쟁점아파트의 양도가 비과세되는 1세대 1주택의 양도가 아니라고 보아 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1988.2.9. OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 취득하였다가 2013.6.25. 양도한 후 쟁점아파트를소득세법(2014.1.1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호에 따른 1세대 1주택으로 보아 비과세 대상으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점아파트의 양도일 현재 청구인이 다수의 오피스텔(이하 “쟁점오피스텔”이라 한다)을 보유하고 있고 그 중 일부가 주거용으로 사용되고 있다 하여 쟁점아파트에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세를 부인하고 2015.12.10. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.2.22. 이의신청을 거쳐 2016.6.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 2013.6.14. OOO장(이하 “OOO장”이라 한다)으로부터 쟁점아파트가 2013.4.1. 정부의 부동산 특별대책의 후속으로 신설된조세특례제한법(2013.5.10. 법률 제11759호로 개정된 것, 이하 같다) 제99조의2, 같은 법 시행령(2013.5.10. 대통령령 제24534호로 개정된 것, 이하 같다) 제99조의2 제3항 및 제5항에 따른 감면대상인 1세대 1주택자의 주택(감면대상기존주택)임을 확인받은 사실이 있다. 또한, 기획재정부(재산세제과)도 ‘1세대 1주택자의 주택(감면대상기존주택) 양도세 한시감면 관련 추가 질의․응답자료’(2013.12.24.)를 통해 쟁점아파트가 감면대상기존주택임을 명시한 바 있다. (2) 쟁점아파트가 1세대 1주택 양도소득세 비과세 대상이 아니라는 처분청 의견은 다음과 같은 이유로 부당하다. (가) 처분청은조세특례제한법및소득세법의 1세대 1주택 판단기준이 다르다는 의견이나, 이를 달리 보는 것은 타당하지 않고,조세특례제한법제99조의2는 2013.4.1. 발표된 정부의 부동산 특별대책에 따른 특별규정이므로, 이를소득세법에 우선하여 적용함이 타당하다. (나) 처분청은조세특례제한법제99조의2에 따른 감면대상기존주택이 양수자에게만 적용되고, 양도자에게는 적용되지 아니하며, 위 규정은 비과세 규정이 아니라 과세대상 소득금액 일부를 감면해 주는 것이라는 의견이나, 위 규정에는 양수자에게만 적용된다는 내용이 기재되어 있지 않고, 입법 취지를 감안할 때 양수자 및 양도자 모두에게 적용됨이 타당하다. (다) 처분청은 쟁점오피스텔을 사실상 주택으로 보아야 한다는 의견이나, 청구인은 쟁점오피스텔을 분양으로 취득한 이후 임대사업을 영위하면서 부가가치세를 신고․납부하였고, ‘전입세대 열람 내역’에서 세대주가 존재하지 아니하며, 주민등록 전출입 내역이 없고, 건축물대장에 주용도가 ‘업무시설’로 기재되어 있으며, 지방자치단체장도 쟁점오피스텔을 사무실․상가 등의 건축물로 보아 재산세를 과세하는 등 쟁점오피스텔을 주택으로 볼 수 있는 객관적인 증빙자료가 없다. 따라서, 용도가 불분명한 쟁점오피스텔의 경우 공부상 현황에 따라 주택이 아닌 업무시설로 봄이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의2에 따른 1세대 1주택은 2013.4.1. 현재 1세대가 매매계약일 현재 국내에주택법상 주택을 1개 소유한 경우이나, 위 규정은 양수자의 과세특례 요건을 규정하고 있을 뿐, 양도자의소득세법상 1세대 1주택 양도소득세 비과세 여부를 규정하고 있지 않다. 한편, 쟁점아파트는 전용면적이 94.89㎡이고, 거래가액이 OOO 원인바,조세특례제한법제99조의2 규정에 따른 ‘감면대상기존주택’에 해당하지 않는다. 청구인은 쟁점아파트의 양도일 현재 보유한 오피스텔의 재산세 부과 현황, 부가가치세 신고 상황 및 전입세대 열람 내역 등을 근거로 쟁점오피스텔이 주거용이 아니고, 그 용도가 불분명하다면 공부상 용도에 따라 판단하여야 한다고 주장하나, 양도소득세 비과세 여부 판단시 보유주택 수는 사실상 주거용에 사용되는 건물의 수에 따르는 것인바, 처분청의 양도소득세 실지조사 결과, 쟁점오피스텔이 주거용으로 사용된 것으로 보이고, 그 중 1채의 임차인 OOO는 2008.7.29.부터 2014.4.17.까지 이를 주거용으로 사용하였음을 확인하였다.

