쟁점보조금이 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하므로 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO세무서장이 2015.12.31. 청구법인에게 한 부가가치세 OOO원의 각 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1981.11.2. 한국보훈복지의료공단법에 따라 국가유공자와 그 가족들을 진료․보호하고 무의탁자, 노령자 등의 주거, 휴양시설을 설치․운영하여 복지증진에 기여하기 위하여 설립된 한국보훈복지의료공단(이하 “공단”이라 한다) 산하의 비영리법인으로,복권 및 복권기금법및보훈기금법에 따라 공단으로부터 수령한 보조금 OOO원이고, 이하 “쟁점보조금”이라 한다)을 부가가치세 과세표준에 포함하여 신고하였다가, 2015.10.1. 및 2015.11.9. 쟁점보조금이부가가치세법제29조 제5항 제4호의 ‘재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금’에 해당하므로 이를 과세표준에서 제외하여 달라는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 쟁점보조금이 국가유공자 등에게 용역을 공급하고 받은 대가로부가가치세법제29조 제5항 제4호의 ‘재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금’에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2015.12.31. 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.1.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 공익목적으로 설립된 법인으로서 공익사업의 운영과정에서 발생한 누적된 손실을 보전받기 위하여 운영비 등 명목으로 공단으 로부터 쟁점보조금을 지원받았으며, 쟁점보조금의 산출근거(인근 콘도시설의 객실요금을 기준으로 계산)는 적정한 손실보전액이 어느 정도인지를 판단하기 위한 것일 뿐 청구인이 제공하는 휴양원 관리․운영용역에 대한 개별적․직접적인 반대급부로 볼 수 없어 청구법인이 용역을 제공하고 그 대가로 받은 것이 아니므로부가가치세법제29조 제5항 제4호의 규정에 의하여 과세표준에 포함하지 아니함에도 처분청이 쟁점보조금을 부가가치세 과세표준 에 포함하는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. 청구법인과 유사하게 주택관리비 등을 지원받는 복지타운의 경우 OOO세무서에서 부가가치세 과세대상이 아니라고 보아 부가가치세를 환급한 사실이 있어 쟁점보조금과 달리 볼 이유가 없다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 국가유공자 등에게 휴양시설을 이용하게 하고 그 대가의 일부로 객실요금 감면비용 상당액의 쟁점보조금을 수령한 것은 국가유공자 등에게 용역을 공급하고 받은 대가로부가가치세법제29조 제5항 제4호의 “재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금”에 해당하지 아니하므로 쟁점보조금을 부가가치세 과세표준에 포함되는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점보조금이 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하므로 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률 (1) 부가가치세법 제29조 【과세표준】⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 (2) 보조금 관리에 관한 법률 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “보조금”이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가(국가재정법별표2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관리·운용하는 자를 포함한다)가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 교부하는 것과 그 밖에 법인·단체 또는 개인의 시설자금이나 운영자금으로 교부하는 것만 해당한다), 부담금(국제조약에 따른 부담금은 제외한다), 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다. (3) 복권 및 복권기금법 제23조 【복권기금의 배분 및 용도】① 매년 복권수익금 가운데 100분의 35는 다음 각 호의 기금 등에 배분하되 그 배분비율은 대통령령으로 정한다.(단서 생략)

11. 한국보훈복지의료공단법에 따른 한국보훈복지의료공단

② 제1항에 따라 복권수익금을 배분하는 기금 등은 이를 별표에 규정된 용도에 사용하여야 한다. (4) 한국보훈복지의료공단법 제6조 【사업】공단은 다음 각 호의 사업을 행한다.

