이 건 도급계약서 및 쟁점건물의 신축공사대금 관련 증빙자료(공사비 입금표, 영수증 등)는 각 원본의 지질, 인쇄상태 등에 비추어 쟁점건물의 신축 당시에 작성ㆍ수수된 것으로 보이는 등 사실관계를 종합하면 처분청이 이 건 실지거래가액을 입증할 객관적인 증빙자료가 없다는 이유로 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
이 건 도급계약서 및 쟁점건물의 신축공사대금 관련 증빙자료(공사비 입금표, 영수증 등)는 각 원본의 지질, 인쇄상태 등에 비추어 쟁점건물의 신축 당시에 작성ㆍ수수된 것으로 보이는 등 사실관계를 종합하면 처분청이 이 건 실지거래가액을 입증할 객관적인 증빙자료가 없다는 이유로 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
OOO세무서장이 2016.4.15. 청구인에게 한 2015년 귀속 양도소득세에 대한 경정청구 거부처분은 청구인이 서울특별시 OOO 건물의 신축공사와 관련하여 시공사인 구 OOO 주식회사로부터 수취한 공사비 입금표 등 공사대금증빙 21매에 각 기재된 거래대금의 합계액 OOO원에서 감가상각비 OOO원과 부가가치세 매입세액 OOO원 및 지연이자 OOO원을 뺀 금액을 동 건물의 취득가액으로 하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
1. 이 건 도급계약서 청구인은 1994.2.23. 시공업체인 OOO 주식회사(현재 상호는 ‘주식회사 OOO’이고, 이하 “이 건 시공사”라 한다)와 쟁점건물의 신축에 관한 계약을 체결하였다. 그 내용을 기재한 이 건 도급계약서를 살펴보면, 공사기간(1994.3.2.～1994.12.31.), 도급금액(OOO원), 대금지급방법(월 1회 OOO에 대한 지급), 지체보상금 지급 조건 등이, 이에 첨부된 공사비총괄표를 살펴보면, 건축ㆍ설비ㆍ전기 등 품명별 구체적인 공사내용이 나타난다.
2. 쟁점건물 공사대금 지급 증빙 공사비 입금표, 영수증 등 증빙자료를 살펴보면, 청구인이 이 건 시공사에 쟁점건물 신축공사대금으로 총 OOO원(이 건 실지거래가액, 1993.9.16. OOO원의 지급을 시작으로 1996.5.21.까지 총 18회에 걸쳐 지급)을 지급하였음을 확인할 수 있다(실제로 지급한 금액은 더 많으나, 이를 입증할 영수증 등 증빙자료를 챙기지 못하였다).
3. 통고서(내용증명) 이 건 실지거래가액은 공사대금(도급금액, OOO원), 부가가치세(OOO원) 및 추가공사대금ㆍ지체보상금(합계 OOO원)으로 구성된다. 청구인은 1996.5.10.까지 이 건 시공사에 OOO원(공사대금 OOO원과 지체보상금 OOO원의 합계액)을 지급하였는데, 청구인과 이 건 시공사 간 나머지 금액 OOO원(약정대금 잔금 OOO원, 추가공사대금 OOO원 및 부가가치세 OOO원의 합계액이고, 이하 “이 건 잔여대금 등”이라 한다)의 지급에 대하여 이견이 있었다. 청구인은 이에 따라 추후 소송 등 이 건 시공사와의 분쟁에 대비하여, 1996.5.10. 이 건 시공사에 ‘통고서’라는 제하의 내용증명(이하 “이 건 내용증명”이라 한다)을 보냈는바, 이를 통해 이 건 시공사에 이 건 잔여대금 등을 지체없이 수령할 것을 촉구하였다. (나) 그 밖의 정황 1994년 구 건설교통부(현 국토교통부) 장관이 고시한 표준건축비는 1㎡당 OOO원이고, 이는 이 건 실지거래가액(OOO원)과 유사한바, 이를 통해 이 건 실지거래가액이 적정한 수준임을 짐작할 수 있다. 