조특법 제105조의2 제1항에 따른 농어민으로서 관련 농업용 기자재(환풍기 등)에 대한 세금계산서는 공급시기가 속하는 과세기간 후에 발급된 세금계산서로서 해당 매입세액은 부가가치세 환급대상에 해당하지 않는 점 등에 비추어 관련 농업용 기자재의 부가가치세 매입세액을 부가가치세 환급대상에 해당하는 것으로 보아 그 환급세액을 경정함이 타당함
조특법 제105조의2 제1항에 따른 농어민으로서 관련 농업용 기자재(환풍기 등)에 대한 세금계산서는 공급시기가 속하는 과세기간 후에 발급된 세금계산서로서 해당 매입세액은 부가가치세 환급대상에 해당하지 않는 점 등에 비추어 관련 농업용 기자재의 부가가치세 매입세액을 부가가치세 환급대상에 해당하는 것으로 보아 그 환급세액을 경정함이 타당함
OO세무서장이 2016.5.26. 청구법인에게 한 부가가치세 2014년 제2기분 OOO원, 2015년 제1기분 OOO원의 각 환급거부처분은 청구법인의 전라남도 보성농장 관련 농업용 기자재의 매입세액 OOO원을 ｢조세특례제한법｣ 제105조의2 의 부가가치세 환급대상에 해당하는 것으로 하여 환급세액을 경정한다.
(3) 처분청에서는 용역의 공급과 재화의 공급을 일괄로 계약하였다고 하여 전체를 용역의 공급으로 보아야 한다는 의견이나, 용역의 공급계약서와 재화의 공급계약서를 별도로 작성한다고 하여 전체를 일괄로 계약한 경우와 그 경제적 실질이 다르다고 할 수 없다. 만약, 일괄계약은 환급이 불가하고 별도 계약은 환급이 가능하다면 조세법의 기본원칙인 실질과세의 원칙뿐만 아니라 조세평등주의에도 위배되는 것이다. ｢조세특례제한법｣ 제105조의2 의 입법취지가 농어민 등을 지원하기 위한 세제상의 지원책임을 감안하면 청구법인의 환급신청을 거부한 것은 부당하다(조심 2012서5317, 2013.4.25., 같은 뜻임).
(4) 처분청은 OOO농장이 미등록사업장이므로 이에 대한 매입세액은 환급할 수 없다는 의견이나, ｢부가가치세법｣ 제6조 제1항 에서 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다고 규정하여 부가가치세의 사업장별 과세원칙을 규정하고 있어 사업장별 과세를 원칙으로 하고 있으나, 부가가치세가 면제되는 사업을 영위하는 경우 ｢부가가치세법｣상 제반의무인 사업자등록의무, 세금계산서 발급의무, 과세표준과 세액의 신고납부의무 등 제반의무가 없으므로 부가가치세의 납세지를 규정한 같은 법 시행령 제8조의 사업장과는 의미가 다른바, 면세사업장을 신설하는 경우 ｢부가가치세법｣에서 규정하는 사업장에 해당하지 않는다(부가 46015 - 1740, 2000.7.21., 같은 뜻임). 따라서, OOO농장 관련 농업용 기자재에 대한 매입세액의 환급을 거부한 것은 부당하다.
(1) ｢농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정｣ 제7조 및 별표 5의 농ㆍ임업용 기자재는 재화의 공급에 대한 규정으로, 청구법인이 축산업 사업초기에 축사신축 및 축산설비 전체를 전문업체에 발주하여 공사계약서를 일괄로 체결하였으므로 전체 공사를 용역의 공급으로 볼 수 밖에 없고, 설비 종류별로 견적서를 첨부한 것은 공사내역서를 견적서로 대체한 것에 불과하다. 통상적으로 용역의 공급에 해당하는 건물 신축공사 등 공사용역의 경우 공사내역서에 의한 재화의 공급이 부수적으로 발생할 수밖에 없지만, 공사자재에 대하여 별도의 세금계산서를 발급할 수는 없는 것이고, 청구법인이 쿨링 패드, 환풍기 설비에 대하여 별도의 견적서와 세금계산서를 발급받은 것은 부가가치세 환급을 받기 위한 것으로, 공사계약서에 첨부된 각 견적서에 인건비, 공사이익이 표시되어 있지 않은 사실만 보아도 전체공사를 용역의 공급으로 보아야 한다.
