청구법인은 「법인세법」상 비영리법인으로 보아 연결납세방식의 적용을 불승인한 처분은 잘못이 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 OOO 설치 및 운영에 관한 조례(이하 “쟁점조례”라 한다)에 의하여 서울특별시의 전액 출자로 설립되어 지하철 5〜8호선을 운영하고 있는 법인으로, 2016.1.1.∼2016.12.31.사업연도부터 청구법인을 연결모법인으로 하고 100% 자회사인 OOO를 연결자법인으로 하여 2016.1.6. 처분청에 연결납세방식 적용 신청을 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 법인세법상 비영리법인에 해당하므로 연결납세방식의 적용 대상이 아닌 것으로 보아 2016.2.29. 연결납세방식 적용을 불승인하고 이를 통지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.5.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 법인세법상 영리법인에 해당하므로 연결납세방식의 적용을 불승인한 처분은 취소되어야 한다.

(1) 청구법인의 설치와 운영근거인 쟁점조례 제21조에 사업의 범위가 구체적으로 명시되어 있으며, 사업자등록상의 사업 종류에 운수업, 제조, 건설, 부동산, 서비스 사업을 하는 것으로 명시되어 있다.

(2) 지방공기업법제67조의 “손익금 처리”와 청구법인의 정관 제38조의 “손익금 처리”를 보면 이익 배당 조항이 규정되어 있다.

(3) 청구법인이 제기해 패소하였던 “부가가치세 부과처분 취소” 소송의 판결(서울고등법원 2014누46357 판결, 2014.12.19. 선고)에 따르더라도 청구법인은 과세사업자임을 알 수 있으며, 최근 코레일이 조세심판원 심판청구를 통해 연결납세방식 적용 불승인 취소 결정(조심 2014전2057, 2015.5.29.)을 받은바, 청구법인은 코레일과 출자의 주체만 다를 뿐 사업의 범위, 이익의 분배 등 내용이 유사하며, 고유목적사업준비금 설정 사실이 없다는 점도 동일하므로 청구법인은 영리법인에 해당한다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 법인세법상 비영리법인에 해당하므로 연결납세방식의 적용을 불승인한 처분은 정당하다. (1) 법인세법 시행령제120조의12 제1항 제1호에서 비영리내국법인은 연결납세방식의 적용을 제외하도록 규정하고 있으며, 청구법인은 비영리법인으로 사업자등록 후 비영리법인으로 관련 제세를 신고하였다. 특히, 서울특별시 등으로부터 상호위․수탁계약에 따라 대행사업을 영위하면서, 계산서 등을 발행하지 않았으나, 비영리법인이 고유목적사업인 비수익사업을 수행하는 것으로 보아 가산세를 적용하지 않고 신고하였는바, 이는 청구법인이 비영리법인으로서 혜택을 누리고 있는 것으로 보아야 한다. (2) 청구법인의 설립과 관련한 지방공기업법, 쟁점조례, 관련 정관 등에서 규정한 바와 같이 주민복리증진에 기여함을 목적으로 하여 설립하였으므로 비영리법인에 해당한다(법인세법제1조 제2호, 민법제32조). (3) 청구법인은 쟁점조례 제21조에서 사업의 범위를 구체적으로 명시하고 있고 부가가치세법상 과세사업을 영위한다는 이유로 영리법인이라고 주장하나, 영리법인과 비영리법인의 구분기준은 목적의 영리성에 따른 것으로, 사업목적의 영리성이란 수익사업을 영위할 뿐만 아니라, 이윤을 이익배당, 잔여재산의 분배 등 형태로 구성원에게 귀속시키는 것을 말하는 것이고, 비영리법인의 경우도 수익사업을 영위할 수 있으며, 수익사업 여부는 영리법인과 비영리법인을 구분하는 기준에 해당하지 아니한다. 부가가치세법상 과세사업 여부는 영리법인과 비영리법인을 구분하는 것이 아니라 부가가치세법에서 규정한 과세사업과 면세사업을 구분하는 것으로 법인세법이나 민법에서 규정하는 비영리법인과는 아무런 관련이 없다.

(4) 청구법인은 지방공기업법제67조와 정관 제38조 규정을 근거로 이익배당이 규정되어 있다고 주장하고 있으나, 지방공기업법제67조 제1항 제4호는 “이익을 배당하거나 정관으로 정하는 바에 따라 적립”하여야 하다고 규정하여 이익배당 여부를 각 지방자치단체에 위임하였으며, 쟁점조례 제27조(손익금의 처리)에서 잉여금을 배당할 수 없으며 적립금을 적립하도록 규정하고 있는바, 2011.11.26. 서울특별시도시철도공사 정관 제38조를 수정하여 이익배당 규정을 신설하였다 하더라도 이는 상위규정인 조례를 위반한 것으로, 이는 이익을 출자자나 주주에게 배당할 수 있는 것으로 볼 수 없다.

