쟁점토지는 비사업용토지에 해당하여 장기보유특별공제를 적용하지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997.11.26. OOO로부터 종합의료시설용지인 OOO(약 1,950평, 이하 “쟁점토지라 한다)를 취득한 후 2015.4.14. OOO에게 양도OOO하였다. 이후 청구인은 2015.6.30. 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 보고, 양도차익 OOO원OOO에서 장기보유특별공제 OOO원(양도차익의 100분의 30 상당액, 이하 “이 건 장기보유특별공제”라 한다)을 차감하여 쟁점토지에 대한 양도소득세 예정신고ㆍ납부(이하 “당초 신고”라 한다)를 하였다.
• 나. 국세청장(이하 “감사관서”라 한다)은 2015년 12월 처분청에 대한 종합감사를 실시하였다. 그 결과, 청구인이 당초 병원용지로 쟁점토지를 취득하여 1998.1.1

4. 병원 건물의 건축허가(이하 “1차 건축허가”라 한다)를 받았으나 같은 연도 중 취소되었다가, 2004.7.3. 다시 같은 내용의 건축허가(이하 “2 차 건축허가”라 하고, 1차 건축허가와 합하여 “이 건 건축허가들”이라 한다)를 받았으나, 2010.5.4. 병원신축공사(이하 “이 건 신축공사”라 한다)의 착수 지연 등을 이유로 2차 건축허가도 취소된 채, 2015.4.14. 나대지 상태로 양도하였는바, 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하여 이 건 장기보유특별공제의 적용 대상이 아니라고 보고, 처분청에 이 를 배제하여 당초 신고를 경정하라는 감사지적(시정)을 하였다. 처분청은 이에 따라 2016.6.15. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득 세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다.

• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.8.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 쟁점토지는 사업용 토지로 보는 기간기준을 충족하였다. 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 은 지상에 건축물이 장착 되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지는 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간은 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정하고 있다. 청구인은 1997.11.26. 쟁점토지를 나대지인 상태로 취득한 후 1998.1.14. 1차 건축허가를 받아 병원건물의 건축 중에 있었으나, 우리 나라가 국제금융기구(IMF)의 금융지원을 받았던 금융위기를 맞게 되 어 이 건 신축공사가 지연되는 상황이 반복되다가, 2010.5.4. 관할 지방자치단체인 OOO로부터 이 건 건축허가들의 취소 처분을 받았다. 결국, 쟁점토지의 지상에 병원건물을 준공하지 못한 상태에서 쟁점토지를 양도하게 된 것이다. 청구인은 쟁점토지를 1997.11.26.～2015.4.14. 기간 중 보유(6,348일간 보유, 약 17년 5개월)하였고, 이 중 취득일부터 2년(730일)과 건축허가를 받아 착공을 시작한 1998.1.14.부터 이 건 신축공사가 중단된 2010.5.4.까지의 기간인 3,812일(위 취득일～2년 기간과 중복되는 681일 제외)을 합하면, 4,542일(약 14년 4개월에 해당하고, 당초 청구이유서상 기간계산시 중복기간을 제외하였으며, 이하 “쟁점기간”이라 한다)이 되며, 쟁점기간에는 쟁점토지를 비사업용 토지로 볼 수 없다. 결국, 소득세법 제104조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제168조의6 제1호 다목에 따른 비사업용 토지로 보지 아니하는 기간기준은 보유기간 중 40%이고, 이를 반대해석하면 사업용 토지로 보는 기간기준은 보유기간 중 60%(이하 “이 건 기간기준”이라 한다)인바, 쟁점기간은 쟁점토지의 보유기간 대비 71.6%에 해당하므로 이 건 기간기준을 충족한다. (2) 따라서, 쟁점토지에 대한 양도소득금액을 계산할 때 이 건 장기보유특별공제를 적용하여야 함에도, 이를 배제하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 이 건 신축공사를 진행하였다고 볼 수 없어, 쟁점토지를 사업용 토지로 볼 수 없다. 감사관서는 이 건 건축허가들의 관할 관청인 OOO에 공문으로 요청하여 확인한 바에 의하면, 1차 건축허가가 1998.1.14. 있었으나 같은 연도(OOO는 취소된 날은 확인할 수 없다고 회신함)에 취소되었다. 이후, 2차 건축허가가 2004.7.30. 있었으나, OOO는 2006.6.26. 청구인에게 이 건 신축공사의 진행을 촉구하는 공문(그간 동 공사 관련 행정지도를 하였으나 이 건 신축공사가 원활히 이루어지지 않아 향후 동 공사의 진행 상태를 확인하여 동 건축허가의 취소 등 조치를 하겠다는 내용) 발송을 거쳐, 2010.5.4. 동 건축허가를 취소하였다. 또한, 2000년ㆍ2006년 및 2012년 각 쟁점토지를 촬영한 항공사진을 살펴보면, 이 건 신축공사의 진행 내역이 나타나지 아니한다. 이를 종합하면, 쟁점기간 동안 이 건 신축공사를 진행하였다는 청구주장은 이유 없다. (2) 설사, 청구인이 이 건 신축공사를 진행하였다고 하더라도, 쟁점토지는 이 건 기간기준을 충족하지 못한다. OOO의 쟁점토지에 대한 재산세 등 부과 내역을 살펴보면, 쟁점토지는 1998년～2004년 기간 중 전체 면적(6,448.3㎡)에 대해 종합합산토지로, 2005년～2007년 기간 중 전체 면적 중 일부(3,733,6㎡)에 대해 별도합산토지ㆍ나머지 면적(2,714.7㎡)에 대해 종합합산토지로, 2008년ㆍ2009년에는 전체 면적에 대해 별도합산 토지로, 2010년～2014년 기간 중 전체 면적에 대해 종합합산토지로 각 분류되어 재산세가 부과되었음이 나타난다. 지방세법상 사업용 토지의 경우 별도합산토지(저율의 세율 적용)로, 나대지 등 비사업용토지의 경우 종합합산토지(고율의 세율 적용)로 분류되는바, 쟁점토지에 대한 재산세의 관할 지방자치단체인 OOO도 쟁점토지의 보유기간 대부분 비사업용토지로 보아 재산세를 과세하였음이 입증된다. 또한, 청구인이 2차 건축허가일～그 취소일 기간(약 7년 10개월, 이하 “2차 건축허가 유지기간”이라 한다) 중 이 건 신축공사를 진행하였다고 하더라도, 2차 건축허가 유지기간은 쟁점토지의 보유기간 대비 44.6%에 불과하여 이 건 기간기준(60%)을 충족하지 못한다. (3) 따라서, 처분청이 쟁점토지를 비사업용토지로 보고, 이 건 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 적법ㆍ정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 보유기간 중 사업용 건물 신축기간이 사업용 토지로 보는 기간기준을 충족하였으므로 쟁점토지를 사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 감사관서의 감사자료, 결의서 등의 심리자료를 살펴보면, 아래와 같이 이 건 과세처분 내역이 나타난다. (가) 감사관서는 아래와 같은 이유 및 증빙자료에 근거하여 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하여 쟁점토지의 양도소득금액 계산시 이 건 장기보유특별공제를 배제하여야 한다고 보았다. 1) 청구인은 쟁점토지를 사업용으로 사용하지 아니하였다(이유1). 가) 처분청이 OOO에 요청하여 회신받은 공문에 의하면, 청구인이 쟁점토지의 지상에서 이 건 신축공사를 하였는지 여부가 불분명하다. 또한, 2000년, 2006년, 2012년 및 2014년 각 촬영된 쟁점토지의 위성사진을 살펴보면, 이 건 신축공사가 진행된 내역이 나타나지 아니한다. 나) 이와 관련한 증빙자료 및 각 기재내역은 아래와 같다. ◯◯◯ 2) 설사, 이 건 신축공사가 진행되었다고 하더라도, 청구인은 쟁점토지의 보유기간 중 이 건 기간기준을 충족하지 못하였다(이유2).
• 가) 2차 건축허가 유지기간 중 이 건 신축공사를 하였다고 하더라도 2차 건축허가 유지기간은 쟁점토지의 보유기간 대비 44.6%에 불과하여 이 건 기간기준(60%)을 충족하지 못하였다. 쟁점토지에 대한 재산세 부과내역상 쟁점토지의 보유기간 대부분 비사업용토지로 분류되었다.
• 나) 이와 관련한 증빙자료로, 시행일이 2015.12.18.인 OOO의 공문서OOO에 첨부된 쟁점토지에 대한 재산세 등 부과내역의 내용을 살펴보면, OOO는 1998년～2014년 기간 중 쟁점토지에 대한 지방세 부과시, 쟁점토지를 아래와 같이 구분하였다. ◯◯◯ (나) 처분청은 감사관서로부터 (가) 기재와 같은 내용의 시정사항을 통지받고, 이에 따라 이 건 과세처분을 하였다. (2) 청구인이 이 건 과세처분과 관련한 과세전적부심사청구시 쟁점토지를 쟁점기간 중 사업용으로 사용하였다는 청구주장과 관련하여 제출한 OOO의 공문서OOO를 살펴보면, 아래와 같은 내용이 나타난다. 이 건 건축허가들의 내역은 아래와 같다OOO. ◯◯◯ (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, (가) 청구인은 쟁점기간(쟁점토지의 취득일인 1997.11.26.부터 2차 건축허가 취소일인 2010.5.4.까지의 기간) 동안 쟁점토지의 지상에 사업용 건물(병원)의 신축공사를 하는 방법으로 이를 사업용으로 사용하였는바, 쟁점기간이 쟁점토지의 보유기간(6,348일)의 100분의 60 이상에 해당하므로 쟁점토지에 대한 이 건 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장한다. (나) 그러나, 아래와 같은 이유로 쟁점토지의 지상에 사업용 건물의 신축공사를 착공하였다고 보기 어렵다.