(2) ｢조세특례제한법｣은 다른 법률보다 법률의 해석과 적용을 엄격히 하여야 하는바, 공사금액 중 부가가치세 환급대상 기자재에 대하여만 별도의 세금계산서를 발급받을 수는 없고, ｢조세특례제한법｣에 의한 부가가치세 환급은 농ㆍ임ㆍ어업용 기자재 구입에 한하여 제한적으로 적용하여야 하는 것으로, 청구법인과 같이 대규모 설비가 필요한 기업형 축산업자가 경제적 실익에 따라 축사신축 및 축산설비를 일괄하여 계약한 경우는 부가가치세 환급대상에 해당하지 않는다.
(3) 청구법인의 OOO농장은 청구법인의 지점법인으로 등록하지 않아 처분청에서 소재지도 확인할 수 없는 미등록 사업자로, 청구법인 사업자등록번호로 세금계산서를 발급받을 수 없고, OOO농장이 청구법인의 실질적인 지점사업장이라면 지점사업자 등록을 한 후 정상적으로 발급받은 세금계산서에 근거하여 관할세무서에 부가가치세 환급신청을 하여야 한다.
(4) 청구법인은 당초 공사계약서에 첨부된 견적서의 내용과 달리 견적일자와 금액 등의 주요내용을 변경하여 새로 작성된 견적서에 의하여 세금계산서를 발급받아 부가가치세 환급을 신청하였고, 공사계약서 작성일자 등 공사계약내용과 대금지급내역 등이 일치하지 아니하는바, 부가가치세 환급대상 금액을 임의로 조정하였을 개연성이 있다. 또한, 청구법인은 OOO농장과 관련한 공사계약서의 작성일이 2013.9.5.임에도 공사계약 이전인 2013.4.12. OOO원, 2013.4.15. OOO원, 2014.6.23. OOO원, 2014.6.24. OOO원, 2014.12.29. OOO원, 2014.12.30. OOO원 합계 OOO원의 대금지급내역을 제출하였는바, OOO농장 및 OOO농장의 공사대금이 혼합되어 있는 것으로 추정되고, 공사계약일 이전에 공사대금이 지급되는 등 실 제 거래시기 및 세금계산서 발행시기의 적정 여부도 확인되지 않는다.
① 다음 각 호에 해당하는 세무서장(이하 이 조에서 "관할 세무서장"이라 한다)은 대통령령으로 정하는 농민, 임업에 종사하는 자와 어민(이하 이 조에서 "농어민등"이라 한다)이 농업ㆍ임업 또는 어업에 사용하기 위하여 구입하는 기자재(부가가치세법 제2조제5호 에 따른 일반과세자로부터 구입하는 기자재만 해당한다) 또는 직접 수입하는 기자재로서 대통령령으로 정하는 것에 대해서는 기자재를 구입 또는 수입한 때에 부담한 부가가치세액을 해당 농어민등에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급할 수 있다.
1. 제3항에 따른 환급대행자를 통하여 환급을 신청하는 경우에는 환급대행자의 사업장 관할 세무서장
2. 제1호 외의 경우에는 해당 농어민등의 사업장 관할 세무서장
② 제1항에 따른 기자재를 공급하는 일반과세자는 그 기자재를 구입하는 농어민등이 세금계산서의 발급을 요구하면 부가가치세법 제36조 에도 불구하고 세금계산서를 발급하여야 한다.
③ 제1항에 따라 환급을 받으려는 농어민등은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조에서 "환급대행자"라 한다)를 통하여 환급을 신청하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자는 사업장 관할 세무서장에게 직접 환급을 신청할 수 있다.
1. 농업협동조합법에 따른 조합
2. 수산업협동조합법에 따른 조합
3. 엽연초생산협동조합법에 따른 엽연초생산협동조합
4. 산림조합법에 따른 조합
④ 환급대행자는 환급을 신청한 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 관할 세무서장에게 이를 알려야 한다.
