쟁점직원들의 인건비가 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2007.4.2. 개업하여 소프트웨어 제작‧공급업을 영위하는 법인으로, 2012∼2014사업연도 법인세 신고시 직원 김OOO 외 14명(이하 “쟁점직원들”이라 한다)을 기업부설연구소의 직원들로 하여 해당 인건비 합계 OOO원에 대하여조세특례제한법제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제를 적용하였다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.11.5.부터2016.1.13.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여 쟁점직원들이 타부서의 업무를 겸직하거나 타부서에서 근무한 사실을 확인한 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점직원들의 인건비가 연구·인력개발비에 해당하지 아니하는 것으로 보아 세액공제의 적용을 배제하는 등 하여 2016.4.12. 청구법인에게 법인세 2012사업연도분 OOO원, 2013사업연도분 OOO원 및 2014사업연도분 OOO원을 각 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.7.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 중소기업청이 주관하는 혁신기술개발지원사업체로 선정되는 등 자체개발능력이 있는 IT업체로, 신기술에 대한 연구·개발은 기존에 구축된 시스템의 문제를 해결하고 업그레이드하는 기술개선을 바탕으로 하므로 기존 사용자인 고객과의 피드백은 필수 전제조건이고, 타부서와 기업부설연구소는 유기체적인 밀접한 업무관련성이 있음에도 처분청은 이러한 특성을 무시한 채 조직도, 인사발령장 등을 근거로 쟁점직원들이 타부서 업무를 겸직한 것으로 보고 있으나, 쟁점직원들은 솔류션 개발자으로서 연구개발의 기초가 되는 기존 시스템의 장애접수, 기능개선 및 기능추가 요구에 대한 접수 업무를 수행하는 점,기술개발촉진법제2조 제1호에서 기술개발을 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료·제품·장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동으로 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함하는 것으로 정의하고 있는 점, 기존 시스템에 대한 기능개선, 장애사항에 대한 접수 및 이를 기반으로 한 연구·개발 및 그 타당성 점검과정 또한 연구개발 활동인 점, 쟁점직원들이 타부서 소속으로 되어있는 것은 우선 현업부서에서 업무를 시작한 후 연구소로 차출하는 것으로 기존 인사규정, 호칭·직급문제 등의 사유로 형식적으로 처리되어 있는 것에 불과한 점, 청구법인은 실제로 겸직하는 직원은 제외하고 연구·인력개발비를 적용한 점, 조사과정에서 충분한 소명기회를 주지 아니한 점 등에 비추어 쟁점직원들의 인건비에 대하여 연구·인력개발비 세액공제를 부인한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 연구전담부서에서 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 연구·인력개발비 세액공제가 적용되는 것인바, 조사청이 2015.11.5. 청구법인을 현장확인하였을 때, ‘R&D센터(기업부설연구서)’라는 별도의 방이 있었으나 다른 부서와 달리 컴퓨터 등 전산장비가 구비되어 있지 아니하였고 근무하는 직원도 전혀 없었던 점, 세무조사 과정에서 예치한 청구법인의 인사관리 서류 등을 보면, 2011.1.25.자 조직도에는 기업부설연구소 소속직원이 없고, 2013.6.1.자 조직도에는 쟁점직원들이 기업부설연구소와 타부서에 동시에 기재되어 있는 점, 인사·보직 발령문, 인사발령에 따른 사령장, 직원관리 문서에 쟁점직원들은 기업부설연구소가 아니라 타부서에 소속된 것으로 기재된 점, 쟁점직원들이 근무한 ‘OOO사업부’, ‘OOO사업부’ 등은 모두 IT시스템 구축을 위한 컨설팅 업무, 개발 업무, 유지보수 업무를 수행하고 있고 이는 매출활동과 관련하여 통상적이고 부수적으로 발생되는 업무인 점, 청구법인이 제출한 조직도, 재직증명서 등은 조사청이 예치한 서류와 달리 발급번호가 없는 등 기업부설연구소 신고를 위한 형식적인 서류에 불과한 점, 쟁점직원들이 사용한 경비는 기업부설연구소이 아닌 타부서의 경비로 회계처리된 사실이 전산자료에서 확인되는 점, 청구법인도 과세전적부심사 과정에서 쟁점직원들이 타부서에 소속되어 연구·개발 활동에만 전념하지 아니하였다고 진술한 점 등에 비추어 쟁점직원들은 타부서에서 업무를 수행하거나 겸직하였으므로 쟁점직원들의 인건비에 대해 연구·인력개발비 세액공제를 부인한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점직원들의 인건비가 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되는지 여부
• 나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제9조【연구·인력개발준비금의 손금산입】⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. 제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구·인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액(이하 생략) (2) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것) 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.(단서 및 각 호 생략) [별표 6] 연구‧인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련) 구분 비용

