청구법인은 석유판매업을 등록하지 아니하였을 뿐 실질적으로 석유판매업자에 해당하는 점, 청구법인과 조합을 통하여 공급되는 면세유의 경우 관련 매입세액이 공제되지 아니하여 해당 금액이 어민 등에게 전가되고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 면세유 공급과 관련하여 부담한 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있는 것임
청구법인은 석유판매업을 등록하지 아니하였을 뿐 실질적으로 석유판매업자에 해당하는 점, 청구법인과 조합을 통하여 공급되는 면세유의 경우 관련 매입세액이 공제되지 아니하여 해당 금액이 어민 등에게 전가되고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 면세유 공급과 관련하여 부담한 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있는 것임
OOO세무서장이 2016.6.23. 청구법인에게 한 2011년 제2기∼2015년 제2기 부가가치세 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 석유정제업자로부터 어업용 면세유를 공급받아 조합에 공급하고 있고, 이 과정에서 부담하는 쟁점매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 에 따라 면세사업과 관련된 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하였고, 이로 인해 공제받지 못한 쟁점매입세액은 어업용 면세유의 최종소비자인 어민에게 전가되고 있는 반면, 농민에게 농업용 면세유를 공급하는 주유소는 석유정제업자로부터 부가가치세등이 과세된 석유류를 공급받아 해당 석유류를 구입하는 때에 부담한 부가가치세 매입세액(고정자산 및 공통경비에 대한 부가가치세 매입세액 포함)을 과세관청에 환급신청을 하여 환급받고 있어 농민에게 전가되는 부가가치세는 없다. 이와 같이 청구법인은 농업용 면세유와 어업용 면세유가 부가가치세 매입세액을 공제받는 방식에 있어 과세형평성에 문제가 있다고 사료되어 국세청장에게 쟁점매입세액의 공제여부에 대한 서면질의를 하였고, 이에 대해 국세청장(서면부가-2955, 2016.2.15.)은 “ 조세특례제한법 제106조의2 제1항 에 따른 면세유의 공급과 관련하여 구입한 고정자산 및 공통경비에 대한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 있다”는 회신을 하였으며, 청구법인은 이를 신뢰하여 동일한 사실관계로 경정청구를 하였음에도 처분청이 국세청장의 회신과 달리 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 신의성실원칙 관점에서 부당하다.
(2) 면세유 공급과 관련한 부가가치세 매입세액을 면세사업에 관련된 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 않는다면, 그 부담은 면세유 가격에 반영되어 결과적으로 어민에게 전가될 수밖에 없고, 이는 어민의 생산성 향상과 경쟁력 강화를 통한 어민의 소득증대를 위하여 1977.12.29. 도입된조세특례제한법제106조의2의 입법취지에 반하는 결과이므로 면세유 관련 규정의 입법취지를 고려하여 쟁점매입세액을 공제하는 것이 타당하다. 처분청은 이미 쟁점매입세액을 어민에게 면세유를 공급하는 판매가격에 포함하여 수령하였으므로 부가가치세를 환급하는 것은 적법하지 않다는 의견이나, 부가가치세의 부담주체는 사인간에 결정될 문제이고, 청구법인의 환급세액은 조합과 어민에게 교육지원 사업비 및 배당으로 지원되어 결국 어민의 소득증대로 이어지게 되며, 면세유 공급원가의 할인으로 인해 최종적으로 어민에게 할인된 가격으로 면세유를 공급하는 효과를 가져오게 되므로, 청구법인이 이미 쟁점매입세액을 공급가액에 포함하여 어민으로부터 대가를 수령하여 쟁점매입세액을 환급해줄 수 없다는 처분청의 의견은 부당하다.
