쟁점인건비의 내용이 연구개발활동에 포함되는 것으로 보기 어려우므로 조세특례제한법상 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당되지 않는 것으로 보아 이를 배제하고 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단됨
쟁점인건비의 내용이 연구개발활동에 포함되는 것으로 보기 어려우므로 조세특례제한법상 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당되지 않는 것으로 보아 이를 배제하고 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단됨
심판청구를 기각한다.
(1) 2010사업연도 법인세 신고시 교육프로그램 연구‧개발활동에 대한 인건비 지출액 OOO원(이하 “쟁점인건비”라 한다) 등에 대해 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따라 OOO원의 연구‧인력개발비 세액공제를 적용하였고, 2010사업연도에 세액공제를 받지 못한 인건비 지출액에 대해 2013사업연도 법인세 신고시 OOO원의 연구‧인력개발비 세액공제를 적용하였으며,
(2) 청구법인의 대표이사인 OOO으로부터 2011.12.30. 주식회사 OOO(이하 “청구외법인”이라 한다)의 주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 OOO원에 매수하는 계약을 체결하였다.
(1) 쟁점인건비는 과학기술분야의 연구․개발활동에 사용된 것으로 볼 수 없어 조특법상 연구개발비 세액공제 적용대상이 아닌 것으로 보아 관련 자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점인건비에 대한 세액공제를 부인하여 청구법인에게 2015.12.4. 2010사업연도 법인세 OOO원을, 2016.5.9. 2013사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하는 한편,
(2) 청구법인이 OOO으로부터 쟁점주식을 고가양수한 것으로 보아 쟁점주식 거래에 대한 시가를 법인세법 시행령제89조 제1항에 따라 제3자간 거래가액인 1주당 OOO원으로 산정하여 2015.12.4. 시가OOO와 대가OOO와의 차액인 OOO원을 대표이사인 OOO에게 상여로 소득처분하는 소득금액변동통지를 하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인 내 설치되어 있는 기업부설연구소인 주식회사 OOO(이하 “쟁점연구소”라 한다)는 1999.10.22. OOO협회로부터 구 기술개발촉진법상의 연구소로 인정받았고 전문연구원들이 연구활동을 수행하여 청구법인 특유의 교육프로그램을 개발하고 있다. (가) 청구법인은 OOO의 학습이론을 토대로 한 OOO 학습법을 고유의 학습이론으로 보유하고 있고, 쟁점연구소에서는 OOO 교육원리에 따라 학습자들이 수학․과학적 관념을 이해하고 창의력을 배양할 수 있도록 하는 학습기법을 연구․개발하고 있다. 이러한 학습법 개발은 교육학과 심리학 등 사회과학분야의 기술적 진전을 위한 활동이고, 청구법인은 타사와 구분되는 독창적인 교수기술력을 가지고 있다. (나) 청구법인은 컴퓨터 온라인 교육프로그램의 개발활동을 지속적으로 영위하고 있는바, 2006～2007년에는 외주업체와 OOO프로그램을 개발하였고, 2007～2009년에는 수학 OOO프로그램을 개발하였으며, 2007～2008년 기간 동안에는 오프라인에서 학습한 내용과 연계하여 온라인상에서 심화, 반복학습을 수행하고 과제 및 평가를 수행할 수 있는 컴퓨터 프로그램(OOO, 이하 “OOO프로그램”이라 한다)을 개발하였고, 2011년 OOO프로그램에 관하여 온․오프라인이 연계된 학습시스템 및 방법이라는 명칭으로 특허를 취득하였다. OOO프로그램을 개발한 이후에도 프로그램의 업그레이드, 유지 및 보수활동을 하였고 OOO프로그램에 사용되는 교육용 PC게임 등 온라인 컨텐츠를 개발하였으며, 2010～2011사업연도에는 온라인 관찰평가 시스템을 개발하고 관찰평가 문항을 개발하여 교육프로그램에 적용하였다. 