청구법인이 토지의 임차 대가로 특수관계인에게 지급한 쟁점임차료가 적정한지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1973.1.4. 설립되어 피아노 등 각종 악기류의 제조업 등을 영위하는 법인으로서, OOO․OOO 등에 현지 법인을 설립하여 고급 피아노를 현지에서 생산하여 판매하고 있다.
• 나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.8.28.부터 2015.10.17.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사 및 부분조사를 실시한 결과, 청구법인 소유의 OOO(이하 “OOO”이라 한다)이 OOO(이하 “OOO”이라 한다) 58-3 외 5필지(합계 면적 2,843.9㎡이며, 이하 “전체토지”라 한다)에 소재하고 있고, 전체토지 중 3필지(같은 동 58-3, 같은 동 58-11 및 같은 동 58-15로서, 합계 면적은 1,275.2㎡이며, 이하 “쟁점토지”라 하고, 전체토지에서 쟁점토지를 제외한 나머지 토지 1,568.7㎡를 이하 “청구법인 토지”라 한다)의 소유자가 특수관계인인 주식회사 OOO(금속 및 비철금속 제품 제조업을 영위하는 법인으로서, 청구법인이 OOO%의 주식을 보유하고 있고, 이하 “OOO”라 하며, 이하 주식회사의 경우 그 법인명 중 “주식회사” 부분을 생략한다)인바, 청구법인이 2007.12.10. OOO와 임대차계약을 체결하여 OOO 소유의 쟁점토지에 대해 보증금 없이 월 임차료 OOO원(연간 임차료는 OOO원이고, 이하 “쟁점임차료”라 한다)을 지급하고 있으나, 쟁점임차료가 청구법인의 자의적 계산방식에 따라 고가로 계산되었다 하여 법인세법 시행령(2016.2.12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제4항의 보충적 평가방법에 따른 임차료(이하 “조사청임차료”라 한다)와의 차이를 손금불산입할 것을 처분청에 통보하였다.
• 다. 처분청은 다음 <표1>과 같이 청구법인이 OOO에게 지급한 쟁점임차료와법인세법상 보충적 평가방법에 따라 계산한 조사청임차료와의 차이금액(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 손금불산입하여 2015.12.9. 청구법인에게 법인세 2010사업연도분 OOO원을 각 경정․고지하였다. <표1> 처분청의 손금불산입 내역
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.2.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 2008.3.27. OOO에 담보로 제공할 목적으로 OOO으로부터 전체토지의 감정평가를 받았는바, 전체토지의 감정가액은 OOO이었고, 2015.1.26. OOO으로부터 청구법인 토지의 감정평가를 받았는바, 청구법인 토지의 감정가액은 OOO 이었다. 쟁점토지(1,275.2㎡)와 청구법인 토지(1,568.7㎡)는 인접하여 있고, 일체로서 OOO의 대지 기능을 하는바, 청구법인 토지의 감정단가를 쟁점토지의 감정단가로 볼 수 있으므로, 2010년부터 2014년까지의 쟁점토지의 감정단가는 1㎡당 OOO원으로, 감정가액은 OOO원으로 보아야 한다. (2) OOO은 다양한 업종의 사업자들에게 임대하는 상업적 용도로 활용되었고, 토지대장상 용도지역은 ‘준주거지역’인바, 2010～2014년 중 OOO에서 거래된 일반상업지역과 준주거지역의 평균 거래단가는 1㎡당 OOO원이고, 특히, 2010년 2분기 준주거지역의 거래단가는 1㎡당 OOO원이다. 