쟁점주택을「조세특례제한법」제97조의3 제1항에 따른 준공공임대주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2015.10.5. OOO(39.3㎡), 102호(39.6㎡), 201호(39.3㎡), 202호(39.6㎡)(다세대주택, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도한 후, 조세특례제한법제97조의3 제1항(이하 “쟁점조항”이라 한다)에 따른 준공공임대주택에 대한 양도소득세 과세특례(장기보유특별공제 60%)를 적용하여 쟁점주택 양도에 대한 양도소득세를 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 신고한 위 양도소득세 신고내용의 적정여부를 조사하여 쟁점주택이 쟁점조항에 따른 과세특례대상에 해당하지 아니한다고 보아 적용을 배제하고, 소득세법제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제 30%를 적용하여 2016.6.8. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.6.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점조항에서 임대주택법제2조 제3호의3에 따른 준공공임대주택을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 60의 공제율을 적용한다고 규정하고 있고, 임대주택법제2조 제3의3호에서 "준공공임대주택"이란 국가, 지방자치단체, OOO 또는 지방공사 외의 임대사업자가 10년 이상 계속하여 임대하는 전용면적 85평방미터 이하의 임대주택을 말한다고 규정하고 있는바, 청구인은 2003년 8월 다세대주택을 신축하여 양천구청 및 처분청에 임대사업자등록을 하고 2003.8.1.부터 2015.10.5.까지 쟁점주택을 포함한 소형다세대주택 5호를 약 13년간 계속하여 임대하다가 2015.10.5. 쟁점주택을 양도하였으므로 쟁점주택이 쟁점조항에 따른 과세특례적용대상에 해당함에도 불구하고 이를 배제하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점조항에서 대통령령으로 정하는 거주자가 임대주택법제2조 제3호의3에 따른 준공공임대주택을 같은 법 제6조의2에 따라 등록하여 8년 이상 계속하여 임대하여 양도하는 등 요건을 모두 충족하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 100분의 50 또는 100분의 60의 공제율을 적용하는 것인바, 청구인은 쟁점주택을 임대주택법제6조의2에 따라 준공공임대주택으로 등록한 사실이 없는 점, 동 조항에 따라 준공공임대주택으로 등록이 가능한 주택을 임대주택법(2013.6.4. 법률 제11870호로 개정된 것) 부칙 제2조에서 2013.4.1. 이후 매매계약을 체결한 주택으로 한정하고 있는 점 등에 비추어 쟁점주택의 양도에 대하여 쟁점조항의 과세특례를 적용할 여지가 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점주택을 조세특례제한법제97조의3 제1항에 따른 준공공임대주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제97조의3 [준공공임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례] (1) 대통령령으로 정하는 거주자가 임대주택법제2조 제3호의3에 따른 준공공임대주택을 같은 법 제6조의2에 따라 등록하여 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우 그 주택(이하 "준공공임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 소득세법제95조 제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 준공공임대주택을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 60의 공제율을 적용한다.

1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

(3) 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제97조의3 (준공공임대주택에 대한 양도소득세 과세특례) (2) 법 제97조의3 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는임대 주택법 제2조 제3호 의3에 따른 준공공임대주택(이하 이 조에서 "준공공임대주택"이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다.

(4) 제2항에 따른 준공공임대주택의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조 제5항 제1호 제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 소득세법제168조에 따른 사업자등록과 임대주택법제6조에 따른 임대사업자등록을 하고 준공공임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 임대주택법제2조 제2호 또는 제3호에 따른 민간건설임대주택 또는 매입임대주택을 준공공임대주택으로 등록하는 경우에는 5년의 범위에서 민간건설임대주택 또는 매입임대주택으로 임대한 기간의 100분의 50에 해당하는 기간을 준공공임대주택의 임대기간에 포함하여 산정한다. (3) 소득세법 제95조 [양도소득금액] (2) 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

(4) 임대 주택법 제2조 [정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "건설임대주택"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.