2010년 11월 OOO협회에서 발간한 기업부설연구소 및 연구개발전담부서 신고에 관한 업무편람에서 정보처리분야의 연구개발활동으로 소프트웨어 디자인, 개발, 고안 및 유지기법에 관한 연구를 예시하고 있는바, 청구법인의 온라인 학습프로그램 개발활동은 소프트웨어개발에 관련된 연구에 해당하므로 OOO협회가 인정하는 과학기술분야의 연구개발활동이라 할 수 있다. 또한, 쟁점연구소에서는 초등수학 및 과학교육을 위하여 교재뿐만 아니라 교구를 개발하고 있는바, 이러한 개발활동은 제품개발과 산업디자인 개발활동에 해당한다. 따라서, 쟁점연구소는 교수법 발전을 위한 연구를 수행하면서 컴퓨터 프로그램을 개발하고 특허를 취득하는 등 활발한 연구개발활동을 영위하고 있는바, 연구분야 및 연구활동의 내용을 고려할 때 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당한다 할 것이다. (다) 조특법 시행령 별표6 제1호 가목 및 같은 법 시행규칙 제7조 제1항 제1호 및 제3항에 따르면, 기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 OOO협회로부터 인정받은 기업부설연구소에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자에 대한 인건비는 연구 및 인력개발비 세액공제대상에 해당한다고 규정하고 있는바, 1999년 최초로 구기술개발촉진법상의 기업부설연구소로 인정받은 이래로 2011년까지 기업부설연구소로 인정받아 왔음을 확인할 수 있다.
(2) 청구외법인은 OO, OO 및 OO학 연구개발업을 영업목적으로 2006.5.8. 설립되었고 2009년 9월 전환가격을 주당 OOO원으로 하여 OOO원의 전환사채를 발행하였으며, 2011년 3월경 주당 OOO원으로 증자를 한바 있다. 청구외법인의 주식은 특수관계여부를 불문하고 아래 <표1>과 같이 OOO원에서 OOO원 사이의 가격으로 지속적으로 거래되었다. <표1> ◯◯◯ 청구법인의 최대주주이자 대표자인 OOO은 청구외법인의 주식을 2011.1.26. 법인세법상 특수관계가 존재하지 않는 청구외법인의 주주인 OOO로부터 1주당 OOO원에 OOO주를 취득하고, 2011.3.16. 유상증자에 참여하여 주당 OOO원에 총 OOO주를 취득하였다 OOO은 2011.12.30. 청구외법인의 주식 OOO주(쟁점주식)를 특수관계자인 청구법인에게 1주당 OOO원에 매각하였고, 청구법인은 2015.6.30. 청구외법인의 주식 OOO주OOO 중 OOO주는 주당 OOO원에 나머지 OOO주는 1주당 OOO원에 OOO에게 매도하였다. 쟁점주식거래의 당사자인 OOO은 비특수관계자 간 거래가격인 주당 OOO원과 유상증자시 거래가격인 주당 OOO원을 고려하여 매도가액을 OOO원으로 정한 것이다. OOO이 1주당 OOO원에 청구외법인의 주식을 취득할 수 있는 전환사채를 2009년에 취득하였고, 2011년 12월까지 청구외법인의 주식가격에 유의적인 영향을 미칠만한 사건이나 재무상태에 큰 변화가 없이 전화사채의 행사가격과 유사하게 매도가격을 정하였다. 청구법인은 2015년 6월 OOO에게 1주당 OOO으로 쟁점주식을 매도하였는바, OOO과 청구법인은 합리적 경제인에게 기대할만한 숙고를 거쳐 쟁점주식의 1주당 가격을 OOO원으로 정한 것으로 청구법인이 OOO에게 이익을 분여하기 위한 부당행위로 볼 수 없다. 거래당사자가 특수관계자 뿐만 아니라 거래관계에 있는 모든 자와 동일한 조건으로 거래하는 경우, 그 거래가격이 시가와 비교하여 낮거나 높다 하더라도 특수관계인에게 특혜를 준 부당행위가격이라고 할 수는 없는바(대법원 1989.10.13. 선고 88누 10640 판결), 비슷한 시기에 OOO과 비특수관계인 간 거래된 주식가격OOO과 OOO과 청구법인 간 거래된 주식가격OOO 사이에 유의미한 차이가 존재하지 않음을 고려할 때 청구법인이 OOO에게 이익을 분여하고 조세를 회피한 것으로 보기 어렵다. 또한, 부당행위계산부인 규정의 적용은 과세권자의 판단이 개입하여 부당여부를 판단하게 되므로 거래당사자의 소득금액을 부인하려면 막연한 추정이나 예상 또는 개연성에 의할 것이 아니라 객관적인 증빙을 통하여 입증해야 하는 것이므로 처분청은 쟁점주식의 1주당 가격이 OOO원이라는 사실을 구체적인 증거를 통해 입증하여야 한다.
