당초처분과 이 건 처분의 세액(본세)이 동일하고 청구법인은 당초처분에 따른 추징세액을 정상적으로 납부한 후 불복을 제기하여 취소결정을 받은 것이라 그 결정이 없었다면 당초처분의 다음날부터 납부불성실가산세가 발생할 여지가 없었던 점 등에 비추어 이 건 납부불성실 가산세 처분을 제외하는 것으로 하여 그 세액을 경정함이 타당함
당초처분과 이 건 처분의 세액(본세)이 동일하고 청구법인은 당초처분에 따른 추징세액을 정상적으로 납부한 후 불복을 제기하여 취소결정을 받은 것이라 그 결정이 없었다면 당초처분의 다음날부터 납부불성실가산세가 발생할 여지가 없었던 점 등에 비추어 이 건 납부불성실 가산세 처분을 제외하는 것으로 하여 그 세액을 경정함이 타당함
OOO장이 2016.5.11. 청구법인에게 한 2013사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 납부불성실가산세 OOO을 제외하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 처분은 심판결정(재결)의 기속력에 반하는 처분으로 당연 무효이다. (가) 처분청은 조세심판원이 당초처분을 취소하는 결정을 하였음에도 당초처분과 동일한 내용의 이 건 처분을 하였는바, 당초처분과 이 건 처분의 처분사유로 조특법 제6조 제2항의 감면요건에 해당하지 아니한다는 점을 제시하고 있으며, 다만 당초처분은 감면대상 중소기업에 해당하지 아니함을 이유로, 이 건 처분은 청구법인이 2009사업연도부터 2013사업연도까지 5개사업연도 기간 동안 조특법 제6조 제2항에 따라 세액감면을 받았으나 2013사업연도는 감면기간(4년) 도과함을 이유로 제시하고 있다. (나) 조특법 제6조 제2항은 창업벤처중소기업일 것과 창업벤처중소기업으로 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당사업에서 발생한 소득일 것을 감면요건으로 하고 있는바, 이는 별개의 사유가 아니라 기본적 사실관계에 있어 동일한 각각의 측면이라 할 것이다. 왜냐하면, 감면기간이 도과된 경우에는 결국 중소기업에 해당하지 아니한 것으로 본 것이므로 기본적으로는 중소기업인지 여부에 대한 동일한 요건이라고 할 수 있기 때문이다. (다) 또한, 청구법인은 2008.6.25. 설립 이후 2009사업연도부터 2013사업연도까지 5년간 조특법 제6조 제2항에 따른 창업벤처중소기업에 해당하는 것으로 하여 감면 받은 사실에 대하여 처분청에 숨긴 바가 없을 뿐 아니라 조세심판원에 제출한 당초처분에 대한 불복이유서에도 명기하였고 조세심판원도 이런 사실을 인지하면서 당초처분을 취소하는 결정을 한 것이다. (라) 그렇다면, 재결의 기속력에 대한 대법원 및 조세심판원의 태도에 비추어 볼 때, 재결에 의해 취소된 당초처분과 동일한 법률 규정에 근거하여 당초처분에서 위법하다고 본 사유와 기본적 사실관계에 있어 동일하고 매우 밀접한 관련이 있는 사유일 뿐만 아니라 당초처분과 관련하여 처분청과 조세심판원 모두 인지하고 있었던 사유를 기초로 과세한 이 건 처분은 심판결정의 기속력에 반한다.
(2) 과세처분 취소의 심리대상과 관련하여 판례상 확립된 총액주의에 의할 때도 이 건 처분은 위법하다. (가) 대법원이 확고하게 정립하고 있는 총액주의 이론에 따라 과세관청은 과세처분의 취소소송의 사실심 변론종결시까지 부과처분의 적법성 사실(과세요건)을 얼마든지 추가 또는 변경할 수 있으므로 확정판결에 의하여 취소된 과세처분을 확정판결 이전의 사유를 들어 재처분할 수 없는 것이고, 이와 마찬가지로 과세관청은 과세처분의 취소를 구하는 조세심판에서도 부과처분의 적법성 사실(과세요건)을 얼마든지 추가 또는 변경할 수 있으므로 취소 결정에 의하여 취소된 과세처분을 재결 이전의 사유를 들어 재처분할 수는 없다. (나) 조세심판원의 결정에 의해 취소된 당초처분과 동일한 내용의 이 건 처분은 위법하다. 감면기간 도과는 당초처분에 대한 조세심판과정에서도 처분청이 얼마든지 주장할 수 있었던 공격방어방법일 뿐만 아니라 실제 감면기간 관련 자료는 모두 제출되었던 상황이었으며, 또한 조세심판원은 청구법인이 2008.6.25. 설립된 이후 2009사업연도부터 2013사업연도까지 5년간 조특법 제6조 제2항에 따른 창업벤처중소기업에 해당하여 감면적용 받은 것을 전제하고 2013사업연도에도 감면대상에 해당한다는 이유로 당초처분을 취소하는 결정을 하였다.
