청구법인은 ◎◎특별시 또는 △△도에 주소를 두고 있는 연구원들이 쟁점연구소에서 근무하기 위하여 ◇◇광역시로 거소를 이전하였다거나 거주지에서 쟁점연구소로 출퇴근하였다는 것을 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
청구법인은 ◎◎특별시 또는 △△도에 주소를 두고 있는 연구원들이 쟁점연구소에서 근무하기 위하여 ◇◇광역시로 거소를 이전하였다거나 거주지에서 쟁점연구소로 출퇴근하였다는 것을 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
심판청구를 기각합니다.
(1) 청구법인이 OOO에 설치한 쟁점연구소의 연구개발 활동은 관련 법률에 의거하여 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에서 관리하고 있는데, 동 협회는 현장을 실지조사하여 연구인력 개발활동 및 인력유지 현황을 파악하고 있다. 또한 청구법인이 제출한 연구개발활동 개요서, 프로그램 등록증, 연구 및 개발 활동을 하였던 5명의 직원에게 급여를 지급하였다는 내용의 해당연도의 연구․인력개발비 발생 명세 등은 쟁점연구소에서 연구개발이 실제 이루어졌다는 것을 증명하고 있으며, 중소기업청장 역시 이를 전제로 기술혁신형 중소기업 확인서를 발급해 주었다. 따라서 처분청이 쟁점연구소가 연구개발활동을 진행하지 아니하였다는 전제에서 한 2014사업연도 쟁점세액에 대한 경정청구 거부처분은 위법하다.
(2) 국세기본법제45조의2와 법인세법제66조 제2항 및 법인세법 시행령제103조 제2항은 법인세를 경정함에 있어 ‘실지조사’에 의할 것을 원칙으로 규정하고 있는데, 이 건의 경우에는 이러한 절차를 준수하지 않았으므로 취소되어야 한다.
(1) 조세특례제한법제10조를 적용함에 있어 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 세액공제가 적용되고, 전담부서에 근무하는 지원인력이라도 연구업무 전담연구원의 연구업무만을 직접적으로 지원하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 세액공제가 적용된다고 해석하여야 할 것이다(조심 2012서523, 2012.8.6., 대법원 2011.6.24. 선고 2011두6844 판결, 같은 뜻임).
(2) 그런데, 청구법인은 실제 쟁점연구소를 운영하였는지 여부조차 입증하지 못하고 있다. (가) 청구법인의 소재지가 OOO인 반면 쟁점연구소가 OOO로 원격지에 위치한 점, 쟁점연구소의 소재지인 OOO의 부동산 소유자는 청구법인 대표자의 아버지 OOO의 소유인 점, 청구법인이 쟁점연구소에서 근무하였다고 신고한 연구원 5명의 2014.12.31. 기준 주민등록상 주소지가 모두 OOO 또는 OOO인 점을 고려하면, 연구원들이 쟁점연구소에 실제 근무하였다고 볼 수 없다. (나) 특히 쟁점연구소에 근무하였다고 주장하는 연구원 5명에 대한 2014년 현금영수증 사용내역에 의하면, 쟁점연구소가 소재한 OOO지역에서의 사용내역이 전혀 없는 것으로 확인된다.
(3) 따라서 청구법인이 OOO에 쟁점연구소를 두고 해당 연구원들에게 연구․인력개발비 명목으로 인건비를 지급하였다는 주장은 신빙성이 없으므로, 처분청이 세액공제를 거부한 처분은 적법하다.
① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액 (각 목 생략)
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 처분청의 2016.5.13.자 경정청구 처리 결과 통지의 주요 내용은 아래와 같다. (나) 청구법인의 경정청구서 중 해당연도의 연구․인력개발비 발생 명세의 주요 내용은 아래와 같다. (다) OOO의 2016.8.6.자 1년 이상 변경미신고 연구소/전담부서 변경신고 안내서의 주요 내용은 아래와 같다. (라) OOO의 2014.10.1.자 현지확인 보고서의 주요 내용은 아래와 같다. (마) 청구법인의 2014.10.24.자 기업부설연구소 신고서의 주요 내용은 아래와 같다. (바) OOO의 2014.10.27.자 기업부설연구소 변경신고 처리결과 통보서의 주요 내용은 아래와 같다. (사) 청구인이 제출한 쟁점연구소의 도면은 아래와 같다. (아) 처분청의 2016.6.28.자 과세전적부심사결정서의 주요 내용은 아래와 같다. (자) OOO의 프로그램등록증에 의하면, 청구법인은 2010.9.29. 웹 이미지 편집 OOO 프로그램과 2015.5.29. OOO 프로그램을 OOO에 등록한 사실이 나타난다. (차) 쟁점연구소 관련 임대차계약서에 의하면, 건물의 소유자는 OOO에 거주하는 청구법인 대표이사의 부 OOO인 사실과 임대차보증금 OOO, 월 임대료 OOO인 사실이 나타난다. (카) 청구인이 제출한 쟁점연구소의 내․외부 사진들에 의하면, 쟁점연구소는 조립식 판넬로 만들어진 가건물로서 내부에 5개의 책상이 비치되어 있던 것으로 나타난다. (타) 청구법인의 대표이사가 2018.3.7. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 제출한 법인카드 내역서에 의하면, OOO와 OOO에 소재한 카드가맹점에서 사용된 내역들이 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점연구소에서 연구원들에 의하여 소프트웨어 연구 및 개발 활동이 실제 이루어졌으므로 조세특례제한법상의 세액공제 혜택이 주어져야 한다고 주장하나, 조세특례제한법제10조를 적용함에 있어 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 세액공제가 적용되고, 전담부서에 근무하는 지원인력이라도 연구업무 전담연구원의 연구업무만을 직접적으로 지원하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 쟁점세액공제가 적용된다고 해석하여야 할 것인바(조심 2012서523, 2012.8.6., 대법원 2011.6.24. 선고, 2011두6844 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 OOO에 소재하였던 것에 반하여, 쟁점연구소의 소재지는 원격지인 OOO에 위치하고 있는 점, 쟁점연구소의 내․외부를 찍은 사진들에 의하면 쟁점연구소는 조립식 판넬로 지어진 가건물의 형태를 취하고 있고, 청구법인이 2014.10.24. OOO에 신고한 쟁점연구소의 연구시설 현황상 2004년 설치된 보조원 컴퓨터와 노트북 그리고 연구용 서버 각 1대, 2009년 설치된 노트북 1대 등이 설치되어 있음이 확인될 뿐이므로, 쟁점연구소에서 연구소장 OOO 외 연구원 5명이 소프트웨어 연구개발을 전담하여 수행할 수 있는 물적요건이 정상적으로 갖추어져 있었다고 보기 어려운 점, 청구법인이 2016.4.22.자 경정청구서에 기재한 쟁점연구소의 연구원들 목록이 2014.10.24. OOO에 최종적으로 제출한 연구원들의 목록과 다르고, 청구법인은 두 목록에 기재된 연구원들이 서로 일치하지 않는다는 사실을 알지 못하였던 점, 청구법인이 제출한 쟁점연구소의 도면에 의하면 쟁점연구소에 비치된 책상이 5개인 것으로 나타나는 반면, 청구법인은 2014.10.24. 쟁점연구소에 전담연구요원 6명이 근무하고 있다고 신고한 점, 청구법인은 심판청구를 제기한 때로부터 약 1년 5개월이 지난 시점에서야 비로소 OOO에서 사용된 카드내역을 제출하였으나, 카드를 사용한 내역만으로는 연구원들이 연구활동을 한 것인지 확인하기 어려운 점, 청구법인은 OOO 또는 OOO에 주소를 두고 있는 연구원들이 쟁점연구소에서 근무하기 위하여 OOO로 거소를 이전하였다거나 거주지에서 쟁점연구소로 출퇴근하였다는 것을 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 제출한 증빙만으로는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
“결정내용은 붙임과 같습니다.”