(5) 청구법인은 OOO와 출자의 주체만 다를 뿐 모든 것이 동일하다고 주장하고 있으나, OOO는 2008사업연도 이후 고액의 소득금액이 발생하여 고유목적사업준비금을 설정할 수 있었으나 고유목적사업준비금을 설정하지 않고 법인세를 납부하였을 뿐만 아니라, 한국철도공사법과 정관에 따라 기획재정부와 국토해양부에 잔여 잉여금을 분배하였으나, 청구법인은 한국철도공사와 다르게 개업 이후 계속적인 결손법인으로 고유목적사업준비금을 설정하고자 하여도 할 수가 없었으며 결손에 따라 잉여금을 분배한 사실도 없다. (6) 청구법인은 비영리법인으로서 계속적으로 고액의 결손(설립후 계속적인 고액의 결손금 발생)이 발생할 수밖에 없으며, 이는 이익추구라는 영리법인의 기본 목적에 배치되는 것이며, 자법인의 소득발생에 따른 소득금액을 상쇄시키기 위해 연결납세방식 적용을 신청하였으므로 이를 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점 청구법인을법인세법상 비영리법인으로 보아 연결납세방식의 적용을 불승인 통지한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등 (1) 법인세법 제1조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "내국법인"이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다

2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

• 가. 민법 제32조 에 따라 설립된 법인
• 나. 사립학교법이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주·사원 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다)
• 다. 국세기본법 제13조 제4항 에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 3.～5. (생 략)

6. "연결납세방식"이란 둘 이상의 내국법인을 하나의 과세표준과 세액을 계산하는 단위로 하여 제2장의3에 따라 법인세를 신고·납부하는 방식을 말한다.

7. "연결법인"이란 연결납세방식을 적용받는 내국법인을 말한다.

8. "연결집단"이란 연결법인 전체를 말한다.

9. "연결모법인"이란 연결집단 중 다른 연결법인을 완전 지배하는 연결법인을 말하고, "연결자법인"이란 연결모법인의 완전 지배를 받는 연결법인을 말한다.

10. "연결사업연도"란 연결집단의 소득을 계산하는 1회계기간을 말한다 제76조의8【연결납세방식의 적용 등】① 다른 내국법인을 완전 지배하는 내국법인[비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외하며, 이하 이 항에서 "완전모법인"이라 한다]과 그 다른 내국법인[청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 "완전자법인"이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전모법인의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 완전자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다.

② ～⑥ (생 략) 제76조【가산세】⑨ 납세지 관할 세무서장은 법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하되, 제5항 또는 부가가치세법 제60조 제2항 ㆍ제3항ㆍ제5항부터 제7항까지의 규정에 따라 가산세가 부과되는 부분은 제외한다. 제121조【계산서의 작성】① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이하 "전자계산서"라 한다)를 발급하여야 한다 (2) 법인세법 시행령 제120조의12【연결납세방식의 적용제외 법인 등】① 법 제76조의8 제1항 전단 중 "비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

3. 법 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인

4. 다른 내국법인(비영리내국법인은 제외한다)으로부터 법 제76조의8 제5항에 따른 완전지배를 받는 법인

5. <삭 제>

6. 조세특례제한법 제100조의15 제1항 의 동업기업과세특례를 적용하는 법인

7. 조세특례제한법 제104조의10 제2항 의 과세표준계산특례를 적용하는 법인

② ～⑦ (생 략) 제120조의13【연결납세방식의 적용 신청 등】① 연결납세방식을 적용받으려는 내국법인과 해당 내국법인의 법 제76조의8 제1항의 완전자법인(이하 이 조에서 "연결대상법인등"이라 한다)은 최초의 연결사업연도 개시일부터 10일 이내에 기획재정부령으로 정하는 연결납세방식 적용 신청서를 해당 내국법인의 납세지 관할세무서장을 경유하여 관할지방국세청장에게 제출하여야 한다.

② (생 략)

③ 제1항의 신청을 받은 관할지방국세청장은 최초의 연결사업연도 개시일부터 2개월이 되는 날까지 승인 여부를 서면으로 통지하여야 하며, 그 날까지 통지하지 아니한 경우에는 승인한 것으로 본다. 제120조【가산세의 적용】② 법 제76조 제5항 전단 및 같은 조 제9항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

2. 비영리법인(제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업과 관련된 부분은 제외한다) (3) 민법 제32조【비영리법인의 허가】학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다. (4) 지방공기업법 제67조【손익금의 처리】① 공사는 결산 결과 이익이 생긴 경우에는 그 이익금을 다음 각 호의 순서에 따라 처리한다.