쟁점아파트는 조세특례제한법 시행령제99조의2 제3항 및 제5항에 따른 1세대 1주택자의 주택(감면대상기존주택)으로서,소득세법제89조 제1항 제3호에 따른 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택에 해당한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인 및 처분청이 제출한 자료에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점아파트의 등기부등본에 따르면, 쟁점아파트는 전유부분의 면적이 94.89㎡로서, 1988.2.8. 매매를 원인으로 1988.2.9. OOO(청구인의 전 배우자)에게 소유권이전등기되었다가 2009.10.6. 및 2010.12.23. 재산분할을 원인으로 2009.10.9. 및 2010.12.24. 지분 2분의 1씩 청구인에게 각 소유권이전등기된 후 2013.5.1. 매매를 원인으로 2013.6.25. OOO 외 1명에게 소유권이전등기(거래가액 OOO원)되었다. (나) OOO와 OOO이 작성한 쟁점아파트의 매매계약서에 따르면, OOO은 1988.1.22. OOO로부터 쟁점아파트를 OOO원(잔금지급일 1988.2.1.)에 양수하기로 계약을 체결한 것으로 나타난다. (다) 청구인과 OOO 외 1명이 작성한 쟁점아파트의 매매계약서에 따르면, 청구인은 2013.5.1. OOO 외 1명에게 쟁점아파트를 OOO원 에 양도하기로 계약을 체결하고, OOO 외 1명은 계약시 계약금 OOO원을 각 지급하기로 하였으며, 특약사항에 청구인은 1가구 1주택자임을 확인한다고 기재되어 있다. (라) 청구인이 제출한 OOO장의 확인 내용에 따르면, OOO장은 2013.6.14. 쟁점아파트가 조세특례제한법 시행령제99조의2 제3항 및 제5항에 따른 감면대상기존주택(1세대 1주택자의 기존주택)임을 확인한 것으로 나타난다. (마) 청구인이 제출한 기획재정부의 보도자료(2013.5.7.)에 따르면,조세특례제한법제99조의2에 따른 1세대 1주택자란주민등록법상 1세대가주택법상 주택을 1채만 보유(보유기간 2년 이상)한 경우로서, ‘1주택자 + 오피스텔 보유자’는 1세대 1주택자로 간주하되, 실제거래가액이 OOO원을 초과하고 주택의 연면적(공동주택의 경우 전용면적)이 85㎡를 초과하는 주택은 1세대 1주택자의 주택(감면대상기존주택)에서 제외한다고 기재되어 있다. (바) 처분청 소속 세무공무원의 청구인에 대한 양도소득세 조사종결 보고서(2015년 10월)에 따르면, 청구인이 보유하고 있는 오피스텔 현황 및 이에 대한 처분청의 조사내용은 다음 <표>와 같다. <표> 쟁점오피스텔 현황 및 처분청의 조사내용 (사) 쟁점오피스텔 중 1채의 임차인인 OOO의 확인서(2015.8.21.)에 따르면, OOO는 청구인으로부터 OOO를 임차하였는바, 2008.7.29.부터 2014.4.17.까지 동 오피스텔을 주거용으로 사용한 사실이 있음을 확인하였다. (아) 청구인의 사업자등록증 및 OOO장이 발급한 부가가치세 과세표준 증명자료에 따르면, 청구인은 쟁점오피스텔(7채)을 사업장으로 하여 부동산 임대업으로 사업자등록을 하였고, 2004.1.1.부터 2015.12.31.까지 부가가치세를 각 신고한 것으로 나타난다. (자) 그 밖에 청구인은 해당 주소의 세대주가 존재하지 않는다고 기재된 쟁점오피스텔의 전입세대 열람 내역, 주용도가 업무시설로 기재되어 있는 쟁점오피스텔의 건축물대장 및 청구인의 쟁점오피스텔 취득세․재산세 과세증명서 등을 제출하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,소득세법제89조 제1항 제3호의 1세대 1주택 양도소득세 비과세 규정을 적용함에 있어 주택이란 공부상의 용도 구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하고 있는지 여부를 기준으로 판단하는 것인바, 청구인이 쟁점아파트를 양도할 당시 보유하고 있던 쟁점오피스텔의 임차인 중 1명(OOO)은 2008.7.29.부터 2014.4.17.까지 이를 주거용으로 사용하였음을 확인하였으며, 쟁점오피스텔의 임차인들이 사업자등록을 한 사실이 없고 그 근무지가 인근에 소재하고 있는 등 쟁점오피스텔 대부분이 주거용으로 사용된 것으로 보이므로, 쟁점아파트를소득세법제89조 제1항 제3호에 따른 비과세 대상인 1세대 1주택이 아니라고 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 소득세법(2014.1.1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득 (2) 소득세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25193호로 개정되기 전의 것) 제155조(1세대 1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다) 에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.(후단 생략) (3) 조세특례제한법(2013.5.10. 법률 제11759호로 개정된 것) 제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지주택법제38조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다. (4) 조세특례제한법 시행령(2013.5.10. 대통령령 제24534호로 개정된 것) 제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ③ 법 제99조의2 제1항 전단에서 "1세대 1주택자의 주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 포함하며, 이하 이 조에서 "감면대상기존주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 다음 각 호에 해당하는지를 판정할 때 1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 공동소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 보되, 1세대의 구성원이 1주택을 공동으로 소유하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 2013년 4월 1일 현재주민등록법상 1세대(부부가 각각 세대를 구성하고 있는 경우에는 이를 1세대로 보며, 이하 이 항에서 "1세대"라 한다)가 매매계약일 현재 국내에 1주택(주택은주택법에 따른 주택을 말하며,주택법에 따른 주택을 소유하지 아니하고 2013년 4월 1일 현재주민등록법에 따른 주민등록이 되어 있는 오피스텔을 소유하고 있는 경우에는 그 1오피스텔을 1주택으로 본다. 이하 이 항에서 "1주택"이라 한다)을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 주택

