산학협력단인 청구법인이 수행한 쟁점연구용역이 부가가치세 면제대상 연구용역에 해당함

OOO세무서장이 2016.1.7. 청구법인에게 한 2010년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 ｢산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률｣(이하 “산학협력법”이라 한다)에 따라 설립된 OOO 산하에 설립된 법인으로, 2010년 5월부터 2010년 10월까지 서울지방조달청 등으로부터 총 13건, 공급대가 합계 OOO원 상당의 연구용역(이하 “쟁점연구용역”이라 한다)을 도급받아 수행한 후, 부가가치세가 면제되는 용역으로 보아 2010년 제2기 부가가치세 신고시 면세대상으로 신고하였다.
• 다. 처분청은 청구법인에 대한 현장확인(2015.12.10.～2015.12.24.)을 실시한 후, 쟁점연구용역이 부가가치세 과세대상인 것으로 보아 2016.1.7. 청구법인에게 2010년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정‧고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.4.4. 이의신청(가산세 OOO원을 감액)을 거쳐 2016.8.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 산학협력단이 그 고유 목적사업으로 제공한 쟁점연구용역은 ｢부가가치세법｣(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정된 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제17호 및 같은 법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22578호로 개정된 것, 이하 같다) 제37조 제1호의2에 따라 부가가치세가 면제되는 연구용역에 해당한다. (가) 상기 법령에서 “종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역(산학협력법에 따라 설립된 산학협력단이 제공하는 연구용역의 경우에는 2013년 12월 31일까지 제공하는 것에 한정한다)에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 2013.12.31.까지 제공하는 연구용역에 대해서는 모두 부가가치세가 면제되어야 함에는 의문의 여지가 없다. (나) 대법원 2012.12.13. 선고 2011두3913 판결에서 ‘학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역’의 범위에는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론‧방법‧공법 또는 공식 등의 연구용역 뿐만 아니라, 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정‧보완하기 위한 연구용역 등도 포함되지만, 단순히 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용 또는 이용하는 용역을 포함되지 않는다고 판시하였는바, 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정‧보완하기 위한 연구용역 등에 대해서도 부가가치세가 면제되어야 함이 명백하다. (다) 국세청은 유권해석(부가가치세과-887, 2011.8.8. 등)을 통하여 일관되게 “산학협력단이 그 고유의 목적사업으로 제공하는 모든 연구용역에 대하여 부가가치세 면제대상이 되는 것”이라는 입장을 견지해오고 있고, 2006년 개정세법해설에서 산학협력 활성화 및 대학 연구비 관리의 투명성 제고를 위해 산학협력단의 연구용역 및 수입물품에 대한 부가가치세를 면제한다고 밝히고 있는바, 국세청의 유권해석 및 입법취지에 비추어 청구법인이 그 고유의 목적사업으로 제공하는 모든 연구용역에 대해서는 부가가치세가 면제되어야 함이 분명하다.

(2) 쟁점연구용역은 신기술 등의 개발이나 보완을 위한 연구용역에 해당한다. (가) 처분청은 쟁점연구용역 중 어떤 연구용역이 어떤 기존의 분석틀을 사용하여 단순히 자료를 정리하였다는 것인지를 명확히 특정 부터 하여야 할 것이나, 이에 대한 판단의 근거를 밝히지 못하고 있다. (나) 처분청은 청구법인이 쟁점연구용역에 대한 내역을 다른 학술지 등에 연구결과로 발표하거나 등재하지 않았다며 쟁점연구용역들이 신기술 개발이나 보완의 학술논문이 아닌 상업용보고서의 용역공급에 해당한다는 의견이나, 쟁점연구용역은 발주처가 맡긴 연구에 대한 용역을 수급인이 수행하는 도급계약에 해당하고, 따라서, 수급인은 결과보고서 등의 연구 결과물을 발주처에 제공함으로써 도급계약의 일의 완성이 이루어진다 할 것인데, 모든 연구용역이 연구 결과물을 발주처에 제출하는 것 이외에 연구용역에 대한 성과가 학술지 등에 연구결과로 발표가 되거나 또는 등재가 되어야 만이 연구용역으로 인정될 수 있다는 처분청의 논리는 도급계약의 법적 성질을 고려하지 않은 의견이다. 연구용역에 대한 결과물을 추후에 학술지 등에 발표를 하거나 등재를 할지의 여부는 해당 연구용역을 수행한 담당 교수가 판단하여 결정할 문제이며, 연구를 수행하여 얻은 결과물을 학술지에 발표를 하지 않는다고 하여 연구 결과물이 갑자기 처분청이 주장하는 ‘상업용보고서’가 될 수도 없는 것이다. 또한, 부가가치세법령 어디에도 산학협력단이 수행한 연구용역은 학술지에 그 결과를 발표하거나 논문을 등재하여야만 연구용역이 된다는 규정은 없으며, 대법원 판례도 처분청의 위와 같은 독자적·자의적 주장을 지지하지 않고 있다. (다) 처분청은 쟁점연구용역이 ‘상업용보고서의 용역 공급’에 해당되므로 ｢부가가치세법｣ 제12조 제1항 제17호 및 같은 법 시행령 제37조 제1호의2가 규정하는 부가가치세 면세 대상이 되지 않는다는 의견인데, 처분청은 국내 법령에서는 찾을 수 없는 ‘상업용보고서’가 정확히 무엇을 의미하는 것인지 그리고 ‘상업용보고서의 용역 공급’이 도대체 무엇을 뜻하는 것인지, 위 비법률용어의 정의부터 명확히 밝혀야 할 것이다. 즉, 처분청만 독자적으로 법령이 규정하고 있지도 않은 위와 같은 자의적 기준에 의해 부가가치세 면세 여부를 가리고 있는바, 위와 같은 처분청의 임의적 과세처분이 현행 법령 하에서 용인될 수는 없다 할 것이다.

