쟁점원재료가 사외유출된 것으로 보아 청구인에게 상여로 소득처분하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1972.5.26.부터 농약제조 및 판매업을 영위하는 OOO 주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)의 대표이사이고, 청구외법인은 2011사업연도 말에 장부상 보유하고 있던 OOO 원재료OOO에 대하여 별도의 회계처리를 하지 아니하였다.
• 나. OOO세무서장은 2013.1.9.～2013.2.6. 기간 동안 청구외법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점원재료의 폐기 및 반품 등이 확인되지 아니하고 사업장 등에 재고로 존재하지 않으므로 사외유출된 것으로 보아 2013.3.8. 청구외법인에게 대표이사인 청구인을 소득자로 하여 OOO원을 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였으나, 청구인이 위 상여처분에 대한 종합소득세 수정신고를 하지 아니하여 처분청은 2016.3.8. 청구인에게 2011년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.5.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구외법인은 1968년 12월에 설립된 OOO가 1972.5.26. 법인으로 전환된 회사로 농약제조 및 판매업을 영위하다 사실상 휴업중에 있고, 2009.5.22.～2010.10.29. 기간 동안 남아있던 쟁점원재료를 폐기처분하였으나 이를 회계장부에 반영하지 못하였다. 청구외법인은 OOO 원재료인 OOO 및 OOO라는 화학물질을 OOO 및 OOO 등로부터 수입하여 농림부로부터 OOO 제조허가승인을 받은 후 OOO세관장에게 OOO 및 OOO의 사용신고를 하고 청구외법인의 보세공장 내에서 OOO 원제로 합성하였으며, 원제 상태에서 수입신고를 하고 보세공장에서 국내로 반출하였다. 그 후 보세공장 밖의 공장에서 OOO 원제를 가공하여 OOO 유제와 입제를 만들었다. OOO은 살충력이 강해 한때 각광받았으나 강한 독성으로 2008.5.26. 농약품목등록이 취소되었고 환경부 고시에 의하여 취급금지물질로 지정되었으며, OOO을 보관하는 것조차 금지되었기 때문에 청구외법인은 OOO 원제를 분해한 다음 폐기물처리업체인 유한회사 OOO 및 주식회사 OOO이 OOO사업소를 통해 3차례OOO에 걸쳐 적법하게 폐기하였다. 청구외법인의 회계장부에 기재된 원재료란 합성이 완료된 OOO 원제를 말하고, OOO 및 OOO는 외국에서 보세공장으로 반입된 후 수입통관이 되기 전에 모두 OOO 원제로 합성되므로 따로 회계장부에 기재되지 않으며, 회계장부상 존재하는 원재료는 경제적 가치가 없는 OOO 원제를 의미한다. 그리고 OOO 및 OOO는 OOO 원제로 모두 합성되어 청구외법인이 사실상 휴업상태에 있었던 2009년에는 보세공장 내에 OOO 및 OOO가 존재하지 않았고, OOO세관장이 2009.4.8. 청구외법인의 보세공장에 대하여 재고조사를 실시했을 당시 청구외법인은 OOO 및 OOO의 재고가 없다고 보고한 바 있다. 관세법상 보세구역은 엄격하게 관리되고, 세관장에 신고하지 않고 OOO 및 OOO를 무단으로 반출하게 되는 것은 밀수입죄에 해당하므로 청구법인은 OOO 및 OOO를 보세공장으로부터 임의 반출할 수 없는 것이고, 만약, 청구외법인이 쟁점원재료를 임의로 반출하여 소비하였다면 이에 대한 수입신고는 반드시 이루어질 수밖에 없을 것인바, 청구외법인은 합성이 완료된 OOO 원제를 수입신고하였을뿐 OOO 및 OOO를 수입신고한 적은 없으므로 쟁점원재료는 보세공장 밖으로 반출되지 않았고 OOO 원제로 합성된 후 폐기된 것이다. 따라서, 쟁점원재료를 청구외법인이 임의로 처분하였다는 전제하에 쟁점원재료의 장부상 가액을 청구외법인의 대표자인 청구인에게 상여로 소득처분하고 종합소득세를 과세한 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 폐기처분한 OOO 원제는 독극물이 아니고 모든 농약회사에서 사용하는 제품으로 이를 폐기처분하였다는 청구주장은 상식적으로 이해하기 어렵고 조사당시에 쟁점원재료가 존재하지 않으므로 장부가액을 손금산입(△유보) 및 손금불산입(대표자상여) 처분하였다. 