쟁점건축물의 매입세액을 취득일이 속하는 과세기간의 과세 및 면세공급가액 비율로 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

OO세무서장이 2016.3.7. 청구법인에게 한 2015년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 2015.12.15. 취득한 OO도 OO시 OO구 OO동 000-0 공장용지(1,654.3㎡) 소재 건축물(1,897.53㎡)의 취득과 관련된 매입세액 중 부동산임대업(기존 임차인에게 임대)에 사용한 면적 부분에 대해서는 해당 매입세액을, 나머지 면적 중 공실 부분에 대해서는 해당 매입세액에 위 건축물 취득일이 속하는 과세기간의 총공급가액에서 과세사업에 관련된 공급가액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 각 공제하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 2009.1.1. 개업하여 OO시 OO구 OO동에서 출판업 및 서적 도매업을 영위하는 사업자로서 2015.12.15. OO도 OO시 OO구 OO동 000-0 공장용지 1,654.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 건축물[2층건물 및 3층건물(이하 각 “2층건물” 및 “3층건물”이라 한다) 2개동으로 구분되는 연면적 1,897.53㎡의 건축물로, 이하 “쟁점건축물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다]을 OOO에 취득한 후, 2016.1.25. 2015년 제2기 부가가치세를 신고하면서 쟁점건축물의 취득가액 OOO원에 대한 매입세액 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공제하여 조기환급을 신청하였다.
• 나. 처분청은 2016.2.17.부터 2016.2.23.까지 현장확인을 실시한 결과, 청구법인이 과세 및 면세사업에 공통으로 사용하기 위해 쟁점건축물을 취득하였음에도, 전체를 과세사업에 사용하는 것으로 보아 조기환급을 신청하였다 하여 쟁점매입세액을 해당 과세기간의 과세 및 면세공급가액 비율(각 약 0.00% 및 00.00%)로 안분계산하여 2016.3.7. 청구법인에게 2015년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.5.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 후 건축물을 신축하여 일부는 물류창고로, 나머지는 임대목적으로 사용하려 하였으나, 신축자금을 대출받을 수 없어 2015.12.16. 이사회를 통해 쟁점건축물 전체를 임대한 후 매각하기로 결정하였고, 이에 따라 쟁점매입세액에 대해 조기환급을 신청하였다. 청구법인은 쟁점건축물 취득 당시 지점[상호는 ‘주식회사 OOO’(이하 “OOO”라 한다)이고, 쟁점건축물 소재지를 사업장으로 하며, 부동산 임대업을 영위한다]의 사업자등록이 되어 있지 않아 본점(OO시 OO구 OO동) 명의로 세금계산서를 수취하였으나, 본점은 쟁점건축물을 사용하지 않았고, 지점(OOO)이 제출한 2015년 제2기(확정) 및 2016년 제1기(예정) 부가가치세 신고서에 첨부된 ‘부동산임대공급가액명세서’에 따르면, 쟁점건축물에서 과세사업인 임대업을 영위하고 있음이 확인된다. 처분청은 다음 <표1>과 같이 청구법인의 쟁점건축물 취득일이 속하는 과세기간(2015년 제2기)의 과세 및 면세공급가액 비율로 쟁점매입세액을 안분계산하여 이 건 처분을 하였으나, 청구법인이 2015년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점건축물을 임대사업에 사용한 사실이 확인되는바, 이 건 처분은 취소되어야 한다. <표1> 청구법인의 2015년 제2기 과세 및 면세공급가액 내역
• 나. 처분청 의견 처분청의 청구법인에 대한 현장확인시 공동대표이사인 OOO 및 OOO은 청구법인이 출판물 물류창고로 사용하기 위해 쟁점부동산을 취득하였다고 진술하였고, 쟁점부동산을 취득하기 전인 2016.7.15.자 이사회회의록에 따르면, 안건이 ‘자본금 증자 및 사옥(공장) 매입’으로 나타난다. 청구법인이 이 건 심판청구시 제출한 2015.12.16.자 이사회의사록에 따르면, 금융기관이 공장 신축자금 대출을 거부함에 따라 쟁점부동산 취득시 대출받은 차입금에 대한 이자를 충당하기 위해 쟁점건축물의 나머지 공간 전체를 임대하여야 한다고 기재되어 있다. 부가가치세법제40조에 따르면, 사업자가 과세 및 면세사업 등을 겸영하는 경우 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 안분하여 계산한다고 규정하고 있는바, 청구법인의 쟁점부동산 취득 당시 영업을 영위하고 있던 기존 임차인이 청구법인의 공장 신축으로 인해 이전을 준비하고 있었던 것으로 확인되므로, 쟁점건축물의 실지귀속을 임대업을 위한 것으로 볼 수 없어 위 규정에 따라 공통매입세액을 안분계산함이 타당하다. 청구법인은 지점이 신고한 부동산임대공급가액명세서를 근거로 쟁점건축물 전체를 과세사업인 임대업을 영위하는 데 사용하였다고 주장하나, 처분청이 현장확인 결과를 통지하고 난 후에야 지점의 사업자등록을 신청하였는바, 청구주장을 받아들일 수 없다. 청구법인 지점의 2016년 제1기 부가가치세 신고내용을 보면, 임차인은 3곳이고, 보증금 합계는 OOO원, 월임대료 합계는 OOO원으로 각 기재되어 있으나, 이는 공장 신축이 불가능함에 따라 차선책으로 임대업을 영위한 것이므로, 이 건 처분에 영향을 미치지 않는다. 결국, 청구법인은 면세사업에 사용하기 위해 쟁점건축물을 취득하였으므로, 쟁점매입세액을 매입세액불공제분으로 신고하고 건물을 신축한 후 이를 과세 및 면세사업에 공통으로 사용하는 경우 공급가액 또는 면적비율에 따라 공제(환급)세액을 재계산하거나, 쟁점건축물 취득 전 부동산임대업으로 지점의 사업자등록을 하고, 지점 명의로 쟁점건축물을 취득하여 전액 매입세액공제를 받았어야 할 것이다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 취득한 쟁점건축물의 매입세액을 취득일이 속하는 과세기간의 과세 및 면세공급가액 비율로 안분계산하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. 제41조(공통매입세액 재계산) 감가상각자산에 대하여 공통매입세액의 안분계산에 따라 매입세액이 공제된 후 공통매입세액 안분기준에 따른 비율과 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때는 그 재계산한 과세기간)에 적용되었던 공통매입세액 안분기준에 따른 비율이 5퍼센트 이상 차이가 나면 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부세액 또는 환급세액을 다시 계산하여 제49조에 따른 해당 과세기간의 확정신고와 함께 관할 세무서장에게 신고·납부하여야 한다. (2) 부가가치세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26983호로 개정되기 전의 것) 제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.

