「조세특례제한법」제40조의 “주주등의 자산양도에 관한 법인세 등 과세특례” 적용을 배제한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 본인인 소유의 OOO대 3,097.70㎡ 및 그 지상 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2013.5.15. OOO 주식회사에게 OOO원(부가가치세 포함)에 양도하고 2013.7.31. 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고를 하였다가, 쟁점부동산 양도대금 중 일부인 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 청구인이 대주주인 주식회사 OOO(이하 “쟁점출자법인들”이라 한다)에게 증여하여 쟁점출자법인들의 금융채무 상환에 사용하였으므로 청구인이 신고한 양도소득세 OOO원이 조세특례제한법 제40조 의 주주등의 자산양도에 관한 법인세 등 과세특례 규정에 따라 감면되어야 한다고 주장하면서 2016.3.8. 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 쟁점출자법인들이 쟁점금액을 자산수증익으로 처리하지 아니하고 대표자가수금 등으로 처리한 사실이 확인되므로 조세특례제한법 제40조 의 주주등의 자산양도에 관한 법인세 등 과세특례 요건을 충족하지 아니한다고 보아 2016.5.11. 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.8.5. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점부동산 양도대금 중 일부인 쟁점금액을 쟁점출자법인들에게 증여하였고, 쟁점출자법인들은 청구인이 쟁점금액을 쟁점출자법인들에게 입금한 날 바로 금융채무를 상환하였으며, 청구인은 쟁점금액을 반환받지 아니하였다. 따라서, 쟁점출자법인들이 쟁점금액을 자산수증익으로 처리하지 아니하고 대표자가수금으로 처리하였다고 하더라도 그 효과는 자산수증익으로 처리한 것과 차이가 없으므로 조세특례제한법 제40조 의 주주등의 자산양도에 관한 법인세 등 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세를 감면함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제40조 의 “주주등의 자산양도에 관한 법인세 등 과세특례”가 적용되기 위해서는 “주주등의 자산증여” 및 “법인의 채무상환”이 이루어져야 한다. 그런데, 청구인이 제출한 금융자료에 의하면 쟁점금액이 쟁점출자법인들의 계좌에 입금된 사실은 확인되나, 쟁점출자법인들의 감사보고서 등에 의하면 쟁점출자법인들은 쟁점금액을 자산수증익이 아니라 일부는 대표자차입금으로, 나머지는 대표자로부터 채권을 상환받은 것으로 계상한 사실이 확인되므로 “주주등의 자산증여”로 볼 수 없고, 따라서, 청구인의 경우 조세특례제한법 제40조 의 “주주등의 자산양도에 관한 법인세 등 과세특례”의 요건을 충족하지 못한 것이므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법 제40조 의 “주주등의 자산양도에 관한 법인세 등 과세특례” 적용을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점부동산 양도대금 중 OOO원(쟁점금액)을 쟁점출자법인들의 계좌에 입금하였다고 하면서 입금확인증 등을 제출하였는바, 이와 관련하여 처분청이 확인한 청구인의 쟁점금액 입금내역은 아래 <표1>과 같다. OOO

(2) 처분청은 쟁점출자법인들이 쟁점금액을 지급받은 후 일부는 대표자차입금으로, 나머지는 대표자로부터 채권을 상환받은 것으로 회계처리한 사실이 확인된다고 하면서 쟁점출자법인들의 감사보고서와 함께 다음과 같이 쟁점출자법인들의 회계처리 내용을 제출하였다. OOO

(3) 청구인은 쟁점금액을 쟁점출자법인들의 금융채무 상환에 사용하였다고 주장하면서 여신거래내역조회 등을 제출하였으나, 그 지급 및 채무상환이 재무구조개선계획에 따라 이루어진 것인지 여부는 확인되지 아니한다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가)조세특례제한법 제40조 의 “주주등의 자산양도에 관한 법인세 등 과세특례”가 적용되기 위해서는 재무구조개선계획에 따라 주주등의 자산증여 및 법인의 채무상환이 이루어져야 하겠다. (나) 쟁점금액은 쟁점출자법인들의 계좌에 입금된 사실이 확인되나 쟁점출자법인들의 감사보고서 등에 의하면 쟁점출자법인들이 쟁점금액을 자산수증익이 아니라 일부는 대표자차입금으로, 나머지는 대표자로부터 채권을 상환받은 것으로 계상한 사실이 나타나므로 이를 “주주등의 자산증여”로 볼 수 없는 것으로 보인다. (다) 또한, 청구인이 제시한 증빙만으로는 쟁점출자법인들에 대한 쟁점금액의 지급 및 채무상환이 재무구조개선계획에 따라 이루어졌는 지도 불분명하여 쟁점금액의 입금이 조세특례제한법제40조의 “주주등의 자산양도에 관한 법인세 등 과세특례”의 요건을 충족한 것으로 보기 어렵다고 보인다. (라) 이 건의 경우 청구인은 쟁점금액을 쟁점출자법인들에게 증여하여 쟁점출자법인들이 이를 금융채무 상환에 사용하였으므로 조세특례제한법 제40조 의 주주등의 자산양도에 관한 법인세 등 과세특례 규정에 따라 감면되어야 한다고 주장하나, 위에서 본 바와 같이 조세특례제한법제40조의 “주주등의 자산양도에 관한 법인세 등 과세특례”의 요건을 충족하기 어렵다고 보이므로 처분청이 쟁점금액에 대하여 조세특례제한법 제40조 의 주주등의 자산양도에 관한 법인세 등 과세특례 규정에 따른 감면을 배제하고 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판 단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.