조세심판원 심판청구 양도소득세

법인전환으로 양도소득세의 이월과세를 적용받았다가 사후관리 규정의 위반에 해당한다 하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2016-서-1185 선고일 2016.06.03

청구인 등은 이미 주식 전부를 양도하였으므로 법인의 사업을 폐지하는 경우의 사후관리 규정을 적용하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

[주 문] OOO세무서장이 2015.8.11. 청구인 김OOO에게 한 2011년 귀속 양도소득세 OOO원 및 김OOO에 대한 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 청구인 김OOO․김OOO․김OOO에게 납세의무를 승계시켜 납부․통지OOO한 처분은 이를 취소한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인 김OOO와 청구인의 남편 김OOO은 OOO리 71-2 구거 407㎡ 및 같은 리 71-5 대 4,568㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 지분 각 2분의 1 지분을 보유하다가 2011.4.13. 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)에 현물출자하고 조세특례제한법제32조에 따른 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세 규정을 적용하여 양도소득세를 신고하였다.
  • 나. 김OOO은 김OOO와 함께 2012.6.29. 현물출자에 따라 취득한 OOO 주식 150,800주(지분율 100%)를 주OOO에게 양도한 후 2012.7.2. 사망하였고, 쟁점토지는 2014.12.24. 임의경매로 매각되었다.
  • 다. 처분청은 OOO가 쟁점토지의 취득일로부터 5년 내에 매각함에 따라조세특례제한법제32조 제5항 제1호에 따른 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세 사후관리 규정을 위배하였다고 보아 2015.8.11. 김OOO에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원 및 사망한 김OOO의 2011년 귀속 양도소득세 OOO원에 대하여는 상속인들에게 납세의무를 승계OOO시켜 납부․통지하였다.
  • 라. 청구인들은 이에 불복하여 2015.10.29. 이의신청을 거쳐 2015.3.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인들 주장

(1) 주식의 양도일 이후의 법인 존폐여부는 양수인의 전적인 권한이므로 사업폐지에 따른 책임을 양도자인 청구인들에게 묻는 것은 부당하다. 청구인 김OOO와 청구인의 남편 김OOO은 2012.6.29. OOO 주식 전부를 주OOO에게 양도하였으며, 해당 매매일에는 「조세특례제한법」 제32조 규정의 주식 처분에 따른 양도소득세 사후관리 규정이 없었다. 배타적 소유권이 인정되는 재산인 주식이 타인에게 양도되는 경우 해당 주식에 대한 모든 권리와 의무가 그 재산의 양수인에게 이전된다고 보는 것이 타당하고, 양도일 이후에 설립된 법인의 존폐 여부는 양수인이 영향력을 행사하고 있었음에도 사업폐지일 현재 주주 또는 임직원도 아니었던 청구인들에게 사업폐지(사업용 고정자산의 처분)에 따른 양도소득세를 과세하는 것은 부당하다. 청구인들에게 이월된 양도소득세를 과세하는 것은 개인에서 인적·물적 동원이 훨씬 용이한 법인으로 전환을 유도함과 동시에 양도소득세 부담을 이월하여 법인전환을 용이하게 하고자 하는조세특례제한법상의 입법취지에도 부합하지 아니하고, 조세특례의 사후관리 기간 중 사망은 부득이한 사유에 해당하여 현행 조세특례제한법 시행령제29조 제7항에서도 ‘거주자가 사망하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우’에는 이월된 양도소득세의 추징사유에 해당하지 아니하는바, 조세특례의 사후기간 중 김OOO은 이미 사망하였고 해당 사망일 이후에 법인의 사업이 폐지되는 추징사유가 발생하였다면 피상속인에게 조세특례의 사후관리는 종료된 것으로 보아야 한다.

(2) OOO의 사업용 고정자산인 쟁점토지가 임의경매되었으므로 추징사유에서 제외되는 파산에 해당된다. OOO의 사업 폐지상황을 살펴보면, 2014.10.15. 임의경매로 인하여 사업용 고정자산이 양도되고 이러한 절차의 후속수순으로 2014.12.24. 법인의 사업이 폐지된바, 설령 현행 「조세특례제한법」 제32조 제5항 제1호 를 적용한다 할지라도 같은 법 시행령 제29조 제6항 제1호(전환 법인이 파산하여 승계 받은 자산을 처분하는 경우)의 규정을 적용하여 양도소득세에 대한 이월과세 사후관리 규정은 적용되지 아니하는 것이 타당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) OOO는 사업용 고정자산인 쟁점토지를 취득일로부터 5년 이내에 양도하여 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세의 사후관리 규정인조세특례제한법제32조 제5항 제1호 및 같은 법 시행령 제29조 제6항의 승계받은 사업을 폐지하는 경우(사업의 폐지란 사업용 고정자산의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우를 말함)에 해당하여 이 건 양도소득세를 과세한 것이다.

