OOO도시개발사업 개발계획 변경 및 실시계획인가(도시개발법에 따른 사업으로 시행자는 OOO)되었으며, OOO, 2013.6.11. 주택건설사업계획 승인되어 2015.3.19. 착공신고된 사실이 OOO정보공개 통지서 등에서 확인된다. (다) 처분청은 청구인이 쟁점토지를 재촌‧자경하지 아니한 것으로 보아 아래 <표3>과 같이 양도소득세를 과세하였고, 청구인은 OOO 및 장기보유특별공제를 적용해 달라는 취지로 이의신청하였으나 타인이 쟁점토지를 대리경작한 것으로 보아 기각결정한 사실이 결의서 및 이의결정서에서 나타난다. (라) 청구인은 OOO 조합원에게 2011.2.24. 발송한 2011년 하반기에 기반시설 공사가 착공예정이고, 2011년 중 영농보상비를 지급할 예정이므로 조합원들은 원활한 사업진행을 위하여 금년 영농을 금지할 것을 당부하는 취지의 안내문을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,소득세법제104조의3 제1항 제1호에서 농지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지를 비사업용 토지인 것으로 정하고, 가목에서 “재촌․자경하지 아니하는 농지”를 규정하고 있으므로, 가목에 해당하면 비사업용 토지에 해당하는 것이나, 제2항에서 “제1항을 적용할 때 법률에 따른 사용금지 등의 사유가 있는 경우에는 비사업용 토지에서 제외되는 것”으로 규정하고, 동 조항을 위임받은 같은 법 시행령 제168조의14 제1항에서 “각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 사업용 토지에 해당하는 것”으로 하여 사업용 사용기간의 의제규정을 정의하고 있는바, 쟁점토지의 환지예정지 지정일(2012.1.12.)부터 양도일(2014.10.13.)까지의 약 2년 9개월의 기간은(양도일 직전 3년 중 2년 이상) 법령상 사용제한이 있는 것으로 볼 수 있으나, 토지를 취득한 후 토지의 본래의 용도로 사용하다가 법률상 제한 등에 의하여 본래의 용도로 사용하지 못하는 경우에 비사업용 토지에서 제외하는 것이 합리적인 점, 기반시설 착공일(2013.7.22.) 전까지 실제로 쟁점토지의 경작을 금지․제한하지 아니하여 토지의 본래의 용도로 계속 사용할 수 있었음에도 청구인은 쟁점토지를 취득(2005.3.28.)한 후 양도일(2014.10.13.)까지 재촌하여 직접 경작하지 아니한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 쟁점토지를 청구인이 경작하지 아니한 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제 및 농지대토에 대한 양도소득세 감면의 적용을 배제하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.