(3) 만약 조세심판원이 이 건 처분을 적법하다 본다면 이는 재결의 불가변력에 반한다. (가) 조세심판원의 취소 결정은 행정처분이기는 하나 본질상 쟁송절차를 통한 준재판이라 할 수 있으므로 재결은 일반 행정처분과는 달리 재심 기타 특별한 규정이 없는 한 설령 하자가 있더라도 재결청이 스스로 취소․변경할 수 없고(대법원 1965.4.22. 선고 63누200 판결 참조), 그에 어긋나는 어떤 결정이나 처분을 할 수 없게 된다(대법원 1972.2.29. 선고 71누110 판결 참조). (나) 당초처분과 이 건 처분은 납세의무자, 과세연도와 세목, 세액, 근거규정 및 처분사유까지 같은 동일한 내용의 처분이므로 당초처분이 위법하다고 결정한 조세심판원이 이 건 처분을 적법하다고 한다면 재결의 불가변력에 반하는 결정이라 할 수 있다.
(4) 2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 조특법(이하 “개정 조특법”이라 한다) 부칙 제4조에 따르더라도 2013사업연도에도 청구법인은 감면대상인 창업벤처중소기업에 해당한다. (가) 개정 조특법 부칙 제4조는 ‘제6조의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 창업, 지정 또는 확인받는 분부터 적용한다’고 규정하고 있는바, 청구법인은 2013.1.1. 이후에도 벤처기업으로 확인을 받은 사실이 있으므로 개정 조특법은 당연히 청구법인에게도 적용이 되어야 한다. (나) 개정 조특법이 청구법인과 같이 기존 창업중소기업에 대하여 개정 규정적용을 배제하고 2013.1.1. 이후 최초로 창업중소기업으로 지정 받거나 확인받는 법인에 대하여만 적용하고자 하였다면 조특법 제6조 본문을 비롯하여 일반적인 적용례 규정을 감안할 때 ‘2013년 1월 1일 이후 최초로 창업, 지정 또는 확인받는 분부터 적용한다’고 규정을 하였을 것이다. 왜냐하면 청구법인과 같은 창업중소기업은 벤처기업 확인을 최초로 받은 이후 계속 그 자격을 유지하는 것이 아니라 일정기간을 정하여 재차 확인 받으므로 개정 조특법 제6조와 같은 개정 규정적용을 기존 창업중소기업에 적용 배제하고자 한다면 당연히 ‘최초로’ 확인받는 분부터 적용하는 것으로 규정할 것이기 때문이다.
(5) 설령, 이 건 처분이 적법하다 하더라도 가산세는 취소되어야 한다. 당초처분에 대한 불복과정에서 이 건 처분의 근거가 되는 사실이 심리되었음에도 당초처분이 위법하여 취소한다는 결정이 내려진 점, 당초처분과 이 건 처분의 법인세액이 동일하고 당초처분에 대하여 청구법인에게 부과된 세액을 모두 납부한 후 불복을 제기한 점에 비추어 보면 당초처분에 대한 취소 결정이 없었다면 당초처분 다음날부터 가산세가 발생할 여지도 없었던 점, 당초처분의 취소로 청구법인이 환급가산금을 수령하였으나 가산세액에 비해 현저히 적은 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 당초처분의 취소 결정이 있은 이후 이 건 처분과 관련한 납세의무를 이행할 것을 기대하는 것은 무리이므로 청구법인이 이 건 처분과 관련한 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다 할 것이다.