2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제63조 제3항 제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. 제83조(납부세액 또는 환급세액의 재계산) ① 법 제41조에 따른 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제38조 제1항, 이 영 제81조 및 제82조에 따라 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 해당 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산하였을 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율 간의 차이가 5퍼센트 이상인 경우에만 적용한다.

② 제1항에 따른 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 따라 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조 제2항 후단을 준용한다.

가산되거나 공제되는 세액 = 해당 재화의 매입세액 × (1 × 5 × 경과된 과세기간의 수) × 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율 10

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 해당 취득일이 속하는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분하여 계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율에 따라 재계산하고, 해당 취득일이 속하는 과세기간의 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율로 안분하여 계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율에 따라 재계산한다.

④ 제66조가 적용되는 경우에는 제1항 및 제2항을 적용하지 아니한다.

⑤ 제2항에 따른 경과된 과세기간의 수를 계산할 때 과세기간의 개시일 후에 감가상각자산을 취득하거나 해당 재화가 제1항에 해당하게 된 경우에는 그 과세기간의 개시일에 해당 재화를 취득하거나 해당 재화가 제1항에 해당하게 된 것으로 본다.

⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. (3) 부가가치세법 시행규칙(2016.3.9. 기획재정부령 제546호로 개정되기 전의 것) 제54조(공통매입세액 안분 계산) ① 영 제81조 제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 법 제40조에 따른 공통매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 법 제29조 제8항에 따른 면세사업등(이하 "면세사업등"이라 한다)에 대한 수입금액의 합계액으로 하고, 같은 항에 따른 면세공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 면세사업등에 대한 수입금액으로 한다.

② 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되는 재화를 공급받은 과세기간 중에 그 재화를 공급하여 영 제63조 제1항 및 제2항에 따라 공급가액을 계산한 경우 그 재화에 대한 매입세액의 안분(按分) 계산은 영 제63조 제1항 및 제2항에 따라 계산한다.

③ 영 제81조제3항의 계산식에 따른 전 사업장의 총공급가액은 해당 과세기간의 모든 사업장(전기통신사업법에 따른 전기통신사업자의 경우에는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 모든 사업장)의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업등에 대한 수입금액의 합계액으로 하고, 같은 항의 계산식에 따른 전 사업장의 면세공급가액은 해당 과세기간의 모든 사업장(전기통신사업법에 따른 전기통신사업자의 경우에는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 모든 사업장)의 면세사업등에 대한 수입금액으로 한다. 제55조(납부세액 또는 환급세액의 재계산) ① 영 제83조 제1항에 따른 총공급가액은 해당 재화와 관련된 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업등에 대한 수입금액의 합계액으로 하고, 같은 항에 따른 면세공급가액은 해당 재화와 관련된 과세기간의 면세사업등에 대한 수입금액으로 한다.

② 영 제83조 제1항에 따른 총사용면적은 해당 재화와 관련된 과세기간의 과세사업에 사용되는 면적과 면세사업등에 사용되는 면적을 합한 면적으로 하고, 같은 항에 따른 면세사용면적은 해당 재화와 관련된 과세기간의 면세사업등에 사용되는 면적으로 한다.