1. 전 사업연도로부터 이월된 결손금이 있으면 결손금을 보전

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 이익준비금으로 적립

3. 대통령령으로 정하는 바에 따라 감채적립금으로 적립

4. 이익을 배당하거나 정관으로 정하는 바에 따라 적립

② 제1항 제3호의 감채적립금은 공사의 사채를 상환하는 목적 외에는 사용할 수 없다.

③ 공사는 결산 결과 손실이 생긴 경우에 그 결손금을 제1항 제4호의 적립금으로 보전하고, 그 적립금으로도 보전하지 못한 결손금은 제1항 제2호의 이익준비금으로 보전하거나 이월한다. (5) 서울특별시도시철도공사 설립 및 운영에 관할 조례 제1조【목적】이 조례는 안전·신속한 대중교통 수단을 제공함으로써 시민의 복지증진에 기여하기 위하여 지방공기업법제49조에 따라 서울특별시도시철도공사를 설립하고, 공사의 업무 및 운영에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다. 제21조【사업의 범위】① 공사는 지하철 제5호선·제6호선·제7호선 및 제8호선과 관련된 다음 각 호의 사업을 수행한다.

2. 지하철 건설·운영에 따른 도시계획사업

3. 역세권 및 차량기지 개발에 따른 업무시설·판매시설·환승시설·주택시설·생활편익시설·복리시설 등의 건설·공급 및 관리 (이하 생략) 제27조【손익금의 처리】① 공사는 결산한 결과 이익이 생긴 때에는 다음 각 호의 순서로 이를 처리한다.

3. 정관이 정하는 바에 의한 적립금의 적립

② 공사는 결산결과 손실이 생긴 때에는 다음 각 호의 순서에 따라 이를 처리하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)지방공기업법제67조 제1항 제4호에서 공사는 이익을 순서에 따라 결손금보전, 이익준비금 또는 감채적립금 순으로 적립하고, “배당하거나 정관으로 정하는 바에 따라 적립”하여야 하다고 규정하고 있으며, 쟁점조례 제1조에서 안전·신속한 대중교통 수단을 제공함으로써 시민의 복지증진에 기여하기 위하여 지방공기업법제49조에 따라 청구법인을 설립하고, 공사의 업무 및 운영에 관하여 필요한 사항을 정한다고 규정하면서 제27조에서 공사는 이익을 이월결손금 보전, 이익준비금 적립, 정관이 정하는 바에 의한 적립금의 적립 순으로 처리하는 것으로 규정하고 있다.

(2) 청구법인의 정관 제38조는 다음과 같다.

(3) 청구법인은 사업자등록번호 중 중간번호가 “-82”로, 일반적으로 비영리법인에 부여되는 번호로 등록되어 있고, 법인설립 이래 계속 고액의 결손으로 인하여 고유목적사업준비금을 설정하거나 이익을 배당한 사실이 없는 것으로 나타난다.

(4) 이상의 관련 법령 및 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 비영리법인(사업자등록번호-82-)으로 사업자등록 되어 있고, 비영리법인이 비수익사업을 영위하는 것으로 보아 서울특별시에게 계산서 등을 발행하지 아니한 점, 쟁점조례 제27조에서 잉여금을 배당할 수 없으며 적립금을 적립하도록 규정하고 있는바, 2011.11.26. 청구법인의 정관 제38조를 수정하여 이익배당 규정을 신설하였다 하더라도 이는 상위 규정인 조례에 위배되는 것으로 청구법인의 이익을 출자자나 주주에게 배당할 수 있는 것으로 보기 어려운 점, 한국철도공사는 2008사업연도 이후 소득금액이 발생하여 고유목적사업준비금을 설정할 수 있었으나 고유목적사업준비금을 설정하지 않고 법인세를 납부하였을 뿐만 아니라 한국철도공사법과 정관에 따라 기획재정부와 국토해양부에 잔여 잉여금을 분배하였으므로 청구법인과는 사실관계가 다른 점, 법인세법 집행기준 1-0-2 제4항에서 “특별법에 따라 설립된 법인으로서 출자금 전액을 국가에서 출자한 법인이 정관을 변경하여 이월결손금 보전 및 이익준비금 적립 후의 잉여금 잔액을 국고에 납입하는 경우에는 비영리내국법인에 해당한다”고 되어 있는 점 등에 비추어 청구법인을법인세법상 비영리법인으로 보아 연결납세방식의 적용을 불승인 통지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.