청구인(이 건 도급계약 당시 만 39세)은 쟁점건물에서 평생 병원을 운영할 목적으로 대학 교수에게 쟁점건물의 디자인을 의뢰하였고, 이는 당시 건축물로는 독특한 것이었는바, 처분청이 쟁점건물의 실지거래가액으로 인정할 수도 있다는 세금계산서(쟁점건물 신축과 관련하여 이 건 시공사로부터 받은 것, 이하 “이 건 세금계산서”라 한다) 수수금액 OOO원의 경우, 1㎡ 건축비가 약 OOO원에 불과하여 동 가액으로는 쟁점건물을 지을 수 없을 뿐 아니라, 설사 지었다고 하더라도 신축 후 약 20년이 지난 현재까지 버틸 수 없었을 것이다. (다) 처분청은 이 건 도급계약서 등에 대한 충분한 검토없이 이 건 도급계약 당시 현실을 무시한 채, 이 건 경정청구를 거부하였다. 1) 이 건 경정청구의 경위 청구인은 약 20년간 쟁점건물에서 병원(이 건 사업장)을 운영하여 왔으나, 쟁점건물이 수용(동 수용결정에 대해 이의신청, 소송 등의 불복과정을 거쳐, 2015.5.15. 수용됨)되면서, 갑작스럽게 2015.9.25. 쟁점건물의 도로 건너편에 소재한 건물을 임차할 수밖에 없었다. 이러한 과정에서 쟁점건물의 취득 당시 신축공사 관련 증빙자료를 찾을 경황이 없어 당초 신고시 이 건 환산가액으로 쟁점건물의 취득가액을 신고할 수밖에 없었다. 그러던 중 이 건 사업장을 위 임차건물로 이전하면서, 해묵은 서류를 정리하다가 이 건 도급계약서 등을 발견하였고, 이를 이 건 실지거래가액의 증빙자료로 하여 이 건 경정청구를 하게 된 것이다. 2) 이 건 도급계약 당시 거래 환경 등 처분청은 이 건 실지거래가액 중 객관적인 증빙자료로 입증되는 금액은 무통장입금표로 확인되는 2건 OOO원에 불과하고, 청구인이 나머지 금액에 대한 금융거래증빙을 제출하지 못하고, 이 건 세금계산서상 공급가액도 OOO원에 불과한바, 이 건 실지거래가액을 신뢰할 수 없다는 의견이다. 그러나, 이 건 도급계약에 따른 공사대금을 지급하였던 시기(1993.9.16.～1996.5.21.)에는 인터넷 뱅킹 등 전산을 통한 금융거래가 없었고, 청구인과 같은 세법지식이 부족한 사람들에 대한 세무홍보, 납세안내 등이 없었는바, 주로 수표로 대금거래가 이루어졌으며, 세금계산서 수수도 현재와 같이 엄격하게 이루어지지 아니하였다. 또한, 이 건 시공사는 쟁점건물 신축공사 지연의 사유에 대하여 형식적으로는 청구인의 자금부족에 따른 대금지급 지연 때문이라고 하였으나, 실제로는 이 건 사업장의 임대기간이 임박하여 청구인의 입장이 곤궁하였음(쟁점건물의 신축지연시 임대건물에 있던 환자들의 진료ㆍ입원에 차질이 발생)을 악용한 것인바, 양측의 협의 과정에서 청구인에게 이 건 세금계산서상 공급가액을 줄이는 등 불리한 조건을 제시하였고, 청구인은 이를 어쩔 수 없이 수용할 수밖에 없었다. 즉, 이 건 시공사는 자재비 상승, 인근주민들의 민원 등으로 쟁점건물 신축공사가 지연되었으면서, 청구인에게 그 과정에서 발생한 추가 비용을 이유로 이 건 도급계약시 약정금액(OOO원)보다 OOO원을 더 지급할 것을 요구하였고, 이를 이유로 발생한 청구인과의 분쟁 관련 협의 과정에서 면세사업자인 청구인이 부가가치세 매입세액공제를 받지 못한다고 하면서 동 약정금액의 일부(OOO원, 이 건 세금계산서상 공급가액)에 대해서만 세금계산서를 수취할 것을 요구하였다. 아울러, 처분청의 요구에 따라 이 건 도급계약에 따른 공사대금 지급 당시 거래한 금융기관(OOO을 합병하였음)에 청구인 명의의 예금계좌 거래내역을 요청하였으나, 동 금융기관은 금융기관 간 통ㆍ폐합 등을 거쳤고 오랜 시간(약 20년)이 경과하였음을 이유로 관련 자료를 제공할 수 없다는 입장이었는바, 청구인 입장으로서는 관련 금융거래내역 등 처분청이 요구한 자료를 제공할 수 없는 입장이었다. 3) 이 건 경정청구 거부처분의 부당성 이 건 경정청구는 청구인이 제출한 증빙자료의 내용이 사실인 경우 이 건 실지거래가액을 쟁점건물의 취득가액으로 인정하는 것이 본질이고, 그렇다면 처분청은 동 증빙자료의 진위 여부를 살폈어야 했다. 더욱이, 이 건 계약서(쟁점건물 건축 관련 관할 구청에 제출) 또는 이 건 내용증명(OOO 보관)은 통상 지방자치단체 또는 거래상대방과의 다툼에 대비하여 거래당사자가 서로 인정ㆍ지득한 사실을 기재하는 것으로, 객관성을 담보할 수 있는 증빙자료에 해당한다. 