1. 제1조에 따른 법률의 적용대상자(이하 “국가유공자등”이라 한다)의 진료․보호 및 의학적․정신적 재활과 이에 대한 조사․연구

2. 국가유공자 등의 직업 재활교육 등 교육․훈련

3. 국가유공자 등의 단체의 운영 지원

4. 국가유공자 등을 위한 주택의 건설․공급․임대사업, 택지의 취득 및 주거환경 개선사업

5. 국가유공자 등과 그 자녀의 학비 지원

6. 호국정신을 기르고 북돋기 위하여 필요한 사업과 보훈정책의 연구

7. 제대군인의 사회복귀 지원 및 인력 활용을 초진하기 위한 사업

8. 참전군인 등의 해외파병으로 인하여 발생한 질병에 대한 조사․연구

9. 국가유공자 등의 양로․요양․휴양 등을 위한 복지시설의 운영

10. 제1호부터 제9호까지의 사업수행을 위한 수익사업 및 부대사업

11. 보훈기금증식사업 등 국가보훈처장이 다른 법률에 따라 위탁하는 사업 (5) 보훈기금법 제5조 【기금의 지출】기금은 다음 각 호의 용도에 지출한다.

1. 대부금, 반환금, 주택건축비, 예탁금, 대간첩작전 보상대책지원금, 의료시설등 운영지원비, 유가증권 매입금, 기금증식사업비,국가유공자등 복지사업대여금, 보조금, 국가유공자등 복지지원비, 재해위로금, 지급이자, 출자금, 출연금, 보훈공단복지사업비, 재향군인회사업비

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 콘도형 휴양시설(객실 60개)을 운영․관리하는 비영 리법인으로 부가가치세 신고 및 경정청구 내용은 다음 <표1>과 같다. OOO

(2) 청구법인이 제시한 객실별 이용요금 및 이용현황은 다음 <표2> 및 <표3>과 같다. OOO

(3) 쟁점보조금은 청구법인이 공익사업의 운영과정에서 발생한 누적된 손실을 기획재정부 및 공단으로부터 보전받은 것이라고 주장하면서 당기순손익이 나타나는 손익계산서OOO, 회계연도별 복권기금 결산명세서, 공단이 기획재정부장관에게 제출한 복권기금 사용신청서 및 사용계획서의 관련 공문 등을 제출하였는바, 공단이 매년 4월 및 5월 중에 청구법인을 포함한 보훈병원, 보훈요양원 및 보훈복지타운의 복권기금 사용계획서를 기획재정부장관에게 제출하여 쟁점보조금을 배정․지원받고 있는 사실이 나타나며, 연도별 복권기금 사용계획서에 나타난 쟁점보조금의 산출근거는 다음 <표4>와 같다. OOO 위 <표4>의 산출방법으로 2014년 및 2015년의 지원액은 동일하게 OOO원 산정하였는바, 정해진 금액에 객실이용률을 2014년 2%에서 2015년에 4%로 상향하는 방법으로 보조금을 동일하게 일치시킨 사실이 나타난다.

(4) 청구법인이 청구법인과 유사하게 지원받는 업체라고 주장하는 ‘보훈복지타운’은 무의탁 보훈가족을 대상으로 주택을 제공․관리하는 업체로 운영비 지원금액의 산출근거 등은 다음 <표5>와 같다. OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청 구법인이 국가유공자 등에게 휴양시설을 이용하게 하고 그 대가의 일부로 객실요금 감면비용 상당의 쟁점보조금을 수령한 것이라는 의견이나, 복권기금에서 지원받는 쟁점보조금은 정부로부터 업무를 위탁받은 공단이 기획재정부장관에게 신청하여 정부예산을 배정받는 것처럼 지원받은 것으로 보이는 점, 청구법인이 적정한 손실보전액을 합리적으로 산정하기 위한 방법의 하나로 객실이용률과 할인율을 적용한 객실요금 감면비용 상당액으로 산정한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점보조금은 공익사업의 운영과정에서 발생한 누적된 손실을 공단으로부터 보전받은 금액이지 청구법인이 제공하는 휴양원의 관리․운영용역에 대한 개별적․직접적인 반대급부로 볼 수는 없으므로 부가가치세법제29조 제5항 제4호의 “재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금”에 해당한다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점보조금을 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련된 국고보조금으로 부가가치세 과세대상에 해당한다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.