따라서, 이를 쟁점토지에 적용하면, 쟁점토지의 시가는 2010～2014년 중 OOO원 정도로 볼 수 있다. (3) 쟁점토지에 조사청임차료를 적용하면, 쟁점토지에서 얻을 수 있는 임대수익률은 OOO%에 불과하나, OOO(이하 “OOO”라 한다) 일대 오피스빌딩의 2010～2014년의 임대수익률은 OOO%이고, 연평균 임대수익률은 OOO%이며, 2010～2014년 중 고시이자율은 OOO%이고, 연평균 고시이자율은 OOO%이다. 따라서, 쟁점토지에서 얻을 수 있는 임대수익률 OOO%는 OOO 일대 오피스빌딩의 2010～2014년 중 연평균 임대수익률 OOO%에 비하면, 너무 낮은 수익률이고, 같은 기간 고시이자율의 OOO에도 미치지 못하는 수준이다. (4) 청구법인은 세무조사기간 중 조사청의 세무조사에 대응하기 위해 OOO으로부터 쟁점토지의 적정임차료를 소급감정받았는바, 그 가액은 연간 OOO원(이하 “소급감정임차료”라 한다)으로 산정되었고, 이는 쟁점토지의 시산가액을 1㎡당 OOO원으로 본 것으로서, 2010～2014년 중 OOO에서 거래된 일반상업지역과 준주거지역의 평균 거래단가는 1㎡당 OOO원이므로, 쟁점토지의 시산가액은 합리적인 범위 내에 있다. (5) 쟁점토지의 임대차계약 체결시 청구법인은 부당행위계산 부인 관련 법령을 준수하기 위하여 공인회계사 OOO에게 쟁점토지의 적정임차료를 산정해 달라고 의뢰하였는바, 공인회계사 OOO는 건물의 임차는 관습상 토지와 건물을 일체로 하여 임차되는 점을 고려하여 OOO의 2006년 실질임료 이익(월 임료 × 12 + 임대보증금 × 18%)을 OOO의 추정감정가액, 청구법인 토지 및 쟁점토지의 감정가액의 비율로 각 안분하여 쟁점토지의 임차료를 소급감정임차료와 유사한 OOO원으로 산정하였고, 청구법인은 이를 참고하여 쟁점토지의 연간 임차료를 OOO원(쟁점임차료)으로 결정하였다. 한편, 부당행위계산 부인 규정은 시가와 거래가액의 차액이 시가의 OOO%에 상당하는 금액 이상이거나 OOO원 이상인 경우에만 적용하는바, 2010～2013사업연도의 쟁점임차료와 소급감정임차료의 차액은 소급감정임차료의 OOO% 미만이고, OOO원에도 현저히 미달하여 당초 부당행위계산 부인 규정을 적용할 여지가 없다. (6) 토지의 적정임료는 ‘토지 임차인이 토지를 사용함으로 인해서 얻을 수 있는 경제적 효용’을 기준으로 산정되어야 함에도, 조사청임차료는 쟁점토지에 위치한 OOO으로 인해 쟁점토지 지분 OOO%의 사용․수익․처분에 제한을 받는 응찰자들의 입장이 반영된 ‘낙찰가액’을 기초로 산정되었는바, 이를 적정한 시가로 볼 수 없고, 적산법은 조세심판원뿐 아니라 법원에서도 적정 임료 산정을 위해 널리 인정되는 방법인바, 소급감정임차료는 적산법에 따른 적정임료의 적격을 갖춘 임차료이다. (7) 처분청은 쟁점토지의 적정임차료를 산정함에 있어 토지와 건물의 소유자가 다른 사실을 전제로 하고 있으나, 고가의 고층건물이 위치하여 토지 소유자의 해당 토지의 사용․수익이 제한된다는 것은 곧 건물 소유자의 해당 토지의 사용이 그만큼 자유롭다는 것을 의미하고, 건물 소유자는 해당 토지를 사용하는 것이지, 해당 건물이 건립되어 있는 해당 토지를 사용한다고 볼 수도 없으며, 건물 소유자 입장에서 해당 토지를 사용하기 위해서 지불할 수 있는 최대비용은 나대지인 다른 토지를 사용하지 않음으로 인해 지출을 면할 수 있는 기회비용일 수밖에 없으므로, 적정임차료는 토지 임차인이 토지를 사용함으로 인해 얻을 수 있는 경제적 효용을 기준으로 산정되어야 하고, 토지 임대인이 토지를 사용․수익함으로 인해 얻을 수 있는 경제적 효용(예를 들면, 해당 토지 위에 건물이 있다는 사정)을 기준으로 산정하여서는 안된다.
• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점토지는 토지 소유자와 건물 소유자가 분리되어 소유권 행사에 제약이 있는 토지로서, 쟁점토지의 적정시가는 이러한 제약을 감안하여 산정되어야 한다. 조사청은 쟁점임차료를 적정임차료로 볼 수 없어 법인세법 시행령제89조에 따른 적정시가를 파악하기 위해 인근 제3자 거래가액을 확인하였는바, 모두 특수관계인 간의 거래로 제3자 거래가액이 없고, 청구법인이 제3자에게 임차료를 지급한 유사사례가 없으며, 감정평가법인을 통한 임차료 감정도 없었는바, 같은 조 제4항의 보충적 평가방법으로 적정임차료를 계산하였다. 경매낙찰가격은 토지의 적정 가치를 나타내는 지표이므로, 법인세법 시행령제89조 제4항 제1호에 따른 평가방법[(자산시가 × 50% - 보증금) × 정기예금이자율]에서 토지의 ‘자산시가’로 볼 수 있다. 토지 소유자와 건물 소유자가 분리되어 있는 제약이 있는 경우의 토지는 통상적인 대지와 달리 자유로운 소유권 행사에 큰 제약이 있어 일반적으로 낙찰률은 감정가액 대비 OOO%가 된다. OOO는 쟁점토지 지분 OOO%를 2006.12.28. 매매로, 나머지 지분 OOO%를 2007.5.22. 경매로 낙찰받아 각 취득하였고, 쟁점토지 지분 OOO%를 취득한 경매의 경우 감정가액은 OOO원, 낙찰가액은 OOO원으로 감정가액 대비 낙찰률은 OOO%이었는바, 이는 토지와 건물의 소유자 불일치에 따른 제반 제약사항이 반영된 결과로, 토지의 실질을 반영한 시가라고 볼 수 있으므로, 2007.5.22. 쟁점토지 지분 OOO%의 낙찰금액 OOO원을 OOO% 지분의 경우로 환산한 OOO원을 쟁점토지의 ‘자산시가’로 봄이 타당하다. 반면, 청구법인이 주장하는 감정가액은 쟁점토지에 대한 적정한 가격이 아닌 나대지 상태의 가격 또는 사용에 제한이 없는 일반 상태의 토지에 대한 감정가격인바, 적정임차료를 산정함에 있어 이를 적용할 수 없다. (2) 청구법인과 OOO는 2007.12.10. 쟁점토지의 임대차계약(계약기간 2007.7.1.～2008.6.30., 월 임대료 OOO원)을 체결하였으나, 임차료에 대한 감정평가를 실시하지 않았고, 청구법인은 세무조사기간인 2015.8.28.∼2015.10.17. 중 쟁점토지의 임차료 소급감정을 실시하여 2015.10.12. OOO으로부터 감정평가서(이하 “소급감정서”라 한다)를 받았는바, 이러한 소급감정의 경우 그 평가결과가 평가의뢰인의 목적에 맞추어 왜곡될 가능성이 있어 인정할 수 없다. 임차료 감정방법에는 임대차 사례 비교법, 수익 분석법 및 적산법 등 3가지 유형이 있고, 소급감정서를 보면, 임대료 산정방법을 ‘적산법’으로 하여 계산하였는바, 적산법의 경우 부동산 가격평가와 요율 적용이 주관적으로 될 수 있어 임대차 가액의 조절이 가능하다. 소급감정서를 보면, 기초가격(부동산 시가)에 기대이율 OOO%를 곱한 금액을 적정임차료로 산정하였는데, 먼저, 기초가격의 경우 2010년부터 2014년까지 매년 OOO원씩 상승하는 것으로 하였는바, 이를 통해 2007년 경매 취득당시의 시가를 역산하여 추정하면, 2007년 쟁점토지 시가가 OOO원으로 평가되어 청구법인의 경매 취득 적정시가 OOO원 대비 OOO%에 달하여 현저한 차이가 발생하므로, 이를 신뢰할 수 있는 기초가액으로 보기 어렵다. 