그러나, 처분청은 이 건 계약서 등 청구인이 제출한 증빙자료의 충분한 검토 없이, 청구인이 현실적으로 제출할 수 없는 과거 금융거래증빙을 요구하였고, 청구인이 처분청에 이를 제공할 수 없다는 금융기관의 입장을 전달하자 이 건 경정청구의 거부처분을 하였다. (2) 설사, 이 건 실지거래가액이 쟁점건물의 취득가액에 해당되지 아니한다고 하더라도, 아래와 같은 이유로 쟁점건물의 장부가액을 동 취득가액으로 보아야 한다. 청구인은 이 건 세금계산서상 공급가액(OOO원)과 자본적 지출액(OOO원)을 합한 OOO원(이하 “이 건 장부가액”이라 한다)을 쟁점건물의 취득시 장부가액으로 하였고, 동 가액에서 쟁점건물 양도일 현재 감가상각누계액(OOO원)을 차감하면 잔존 장부가액은 OOO원이다. 또한, 이 건 장부가액은 그간 청구인이 처분청에 소득세 신고를 할 때, 함께 제출하는 이 건 사업장의 제무제표에 기재되어 있던 금액이고, 이 건 환산가액(OOO원)보다 높은바, 당초 신고시 실지거래가액에 관한 증빙자료가 없어 환산가액에 의하여 쟁점건물의 취득가액을 신고하여야 했다면, 회계의 연속성과 과세관청의 세무조사를 통해 이 건 사업장의 재무제표가 검증받았음에 비추어 동 취득가액을 이 건 장부가액으로 하였어야 했다. 그런데, 당초 신고를 한 세무대리인의 판단착오로 쟁점건물의 취득가액을 이 건 장부가액보다 낮은 이 건 환산가액으로 신고하였는바, 당초 신고시 잘못 신고된 동 취득가액을 이 건 장부가액에서 이 건 감가상각비를 차감한 가액으로 경정하여야 한다.
건설도급계약서 등 증빙자료를 첨부하여 쟁점건물의 취득가액을 당초 환산가액에서 실지거래가액으로 하여 줄 것을 구하는 경정청구를 거부한 처분의 당부
(1) 소득세법 제97조[양도소득세의 필요경비 계산] ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.
1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.
2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. (단서 생략)
③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.
⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26067호로 일부개정된 것) 제163조[양도자산의 필요경비] ① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.
1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 부가가치세법 제10조 제6항 에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)
3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.
③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 2의2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.
3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 3의2. 개발이익환수에 관한 법률에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) 3의3. 재건축초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)
4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것
(3) 국세기본법 제16조[근거과세] ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.