③ 영 제63조 제1항부터 제3항까지의 규정이 적용되는 재화를 공급하는 경우에 해당 재화를 공급하는 날이 속하는 과세기간에는 그 재화에 대한 영 제83조에 따른 납부세액 또는 환급세액의 재계산을 하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점부동산의 매매계약서에 따르면, 청구법인은 2015.9.18. 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 쟁점부동산을 OOO에 취득하기로 계약을 체결한 것으로 나타난다. (나) 쟁점부동산의 등기부등본에 따르면, 쟁점부동산은 2000.10.9. 매매를 원인으로 2001.1.10. OOO에게 소유권이전등기되었다가 2015.9.18. 매매를 원인으로 2015.12.22. 청구법인에게 소유권이전등기된 것으로 나타난다. (다) 청구법인의 매입처별 전자세금계산서 합계표 명세 등에 따르면, 청구법인은 2015.12.21. OOO로부터 공급가액 OOO원(쟁점건축물 취득가액)의 전자세금계산서를 수취한 것으로 나타난다. (라) 쟁점건축물 일반건축물대장의 주요내용은 다음 <표2>와 같다. <표2> 쟁점건축물 일반건축물대장의 주요내용 (마) 청구법인의 부동산임대공급가액명세서 주요내용은 다음 <표3> 및 <표4>와 같다. <표3> 청구법인의 2015년 제2기(10.1.～12.31.) 부동산임대공급가액명세서 주요내용 <표4> 청구법인의 2016년 제1기(1.1.～3.31.) 부동산임대공급가액명세서 주요내용 (바) OOO(청구법인 지점)의 부동산임대공급가액명세서 주요내용은 다음 <표5>와 같다. <표5> OOO의 2016년 제1기(3.1.～3.31.) 부동산임대공급가액명세서 주요내용 <표6> 이 건 심판청구일 현재 쟁점건축물의 임대 현황 (사) 청구법인의 이사회의사록(2015.7.15.)에 따르면, 안건은 ‘자본금 증자 및 사옥(공장) 매입의 건’인바, 대표이사 OOO, 이사 OOO․OOO 및 감사 OOO는 자본금 OOO원을 증자하고, 공장 매입시 OOO% 이상을 은행으로부터 차입하기로 의결한 것으로 나타난다. (아) 청구법인의 이사회의사록(2015.12.16.)에 따르면, 안건은 ‘시설자금(신축자금) 융자 승인이 부결됨으로 인한 대책 마련의 건’인바, 공동대표이사 OOO․OOO, 이사 OOO 및 감사 OOO는 쟁점토지에 공장을 신축하기 위한 금융기관의 대출 승인을 받지 못해 쟁점건축물 중 공실 전체를 임대한 후, 쟁점건축물 매각을 검토하기로 의결한 것으로 나타난다. (자) 처분청 소속 세무공무원의 청구법인에 대한 부가가치세 현장확인 종결보고서(2016년 2월)에 따르면, 청구법인은 과세 및 면세 겸영사업자로서 쟁점건축물 취득시 쟁점매입세액을 안분계산하여 면세사업 해당분은 매입세액불공제하여야 함에도 전액을 매입세액공제분으로 신고하였으므로, 2015년 제2기 부가가치세 과세기간의 총공급가액 중 과세공급가액의 비율인 OOO를 초과하는 매입세액에 대해서는 매입세액불공제하여야 한다고 기재되어 있다. (차) 국세청전산망상 OOO의 사업자기본사항조회 내역에 따르면, OOO는 2016.3.3. 청구법인의 지점으로서, 사업장 소재지를 쟁점건축물로, 주업종을 부동산임대업으로 하여 개업한 것으로 나타난다. (카) 청구법인의 법인등기부등본에 따르면, 청구법인은 2016.6.13. 본점을 쟁점건축물 소재지로 이전한 것으로 나타난다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,부가가치세법제40조에서 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우 해당 사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 이를 구분할 수 없는 매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등을 적용하여 안분하여 계산한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 쟁점건축물을 취득할 당시의 의도와는 달리 공실을 제외한 부분을 기존 임차인(주식회사 OOO 및 주식회사 OOO 등 5개 업체)에게 계속 임차한 것으로 나타나는 점, 청구법인의 이사회의사록(2015.12.16.)에 따르면, 쟁점토지에 공장을 신축하기 위한 금융기관의 대출을 승인받지 못해 공실 전체를 임대한 후 매각할 것을 검토하기로 의결한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점건축물의 취득과 관련된 매입세액 중 총면적 대비 기존 임차인에게 임대한 면적의 비율에 상당하는 세액은 전액을, 나머지 면적 중 공실 부분에 대해서는 해당 매입세액에 쟁점건축물의 취득일이 속하는 과세기간의 총공급가액에서 과세사업에 관련된 공급가액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 각 공제하여 이 건 처분을 경정하고 나머지 세액은 불공제하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.