청구법인의 전자상거래시스템을 이용한 쟁점거래를 가공거래로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 부당함

[주 문] OOO세무서장이 OOO 청구법인에게 한 부가가치세 2009년 제1기분 OOO, 2009년 제2기분 OOO, 2010년 제1기분 OOO, 2010년 제2기분 OOO, 2011년 제1기분 OOO, 2011년 제2기분 OOO 및 2012년 제1기분 OOO 및 2012년 제2기분 OOO의 각 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2002.1.1.부터 건설, 레져, OOO 사업 등을 영위하는 회사로서 2009년 제1기부터 2012년 제2기 부가가치세 과세기간에 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 공급가액 합계 OOO의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하였고, OOO에 공급가액 합계 OOO의 매출세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 하고, 쟁점매입․매출세금계산서상 품목은 ‘OOO’이며, 이하 관련 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 교부하여 쟁점거래를 과세대상으로 보아 부가가치세를 신고․납부하였다.
• 나. 처분청이 OOO까지 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 실시한 결과, 쟁점거래를 가공거래로 보아 매입세액을 불공제하고 매출세액 감액하여 OOO 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 부가가치세 합계 OOO을 경정․고지하였다. <표1> 청구법인에 대한 경정․고지 내역
• 다. 청구법인은 이에 불복하여OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점거래는 청구법인이 OOO(이하 “OOO”이라고 한다)과의 협약(2007년 8월)을 통해 OOO이 구매대금을 보증하는 기업간 전자상거래시스템인 OOO을 이용하는 정상적인 거래인바, 청구법인은 2009년부터 2012년까지 OOO을 통하여 OOO을 같은 방식으로 거래하였으나 쟁점거래 외에는 부가가치세가 과세된 바가 없고, 당초 OOO가 OOO에 직접 매출한 후 대금의 회수가 곤란하자 이미 발급한 세금계산서를 취소하고 쟁점거래를 하였다 하더라도, 2자간 거래를 취소하고 3자간 전자상거래로 거래형식을 변경한 것에 불과하므로 쟁점거래를 가공거래로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 OOO의 관리부장이었던 OOO은 “기존 매출처인 OOO의 대금회수에 어려움을 겪던 중 대금 회수 목적으로 청구법인에 실물거래 없이 품목, 수량 등은 임의로 기재하여 쟁점매출세금계산서를 교부하였고, 동 세금계산서상 공급가액과 동일한 금액을 OOO에 마이너스(-) 매출세금계산서를 발행하였다”라고 진술하였고, 이에 따라 OOO는 OOO과 청구법인에게 실제로 아무런 반품 및 별도의 공급 없이 세금계산서를 수수하였는바, 쟁점거래를 가공거래로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 청구법인의 전자상거래시스템을 이용한 쟁점거래를 가공거래로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 (1) 부가가치세법 제17조 [납부세액] ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(괄호 생략)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(괄호 생략)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(괄호 생략)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액.(단서 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2009년 제1기부터 2012년 제2기까지 쟁점거래의 구체적인 내역은 아래 <표2>와 같이 매입액(공급가액) 합계 OOO, 매출액(공급가액) 합계 OOO이다. 한편, 청구법인의 OOO에 대한 거래, 대금결제 명세서에 의하면 같은 기간 OOO에 대한 매출액(공급가액) 합계는 OOO이고, 관련 매입액(공급가액) 합계는 OOO이며, 쟁점거래 외에는 부가가치세가 과세된 사실이 확인되지 아니한다. <표2> 쟁점거래 세부내역

(2) 청구법인이 제출한 쟁점거래의 구체적인 프로세스는 아래와 같다.

(3) 청구법인이 OOO 조세심판관회의에 참석하여 제출한 자료에 의하면, 청구법인의 2009년부터 2012년까지의 총 매출액은 OOO, OOO을 통한 거래의 매출액은 OOO인 것으로 나타난다. 이 건 부가가치세 부과처분 외에 OOO 거래와 관련하여 청구법인에게 과세된 사례가 있는지 여부를 처분청에 질의하였으나, 처분청이 추가로 제출한 자료는 없다.

(4) OOO세무서장의 조사 당시 작성된 OOO의 관리부장 OOO의 진술서OOO 주요내용은 아래와 같다.

(5) 청구법인 및 직원 OOO의 조세범처벌법 위반 혐의와 관련하여, OOO지방검찰청은 “쟁점매출․매입세금계산서 발급 및 수취에 근거되는 실질 거래가 있었다고 보기 어려우나, 고발인의 주장 및 제출된 자료만으로 OOO이 그러한 사실을 알고 세금계산서를 수취하거나 발급하였다고 인정하기 부족하고 이를 인정할 증거가 없다”며 청구법인과 OOO에 대해 증거불충분을 이유로 불기소결정OOO을 하였다.

(6) OOO이 작성한 ‘OOO, 청구법인과 함께 중소기업 전용 OOO인 청구법인과 대·중소기업 상생 출연 협약 체결’ 보도자료OOO에는 “사업취지는 중소기업의 원가절감 및 수익성 향상에 도움을 주고자 하는 것으로서 전자상거래보증을 통해 원부자재 구매에 필요한 담보나 결제자금을 지원하고 대기업에 국한되었던 OOO를 중소기업도 활용하여 보다 저렴하게 자재를 구매할 수 있도록 하고, 협약에 따라 청구법인은 반기별로 전자상거래보증 관련 매출액 OOO 초과분에 대해 약 0.35%를 OOO에 출연하게 된다”라고 기재되어 있고, 아래와 같은 서비스 흐름도가 첨부되어 있다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 쟁점거래 당시 청구법인이 직접 실물거래를 하지 않은 것은 사실이나, OOO은 중소기업의 원가절감 및 수익성 향상에 도움을 주고자 전자상거래보증을 통하여 원부자재 구매에 필요한 담보나 결제자금을 지원하기 위해 설계된 것으로서, 쟁점거래는 당초 OOO와 OOO의 2자간 거래에서 OOO의 대금지급이 어려워지자 OOO을 이용하여 3자간 거래로 형식을 바꾼 것으로 청구법인은 거래대금의 약 1%만 수수료로 받았던 점, OOO의 직원이 대금을 수령하는 금액에 맞추어 거래내역을 임의로 작성하였다고 진술하였으나, 위와 같이 2자간 거래를 3자간 거래로 바꾸면서 청구법인이 불필요하게 실물을 수수할 필요가 없었다는 점을 감안하면 금융거래 내용에 맞추어 세금계산서 등 관련 자료를 작성․보관하는 것이 오히려 자연스러워 보이는 점, 청구법인은 2009년부터 2012년까지 OOO을 통하여 약 OOO을 같은 방식으로 실물거래 없이 거래하였으나, 처분청은 이 건 부가가치세 부과처분 외에 청구법인의 OOO 거래와 관련하여 아무런 과세내역을 제시하지 못하고 있는바, 전체 거래 중 약 1.5%에 불과한 쟁점거래만을 과세할 만한 특별한 사정이 확인되지 아니하는 점, OOO지방검찰청이 쟁점거래와 관련하여 청구법인과 소속 직원을 불기소결정한 점 등에 비추어 쟁점거래를 가공거래로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.