(1) 이 건 경정청구 및 이에 대한 거부처분 내역은 아래와 같다. (가) 국세청 전산자료에 의하면, 청구인은 1990.4.2. 이후 OOO’이라는 상호로 정형외과(종목) / 의료서비스업(업태)을 영위하고 있고, 현재 사업장 소재지는 서울특별시 OOO(전농동)이다. (나) 이 건 부동산에 대한 토지ㆍ건축물 대장 및 등기부등본에 의하면, 아래와 같이 쟁점건물의 취득 내역이 나타난다.
1. 이 건 토지의 취득은 아래와 같다.
2. 쟁점건물의 취득 및 양도 내역은 아래와 같다.
1. 청구인은 2016.2.25. 당초 신고 내역 중 쟁점건물의 취득가액을 OOO원)으로 하여 이 건 경정청구를 하였다.
2. 이 건 경정청구서에 첨부되었던 것으로 보이는 증빙자료는 아래와 같다.
① 이 건 도급계약 조건과 관련하여, 계약일(1994.2.23.), 공사명(전농동 근린생활 신축공사), 공사기간[1994.3.2.(착공일)～1994.12.31.(준공일)], 도급금액(OOO원), 기성부분급의 시기 및 방법(월 1회), 하자보증 책임기간(주요구조부 3년, 그 외 1년), 하자보증 보증금(2%), 지체상금율(1000분의 1) 등이 기재되어 있다.
② 그 외의 계약 내용은 아래와 같다. ㉮ 수급인(이 건 시공자)는 체약체결 후 착공신고서 제출시까지 설계도면(도면, 시방서, 공사내역서 등)을 기초로 작성한 공사예정 공정표, 공사가격 내역서를 도급인(청구인)에게 제출하여야 한다. ㉯ 수급인의 책임이 아닌 경우의 공사기간 연장, 도급인의 요구 등에 따른 부적합한 공사, 불가항력에 의한 손해 발생, 설계변경ㆍ물가변동 등으로 인한 계약금액의 조정 등의 경우 당사자간 합의, 일정 비율 등으로 계약금액 조정한다. ㉰ 계약서상 기성부분급을 명시한 경우 수급인은 도급인의 검사, 공사가격 내역서상 단가에 의하여 산출한 공사금액을 청구하고, 도급인은 이를 지급한다. ㉱ 수급인은 도급인의 준공검사 합격 후 도급인에게 공사대금의 지급을 청구할 수 있고, 도급인은 계약상 목적물을 인도받음과 동시에 이를 지급하여야 하며, 도급인이 이를 지급기한 내 지급하지 못하는 경우 미지급금액에 대해 시중은행의 일반대출시 적용되는 연체 이자율을 적용하여 산출한 이자를 지급하여야 한다.
③ 이 건 계약서의 첨부물 중 먼저, 공사비총괄표를 살펴보면, 쟁점건물의 신축공사비가 공사원가(건축ㆍ설비ㆍ전기 공사) OOO원, 산재보험료ㆍ안전관리비 OOO원이, 다음으로, 공사비내역서를 살펴보면, 공사 내역(지붕, 도장 등)별ㆍ원재료별로 상세한 공사비 내역이 나타난다.
① 청구인은 1994.2.23. 쟁점건물 신축공사를 계약금액 OOO원, 공시기간 1994.3.2.～1994.12.31.로 하여 이 건 시공사에 도급하는 내용의 이 건 도급계약을 체결하였다.
② 이 건 시공사는 청구인이 1996.4.30.까지 공사대금 OOO원 및 지연이자 전액을 지급하였음을 잘 알고 있을 것이다. 그런데, 이 건 시공사는 책임을 은폐한 채, (중략) 공기연장의 책임을 전부 청구인에게 전가하고, 이 건 도급계약상 추가공사가 있더라도 그 공사금액을 상호합의로 정하도록 규정되어 있음에도 임의로 근거없는 추가공사대금의 지급을 요구하였다. 또한, 이 건 시공사는 실제 납부하지도 않은 부가가치세를 청구인에게 청구하여 부당이득을 얻고자 하면서, 청구인의 거듭된 보수요구에는 응하지 않고 있다. 따라서, 청구인이 이 건 시공사에 지급할 공사대금의 잔액은 아래와 같은 바, 이를 즉시 동 시공사에 지급하고자 하니, 이 건 시공사는 청구인에게 동 금액의 지급일, 장소 또는 이 건 시공사 명의의 예금계좌를 알려주기를 바란다.