다음으로, 기대이율 OOO%에 대하여 보면, 소급감정서에국유재산법,공유재산 및 물품관리법상의 이율,상속세 및 증여세법상의 이율, 토지보상 평가지침의 규정이율, 국고채 회사채 수익률 등을 열거하고, ‘경쟁관계에 있는 다른 투자대상의 수익률, 금융시장여건, 각종 금리자료 및 토지보상평가지침상의 기대이율 및 대상물건의 입지조건, 인근 유사용도 부동산의 수급상황, 임대료 수준 등을 종합적으로 고려’하였다고 기재되어 있을 뿐, OOO%의 산정을 위한 산술적 근거는 기재되어 있지 않다. (3) 청구법인은 OOO와 쟁점토지의 임대차계약을 체결하면서 적정임차료를 산정함에 있어 인근 시세를 확인하지 않은 채 공인회계사 OOO 개인에게 이를 산정하도록 하고, 이를 근거로 계산한 쟁점임차료를 OOO에게 지급하고 있으나, 공인회계사 OOO가 산정한 임차료는 법인세법 시행령제89조에 따른 감정법인의 임차료가 아닌 개인적 의견에 불과하므로 적정시가로 볼 수 없다. (가) 청구법인이 2007.12.10.부터 2014.12.31.까지 동일하게 적용해 온 월 임차료 OOO은 공인회계사 OOO의 계산에 따라 산정되었는바, OOO의 쟁점토지 임차료 산정방식(이하 “쟁점산정방식”이라 한다)은 다음 <표2>와 같다. <표2> 공인회계사 OOO의 쟁점토지 임차료 산정방식(쟁점산정방식) (나) 먼저, 쟁점산정방식 중 ‘OOO 연간 임대매출액’에 대하여 보면, OOO 연간 임대매출액 OOO은 특수관계인을 제외한 일반인에 대한 임대시 보증금을 임대료로 환산한 금액(환산임대료) OOO과 2006년 임대수입총액 OOO원을 더하여 산정한 것인바, 환산임대료인 ‘OOO에 대한 근거가 없다. 공인회계사 OOO는 임대보증금을 임대료로 환산함에 있어 OOO%의 높은 이자율을 근거 없이 적용한 반면, 부가가치세 간주임대료 계산시 적용되는 정기예금이자율은 다음 <표3>과 같은바, 2007년 간주임대료 OOO% 대비 OOO% 초과분을 계산하면, 건물 연간 임대매출액이 OOO만큼 과다계산된 것을 알 수 있다. <표3> 부가가치세 간주임대료 계산시 적용되는 정기예금이자율 (다) 다음으로, 쟁점산정방식 중 ‘임대원가’에 대하여 보면, 2009∼2014년 임대원가명세서에 따른 연간 실제 임대원가는 다음 <표4>와 같고, 2011년 임대차내역에 따른 특수관계인을 제외한 일반인에 대한 임대 면적 비율이 OOO%인바, 임대원가를 위의 비율로 안분한 일반분 임대원가 금액이 2009∼2014년 평균 OOO원으로 나타남에도, 청구법인은 근거 없이 연간 임대원가를 절반 이하 수준인 OOO원으로 낮게 추정하여 계산하였다. <표4> 임대원가명세서상 임대원가 (라) 다음으로, 쟁점산정방식 중 ‘쟁점토지 비율’에 대하여 보면, 공인회계사 OOO는 건물이 위치한 관련 제반 토지가액의 경우 2007년 경매시 산정한 감정가액 OOO원을 적용한 반면, 건물가액은 감정가액이 아닌 장부가액 OOO원을 적용하여 일관성 없는 계산방법을 사용하였다. <표5> 쟁점토지 비율 산정 내역 (마) 이를 종합하여 보면, 연간 임대매출액은 OOO원이 과다계산되고, 연간 임대원가는 OOO원이 과소계산됨에 따라 전체 임차료는 OOO원만큼 과다하게 계산되었으며, 여기에 쟁점토지 비율 OOO%를 곱하면, 결과적으로 연간 임차료가 OOO원만큼 과다계산되었음을 알 수 있고, 이를 월 임차료로 계산하면 OOO원이 과다계산되었음을 알 수 있는바, 청구법인이 공인회계사 OOO의 쟁점산정방식에 근거하여 책정한 월 임차료 OOO원은 결국 적정하지 않음을 알 수 있다. (4) 쟁점토지 인근의 유사 사례에 대한 임차료 시세를 확인한 결과, 쟁점임차료는 과다하다는 사실이 입증되었다. 