(1) 비과세 혹은 면제대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 입증책임이 있는 것이고, 판례(서울행정법원 2015.5.1. 선고 2014구합 10202 판결 등)에 의하면, 연구인력개발비의 세액공제대상이 되는 범위에는 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자만이 포함되며, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 종사하는 연구요원은 2012사업연도에 이르러서야 세액공제 대상이 된다. (가) 청구법인은 연구‧개발분야에 서비스분야를 추가한 2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 조특법을 적용하여 2010사업년도 세액공제의 적격여부를 주장하나, 해당 법 규정은 2012.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용하는 것으로 서비스업을 영위하는 청구법인이 2010사업연도에 지출한 쟁점인건비도 연구인력개발비 세액공제대상이라는 주장은 타당하지 않다. (나) 청구법인의 연구개발활동이 법률 제11133호로 개정되기 전 조특법의 적용을 받는 연구활동비에 해당하는지 여부에 대해 살펴보면, 2010년 11월 OOO협회에서 발간한 기업부설연구소 및 연구개발전담부서 신고에 관한 업무편람에서 기업부설연구소 신고주체를 열거하면서 과학기술‧정보처리‧산업디자인 분야의 연구소만 해당하는 것으로 나타나있을 뿐, 교육서비스 분야는 해당사항이 없다. 청구법인이 제출한 기업부설연구소 신고서상 연구분야는 (전기·전자) 멀티미디어컨텐츠 개발로 되어 있으나, 청구법인의 내부서류인 업무분장표 등에 나타나는 연구소 업무에는 과학기술분야연구가 확인되지 않고 교재개발이 주요 업무로 확인되므로, 이러한 학습프로그램개발은 교재개발(교육서비스)이 될 수는 있어도 정보처리로 볼 수는 없다. 청구법인은 교수법개발이 사회과학기술 분야의 활동임을 주장하기 위하여 과학기술분야의 연구·개발활동을 포괄적 개념으로 접근하려 하나, 기업부설연구소 및 연구개발전담부서 신고에 관한 업무편람 중 연구‧개발활동의 주요내용에 의하면 기업부설연구소가 인정하는 과학기술분야의 연구‧개발활동은 생명과학, 화학, 산업디자인, 전기전자, 식품, 환경, 기계, 금속, 소재, 건설 및 섬유 등 제품의 제조와 관련된 연구분야를 의미하는 것으로서, 청구법인이 2010년에 수행한 교육연구소 활동은 교재개발일 뿐 과학기술분야‧정보처리분야‧산업디자인분야의 연구활동으로 볼 수 없다. 즉, 학습프로그램 및 교구개발 등의 경우 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동이라기보다는 새로운 서비스 및 서비스 전달 체계를 개발하기 위한 활동인 교육서비스 개발이라고 보는 것이 타당하므로 청구법인의 2010년도 연구활동은 조특법상 연구개발비 세액공제 대상의 연구개발활동이라고 보기 어려운 바, 처분청이 쟁점인건비에 대해 연구인력비 세액공제를 부인하여 법인세를 부과한 처분은 정당하다.