2. 국내에 1주택을 보유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우(제1호에 따라 1주택으로 보는 오피스텔을 소유하고 있는 자가 다른 주택을 취득하는 경우를 포함한다)로서, 종전의 주택의 취득 등기일부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날(등기일을 말한다)부터 3년 이내에 양도하는 종전의 주택. 다만, 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 종전의 주택으로 한정한다.

⑤ 제3항을 적용할 때 다음 각 호의 감면대상기존주택은 제외한다.

1. 감면대상기존주택 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액이 6억원을 초과하고 연면적(공동주택 및 오피스텔의 경우에는 전용면적을 말한다)이 85제곱미터를 초과하는 감면대상기존주택. 이 경우 양수자가 부담하는 취득세 및 그 밖의 부대비용은 포함하지 아니한다.

⑥ 법 제99조의2 제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 자"란 다음 각 호의 구분에 따른 자를 말한다.

2. 제3항에 해당하는 주택: 감면대상기존주택 양도자

⑫ 감면대상기존주택 양도자는 감면대상기존주택의 매매계약을 체결한 날부터 30일 이내에 2부의 매매계약서에 시장·군수·구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 한다.

⑬ 국토교통부장관은 감면대상기존주택임을 확인할 수 있는 자료를 전산망 등을 통하여 시장·군수·구청장에게 제공하여야 한다.

⑮ 제12항에 따라 매매계약서에 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 요청받은 시장·군수·구청장은 제13항에 따라 국토교통부장관이 제공하는 자료(제3항에서 규정하는 1세대 1주택자 여부에 대한 판정 자료를 말한다), 매매계약서 및주민등록법에 따른 주민등록표(주민등록전산정보자료를 포함한다)를 통하여 감면대상기존주택임을 확인하고, 해당 매매계약서에 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택 확인대장에 작성하여 보관하여야 한다. 󰊉󰊘 시장·군수·구청장과 사업주체등은 각각 기획재정부령으로 정하는 신축주택등확인대장 및 감면대상기존주택 확인대장을 2014년 3월 31일까지 정보처리장치·전산테이프 또는 디스켓·디스크 등의 전자적 형태(이하 이 조에서 "전자매체"라 한다)로 주택 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 󰊉󰊙 제16항에 따른 전자매체 자료를 제출받은 주택 소재지 관할세무서장은 해당 자료를 기록·보관하여야 한다.