쟁점토지 인근 700미터 이내에 건물과 토지의 소유자가 다른 경우의 토지 임대차 내역을 국세청 전산망을 통해 확인한 결과, 다음 <표6>과 같이 1㎡당 월 임차료는 OOO원으로 형성되어 있음이 확인되었고, 토지의 소유자는 모두 건물의 소유자와 특수관계에 있는 것으로 확인되었다. <표6> 쟁점토지 인근 토지(건물 소유자가 다른 경우)의 월 임차료 시세 비록, 이는 특수관계인 간 거래로서, 법인세법 시행령제89조 제1항에 따른 제3자 거래가 아닌바, 법적 시가는 아니지만, 통상적으로 유사한 경우에 해당하는 인근 거래로 통상적 인근 토지 임차료를 확인해 볼 수 있는 자료로 가장 유력한 시세 자료라 하겠다. <표6>에 따르면, 인근시세가 1㎡당 OOO원임에도, 청구법인은 OOO에게 1㎡당 OOO원의 월 임차료를 지급하였는바, 시세 대비 OOO%를 과다하게 지급한 것으로 보이는 반면, 법인세법 시행령제89조 제4항에 따른 보충적 평가방법으로 계산된 조사청임차료는 1㎡당 OOO원으로, 쟁점토지 인근 700미터 이내 시세 1㎡당 OOO원과 비교하여도 큰 차이를 보이지 않는바, 적정한 임차료로 볼 수 있다. (5) 추가적으로 청구주장은 다음과 같은 이유로 타당하지 않다. (가) 청구법인은 토지와 건물의 소유자가 다른 사실이 임차료 산정에 영향을 주어서는 안된다고 주장하나, 처분청은 법인세법 시행령제89조 제4항 제1호에 따른 산식인 ‘[(자산시가 × 50%) - 보증금] × 정기예금 이자율’에 따라 쟁점토지의 적정임차료를 산정하였는바, 토지와 건물의 소유자가 다른 사실에 대한 별도의 조정이 없었으므로, 청구주장은 타당하지 않다. (나) 청구법인은 쟁점토지에서 얻을 수 있는 임대수익률 OOO%로 OOO 일대 오피스빌딩의 연평균 임대수익률 OOO%에 비교시 너무 낮고, 같은 기간 고시이자율의 OOO에도 미치지 못한다고 주장하나, 청구법인이 주장하는 임대수익률 계산의 기초가 된 쟁점토지 시가OOO는 과대평가되어 있고, 토지의 임대가 아닌 오피스빌딩의 임대와 비교하고 있으며, 쟁점토지와 같이 토지와 건물의 소유자가 분리된 경우의 토지 임대차 사례와 비교하지 않았는바, 청구주장은 타당하지 않다. (6) 한편, 청구법인은 2007년 7월부터 OOO에게 연간 OOO원 상당의 임차료를 지급하여 왔는바, 2016년 현재까지 누적 OOO원(2007년 7월∼2016년 5월) 상당의 임차료가 지급되었고, 이는 이미 OOO가 쟁점토지 지분 OOO% 취득시 실제 지급한 취득가액OOO의 환산액인 OOO원을 초과한다. 청구법인이 현재까지 특수관계인인 OOO에게 지급한 쟁점토지의 임차료가 이미 OOO가 취득한 쟁점토지의 원본가액을 초과하였음에도, 향후 지속적으로 연간 OOO원씩 임차료를 지급하는 것은 특수관계인 간의 거래가 아닌 이상 불가능한바, 이는 부당행위의 전형적인 사례라 할 것이다.