• 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택[임대사업자가 토지를 임차하여 건설ㆍ임대하는 주택(이하 "토지임대부 임대주택"이라 한다)을 포함한다] 나.주택법제9조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제16조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니한 주택으로서 제6조에 따른 임대사업자 등록을 마치고 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 임대하는 주택

3. "매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 주택 [ 주택법 제2조제1호 의2에 따른 준주택 중 대통령령으로 정하는 오피스텔(이하 "오피스텔"이라 한다)을 포함한다]을 말한다. 3의3. "준공공임대주택"이란 국가, 지방자치단체, 한국토지주택공사 또는 지방공사 외의 임대사업자가 10년 이상 계속하여 임대하는 전용면적 85제곱미터 이하의 임대주택(제2호의2의 공공건설임대주택은 제외한다)을 말한다. 제6조[임대사업자의 등록] (1) 대통령령으로 정하는 호수(戶數) 이상의 주택을 임대하려는 자는 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. 제6조의2[준공공임대주택의 등록] (1) 준공공임대주택을 임대하려는 자는 해당 주택이 소재하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 이를 등록하여야 한다. <본조신설 2013.6.4.> 부칙 제2조[준공공임대주택의 등록에 관한 적용례] 제6조의2의 개정규정에 따라 등록이 가능한 주택은 2013년 4월 1일 이후 매매계약을 체결한 주택으로 한다.

(5) 임대 주택법 시행령 제8조의2 [준공공임대주택의 등록기준] 법 제6조의 2제1항에 따라 준공공임대주택으로 등록할 수 있는 주택은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 주택으로 한다. <본조신설 2013.12.4.>

1. 국가, 지방자치단체, 한국토지주택공사 또는 지방공사 외의 임대사업자가 공급하는 민간건설임대주택 또는 매입임대주택[임대사업자가 준공공임대주택으로 등록하기 전에 임대하고 있는 주택(임대의무기간이 지나지 아니한 주택을 포함한다)을 포함한다]일 것

2. 전용면적이 85제곱미터 이하일 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2003.8.8. OOO구청장에게 쟁점주택을 포함한 임대주택 5호에 대하여 임대주택법제6조에 따른 임대사업자등록을 한 후, 2003.8.13. 처분청에 개업 년월일을 2003.8.1.로, 사업장소재지를 쟁점주택의 소재지로 하여 주택임대사업에 대한 사업자등록을 하였다.

(2) 청구인은 2015.10.5. 쟁점주택을 양도하고 쟁점조항에 따라 장기보유특별공제액을 OOO원으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

(3) 처분청은 2016.3.28.～2016.4.15. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점주택이 쟁점조항에 따른 과세특례대상이 아니라고 보아 소득세법제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제 30%(장기보유특별공제액 OOO원)를 적용하여 2016.4.18. 청구인에게 과세예고통지를 하였다.

(4) 청구인은 처분청에 과세전적부심사청구를 하였으나, 처분청은 2016.5.22. 청구인에게 그 결과(“불채택”)를 통지하였다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점조항에서 거주자가 임대주택법제2조 제3호의3에 따른 준공공임대주택을 같은 법 제6조의2에 따라 등록하여 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하여 8년 이상 계속하여 임대하여 양도하는 경우 당해 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 소득세법제95조 제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용하되, 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 60의 공제율을 적용하고 임대기간은 준공공임대주택으로 등록한 기간을 통산한다고 규정하고 있는바, 쟁점주택은 임대주택법제6조의2에 따라 준공공임대주택으로 등록된 사실이 없는 점, 설령 청구인이 쟁점주택을 준공공임대주택으로 등록하였다고 보더라도, 조세특례제한법제97조의3 제3항 및 같은 법 시행령 제97조의3 제4항에서 임대주택법제2조 제2호 또는 제3호에 따른 민간건설임대주택 또는 매입임대 주택을 준공공임대주택으로 등록하는 경우에는 5년의 범위에서 민간건설임대주택 또는 매입임대주택으로 임대한 기간의 100분의 50에 해당하는 기간을 준공공임대주택의 임대기간에 포함한다고 규정하고 있어 위 규정의 계산방식에 따라 쟁점주택의 임대기간을 계산하면 약 7년에 불과하여 쟁점조항에서 규정하는 8년 이상 임대요건을 충족하지 못하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 쟁점조항에 따른 과세특례대상이 아니라고 보아 소득세법제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제를 적용하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.