(2) 대법원 판례(대법원 2006.1.12. 선고 2005구937 판결)에 따르면, 시가라 함은 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가치를 의미하는 것으로, 증권거래소에 상장되지 않은 비상장주식이라도 위와 같은 객관적인 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래의 실례가 있으면 그 거래가격을 시가로 봄이 상당하다. 청구주장대로 청구법인과 OOO과의 거래가격을 시가로 보기 위해서는 법인세법 시행령제89조 제1항에 따라 해당 거래와 유사한 상황에서 거래된 가격이어야 하는데, 주식발행법인이 신주를 발행하여 추가로 자본을 조달하는 유상증자와 소유주식을 처분하는 쟁점주식의 매매거래는 유사한 상황이라고 볼 수 없어, 유상증자시의 1주당 OOO원을 고려하여 산정한 쟁점주식 거래 시의 1주당 OOO원을 시가라고 보기는 어렵다. 청구법인이 2015년 6월 청구외법인의 주식을 OOO에게 1주당 OOO원에 매도한 것은 쟁점주식의 거래시기인 2011.12.30.로부터 3년 이상 지난 시점의 가액이고, OOO이 청구외법인의 주식을 1주당 OOO원에 취득할 권리를 부여받은 것은 전환사채를 인수한 것으로 이 건 거래와 유사한 상황이라고 볼 수 없다. 쟁점주식이 거래된 날과 같은 시기인 2011.8.9.～2011.9.9. 기간 동안 OOO가 OOO 외 10명에게 11차례에 걸쳐 청구외법인의 주식을 1주당 OOO원에 거래한 사실이 확인된다. OOO가 OOO 외 10명과 매매한 거래는 각 거래별 매매수량이 OOO주에 불과하여 2011사업연도 청구외법인의 총발행주식 OOO주의 0.3%에 지나지 않으나, 11건의 총 주식거래량은 OOO주로서 총발행주식의 3%에 해당하여 당해 거래가 주식의 시가를 반영한 것으로 볼 수 있다. 참고로 청구법인은 2011년 1월 OOO에 대한 대여채권이 OOO원이 있었으나, 쟁점주식의 거래로 OOO 대여채권 OOO원과 상계하는 회계처리를 하였으므로, OOO의 채무를 변제하기 위한 목적으로 쟁점주식을 고가로 양수한 혐의가 있다. 따라서, OOO가 OOO 외 10명과 거래한 가격인 1주당 OOO원을 법인세법 시행령제89조 제1항에 따라 해당 거래와 유사한 상황에서 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에 해당하는 것으로 보아, 쟁점주식의 시가를 1주당 OOO원으로 하여 청구법인에게 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하고 그 거래가액과 시가와의 차액을 청구법인의 대표자인 OOO에게 상여처분한 당초 처분은 정당하다.
② 쟁점주식의 법인세법상 시가를 얼마로 볼 것인지 여부
(1) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제9조[연구·인력개발준비금의 손금산입] ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.
② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.
1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.
2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구·인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다.
⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. 제10조[연구·인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25 (2) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제8조[연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.
② 제1항의 연구개발활동에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.
2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험
4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동
5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무
6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동
[별표 6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련) 구분 비용
① 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 "전담부서"라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비
② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)
③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구·시험용 시설(제10조 제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목ⓛ에 규정된 기관의 연구·시험용 시설의 이용에 필요한 비용 이하 생략 (3) 조세특례제한법 시행규칙(2012.2.28. 기획재정부령 제264호로 개정되기 전의 것) 제7조[연구 및 인력개발비의 범위] ① 영 제8조 제1항에 따른 영 별표 6의 제1호 가 목에서 "전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "일반연구개발 전담부서"라 한다)를 말한다.
