청구인들이 대주주에 해당하는지 여부 등

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인들과 그 특수관계인은 아래 <표1>과 같이 2011년말 기준으로 주권상장법인인 OOO 주식회사가 발행한 주식(이하 “쟁점주식”이라 한다)을 보유하고 있었다. 청구인들은 2012년 중에 쟁점주식 중 청구인 OOO은 OOO주를, 청구인 OOO는 OOO주를 양도하면서 소득세법 제94조 및 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 규정한 대주주에 해당하지 아니한 것으로 보아 양도소득세를 신고하지 아니하였다. <표1> 2011년말 기준 쟁점주식 보유 합계
• 나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2011년말 기준으로 청구인들이 대주주(청구인들과 그 특수관계인이 보유한 쟁점주식을 합산할 경우 쟁점주식 시가총액이 OOO원을 초과)에 해당하는 것으로 보아 이에 대한 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2015.9.15. 및 2015.9.17. 청구인들에게 2012년 귀속 양도소득세 합계 OOO원(청구인 OOO OOO원, 청구인 OOO OOO원)을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2015.12.11. 및 2015.12.15. 심판청구를 각 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인들은 2011년말 현재 <표1>과 같이 쟁점주식을 보유한 것은 사실이나 OOO원 이상의 주식을 보유한 대주주가 아니다. 처분청은 관련 친족들의 보유주식을 합산하여 OOO원 이상의 대주주라고 하나 청구인들은 주식을 사거나 팔 때 관련 친족들의 주식 보유 현황을 알지 못하였다. 더구나, 아버지 OOO과 어머니 OOO는 2011년경부터 사실상 별거하다가 2015.10.5. 이혼하여 특수관계에 있지 않아 청구인들의 주식양도소득은 과세대상에 해당하지 아니한다. 2015년 3월 처분청의 해명요구를 받고 그들의 보유현황을 알기 위하여 정보공개를 요청하여도 금융거래 및 비밀보장에 관한 법률 제4조에 의하여 정보공개가 불가하여 역시 그들의 보유현황을 알 수 없었다(2015.6.11. OOO OOO). 아무도 독자적으로 대주주에 해당하지 않고, 모두 합산하여야 OOO원 이상의 대주주가 되는 상황에서 청구인들이 독자적으로 대주주 또는 양도세 과세대상임을 알 수 있는 방법이 없다. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 “자통법”이라 한다) 제9조에서 대주주를 “임원의 임명 등의 방법으로 법인의 주요 경영사항에 대하여 사실상 영향력을 행사하는 주주”라고 규정되어 있는바, 청구인들과 그와 특수관계인은 그러한 영향력을 행사한 적도 없음에도 청구인들과 그와 특수관계인을 대주주라 하는 것은 이치에도 맞지 않는다. 전국적인 전산망을 가지는 국세청이 납세의무자에게 합산내역 및 양도소득세 납세 대상임을 고지하여야만 알 수 있음에도 그러한 절차 없이 양도소득세를 소급하여 부과하는 것은 기본권 마저 침해한 무효의 처분인 것이다.

(2) 쟁점주식에는 우선주 OOO원(OOO OOO원, OOO OOO원)이 포함되어 있는바, 이를 제외하면 OOO원으로 대주주에 해당되지 않는다. 자통법 제9조 제1항에서 대주주를 규정할 때 “법인의 의결권 있는 발행 주식을 기준으로 본인 및 대통령령으로 정하는 특수관계자”라고 규정하여 의결권 없는 우선주를 대주주 기준에서 제외한다는 것을 분명히 하고 있다. 우선주는 발행할 때부터 명확히 구별될 뿐 아니라, 의결권 유무로 인하여 그 주가에 있어서도 2~3배의 차이가 있고 증권시장에서도 우선주를 명시할 때는 “○○회사우선주” 또는 “○○회사(우)”라고 명확하게 구별해서 표시함으로써 서로 다른 종목의 주식으로 취급한다. 소득세법 시행령제157조에 법인의 주식 또는 출자지분을 “주식등”이라 하고 이에 대하여 ‘신주인수권과 증권예탁증권을 포함한다’고 할 뿐, 우선주는 포함하고 있지 아니하다.

(3) (청구인 OOO 관련) 양도차익을 계산함에 있어서도 청구인 OOO의 거래내역을 계좌별로 선입선출법을 적용하여 취득원가를 산정하였으나 청구인 OOO의 거래내역 전체를 기준으로 하여 각 거래의 취득원가를 확인할 수 있으므로 이를 재계산하면 2012년 총양도차익을 OOO원으로 하여 경정함이 타당하다.