• 아 래 - ㆍ 추가로 지급할 공사대금 OOO원{아래 ㉮ㆍ㉯ 기재의 각 금액을 합한 금액에서 ㉰ 기재의 금액을 뺀 금액이고, 동 금액은 위 <표> 기재 중 1996.5.21.자(청구인이 이 건 시공사에 쟁점건물의 공사대금을 최종 지급한 날) 영수증상의 금액 OOO원(이 건 잔여대금 등)보다 OOO원[위 2. 가 (1) (가) 3) 기재의 추가공사대금 OOO원과 아래 ㉰ 기재의 금액 OOO원의 합계액으로 보이는바, 청구주장을 종합하면, 결국 청구인은 동 ㉰ 기재의 금액을 아래 ㉮ㆍ㉯ 기재의 각 금액 합계액에서 차감하지 못한 채, 동 추가공사대금만 지급한 것으로 보인다]이 적다(이에 대해 청구인은 이 건 시공사에 동 차액 상당액을 더 지급하고 쟁점건물의 신축공사를 마쳤다고 주장한다)} ㉮ 미지급공사대금 OOO원(계약금액
• 1996.4.30.까지 지급액) ㉯ 청구인이 부담하기로 한 부가가치세 OOO원(세금계산서가 발행되지 않은 나머지 부가가치세는 인정할 수 없음) ㉰ 이 건 시공사의 하자보수 미시행으로 발생한 보수비용 등 손해금 OOO원
③ 1996.5.18.까지 이 건 시공사의 회신이 없으면, 위 금액을 서울지방법원에 공탁할 것이다.
1. 국세청 전산자료에 의하면, 주식회사 OOO(이 건 시공사의 현재 상호)가 1993년 2기～1994년 2기 부가가치세 과세기간 중 합계 OOO원(공급가액 기준으로, 1993년 2기 OOO원)의 거래내역(청구인의 사업자등록번호를 기준으로 1994년까지의 세금계산서 불부합 내역을 조회한 것으로 보이는 것)이 있었으나(청구인이 같은 금액 신고), 이를 신고하지 아니한 것으로 확인된다.
2. 소유권 보존등기신청서(청구인이 서울지방법원 동대문등기소에 제출한 것으로 보이는 것)를 살펴보면, 청구인이 1995년 5월 쟁점건물의 지방세 시가표준액을 OOO원으로 하여 쟁점건물의 소유권 보존등기를 신청한 것으로 나타난다[등록세 납부영수증(서울특별시 OOO이 발급한 것)에도 같은 내용(과세표준액: OOO원)이 나타난다].
(2) 이 건 경정청구시 제출된 증빙자료[위 (1) 기재] 외에 청구인이 이 건 실지거래가액에 대하여 제출한 증빙자료는 아래와 같다. (가) 쟁점건물의 단위면적당 건축비가 표준건축비와 비교시 적정하다는 청구주장 관련하여 1994년도 표준건축비 고시(1994.4.25. 관보 제12698호로 고시된 것)를 살펴보면, 과밀부담금 산정에 필요한 1994년도 1㎡당 표준건축비는 OOO원로 고시되었음이 나타난다. (나) 쟁점건물의 신축 당시의 건축물로는 쟁점건물이 독특한 것이었다는 청구주장과 관련하여 제출된 쟁점건물 전경[포털사이트의 로드뷰 사진을 출력한 것으로 보이는 것(촬영일은 기재되어 있지 아니하다)]을 살펴보면, 입구 부분에 양각으로 새겨진 OOO’라는 상호(이 건 사업장의 것으로 보이는 것)의 5층 건물이 보인다. (다) 쟁점부동산의 수용결정에 대하여 소송 등 불복과정을 거쳤다는 청구주장과 관련하여 제출된 쟁점부동산 수용 관련 소장을 살펴보면, 청구인(원고)이 서울특별시 지방토지수용위원회ㆍ전농 OOO(피고)을 상대로 사업시행계획무효확인 등의 소를 제기한 것으로 나타난다(제출일은 기재되어 있지 아니하고, 그 결과도 확인되지 아니한다).