(3) 농민과 어민은 면세유를 공급받는다는 점에서 주유소 등의 석유판매업자를 통하는 경우와 수산업협동조합법상의 조합을 통하는 경우가 동일하나, 단지 공급절차가 다른 조합을 통해서 면세유를 공급받는다고 하여 면세유 공급과 관련되어 발생하는 쟁점매입세액을 공제하지 않는 것은 과세형평성 측면에서 타당하지 않다. 처분청은 아래 <표1>에서와 같이 농민 공급의 경우 석유판매업자가 석유매입시 납부한 매입세액과 기타 관련비용에 대한 매입세액도 공제가능한 반면, 어민 공급의 경우 석유매입시 납부한 매입세액이 없으므로 기타 관련비용에 대한 매입세액도 공제가 불가능하다는 의견이나, 이 경우 농민은 완전 면세돤 가격으로 면세유를 공급받음으로써 조세특례제한법 제106조의2 규정의 완전면세 취지를 달성하게 되나, 어민은 기타 관련 매입세액을 어민이 추가로 부담하게 되어 법 규정의 취지를 온전히 달성하지 못하게 되므로 농민과 어민에 대한 과세형평에 어긋나게 된다. <표1> 농민과 어민 면세유 매입가격 비교
(4) 조세법이 의도한 경제적 실질과 구체적 사실관계에 반영된 경제적 실질이 동일한 것임에도 불구하고 조세법의 문언으로 인하여 동일한 실질에 따라 조세법을 적용하는 것이 어려운 경우에는, 경제적 실질과세 관점에서 동일한 경제적 실질을 가진 거래에 대하여 동일한 조세법을 적용할 수 있도록 해당 조세법 문언에 대하여 합목적적으로 해석하는 것이 타당하다. 수산업협동조합법 제12조 에서 청구법인의 사업에 대하여는석유 및 석유대체연료 사업법제10조의 적용을 배제하고 있어 석유 및 석유대체연료 사업법에 따른 석유판매업을 등록하지 않더라도 조합에 석유를 판매할 수 있으며, 실제 청구법인은 조세특례제한법 제106조의2 제2항 및 특례규정 제15조의2의 석유판매업자와 동일한 지위와 역할을 수행하고 있는바, 조세특례제한법 제106조의2 제2항 및 특례규정 제15조의2에 따라 주유소 등의 석유판매업자와 동일하게 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다. 청구법인이 특례규정에 명시된 석유판매업자가 아니라고 하더라도 조세특례제한법 집행기준 106의2-0-2에서는 “면세유 공급업자가 면세유의 공급과 관련하여 구입한 고정자산 및 공통경비에 대한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 있다”라고 규정하고 있는바, 면세유 공급업자에 해당하는 청구법인도 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하는 것이 타당하다.
(1) 청구법인의 서면질의에 대하여 국세청장이 청구법인에 회신한 내용은 과세관청을 기속하지 않으며, 일반적인 견해표명에 해당하여 신의성실원칙이 적용되지 않는 것으로 청구법인이 제시한 사실관계가 다른 경우 다른 과세관계가 발생할 수 있으므로 조세특례제한법 제106조의2 제1항 에 따른 면세유의 공급과 관련하여 고정자산 및 공통경비에 대해 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 있다는 일반적 견해가 청구법인에게 적용된다고 볼 수 없다. 청구법인의 서면질의에 대하여 국세청장이 회신한 내용은 조세특례제한법 제106조의2 제2항 및 특례규정 제15조의2 제1항에서 규정하는 면세유 공급업자(석유판매업자 등)가 부가가치세 등이 과세된 석유류를 구입하여 농․어민에게 면세유를 공급할 때 지출되는 공통경비 등에 대한 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제해 준다는 내용인 반면, 청구법인은 석유정제업자로부터 이미 부가가치세가 면제된 면세유를 공급받아 조합에 분배하는 과정에서 발생한 면세관련 비용을 공제해 달라는 것으로 기획재정부의 유권해석(부가가치세제과-205, 2009.3.10.)