• 나. 처분청 의견 쟁점연구용역은 신기술 개발이나 보완의 학술논문과 관련되지 않은 용역의 공급에 해당되므로 ｢부가가치세법｣에서 규정하는 부가가치세 면세대상이 되지 않는다. (가) 국세청은 “ ｢부가가치세법 시행령｣ 제37조 제1의2호의 규정에서 말하는 용역에 관하여 새로운 학술이나 기술을 개발하기 위한 새로운 이론‧방법‧공법 또는 공식 등을 연구한 것을 말하는 것이고, 이미 개발된 학술 또는 기술의 연구결과를 단순히 이용한 분석 또는 활용자료의 제공용역은 이에 해당하지 않는다”고 지속적으로 해석(부가-849, 2011.7.27. 등)한 사실이 있다. 판례 또한 “부가가치세가 면제되는 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역의 범위에는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론‧방법‧공법 또는 공식 등의 연구용역뿐만 아니라, 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정‧보완하기 위한 연구용역 등도 포함되지만, 단순히 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용 또는 이용하는 용역은 포함되지 않는다고 봄이 타당하다”라고 해석해온 사실(대법원 2012.12.13. 선고 2011두3913 판결)이 있다. (나) 청구인은 각각의 용역 결과를 도출하기 위하여 기존에 있던 분석법이나 방법들을 넘어서는 새로운 분석‧방법을 사용하거나 기존 학술연구를 보완하였다고 주장하나, 쟁점연구용역은 공공기관에서 정책결정의 기초자료로 참고하기 위하여 자료를 수집한 후 기존 분석틀에 정리하여 보고서를 제공하고 대가를 받았고, 해당 용역에 대한 내역을 다른 학술지 등에 연구결과로 발표하거나 등재한 바 없다.

• 가. 쟁 점 산학협력단인 청구법인이 수행한 쟁점연구용역이 부가가치세 면제대상 연구용역에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 수행한 쟁점연구용역 목록은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점연구용역 목록 (단위: 원)

(2) ｢부가가치세법｣(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정된 것) 제12조 제1항 제17호 및 ｢부가가치세법 시행령｣(2010.12.30. 대통령령 제22578호로 개정된 것) 제37조 제1의2호에서는 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역(｢산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률｣에 따라 설립된 산학협력단이 제공하는 연구용역의 경우에는 2013년 12월 31일까지 제공하는 것에 한정한다)의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있는바, 위 ｢부가가치세법 시행령｣ 제37조 제1의2호의 괄호규정(이하 “쟁점괄호규정”이라 한다)은 2006.2.9. 개정시 도입되었고, 구 재정경제부가 발간한 2005 간추린 개정세법을 보면, ｢부가가치세법 시행령｣ 제37조 의 개정에 대하여 산학협력 활성화 및 대학 연구비 관리의 투명성 제고를 위해 산학협력단이 학술‧기술연구 등과 관련하여 제공하는 용역에 대해 3년간 한시적으로 부가가치세를 면제한다고 설명하고 있으며, 동 규정은 2차례 개정을 거쳐 2013.12.31.까지 적용기간이 연장되었다.

(3) 구 재정경제부 예규(부가-265, 2006.11.29.)를 보면, 산학협력단이 그 고유 목적사업으로 제공하는 모든 연구용역은 부가가치세가 면제된다는 내용으로 관련 법령을 해석하였고, 국세청도 2008.2.27.(서면3팀-439), 2011.8.8.(부가가치세과-887), 2015.5.27.(서면부가-282) 세 차례 예규를 통하여 구 재정경제부 예규와 동일하게 해석하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 처분청은 쟁점연구용역이 새로운 이론‧공법 등의 개발이나 그 보완과 관련되지 않은 용역의 공급에 해당되므로 ｢부가가치세법｣에서 규정하는 부가가치세 면세대상이 되지 않는다는 의견이다. (나) 그러나, 다음과 같은 이유로 쟁점연구용역은 부가가치세 면제대상에 해당되는 것으로 보는 것이 타당하다.