1. 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서
2. 문화산업진흥기본법 시행규칙 제11조의6 에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서로서 문화체육관광부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 문화산업의 연구개발활동 여부를 고려하여 고시하는 연구소 또는 전담부서
② 영 제9조 제1항 제1호 및 같은 조 제2항 제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 연구소 및 전담부서"란 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 연구소 및 전담부서로서 영 제9조 제1항 제1호 및 같은 조 제2항 제1호에 따른 신성장동력산업연구개발업무 및 원천기술연구개발업무(이하 이 항에서 "해당업무"라 한다)만을 수행하는 연구소 및 전담부서(이하 이 조에서 "신성장동력산업·원천기술연구개발 전담부서"라 한다)를 말한다. 다만, 일반연구개발 전담부서가 있는 경우로서 그 전담부서 내에 해당업무에 관한 별도의 조직을 구분하여 운영하는 경우에는 이를 신성장동력산업·원천기술연구개발 전담부서로 본다.
③ 영 제8조 제1항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목①에서 "기획재정부령이 정하는 자"란 일반연구개발 전담부서에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.(각 호 생략)
(4) 법인세법(2011.12.31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것) 제52조[부당행위계산의 부인] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. (5) 법인세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) 제89조[시가의 범위 등] ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 나타난 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2010～2013사업연도에 교육연구소의 연구인력 인건비와 디자인인력 인건비를 연구개발비 세액공제 대상금액으로 산정하여 아래 <표2>와 같이 신고하였다. <표2> ◯◯◯ (나) 청구법인이 2011.1.13. 사단법인 OOO협회에 신고한 기업부설연구소 신고서상의 주요내용은 아래 <표3>과 같고, 청구법인이 제출한 기업부설연구 신고서상 연구내용 등은 아래 <표4>와 같다. <표3> ◯◯◯ <표4> ◯◯◯ (다) 2010년 11월 OOO협회가 발간한 기업부설연구소 및 연구개발전담부서 신고에 관한 업무편람을 보면, 연구소의 연구개발활동의 범위는 과학기술분야로 한정되고, 직접적인 생산활동은 연구개발활동으로 볼 수 없으며, 과학기술분야란 자연과학, 응용과학, 공학 및 생산기술을 포함하는 것으로 자연의 성질을 연구하는 과학과 과학적 지식을 응용하는 공학을 바탕으로 인간 생활에 필요한 도구나 기계, 재료 등을 개발하고 만드는 포괄적 개념으로 시장조사, 경제동향 연구 등 사회과학분야의 연구개발은 연구소 설립신고 대상에서 제외된다고 정의하였고, 연구개발활동을 정보처리분야, 산업디자인분야, 건설분야 및 환경분야로 분류하였다. (라) 청구법인 대표이사(OOO)가 청구외법인의 주식을 거래한 내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> (마) 조사청이 확인한 OOO에 대한 청구법인의 단기채권 계정별 원장을 보면, 아래 <표6>과 같이 청구법인은 OOO에게 2011.1.27. OOO원을 대여한 후 2011.12.30. OOO원을 상환받은 것으로 되어 있다. <표6> ◯◯◯ (바) OOO공단은 2009.9.16. 주당 액면가 OOO원OOO의 상환전환우선주를 발행하는 내용으로 한 전환사채인수계약을 청구외법인과 체결하고, 청구외법인이 발행하는 전환사채OOO를 인수하였다. (사) 청구외법인의 2010～2012사업연도별 총 발행주식수 및 양수도주식수는 아래 <표7>과 같다. <표7> ◯◯◯