은 청구법인에게 적용된다고 볼 수 없고, 단순히 기존 해석사례를 참고하라고 알려준 것에 불과한 것이다. (2) 조세특례제한법 제106조의2 규정의 입법취지는 농어민의 생산비 절감을 위한 것으로, 농어가 인구의 감소 및 고령화로 인한 농어업의 기계화 전환에 따라 증가하는 연료비 부담을 경감하고자 하는데 있으나, 청구법인은 이미 쟁점매입세액을 어민에게 면세유를 공급하는 판매가격에 포함하여 판매하여 이를 수령하였음에도 불구하고 해당 부가가치세를 환급해 달라는 것은 적법한 청구라 볼 수 없다. (3) 조세특례제한법 제106조의2 에 따라 농업협동조합중앙회에서 지정한 석유판매업자는 석유정제업자로부터 부가가치세등이 부과된 석유류를 공급받아 농민에게 면세유를 공급하고 매입시 부담한 부가가치세등은 이를 환급받고 있다. 그러나, 청구법인은 석유정제업체로부터 이미 부가가치세등이 면제된 석유류를 공급받아 어민에게 공급하는 거래형태로, 면세유 공급업자는 청구법인이 아닌 석유정제업자이므로 청구법인에게 쟁점매입세액의 공제를 허용하지 않는 것이 과세형평에 어긋나지 아니한다. (4) 조세특례제한법 제106조의2 제2항, 특례규정 제15조의2의 석 유판매업자 및 조세특례제한법 집행기준 106의2-0-2의 면세유 공 급업자란 석유 및 석유대체연료 사업법 제2조 제7호 부터 제9호까지의 규정에 따른 석유정제업자·석유수출입업자 또는 석유판매업자를 말하는 것으로 청구법인은 면세유 관리업무를 총괄하는 면세유류 관리기관인 중앙회로서의 지위를 가지므로 석유판매업자라고 볼 수 없고, 쟁점매입세액은 면세유를 조합에 분배하는 과정에서 생긴 비용일 뿐 주유소 등 면세유 판매업자의 매입세액과는 발생비용의 성격이 다 르므로 공제대상으로 볼 수 없어 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
(1) 청구법인은 2015.11.3. 국세청장에 쟁점매입세액의 공제여부에 대해 아래 <표2>와 같이 서면질의를 하였고, 이에 대해 국세청장은 2016.2.15. 기존 해석사례(기획재정부 부가가치세제과-205, 2009.3.10.)를 참고하라고 회신한 것으로 나타난다. <표2> 청구인의 서면질의(서면부가-2955, 2016.2.15.)
(2) 청구법인은 <표2>의 국세청장의 회신문을 근거로 2016.4.6. 아래<표3>과 같이 2011년 제2기∼2015년 제2기 부가가치세 합계 3,072,214,080원을 환급해 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2016.6.23. “청구법인이 부가가치세를 환급받은 주유소와 거래형태가 전혀 다르고, 면세유를 조합에 공급하는 과정에서 발생된 부가가치세를 어민으로부터 판매가격에 포함하여 이미 수령해온 사실 등을 종합적으로 검토한바, 쟁점매입세액은 공제가 불가능하다”라고 경정청구 거부통지를 하였다. <표3> 과세기간 별 경정청구 금액
(3) 청구법인은 <표1>의 어업용 면세유와 농업용 면세유의 공급절차의 차이에 대해, 연근해 어업용 선박에 사용되는 면세유의 경우 동 선박이 정박해 있는 부두에서 직접 면세유를 공급하여야 하는바, 일반 주유소에서는 어선에 면세유를 공급할 수 없는 장소적 취약성 및 어선의 특성을 고려하여 청구법인과 조합을 통하여 면세유를 공급하도록 하고 있다고 소명하였고, 청구법인이 제출한 어업용 면세유류 공급 및 사후관리 요령 및 유류공급사업 요령 등에 따르면, 조합은 청구법인의 특별승인이 있을 때를 제외하고 청구법인이 공급한 면세유류 이외의 타 유류를 구입․공급하거나 혼합하여 저장관리할 수 없으며, 청구법인이 공급한 면세유류는 타인양도 또는 법령이 정한 어업용도 외로 공급하거나 사용할 수 없다고 규정하고 있어 조합은 청구법인으로부터 구입한 면세유를 법령이 정한 어업용도 등으로 공급하고 있는 것으로 나타난다. <어업용 면세유류 공급 및 사후관리 요령(해양수산부 훈령)> <유류공급사업 요령(OOO 내부요령)> 한편, 청구법인의 사업에 대하여 수산업협동조합법 제12조 에 의하여 석유 및 석유대체연료 사업법 제10조 (석유판매업의 등록 등)의 적용을 배제하고 있어, 청구법인은 석유판매업으로 등록 없이 조합에 면세유를 공급하고 있는 것으로 확인된다. (4) 조세특례제한법 제106조의2 제2항 및 특례규정 제15조의2 제2항에 따르면, 석유판매업자가 부가가치세등이 과세된 석유류를 공급받아 농․어민등에게 공급한 석유류가 면세유에 해당하는 경우에는 석유판매업자는 그 면세되는 세액을 환급받거나 납부 또는 징수할 세액에서 공제받을 수 있고, 부가가치세의 감면세액을 환급 또는 공제받으려면 농어민등에 공급한 해당 석유류를 구입하는 때에 부담한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보아 부가가치세를 신고하여야 한다고 규정하고 있으며, 위 조항은 농민 등에게 면세유를 판 석유판매업자에게 감면세액을 직접 신청토록 하기 위하여 2008.7.1. 