• 가. 자체연구개발

1. 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원 (다만, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다. (이하 생략)

(생략) (3) 조세특례제한법 시행규칙(2015.2.13. 기획재정부령 제460호로 개정되기 전의 것) 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법제18조 제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 “연구개발서비스업”이라 한다)을 말한다.

1. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 “기획재정부령으로 정하는 자”란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.(각 호 생략)

(4) 과학기술부 고시 제2003-10호 ② “연구소·전담부서 및 영리영구법인의 직원”(이하 “연구소직원”이라 한다)이라함은 다음 각 호의 자를 말한다.

연구소·전담부서 및 영리연구법인의 연구개발활동과 관련된 분야를 전공하고 연구개발과제를 직접 수행하며 연구업무 이외의 다른 업무를 겸하지 않는 자를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 답변서 등의 심리자료에 따르면, 청구법인은 2010년 1월 소프트웨어연구소를 설립하여 같은 해 3월기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률에 따라 OOO로부터 기업부설연구소로 최초 인정받았고, 쟁점직원들 및 연구·인력개발비 세액공제의 대상으로 처리한 쟁점직원들의 인건비 내역은 아래 <표1>과 같이 나타난다. <표1>

(2) 처분청은 기업부설연구소 소속 직원 중에서 타부서로 겸직되지 아니한 것으로 확인된 김OOO을 제외하고 나머지 쟁점직원들은 전담직원이 아니거나 실제 연구활동을 하지 아니한 것으로 보아 연구·인력개발비 세액공제의 적용을 배제하고 접대비 및 업무무관경비를 손금불산입하여 법인세를 과세한 사실이 법인세 경정결의서 등에서 확인된다.

(3) 조사청이 청구법인에 대한 세무조사 과정에서 예치한 서류를 확인한 결과 조직도상의 쟁점직원들의 실제 소속부서는 아래 <표2>와 같고, 사업부서별 손익계산서상 쟁점직원들이 사용한 경비는 기업부설연구소가 아닌 소속부서의 경비로 아래 <표3>과 같이 회계처리되었으며, 재직증명서에는 이OOO이 2013.6.25.자 OOO팀 부장으로, 장OOO이 2013.7.8.자 OOO팀 차장으로, 이OOO가 2013.3.7.자 OOO팀 대리으로 되어 있는 등 쟁점직원들의 실제 소속은 타부서로 조사되었다고 답변서에서 나타난다. <표2> <표3>

(4) 청구법인은 2012.3.1.부터 2014.10.31.까지 진행된 OOO연구의 개발내용이 OOO로 기재된 내역을 포함한 연구개발 리스트, 아래 <표4>와 같은 조직도 등을 제출하였다. <표4>

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점직원들의 인건비가 연구·인력개발비에 대한 세액공제의 대상이라고 주장하나, 조사청이 청구법인의 기업부설연구소를 현장확인한 결과 직원·설비가 없었던 것으로 나타났고, 조직도 및 인사서류 뿐만 아니라 경비 사용내역 등에서 쟁점직원들이 타부서 소속인 것으로 조사된 점, 청구법인의 기업부설연구소에서 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 해당하는 연구개발이 있었고 쟁점직원들이 연구개발을 전담하였다는 주장을 확인할 입증자료가 제출되지 아니한 점 등에 비추어 쟁점직원들의 인건비에 대하여조세특례제한법제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제 적용을 배제하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.