(1) 청구법인은 당초처분에 대해 조세심판원의 결정에 따라 부과취소를 하였고, 이후 특별한 새로운 사실 없이 감면요건의 미충족을 사유로 다시 과세한 이 건 처분은 심판결정의 기속력을 위배한 것이라고 주장하나, (가) 당초처분에 대한 심판결정서(조심 2014서5039, 2015.2.25.)를 살펴보면, 처분청은 청구법인이 관계기업에 해당하고 조특법 시행령 제2조를 적용하면 합산 매출액 규모가 OOO을 초과하여 중소기업에 해당되지 않는다는 의견이었고, 이에 대해 조세심판원은 중소기업 여부에 대한 판단은 조특법 시행령 제2조가 아닌 중소기업기본법 시행령제3조 및 제3조의3을 적용하여야 하며 이를 적용하면 청구법인은 중소기업에 해당한다고 판단하여 당초처분에 대해 취소결정을 하였다. 즉, 당시 쟁점은 청구법인이 중소기업에 해당하는지 여부이었는바, 이 건 처분은 청구법인을 중소기업으로 보지 아니한 심판결정에 대한 재처분이 아니라 감면기간이 도과한 사실을 확인하여 쟁점세액감면을 배제한 새로운 처분이다. (나) 이 건 처분의 경우, 청구법인은 2012.1.25. 피합병법인을 합병하고 피합병법인의 사업을 승계하여 승계한 사업으로부터 발생한 소득에 대한 쟁점세액감면을 적용하였고, 피합병법인은 2009.10.19. 벤처확인을 받았으며, 2009사업연도에 소득이 발생하여 2009사업연도와 2010사업연도～2012사업연도가 감면기간에 해당하나, 감면기간을 경과하여 2013사업연도에도 쟁점세액감면을 적용하였으므로 이를 배제하여 법인세를 부과한 처분이므로, 같은 감면요건에 대해 심판결정의 기속력을 위반한 처분이 아니라 새로운 과세사유인 감면기간을 검토 하여 부과한 처분으로 심판결정의 기속력을 위배한 것으로 볼 수 없다. (다) 또한, 조세심판원의 당초처분에 대한 심판결정은 쟁점세액감면 요건 중 하나인 중소기업 해당여부에 대한 판단일 뿐 중소기업 여부를 판단하면서 감면기간 경과 등 다른 요건까지 모두 검토하여 청구법인의 쟁점세액감면을 적용하는 것이 정당하다는 결정은 아니었던 것으로 보인다.
(2) 청구법인은 2013.1.1. 이후에도 벤처기업으로 확인을 받은 사실이 있으므로 개정 조항을 적용하여 2013사업연도에도 쟁점세액감면을 적용할 수 있다고 주장하나, 쟁점세액감면은 창업 후 3년 이내에 벤처기업으로 확인받은 기업에 한하여 벤처기업 확인시 시행하는 법률을 적용하는 것으로 청구법인의 벤처기업 확인일(2009.10.19.) 당시의 법률(벤처기업 확인 후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일로부터 3년)을 적용하여야 하는 것이고, 이후의 벤처기업 확인은 벤처기업의 자격을 유지하여 쟁점세액감면을 적용하는데 필요한 절차일 뿐이며, 또한 청구법인은 2013년도 중에는 벤처기업 확인을 받은 사실도 없으므로 청구법인의 주장은 설득력이 없다.
(3) 청구법인은 당초 처분에 대한 조세심판원의 취소결정을 한 경우에 당초처분을 한 다음날로부터 새로운 처분을 한 날까지 납세의무 이행을 기대하는 것은 무리이므로 가산세 경감사유에 해당한다고 주장하나, 당초처분과 이 건 처분은 중소기업 미해당(당초처분)과 감면기간 경과(이 건 처분)로 그 처분사유가 다르고, 감면기간 경과는 당초처분에 대한 조세심판 심리과정에서 검토되지 않았던 사항으로, 당초처분은 그 처분에 대한 심판결정에 따른 부과처분 취소로써 종결된 건이고 이 건 처분은 새로운 과세사유가 발견되어 행한 새로운 과세처분이므로 가산세 감경사유에 해당한다는 청구주장은 설득력이 없어 보인다.
① (주위적 청구) 이 건 처분은 심판결정의 기속력을 위배한 처분이라는 청구주장의 당부
② (예비적 청구) 가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 조세특례제한법 (가) 2009.5.22., 법률 제9708호로 개정된 것(시행일 2009.8.23.): 최초 쟁점세액감면 적용당시(2009사업연도)의 법률 제6조(창업중소기업등에 대한 세액감면) ① 2009년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 중소기업창업 지원법제6조 제1항의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득 에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한
③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 영위하는 중소기업으로 한다.
6. 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다)
④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다.
1. 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우. (단서 생략) (나) 2013.1.1., 법률 제11614호로 개정된 것(시행일 2013.1.1.): 청구법인 주장과 관련한 법률 제6조(창업중소기업등에 대한 세액감면) ② 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2015년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다. 부칙 <법률 제11614호, 2013.1.1.> 제1조(시행일) 이 법은 2013년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. 제4조(창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제6조의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 창업, 지정 또는 확인받는 분부터 적용한다.
(2) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 제80조(결정의 효력) ① 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속(羈束)한다.
② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 처분청이 청구법인에게 한 당초처분과 이 건 처분은 다음과 같다. (나) 법인 등기사항전부증명서 및 중소기업청장의 벤처기업 확인여부 조회요청 회신자료(OOO, 2015.9.25.)를 보면, 청구법인은 2008.6.25. ‘주식회사 OOO’라는 상호로 설립(경영컨설팅업 등)하여 2012.1.25. ‘주식회사 OOO’(피합병법인, 영화 배급업 등)를 흡수합병하고 상호를 피합병법인의 상호인 ‘주식회사 OOO’로 변경하였다. (다) 청구법인의 쟁점세액감면 신고(감면)내역은 다음과 같다. (라) 당초처분과 관련하여, 청구법인이 제기한 심판청구에 대한 우리 원의 심판결정서(조심 2014서5039, 2015.2.25.)를 보면, 쟁점인 ‘청구법인이 조세특례제한법제6조 제2항의 창업벤처중소기업에 해당하는지 여부’에 대하여 다음과 같은 판단내용이 기재되어 있다.