청구법인이 토지의 임차 대가로 특수관계인에게 지급한 쟁점임차료가 적정한지 여부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점토지의 등기부등본 등에 따르면, 쟁점토지 중 지분 OOO%는 2006.12.28. 매매를 원인으로 같은 날 OOO에서 OOO에게 소유권이전등기되었고, 나머지 지분 OOO%는 2007.7.10. 임의경매로 인한 매각을 원인으로 2007.7.18. OOO에서 OOO에게 소유권이전등기된 것으로 나타난다. <표7> 전체토지 중 쟁점토지 및 청구법인 토지 내역 (나) OOO의 건축물대장 등에 따르면, OOO은 지하 3층/지상 8층(연면적 15,231.88㎡, 철근콘크리트조 및 철골조)의 문화․집회시설 및 교육연구․복지시설(학원, 사무실 및 음식점 등)로서, 전체토지 위에 1989년 6월 착공되어 1995.2.1. 사용승인받았고, 1995.2.7. 청구법인에게 소유권이전등기된 것으로 나타난다. (다) 청구법인(임차인) 및 OOO(임대인)가 작성한 쟁점토지의 임대차계약서(2007.12.10.)에 따르면, 청구법인은 2007.7.1.부터 2008.6.30.까지(임대차 종료 1개월 전까지 특별한 이의가 없는 경우 동일 조건으로 자동연장) 보증금 없이 월 임차료 OOO원에 쟁점토지를 임차한 것으로 나타난다. (라) 청구법인 내부 문건인 ‘쟁점토지 임대차계약 체결의 건’(2007.12.3.) 에 따르면, 청구법인이 OOO에게 지급할 쟁점토지 임차료를 공인회계사 OOO의 ‘임차료 산정내역서’에 근거하여 보증금 없이 월 OOO원으로 산정하였다고 기재되어 있고, 위 문건에 첨부된 공인회계사 OOO의 ‘임차료 산정내역서’(총 4쪽)에 따르면, OOO는 OOO의 연간 임대매출액을 OOO원으로 산정하고, 여기에서 2006년 임대원가 OOO원을 차감한 후 쟁점토지 비율 OOO%를 곱하여 계산한 OOO을 쟁점토지의 연간 임차료로 산정하였는바, OOO의 연간매출액 OOO원은 OOO의 임대보증금(특수관계인 간 임대 등 제외)에 OOO%를 곱하여 산정한 OOO원과 2006년 임대수입총액 OOO원을 합한 금액으로 기재되어 있으나, OOO% 및 비용 OOO원에 대한 산정근거는 기재되어 있지 않다. (마) 청구법인이 제출한 OOO의 감정평가표(2008.3.7.)에 따르면, OOO은 청구법인의 의뢰에 따라 2008.2.27. 기준으로 전체토지(2,843.9㎡)를 OOO, OOO을 OOO원으로 각 평가한 것으로 나타난다. (바) 청구법인이 제출한 OOO의 임료 감정평가표(2011.7.25.)에 따르면, OOO은 OOO의 의뢰에 따라 2011.7.1. 기준으로 OOO의 3층 일부 및 4～6층(5,737.38㎡)에 대한 2011.7.1.～2012.6.30.(1년간)의 임료를 OOO원으로 평가한 것으로 나타난다. (사) 청구법인이 제출한 OOO의 감정평가서(2015.1.26.)에 따르면, OOO은 청구법인의 의뢰에 따라 2015.1.23. 기준으로 청구법인 토지(1,568.7㎡)를 OOO, OOO을 OOO원으로 각 평가한 것으로 나타난다. (아) 청구법인이 제출한 OOO의 임료 감정평가표(소급감정서, 2015.10.12.)에 따르면, OOO은 청구법인의 의뢰에 따라 2010.7.1.～2014.7.1. 기준으로 쟁점토지(1,275.2㎡)의 기초가액을 OOO으로 평가하고, 여기에 기대이율 OOO%를 곱하여 쟁점토지에 대한 연간 임료를 OOO으로 평가한 것으로 나타난다. (자) 처분청이 제출한 쟁점토지 인근 700미터 이내 토지(건물의 소유자가 다른 경우)의 임차료 시세 비교검토표에 따르면, 월 임차료는 1㎡당 OOO원인바, 1㎡당 평균 임차료는 OOO원으로 나타난다. (차) 쟁점토지의 경매 결과 내역에 따르면, 쟁점토지 지분 OOO%는 OOO원으로 감정평가되었고, 2007.5.22. OOO에 OOO에게 낙찰된 것으로 나타난다. (카) 청구법인 부사장 OOO의 진술서(2015.10.14.)