• 나. 처분청 의견 (1)소득세법제94조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타 주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 OOO원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타 주주를 대주주의 범위로 규정하고 있다. 따라서 쟁점주식의 평가액이 OOO원 이상으로 나타나므로 청구인들과 그와 특수관계인은 대주주에 해당한다. 청구인들은 자통법 제9조에서 규정하고 있는 대주주의 요건을 적용하여야 한다고 하나, 소득세법제94조에서는 주권상장법인의 정의만을 자통법에서 차용하고 있을뿐, 그 외 요건에 대하여는 소득세법 제94조 제3항 및 같은 법 시행령 제157조 제4항 제1호 및 제2호에서 규정하고 있으므로 청구인의 주장은 이유 없다. 청구인들은 그와 특수관계인이 쟁점주식을 얼마나 보유하고 있는지 알 수 있는 상황이 아니므로 양도소득세 납세의무를 지우는 것이 부당하다고 주장하나, 청구인들이 양도소득세 과세대상이 될 정도의 규모의 상장주식을 소유한 주주로서 조금만 관심과 주의를 기울였다면 청구인들이 대주주에 해당되는지 여부를 충분히 예측할 수 있었으므로 이를 부당하다고 주장할 수는 없다. (2) 소득세법 시행령제157조 제4항에서 대주주 판정요건을 “법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인”이라고만 규정하고 있을뿐, 법인의 의결권이 있는 주식에만 한정한다는 규정은 없으므로 소득세법 제97조 및 같은 법 시행령 제157조에 따른 대주주를 판정할 때에는 우선주도 포함되어야 한다.

(3) (청구인 OOO 관련) 청구인 OOO은 쟁점주식을 OOO에서 개설한 거래계좌(이하 “쟁점1계좌”라 한다)와 OOO에서 개설한 거래계좌(이하 “쟁점2계좌”라 한다)를 이용하여 거래하고 있으며, 쟁점주식이 각 계좌별로 거래가 이루어지는 사실을 확인하고, 쟁점주식의 양도시기 및 취득시기가 분명히 구분․관리되고 있는 것으로 보아 2012.3.16. 쟁점2계좌에서 쟁점1계좌로 OOO주가 대체입고되기 전까지는 각 계좌별로 구분하여 쟁점주식 양도에 대한 취득가액을 계산하였고, 쟁점2계좌 잔여 주식 OOO주가 쟁점1계좌로 대체입고된 이후 양도분에 대하여는 그 취득시기가 분명하지 아니한 것으로 보아 먼저 취득한 주식을 먼저 양도된 것으로 보아 취득가액을 산정하여 양도차익을 계산하였으므로 청구주장은 타당하지 아니하다.

• 가. 쟁 점

(1) 청구인들이 대주주에 해당하는지 여부

(2) 대주주 요건 판정시 우선주를 제외하여야 하는지 여부

(3) 쟁점주식의 취득가액을 산정할 때 취득시기가 불분명한 것으로 보아 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 양도차익을 계산한 것이 부당하다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제94조 [양도소득의 범위] 1) 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 (2) 소득세법 시행령 제157조 [증권예탁증권 및 대주주의 범위] 4) 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 부터 제3항까지의 규정에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 3(코스닥시장상장법인의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 5. 이하 이 조에서 같다) 이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 100억원(코스닥시장상장법인의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 50억원) 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 제162조[양도 또는 취득의 시기] 5) 법 제98조 및 이 조 제1항을 적용할 때 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.

(3) 국세기본법(2013.1.1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

20. "특수관계인"이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 세법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

• 가. 혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계 (4) 국세기본법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24366호로 개정되기 전의 것) 제1조의2[특수관계인의 범위] 1) 법 제2조 제20호 가목에서 "혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다.