1. 조특법 제6조 제2항에 의하면, 창업벤처중소기업에 대한 세액감면대상을 “벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업”이라고 규정하면서, 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제5조 제4항에서는 대통령령이 정하는 기업을 “벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업”이라고 규정하고 있고, 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조의2에서 벤처기업의 요건을 충족하기 위해서는 중기법 제2조에 따른 중소기업으로 규정하고 있다.
2. 처분청이 이 건 처분의 근거법령으로 한 조특령 제2조에 의한 중소기업 범위에 관한 규정은 조특법 제5조에 의한 중소기업 투자 세액공제 규정에서 위임된 조항으로서 이 건 조특법 제6조에 의한 창업벤처중소기업에 대한 세액감면에는 원용할 수 없어 보인다. 즉, 조특법 제6조에 의한 창업벤처중소기업의 세액감면 규정을 적용하기 위해서는 조특령 제5조 제4항에 따라 벤처기업의 요건을 충족하여야 하고, 그 요건을 충족하려면 중기법 제2조에 따른 중소기업이어야 할 것이다.
3. 그렇다면, 중기법 제2조의 위임을 받은 중기령 제3조 및 제3조의3에 따라 중소기업 해당 여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수, 매출액, 자기자본, 자산총액을 기준으로 하여야 하는바, 이 건 과세연도(2013사업연도)의 직전 사업연도인 2012사업연도의 매출액 등을 기준으로 판단해 보면 청구법인은 물론 관계기업을 합산한다 하더라도 매출액 OOO을 초과하지 아니하므로 ‘창업벤처 중소기업’에 해당한다 할 것이다. 따라서 처분청이 청구법인에 대하여 조특법 제6조 제2항에 의한 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 규정을 적용하면서 조특령 제2조에 의한 중소기업의 범위를 원용하여 창업벤처중소기업에 해당하지 아니한 것으로 보아 과세한 이 건 처분에는 잘못이 있다. (마) 이 건 처분과 관련하여, OOO장이 처분청에 통보한 감사결과 시정지시사항은 다음과 같다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 재결의 기속력은 원칙적으로 주문에 국한하여 미치는 것이고 부과처분을 취소하는 재결이 있는 경우 처분청은 재결의 취지에 반하지 아니하는 이상 적시한 위법사유를 시정․보완하여 새로이 정당한 조세를 부과할 수 있고 이러한 처분은 재결의 기속력에 저촉되지 아니한다 할 것인바, 당초처분은 조특법 제6조 제2항에 의한 창업벤처중소기업 세액감면의 요건 중 매출액 기준으로 ‘중소기업’에 해당하지 아니하는 것으로 보아 과세한 것으로 우리 원은 ‘중소기업’에 해당하는 것으로 보아 취소를 결정하였으나, 이 건 처분은 당초처분과는 다른 새로운 과세사유, 즉 쟁점세액감면 요건 중 감면기한 도과를 이유로 한 것이므로 심판결정의 기속력을 위배하였다고 보기는 어렵다 하겠다. 한편, 쟁점세액감면은 청구법인의 벤처기업 확인일(2009.10.19.) 당시의 조특법(2009.5.22., 법률 제9708호로 개정된 것) 제6조 제2항에 따라 창업 후 3년 이내에 벤처기업으로 확인받은 기업에 한하여 그 후 최초로 소득이 발생한 과세연도(2009사업연도)와 그 다음 과세연도 개시일부터 3년을 한도(2010～2012사업연도)로 적용된다 할 것이므로 개정 조특법 제6조 제2항에 근거하여 2013사업연도에도 쟁점세액감면이 적용된다는 청구법인의 주장은 적법하지 아니한 것으로 판단된다.
(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 당초처분과 이 건 처분의 세액(본세)이 동일하고 청구법인은 당초처분에 따른 추징세액을 정상적으로 납부한 후 불복을 제기하여 취소결정을 받은 것이라 그 결정이 없었다면 당초처분의 다음날부터 납부불성실가산세가 발생할 여지가 없었던 점, 당초처분의 취소로 청구법인이 환급가산금을 수령하였으나 가산세액에 비해 현저히 적을 뿐만 아니라 양자를 동일하게 볼 수도 없는 점 등에 비추어 당초처분을 한 다음날부터 이 건 처분에 대한 납세고지를 한 날까지의 기간 중에는 청구법인에게 이 건 처분과 관련한 납세의무의 이행을 기대하기가 어렵다 할 것이므로 납부불성실가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.