1. 농어민등이 아닌 것으로 판단되는 경우
2. 농어민등의 경작면적, 시설규모 등을 고려할 때 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 환급을 신청한 것으로 판단되는 경우
(1) 처분청의 심리자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인이 2013.9.5. OOO시스템과 체결한 공사계약서에 의하면, 공사내용은 OOO농장의 계사신축 및 내부자동화시설공사, 시공사는 OOO시스템, 계약금액은 OOO원, 공사기간은 2013.11.1.∼2014.6.30.으로 나타나는바, 청구법인은 OO시스템으로부터 세금계산서를 수수하였다. (나) 청구법인이 2014년 중 OOO시스템과 체결한 공사계약서에 의하면, 공사내용은 OOO농장의 계사신축 및 내부자동화시설공사, 시공사는 OOO시스템, 계약금액은 OOO원, 공사기간은 2014.3.1.∼2015.1.31.로 나타나는바, 청구법인은 OOO시스템으로부터 세금계산서를 수수하였다. (다) 청구법인의 OOO농장의 건축물대장OOO에 의하면, 건물의 준공일자는 2014.6.25.로 나타나고, 청구법인이 금융기관에 자금을 차입하면서 제출한 감정평가명세서에 의하면, OOO농장의 환풍기 등은 2014년 6월에 설치된 것으로 나타난다. (라) 청구법인은 OOO농장 및 OOO농장의 계사신축 및 내부자동화시설공사의 공사대금을 지급하여 미지급금이 OOO원이 있다고 주장하면서 관련 금융증빙 및 OOO시스템의 잔액확인서(2016.8.24.)를 제출하였다. (마) OOO시스템의 사업자등록증에 의하면, OOO시스템의 사업장 소재지는 OOO이다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ｢조세특례제한법｣ 제105조의2 규정의 입법취지는 농어민이 농어업에 사용하기 위하여 기자재를 구입하는 경우 그 농어민에게 실질적인 부가가치세 감면혜택이 돌아갈 수 있도록 하기 위한 것인 점, 청구법인은 ｢조세특례제한법｣ 제105조의2 제1항 및 ｢농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정｣ 제6조에 따른 농어민으로서 같은 규정 별표 5에 따른 부가가치세 환급대상 기자재인 축산용 환풍기 및 축사용 쿨링 패드를 구입하여 축산용으로 사용한 점, 청구법인은 축산기구 도소매업과 건설업을 겸영하는 사업자로부터 축산용 기자재와 그 설치공사를 공급받았고 세금계산서도 축산용 기자재 매입분과 건설용역분을 구분하여 수수하였는바, 일반적으로 건설업을 전업으로 영위하는 사업자로부터 건설용역에 포함하여 농ㆍ임ㆍ어업용 기자재를 공급받는 경우와는 달리 취급할 필요가 있는 점, 처분청은 OOO농장이 지점에 대한 사업자등록이 되어 있지 않아 이에 대한 부가가치세를 환급할 수 없다는 의견이나, ｢농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정｣ 제11조 제2호 단서에서 기재사항이 착오로 기재된 것으로서 그 밖의 증빙서류에 의하여 그 거래사실이 확인되는 경우에는 사실과 다르게 적힌 세금계산서라 하더라도 환급받은 부가가치세의 추징대상에서 제외하고 있는 점 등에 비추어 청구법인의 OOO농장 관련 농업용 기자재의 부가가치세 매입세액 OOO원은 ｢조세특례제한법｣ 제105조의2 의 부가가치세 환급대상에 해당한다고 판단된다. 다만, ｢조세특례제한법｣ 제105조의2 제5항 제2호 다목에서 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 후에 발급된 세금계산서에 의하여 부가가치세를 환급받은 경우에는 그 환급받은 부가가치세 및 이자 상당 가산액을 추징하도록 규정하고 있는바, OOO농장 관련 농업용 기자재(환풍기 등)에 대한 세금계산서는 공급시기가 속하는 과세기간 후에 발급된 세금계산서로 보이므로 이에 대한 매입세액 OOO원은 ｢조세특례제한법｣ 제105조의2 의 부가가치세 환급대상에 해당하지 않는다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.