(2) 청구법인의 주장 및 관련 증빙은 다음과 같다. (가) 특허청장이 2011.6.29. 및 2011.7.11. 청구법인에게 발급한 특허증을 보면, 발명자는 OOO, 발명의 명칭은 온․오프라인이 연계된 학습시스템 및 방법으로 특허등록원부에 등록되었다고 되어 있고, 특허증과 함께 제출한 요약서 및 도면 등을 보면, 본 발명은 오프라인에서 학습한 내용을 온라인상에서 과제를 수행하고 학생의 학습정도, 능력 및 성취도에 따라 단계별로 심화, 반복학습을 수행할 수 있는 온․오프라인 학습시스템 및 방법에 관한 것이라고 기재되어 있다. (나) OOO이 1999.10.22. 발급한 기업부설연구소 인정서를 보면 쟁점연구소가 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조, 같은 법 시행령 제16조 제1항 및 제27조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정한다고 되어 있다. (다) 2010년 쟁점연구소의 조직도와 업무기술서를 보면 초등수학, 중등수학, 초등과학, 중등과학 및 유아팀으로 팀이 분류되어 각 팀별로 콘텐츠 개발 및 교재개발 등의 업무를 수행한 것으로 되어 있다. (라) 양도인인 OOO, 양수인인 OOO 등 11명이 체결한 청구외법인의 주식에 대한 주식매매계약서를 보면, 각 OOO주를 1주당 OOO원에 양도한 것으로 되어 있고, OOO와 청구법인간 체결한 주식매매계약서를 보면, 청구법인은 2015.6.30. 청구외법인의 주식 OOO주는 주당 OOO원에 나머지 OOO주는 1주당 OOO원에 OOO에게 각 매도한 것으로 기재되어 있으며, 청구법인은 청구주장에 대한 증빙으로 그 밖에도 OOO과 청구외법인간 체결한 전환사채인수계약서(2009.9.16.) 등을 제출하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점연구소가 연구개발비 세액공제 적용대상인 기업부설연구소로 교수법 발전을 위한 연구를 수행하면서 컴퓨터 프로그램을 개발하고 특허를 취득하는 등 연구개발활동을 영위하였으므로 이에 대한 지출액인 쟁점인건비는 조특법상 연구개발비 세액공제대상이라고 주장하나, OOO협회가 발간한 기업부설연구소 및 연구개발전담부서 신고에 관한 업무편람에서 연구소의 연구개발활동은 과학기술분야로 한정되고, 직접적인 생산활동은 연구개발활동으로 볼 수 없는 것으로 되어 있는바, 기업부설연구실적 신고서상 쟁점연구소의 주 연구내용은 멀티미디어 컨텐츠개발이고, 2010년 쟁점연구소의 조직도와 업무기술서 등에 의하면, 초등수학, 중등수학, 초등과학, 중등과학 및 유아팀으로 팀이 분류되어 각 팀별로 콘텐츠 개발 및 교재개발 등의 업무를 수행한 것으로 보여 연구개발활동에 포함되기 어려운 것으로 판단되므로 쟁점인건비가 조특법상 연구․인력개발비 세액공제 대상에 해당되지 않는 것으로 보아 이를 배제하고 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
(4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점주식을 거래할 당시 비특수관계자간 거래가격OOO, 유상증자시 거래가격OOO, 전환사채발생시 전환가격OOO 및 청구법인이 OOO에게 매도한 가격OOO 등을 고려하여 쟁점주식의 1주당 가격을 OOO원으로 정한 것이므로 OOO으로부터 쟁점주식을 고가로 양수한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 대표자에게 상여처분한 것은 부당하다고 주장하나, 법인세법 제52조 제2항 및 같은 법 시행령 제89조 제1항에 의하면 부당행위계산을 부인할 때 기준이 되는 시가는 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격을 의미하는 것인바, 2011년 중 청구외법인의 주식은 1주당 OOO원에 11명과 거래가 되었고 그 거래의 비중은 총 발행주식의 약 10%이고 각 거래별로는 총 발행주식수의 약 0.3%～3% 비중이며, 매도인인 주식발행법인의 대표이사와 매수인들과는 특수관계에 있다는 사실이 확인되지 아니하는 점, 유상증자가격과 전환사채발행에 따른 전환가액은 쟁점주식의 거래와 유사한 상황이라 보기 어렵고 청구법인이 2015년 6월 OOO에게 1주당 OOO원으로 쟁점주식을 매도한 것은 쟁점주식의 거래 시점(2011.12.30.)에서 3년 이상이 경과한 점 등에 비추어 쟁점주식의 시가를 OOO원으로 보아 시가와 대가의 차액을 OOO에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.