1. 이 건 건축허가들 및 그 취소와 관련한 OOO의 공문서들을 살펴보면, 청구인이 받은 1차 건축허가(허가일: 1998.1.14.)는 같은 연도에 취소되었고, 2차 건축허가 유지기간(2004.7.3.～2010.5.4.) 중에도 쟁점토지의 지상에 사업용 건물인 병원의 신축공사의 착공을 지연하였다는 이유로 2차 건축허가의 취소처분을 받은 것으로 나타 난다. 또한, 처분청이 제출한 쟁점토지의 위성사진을 살펴보면, 청구인이 2000년～2014년 기간 중 쟁점토지의 지상에 건물을 신축하였거나 이를 진행한 흔적이 나타나지 아니한다.

2. 청구인은 쟁점토지의 지상에 사업용 건물의 신축공사를 하였음을 입증할 객관적인 증빙자료(관련 공사를 진행한 시공사와의 공사도급계약서 등)도 제출하지 아니하였다. (다) 그렇다면, 쟁점토지의 지상에 사업용 건물인 병원의 신축공사를 한 쟁점기간이 이 건 기간기준을 충족한다는 이유로 쟁점토지가 사업용 토지라는 청구주장은 받아들이기 어렵다. (라) 따라서, 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 쟁점토지의 양도소득금액 계산시 이 건 장기보유특별공제의 적용을 배제하고, 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관계 법령

(1) 소득세법(2014.12.23. 법률 제12852호로 일부개정된 것) 제95조[양도소득금액] ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득 한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하 는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1 에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (단서 생략) 표 1 ┌───────────┬─────┐ ┌───────────┬─────┐ │보유기간 │공제율 │ │보유기간 │공제율 │ ├───────────┼─────┤ ├───────────┼─────┤ │3년 이상 4년 이하 │100분의 1 0 │ │3년 이상 4년 이하 │100분의 24│ ├───────────┼─────┤ ├───────────┼─────┤ │4년 이상 5년 이하 │100분의 1 2 │ │4년 이상 5년 이하 │100분의 32│ ├───────────┼─────┤ ├───────────┼─────┤ │5년 이상 6년 이하 │100분의 1 5 │ │5년 이상 6년 이하 │100분의 40│ ├───────────┼─────┤ ├───────────┼─────┤ │6년 이상 7년 이하 │100분의 1 8 │ │6년 이상 7년 이하 │100분의 48│ ├───────────┼─────┤ ├───────────┼─────┤ │7년 이상 8년 이하 │100분의 2 1 │ │7년 이상 8년 이하 │100분의 56│ ├───────────┼─────┤ ├───────────┼─────┤ │8년 이상 9년 이하 │100분의 2 4 │ │8년 이상 9년 이하 │100분의 64│ ├───────────┼─────┤ ├───────────┼─────┤ │9년 이상 10년 이하 │100분의 27│ │9년 이상 10년 이하 │100분의 72│ ├───────────┼─────┤ ├───────────┼─────┤ │ 10년 이상 │ 100분의 3 0 │ │10년 이상 │100분의 80│ └───────────┴─────┘ ┘ 제104조의3[비사업용 토지의 범위] ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 나. 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
• 다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 토지로서 거주자의 거주 또는 사업과 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2) 소득세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26067호로 일부개정된 것) 제168조의6[비사업용 토지의 기간기준] 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해 당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제168조의14[부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하 는 토지의 판정기준 등] ① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보 아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 (3) 소득세법 시행규칙(2015.2.13. 기획재정부령 제459호로 일부개정된 것) 제83조의5[부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등] ① 영 제168조의14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. (단서 생략)

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득 일 부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원 의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중 단한 기간을 포함한다)

(4) 지방세법(2014.12.31. 법률 제12954호로 일부개정된 것) 제106조[과세대상의 구분 등] ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

• 가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

• 가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지
• 나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험·연구·검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토 지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

• 가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야
• 다. 제13조제5항에 따른 골프장(같은 항 각 호 외의 부분 후단은 적용하지 아니한다)용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 라. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호 에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지
• 마. 가목부터 라목까지의 토지와 유사한 토지 중 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지