1. 쟁점연구용역은 대부분 행정관청으로부터 수주하여 이행한 용역으로 그 용역의 내용이 정책연구에 가까운바, 정책연구는 주로 정부기관에서 사회문제에 대한 정책적 고려를 위해 각 분야의 연구전문가들에게 연구용역을 주게 되는데, 정책연구는 먼저 주어진 특정 사회문제에 대한 이론적 틀에 바탕을 두고 각 사회문제에 대한 인식조사를 하게 되며 사회문제 해결을 위해 실시되고 있거나 실시하려고 하는 정책에 대한 평가 및 효과분석을 통해 앞으로의 개선방향 및 적합한 정책운영 방향을 제시하게 된다(양정호, ‘교육평가용어사전’, 2004).

2. 이러한 정책연구는 주로 사회연구방법으로 접근하게 되고 사회현상을 실증적으로 분석하기 위한 양적 연구 방법과 그 사회현상에 담긴 의미를 파악하기 위한 질적 연구 방법을 사용하게 되는데, 사회과학의 연구과정에서는 연구자의 주관을 배제하는 것이 어려워 일반적인 연구방법의 틀이 사용된다 하더라도 세부적인 연구설계와 사회현상에 대한 해석은 연구자의 경험칙에 영향을 받게 되어 그 과정과 결론이 새로운 학술연구나 보완에 해당되는지 여부를 일반적인 영역에서 구분하는 것이 상당히 어려운 것으로 보이는바, 쟁점연구용역은 대부분 정책의 개발 또는 주요 정책현안에 대한 조사·연구 등을 목적으로 수행되어 그 연구과정에서 새로운 사회현상을 발견하거나 새로운 의미의 해석을 도출하는 등의 방법으로 발주기관의 정책수행을 뒷받침하는 내용으로 이루어져 이를 새로운 학술연구나 그 보완에 해당되는 연구용역에 해당되는 것으로 보는 것이 타당한 측면이 있다.

3. 처분청은 쟁점연구용역이 처분청이 제시한 판례 등에서 말하는 ‘새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론‧방법‧공법 또는 공식 등의 연구용역 및 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정‧보완하기 위한 연구용역 등’에 왜 해당되지 않는지에 대하여 구체적인 근거를 제시하지 못하고 있다.

4. 또한, 쟁점괄호규정이 한시적으로 도입되었음에도 산학협력단이 제공하는 연구용역 중 학술논문에 게재되는 등 그 학술적 가치를 인정받은 연구용역으로만 면세대상을 한정하는 것은 산학연협력을 촉진하여 산업발전에 필요한 새로운 지식‧기술을 개발‧보급‧확산‧사업화함으로써 지역사회와 국가의 발전에 이바지함을 목적으로 하는 산학협력단의 설립 취지와 산학협력 활성화라는 쟁점괄호규정의 입법취지를 무의미하게 만들 수 있는 측면도 있다. (다) 따라서, 처분청이 청구법인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정된 것) 제12조(면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

14. 저술가·작곡가나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자가 직업상 제공하는 인적(人的) 용역

17. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 부가가치세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22578호로 개정된 것) 제35조(인적용역의 범위) 법 제12조 제1항 제14호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(여러 개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각 호에 규정하는 용역으로 한다.

2. 개인·법인 또는 법인격 없는 사단·재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음에 규정하는 인적용역 (라) 기획재정부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역 제37조(종교·자선·학술·구호단체등이 공급하는 재화등의 범위) 법 제12조 제1항 제17호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제12조 각 호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역 1의2. 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역(｢산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률｣에 따라 설립된 산학협력단이 제공하는 연구용역의 경우에는 2013년 12월 31일까지 제공하는 것에 한정한다) (4) 부가가치세법 시행규칙(2013.6.28. 기획재정부령 제355호로 개정되기 전의 것) 제11조의3(인적용역의 범위) ③ 영 제35조 제2호 라목에서 "재정경제부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역"이라 함은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다. 제11조의5(종교·자선·학술·구호단체 등의 범위) ① 영 제37조 제1호에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교·자선·학술·구호·사회복지·교육·문화·예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.

(5) 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 제1조(목적) 이 법은 산업교육을 진흥하고 산학연협력(産學硏協力)을 촉진하여 교육과 연구의 연계를 기반으로 산업사회의 요구에 따르는 창의적인 산업인력을 양성하며, 효율적인 연구개발체제를 구축하고, 나아가 산업발전에 필요한 새로운 지식·기술을 개발·보급·확산·사업화함으로써 지역사회와 국가의 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 제24조(산학연협력계약) ① 산업교육기관의 장은 국가, 지방자치단체, 연구기관 및 산업체등과 산학연협력에 관한 계약(이하 "산학연협력계약"이라 한다)을 체결할 수 있다.

② 제25조에 따라 산학협력단이 설립된 경우에는 제1항에도 불구하고 산학협력단의 단장이 산학연협력계약을 체결할 수 있다. 이 경우 산학협력단의 단장은 산업교육기관의 장의 산학연협력계약에 관한 권한을 위임받은 것으로 본다. 제25조(산학협력단의 설립·운영) ① 대학은 학교규칙으로 정하는 바에 따라 대학에 산학연협력에 관한 업무를 관장하는 조직(이하 "산학협력단"이라 한다)을 둘 수 있다.