(2) 청구인들은 사후관리 규정의 예외사유인 거주자의 사망으로 주식을 처분하는 경우나 전환법인이 파산하여 자산을 처분하는 경우에 해당한다고 주장하나, 거주자의 사망은 주식의 양도에 대하여 적용하는 것이고(처분청은 사업용 자산의 폐지사유로 과세), 전환법인인 OOO의 파산 신청 및 선고 관련 입증서류 없이 임의경매로 매각된 사실만으로는 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 법인전환으로 양도소득세의 이월과세를 적용받았다가 사후관리 규정의 위반에 해당한다하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 조세특례한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. “이월과세(移越課稅)”란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산등”이라 한다)을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 소득세법 제94조 에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다. 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조 제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

(2) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ⑤ 제1항에 따라 설립되는 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 산출세액을 해당 거주자로부터 징수한다.

1. 해당 법인이 법인전환 후 5년 이내에 사업을 폐지하는 경우

2. 해당 법인이 법인전환 후 5년 이내에 법인전환 당시 자본금의 100분의 50 이상을 유상감자 하는 경우 부칙 제12조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례) 제32조 제5항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 사업을 폐지하거나 유상감자하는 분부터 적용한다.

(3) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 것) 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우 부칙 제11조(중소기업 간의 통합 및 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례) 제31조 제7항 및 제32조 제5항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 승계받은 사업을 폐지하거나 취득한 주식 또는 출자지분을 처분하는 분부터 적용한다. (4) 조세특례제한법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정된 것) 제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ②법 제32조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

⑥ 법 제32조 제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 “전환법인”이라 한다)이 같은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도·양수의 방법으로 취득한 사업용 고정자산의 2분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조 제5항 제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. 전환법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우

2. 전환법인이

법인세법 제44조 제2항 에 따른 합병, 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조 제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2 제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우

3. 전환법인이 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도에 따라 자산을 장부가액으로 양도한 경우

4. 전환법인이 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우

⑦ 법 제32조 제5항 제2호의 처분은 주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자를 포함한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. 법 제32조 제1항을 적용받은 거주자(이하 이 조에서 “해당 거주자”라 한다)가 사망하거나 파산하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

2. 해당 거주자가

법인세법 제44조 제2항 에 따른 합병이나 같은 법 제46조제2항에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

3. 해당 거주자가 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도, 법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환·이전 또는 법 제38조의2에 따른 주식의 현물출자의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

4. 해당 거주자가 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

5. 해당 거주자가 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인 김OOO 및 청구인의 남편 김OOO은 쟁점토지에 대하여 부동산임대업을 영위하다가 2011.4.13. OOO에 현물출자하고 2011.5.31. 「조세특례제한법」 제32조 에 따른 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세를 적용하여 아래 <표1>과 같이 양도소득세 신고를 하였다. <표1> 양도소득세 신고내역 (나) 김OOO와 김OOO은 쟁점토지를 현물출자함에 따라 취득한 OOO 주식을 2012.6.29. 주OOO에게 양도하고 납부세액이 없는 것으로 양도소득세 신고를 하였다. (다) OOO는 2014.12.24. 쟁점토지를 임의경매로 매각하고 2015.9.30. 사업부진으로 직권폐업되었다. (라) 처분청은 2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 조세특례제한법 제32조 제5항 제1호 에 따른 해당 법인이 법인전환 후 5년 이내에 사업을 폐지하는 경우에 해당한다고 보아 청구인들에게 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(2) 청구인들은 OOO 주식을 양도하였으므로 OOO의 사업계속 여부에 따른 책임을 묻는 것은 부당하고, OOO는 파산하여 승계받은 자산을 처분하는 경우에 해당하거나 거주자의 사망으로 주식을 양도한 경우에 해당하여 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세 사후관리 예외규정의 적용대상이므로 이 건 양도소득세 과세처분이 부당하다는 주장이다.

(3) 김OOO은 2011.8.18. 신장이식을 받았으나 호흡부전, 거부반응, 균혈증 등이 발생하여 중환자실에서의 집중치료를 시행하였으나 호흡부전의 진행 등으로 2012.7.2. 사망한 것으로 OOO대학교병원장이 발행한 진단서에 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,조세특례제한법상 양도소득세의 이월과세는 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등을 현물출자 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산 등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한소득세법제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것인바, 청구인 등이 쟁점토지를 OOO에 현물출자할 당시에는 이월과세에 대한 사후관리 규정이 없었던 점, 청구인 등이 현물출자로 취득한 주식을 양도할 당시(2012.6.29.)에도 주식양도에 대하여 사후관리 규정이 없었고, 지병으로 중환자실에서 치료중 사망한 김OOO이 사망 3일전 OOO 주식을 양도한 것은 법인전환에 대한 사후관리 규정을 위배하였다고 보기 어려운 점, 청구인 등은 이미 OOO 주식 전부를 양도하였으므로 법인의 사업을 폐지하는 경우의 사후관리 규정을 적용하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 처분청이 2013.1.1. 개정된조세특례제한법제32조 제5항 제1호 규정을 적용하여 쟁점토지의 현물출자에 따른 양도소득세 이월과세액을 청구인들에게 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)