(3) 청구인은 2016.11.9. 개최된 조세심판관회의에 출석하여, 청구이유와 같은 취지의 진술과 더불어, 아래와 같은 취지의 진술 등을 하였다. (가) 청구인은 조세심판관회의에 이 건 도급계약서, 쟁점건물의 신축공사대금 관련 증빙자료(공사비 입금표, 영수증 등)의 원본을 지참ㆍ출석하였는바, 출석심판관들이 이를 열람하였다. (나) 청구인은 그 간 쟁점건물의 신축공사대금과 관련한 공사비 입금표 등을 작성한 이 건 시공사의 대표이사, 현장소장 등을 찾아 동 증빙자료의 진정성에 대한 확인을 받고자 노력하다가, 이 건 심판청구 후 이 건 시공사의 대표이사인 김OOO과 연락이 닿게 되었다고 진술하면서, 김OOO의 확인서(2016.11.3. 김OOO이 작성한 것으로 보이는 것으로, 하단에 김OOO의 인장 및 신분증 사본이 각 날인ㆍ첨부되어 있다) 사본을 제출하였다. 동 확인서를 살펴보면, 위 (1) (다) 2) 나) 기재의 쟁점건물 신축거래대금에 대한 증빙자료(입금표, 영수증 등, 각 사본에 김OOO의 날인과 더불어, 이 건 시공사가 발급한 것임을 확인한다는 내용이 수기로 기재되어 있다)는 이 건 시공사의 현장 소장인 안OOO가 작성한 것이고, 이 건 도급계약서는 청구인과 이 건 시공사간 작성된 것임을 확인한다는 등의 내용이 나타난다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①(주위적 청구)을 살피건대,
1. 처분청은 이 건 세금계산서, 쟁점건물에 대한 소유권 보존등기신청 및 취ㆍ등록세 신고 등 내역에 의하면, 쟁점건물의 취득가액이 OOO원으로 확인되고, 결산서상 쟁점건물의 장부가액(OOO원)도 이 건 실지거래가액(OOO원)과 다르며, 쟁점건물의 신축공사대금 관련 영수증 등 증빙자료(21건 OOO원) 중 객관적으로 입증되는 금액(2건 OOO원)이 적고, 청구인이 이 외에 구체적인 금융거래내역 등 증빙자료를 제출하지 못함 등을 종합하면, 이 건 도급계약서 등이 사실과 다르다고 봄이 타당하다는 의견이다.
2. 그러나, 아래와 같은 이유로 이 건 도급계약서 등은 쟁점건물의 실제 신축공사에 대한 증빙자료로 봄이 타당하다고 판단된다.
3. 이를 종합하면, 처분청이 이 건 실지거래가액을 입증할 객관적인 증빙자료가 없다는 이유로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 다만, 이 건 감가상각비(OOO원)와 더불어, 이 건 실지거래가액 중 이 건 세금계산서상 매입세액 OOO원(소득세법에 따라 양도자산의 취득가액으로 인정되는 부가가치세는 부가가치세법 제10조 제6항에 따라 자기에게 공급된 것으로 의제되는 폐업시 잔존재화에 대한 것만 해당된다) 및 지연이자(청구인은 이를 ‘지체보상금’이라고 주장하나, 이는 청구인이 공사지연에 따른 대금지급 지연을 이유로 이 건 시공사에 지급한 금액이므로 지연이자로 봄이 타당하다) OOO원이라고 주장하나, 쟁점건물의 신축공사대금 관련 증빙자료로 제출한 공사비 입금표 등 증빙자료(위 <표> 기재)에 의하면, 이는 OOO원)은 소득세법에 따른 양도자산의 취득가액에 해당하지 아니하는바, 청구인이 쟁점건물의 신축공사대금과 관련하여 지출한 것으로 보이는 이 건 실지거래가액(OOO원)에서 이를 차감하여 이 건 경정청구의 대상인 양도소득세의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. (나) 쟁점②(예비적 청구)는 쟁점①에 대한 청구주장이 이유 있다고 보았으므로 더 이상 살펴 볼 필요가 없다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.