처분청은 2015.9.25. 이 건 종합소득세 과세처분에 대해 과세예고통지 및 해명자료의 제출을 요구하였고, 청구인은 당초 법인세 부과처분에 대해 행정소송이 진행중임을 주장하였으나OOO, 소송이 종결되지 않아 법인세 부과처분은 유효하고 대표자 상여처분에 대해 수정신고를 누락한 청구인에게 종합소득세 경정․고지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점원재료가 사외유출된 것으로 보아 청구인에게 상여로 소득처분한 금액에 대해 종합소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 (1) 소득세법 제20조 [근로소득] ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 법인세법에 따라 상여로 처분된 금액 (2) 법인세법 제67조 [소득처분] 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO세무서장의 청구외법인에 대한 법인세 조사종결보고서(2013년 2월)의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청 구외법인은 농약(OOO) 제조회사로 2008년말 정부에서 OOO 유제를 독극물로 분류하여 제조가 금지되자 2009년 1월 사실상 폐업한 법인으로 공장직원 4～5명 및 OOO사무실 직원 1명을 두고 2011년까지 공장유지관리, 채권회수 및 신사업 발굴 등을 하다가 조사일 현재는 공장부지의 처분을 준비 중이다. (나) 청구외법인은 2009～2010년 기간 동안 재고자산 중 제품 OOO원OOO에 대하여는 OOO 소재 폐농약처리업체인 OOO이 주식회사 OOO사업소(운반자 OOO)에 소각처리를 의뢰하여 처분한 사실이 확인되나, 장부상 원재료 금액인 OOO원에 대하여는 폐기처분 및 반품처리한 사실이 확인되지 않고 조사일 현재 공장에 재고가 존재하지도 않으므로 임의로 처분한 것으로 보고 원재료의 시가가 불분명하므로 장부가액으로 하여 손금산입 원재료 OOO원(△유보), 손금불산입 원재료 OOO원(대표자상여)으로 소득처분하였다.

(2) 청구인의 주장 및 관련 증빙은 다음과 같다. (가) 청구외법인이 OOO 및 OOO라는 화학물질을 수입한 후 보세공장 내에서 합성하여 OOO 원제를 만들었다는 주장에 대한 입증자료로 청구외법인의 보세공장 설영특허장(2004.6.16.) 및 보세공장 사용신고필증(2005.8.10. 및 2005.10.13.) 등을 제출하였고 수입신고필증(2006.4.27.)을 보면, 청구외법인이 OOO OOOkg을 수입한 것으로 되어 있다. (나) 청구인이 제출한 계근표 및 인계내역 등을 보면, 청구외법인이 폐농약 OOOkg을 주식회사 OOO이 OOO사업소에 인계하여 소각하였고, 운반자는 유한회사 OOO으로 기재되어 있다. (다) 청구외법인이 OOO 원제와 OOO 농약제품을 폐기하기 위하여 비용을 지출하였다고 주장하며 제출한 자료를 보면, 청구외법인의 폐수처리비용이 OOO원이라고 기재되어 있다. (라) 청구외법인이 OOO세관장에게 보낸 보세품목재고조사서(2009.4.8.)를 보면, 2009.3.31. 현재 OOO 및 OOO의 재고가 없는 것으로 기재되어 있다. (마) 그 밖에 청구외법인의 법인등기부등본, 취급제한․금지물질에 관한 규정(환경부 고시), 청구외법인의 안내서, 청구인 관련 신문기사 및 OOO세관장이 OOO지방법원에 보낸 과세자료 요청에 대한 회신 공문OOO 등을 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점원재료가 환가성이 없는 OOO 원제로, 폐기업체를 통하여 적법하게 폐기하였으므로 대표자에게 상여로 소득처분하고 이에 대해 종합소득세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 청구외법인이 쟁점원재료를 폐기하였거나 현재 재고로 보유하고 있는 사실이 확인되지 아니하고, 쟁점원재료인 OOO 및 OOO 등은 독극물이 아니며, 모든 농약회사에서 사용하는 잔존가치가 있는 제품으로 환가가치가 있는 것으로 보이므로 쟁점원재료의 장부가액을 청구외법인의 대표자인 청구인에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 것에 대해 처분청이 종합소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.