에 따르면, OOO은 청구법인이 공인회계사 OOO가 산정한 쟁점토지의 임차료에 근거하여 OOO와 쟁점토지의 임대차계약을 체결하였다고 진술하였다. (타) 청구법인의 임대원가명세서에 따르면, 청구법인의 연간 임대원가(급여, 지급임차료 및 용역비 등)는 2009～2014사업연도 OOO원으로 나타나는바, 처분청은 여기에 특수관계인 외 일반인에게 임대한 면적 비율을 곱하면 그 가액이 OOO 원이므로, 쟁점산정방식 중 임대원가 OOO원을 인정할 수 없다는 의견이다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점임차료가 시가에 부합하는 적정한 가액이라고 주장하나, 청구법인은 쟁점토지의 임대차계약 체결 당시 적정임차료 산정을 위한 감정평가를 실시한 사실이 없고, 공인회계사 OOO에게 시가평가를 의뢰하였는바, 쟁점임차료의 기준이 된 OOO의 ‘임차료 산정내역서’에는 쟁점산정방식의 보증금의 임대료 전환율, 임대원가 및 쟁점토지 비율 등에 대한 산정근거가 기재되어 있지 않아 해당 임차료를 시가로 보기 어려운 점, 청구법인은 이 건 관련 세무조사과정에서 2015년 10월 OOO에게 의뢰하여 쟁점토지의 적정임차료를 소급감정하였으나, 이러한 소급감정은 평가의뢰인의 의도가 반영될 개연성이 높아 이를 인정하기 어려운 점, 청구법인은 2007년 7월부터 OOO에게 연간 OOO 상당의 쟁점임차료를 지급하여 왔는바, 현재까지 OOO원(2007년 7월∼2016'년 5월) 상당의 임차료가 지급되었고, 이는 OOO가 쟁점토지 지분 OOO% 취득시 실제 지급한 취득가액OOO의 환산액인 OOO원을 이미 초과한 점, 쟁점토지 임대차의 경우 제3자 거래가액이 없고, 청구법인이 제3자에게 임차료를 지급한 유사사례가 없으며, 감정평가법인을 통한 임차료 감정도 없었는바, 법인세법 시행령제89조 제4항의 보충적 평가방법으로 적정임차료를 계산함이 타당하고, 이때 자산시가는 쟁점토지의 낙찰가액으로 봄이 타당한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 OOO에게 지급한 쟁점임차료와 보충적 평가방법에 따라 산정한 조사청임차료와의 차이금액인 쟁점금액을 손금불산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준 하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령(2016.2.12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제88조(부당행위계산의 유형 등) ①법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1.부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다. 2.상속세 및 증여세법제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및조세특례제한법제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며,상속세 및 증여세법제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 "원가"라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.