1. 6촌 이내의 혈족

2. 4촌 이내의 인척

3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함한다)

4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자ㆍ직계비속

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점1)에 대하여 살펴본다. (가) 청구인들은 OOO과 어머니 OOO가 2011년경부터 사실상 별거하다가 2015.10.5. 이혼함으로 인하여 특수관계에 있지 않아 청구인들의 주식양도소득이 과세대상에 해당하지 아니한다고 하면서 그 증빙으로 OOO 확인서(OOO, 협의이혼의사확인신청, 2015.10.5.), 주민등록초본 OOO(아버지)․OOO(어머니), 가족관계증명서 등을 제출하였고, OOO확인서에 의하면, OOO과 OOO는 진의에 따라 서로 이혼하기로 합의되었음이 틀림없음을 확인한다고 기재되어 있다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 청구인들과 특수관계자가 소유한 쟁점주식의 시가총액이 OOO원 이상이므로 청구인들은 관련 법령상 양도소득세 납세의무자에 해당되는 점, 상장주식 양도차익이 과세대상이 되는 대주주에 해당하는지 여부를 해당주식을 양도한 주주 1인만을 기준으로 하지 아니하고, 주주 및 특수관계자를 합산하여 양도소득세를 과세하는 방식이 해당 법령의 입법목적에 비추어 타당성이 있는 점, 청구인들이 제시한 증빙만으로는 대주주 여부를 판단하는 시점인 2011년말 현재 OOO과 OOO가 특수관계자의 범위에서 제외된다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(2) 다음으로, 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점2)에 대하여 살피건대, 이 건 양도소득세 조항의 입법취지는 대량의 주식을 보유한 대주주 일가의 주식 명의 분산 및 그 분산된 주식의 양도를 통한 변칙증여를 방지하고 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와 과세형평을 기하기 위한 목적으로 상장주식의 양도차익을 양도소득세 과세대상으로 포함하였는데, 다만 상장주식 양도차익에 대한 과세로 인해 장래 예상되는 자본시장에 대한 부정적 영향과 투자 위축을 줄이기 위해 정책적으로 과세범위를 조정하는 등 유연한 대응이 필요하므로, 주권상장법인의 주식을 양도한 경우 양도소득에 대하여는 대주주의 양도소득 등으로 과세대상을 제한하되, 구체적인 과세대상에 관하여는 시행령에 위임하게 된 것인바(헌법재판소 2015.2.26. 선고 2012헌바355 결정), 위 법령의 입법목적에 비추어 볼 때 우선주를 배제하여 판단할 이 유가 없어 보이는 점, 대주주의 범위에 관하여는 소득세법 시행령에 위임하였으므로 자본시장과 금융투자업에 관한 법률이 아닌 소득세법 시행령에 따른 대주주의 범위를 판단하여야 하고, 소득세법상 우선주를 배제하라는 명문규정이 없는 점 등에 비추어 이에 대한 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2015서5504, 2016.6.3. 같은 뜻임).

(3) 마지막으로, 쟁점3)에 대하여 살펴본다. (가) 처분청이 제시한 청구인 OOO 쟁점주식 양도내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> OOO 쟁점주식 양도내역 (나) 처분청은 위 <표2>에 대하여 아래와 같은 의견을 제시하였다. 1) 쟁점1계좌와 쟁점2계좌를 살펴보면, 거래일자ㆍ거래수량ㆍ단가ㆍ취득가액 또는 양도가액ㆍ거래수수료ㆍ증권거래세ㆍ농어촌특별세 등의 거래명세가 항목별로 빠짐없이 기재되어 있어 쟁점주식이 각 계좌별로 구분되어 거래가 이루어지는 사실을 확인할 수 있으므로, 각 계좌별로 그 양도가액과 취득가액을 별도로 계산하는 것이 타당하며, 각 계좌별로 양도한 주식의 취득시기가 분명하지 아니한 경우 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보아야 한다.

2. 따라서, 2012.3.16. 쟁점2계좌 잔여주식 OOO주가 쟁점1계좌로 대체입고되기 전까지는 각 계좌별로 구분하여 쟁점주식 양도에 대한 취득가액을 계산하고, 쟁점2계좌 잔여주식 OOO주가 쟁점1계좌로 대체입고된 2012.3.16. 이후 양도된 쟁점주식의 경우 그 취득시기가 분명하지 아니하므로 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도된 것으로 보아 그 취득가액을 계산한 조사청의 당초 처분은 정당하다. (다) 이에 대하여 청구인 OOO은 아래 <표3>과 같이 양도차익 계산내역을 제시하였으나, 취득수량과 취득가액이 소득세법령에 정한 방식이라는 객관적인 자료는 제시하지 못하였다. <표3> 청구인 OOO이 제시한 양도차익 계산내역 (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점1계좌와 쟁점2계좌를 기초로 2012.3.16. 기준으로 하여 쟁점주식의 취득가액을 소득세법령에서 정한 방법에 따라 합리적으로 계산한 반면, 청구인은 취득수량과 취득가액을 소득세법령에 정한 방식이 아니라 임의적 으로 계산하여 제시하였으므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.