이후 농민 등에게 공급하는 분부터 적용하도록 신설되었다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 석유정제업체로부터 이미 부가가치세등이 면제된 석유류를 공급받고 있고, 특례규정 제15조의2 제1항에서 규정하는 석유판매업자에 해당하지도 아니하여 쟁점매입세액을 공제받을 수가 없다는 의견이나, 조세특례제한법 제106조의2 제2항 및 특례규정 제15조의2 제2항에서 석유판매업자가 부가가치세의 감면세액을 환급 또는 공제받으려면 해당 석유류를 구입하는 때에 부담한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보아 부가가치세를 신고하도록 규정하고 있는바, 통상적인 면세규정과는 달리 관련 고정자산 및 공통경비 등의 부가가치세 매입세액도 매출세액에서 공제받을 수 있는 것으로 보이는 점, 청구법인의 사업에 대하여는 수산업협동조합법 제12조 에서 석유 및 석유대체연료 사업법제10조(석유판매업의 등록 등)의 적용을 배제하고 있어 청구법인은석유 및 석유대체연료 사업법에 따른 석유판매업을 등록하지 아니하였을 뿐, 실질적으로 석유판매업자에 해당하는 점, 주유소 등을 통해 공급되는 면세유의 경우 관련 고정자산 및 공통경비에 대한 매입세액을 공제하여 완전 면세된 가격으로 공급되는 반면, 청구법인과 조합을 통하여 공급되는 면세유의 경우 관련 매입세액이 공제되지 아니하여 해당 금액이 어민등에게 전가되고 있어 그 형평에 어긋나는 점 등에 비추어 청구법인이 면세유 공급과 관련하여 부담한 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있는 것으로 보이는바, 처분청이 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 (2) 조세특례제한법 제106조의2【농업·임업·어업용 및 연안여객선박용 석유류에 대한 부가가치세 등의 감면 등】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 석유류(석유 및 석유대체연료 사업법에 따른 석유제품을 말한다. 이하 이 조에서 “면세유”라 한다)에 대해서는 2018년 12월 31일까지 공급하는 것에 대한 부가가치세와 제조장 또는 보세구역에서 반출되는 것에 대한 개별소비세, 교통·에너지·환경세, 교육세 및 자동차 주행에 대한 자동차세(이하 이 조에서 “자동차세”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 면제한다.
1. 대통령령으로 정하는 농민, 임업에 종사하는 자 및 어민(이하 이 조에서 “농어민등”이라 한다)이 농업·임업 또는 어업에 사용하기 위한 석유류로서 대통령령으로 정하는 것
2. 연안을 운항하는 여객선박 (관광진흥법 제2조 에 따른 관광사업 목적으로 사용되는 여객선박은 제외한다)에 사용할 목적으로 한국해운조합법에 따라 설립된 한국해운조합에 직접 공급하는 석유류
② 주유소 등 대통령령으로 정하는 석유판매업자(이하 이 조에서 “석유판매업자”라 한다)가 부가가치세, 개별소비세, 교통·에너지·환경세, 교육세 및 자동차세가 과세된 석유류를 공급받아 농어민등에게 공급한 석유류가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 석유판매업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여 면제되는 세액을 환급받거나 납부 또는 징수할 세액에서 공제받을 수 있다.
(3) 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제14조【농ㆍ임ㆍ어업용 면세석유류 적용대상 농어민 등의 범위】 법 제106조의2 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 농민, 임업에 종사하는 자 및 어민”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “농어민등”이라 한다)를 말한다.
1. 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류상의 농업 중 작물재배업·축산업·작물재배 및 축산복합농업 또는 농산물건조장운영업에 종사하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “농민”이라 한다).
2. 한국표준산업분류상의 임업 중 영림업 또는 벌목업에 종사하는 다 음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “임업인”이라 한다)
3. 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류상의 어업 또는 수산물 자숙(煮熟)·건조장운영업에 종사하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “어민”이라 한다)
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설에 사용할 목적으로 수산업협동조합법에 의하여 설립된 수산업협동조합중앙회를 통하여 공급하는 석유류
2. 기획재정부령으로 정하는 농업기계, 임업기계, 어업기계, 내수면어업용 선박 및 내수면육상양식어업용 시설(수온유지용 및 양수용에 한한다)로서 농업협동조합법에 따른 조합·중앙회, 산림조합법에 따른 조합·중앙회 또는 수산업협동조합법에 따른 조합·중앙회(이하 “면세유류관리기관”이라 한다)에 신고된 것에 사용할 목적으로 공급하는 석유류 제15조의2【석유판매업자의 환급신청 등】① 법 제106조의2 제2항에서 “대통령령으로 정하는 석유판매업자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.
1. 석유 및 석유대체연료 사업법 제2조 제7호 부터 제9호까지의 규정에 따른 석유정제업자·석유수출입업자 또는 석유판매업자 및 액화석유가스의 안전관리 및 사업법 제2조 제3호 에 따른 액화석유가스 수출입업자
2. 액화석유가스의 안전관리 및 사업법 제2조 제5호·제9호 및 같은 법 제44조 제2항에 따른 액화석유가스 충전사업자, 액화석유가스 판매사업자 및 액화석유가스 특정사용자
3. 고압가스 안전관리법 제4조 에 따른 고압가스제조자
② 제1항에 해당하는 자(이하 “석유판매업자”라 한다)가 법 제106조의2 제1항에 따라 부가가치세를 면제 또는 감면받거나 같은 조 제2항에 따라 부가가치세의 감면세액을 환급 또는 공제받으려면 농어민등 또는 한국해운조합법에 따른 한국해운조합(이하 “한국해운조합”이라 한다)에 공급한 해당 석유류를 구입하는 때에 부담한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보아 부가가치세를 신고하여야 한다.
(4) 석유 및 석유대체연료 사업법 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
7. “석유정제업자”란 제5조에 따라 등록을 하거나 신고를 하고 석유정제업을 하는 자를 말한다.
8. “석유수출입업자”란 제9조에 따라 등록(등록이 면제되는 경우를 포함한다)을 하고 석유수출입업을 하는 자를 말한다.
9. “석유판매업자”란 제10조에 따라 등록 또는 신고를 하고 석유판매업을 하는 자를 말한다. 제10조【석유판매업의 등록 등】 ① 석유판매업을 하려는 자는 산업통상자원부령으로 정하는 바에 따라 특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사·특별자치도지사 또는 시장·군수·구청장에게 등록하여야 한다. 다만, 부산물인 석유제품을 생산하여 석유판매업을 하려는 자는 산업통상자원부장관에게 등록하여야 한다. (5) 수산업협동조합법 제12조【다른 법률의 적용 배제 및 준용】 ① 조합과 중앙회의 사업에 대하여는 보험업법, 해운법 제24조, 석유 및 석유대체연료 사업법 제10조, 여객자동차 운수사업법 제4조·제8조·제81조 및 화물자동차 운수사업법 제56조 를 적용하지 아니한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.