쟁점토지의 취득가액을 시가에 따라 산정하여야 하는지, 아니면 장부가액으로 산정하여야 하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. OOO 주식회사, 주식회사 OOO 및 OOO 주식회사(이하 위 3개 회사를 합하여 “청구법인들”이라 한다)로 구성된 OOO은 OOO가 시행하는대규모 복합유통단지 조성사업(이하 “쟁점조성사업”이라 한다)의 민간개발자로 선정되어 1996.10.29. 쟁점조성사업과 관련하여 OOO와 “대규모 복합유통단지 조성을 위한 OOO와 민간개발자간의 협약” (이하 “쟁점협약” 또는 “쟁점협약서”라 한다)을 체결하고 2013.5.28. 동 사업에 지출한 사업비를 OOO원(37.8%), 청구법인들 OOO원(62.2%)으로 확정하였으며, 그 비율에 따라 쟁점조성사업의 최종 정산을 위한 개발이익금을 배당하기로 합의하였다.
• 나. 청 구법인들은 2013년 7월경 쟁점조성사업으로 조성된 부지 총878,127.8㎡ 중 OOO에 무상으로 귀속되는 부지(농수산물유통센터 부지 및 도로용지 등 89,182.6㎡)를 제외하고 향후 청구법인들이 대형마트 등의 부지로 활용할 OOO 주차장 60,558.6㎡ 등 23필지 총 788,945.2㎡(이하 “쟁점조성부지”라 한다)를 투자비(OOO원)에 대한 대물변제와 매매(약OOO원)로 각각 OOO로부터 취득하였는데, 위 매매대금은 쟁점조성부지 중 청구법인들이 개발이익금 배당비율(62.2%)에 따라 취득하기로 한 부분(이하 “쟁점토지”라 한다)을 제외한 나머지 부분 즉, OOO가 개발이익금 배당 비율(37.8%)에 따라 취득하는 부분(이하 “잔여토지”라 한다)의 시가를 감정평가를 거쳐 산정한 것이고, 이후 2013.9.9. 쟁점조성사업의 준공인가와 함께 조성된 부지의 지적이 확정되어 2013.9.24. 쟁점조성부지에 관한 OOO 명의의 소유권보존등기가 경료된 후, 쟁점토지 및 잔여토지에 관하여 일괄하여 청구법인들 명의의 소유권이전등기가 경료되었다.
• 다. 청구법인들은 2013사업연도 법인세를 신고하면서 쟁점토지의 취득가액을 감정평가액인 OOO원(잔여토지는 OOO원)으로 신고하였다가, 2015.1.29. 이를 쟁점조성사업 관련 비용 등의 장부가액인 OOO원(이하 “쟁점조성사업비”라 한다)으로 보아 당초 신고시 장부가액 외에 추가로 익금산입하였던 OOO원을 익금불산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다는 취지로 <별지2>와 같이 경정청구 하였으나 OOO세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 2015.10.30. 등에 이를 각각 거부하였다.
• 라. 청 구법인들은 이에 불복하여 2016.1.26. 및 2016.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인들 주장 (1) 청구법인들은 쟁점토지를 포함한 전체 부지를 매입할 목적으로 쟁점조성사업에 참여하였고, 경상남도의 모집공고, 쟁점협약서, OOO의 관리처분 계획공고, 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률(이하 “물류시설법”이라 한다) 및 그 이행결과 등에 의하면 청구법인들은 쟁점토지의 취득대가로 쟁점조성사업비 OOO원을 지출한 것이 확인되므로 법인세법 시행령제72조 제2항 제1호에 따라 쟁점조성사업비를 쟁점토지의 취득가액으로 보아야 한다. (가)법인세법제41조 제2항의 위임을 받은 법인세법 시행령제72조 제2항 제1호에서는 타인으로부터 매입한 자산의 취득가액은 매입가액에 취득세 등 부대비용을 가산한 금액으로, 제2호에서는 자기가 제조‧생산‧건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 원재료비‧노무비‧운임 기타 부대비용의 합계액으로 규정하여 원칙적으로 모법에서의 역사적 원가주의와 동일하게 규정하고 있는바, 타인으로부터 매입한 자산의 취득가액은 그 지출에 소요된 금액 및 부대비용을 취득가액으로 보아야 할 것이고, 다만 자산을 증여받거나 또는 양도가액에 대한 당사자 간의 합의 없이 단순교환하여 자산취득에 소요된 금액을 알 수 없는 경우에는 예외적으로 시가를 취득가액으로 보아야 할 것이다(OOO 법인세법론449쪽, 2013). (나) OOO의 민간개발자 모집공고문에 의하면 민간개발자의 부담으로 투자한 제반비용은 조성부지로 상계처리하고, 투자비에 상계처리된 부지를 제외한 잔여부지는 감정평가금액으로 매수하도록 하고 있는바, 쟁점조성부지는 청구법인이 처음부터 전체 부지 중 일부를 이주보상비, 공사조성비 등의 투자비 지출로 취득하고 나머지 부지를 현금으로 취득하는 구조였으며, 동 모집공고문, 쟁점협약서 및 경상남도의 조성공사 관리처분계획 등에 의하면 청구법인들은 전체 조성부지의 취득대가로 쟁점조성사업비 및 현금을 지출한 것이 확인되므로 청구법인들이 OOO로부터 취득한 전체 토지의 취득가액은 투자비와 현금의 합계액이다. (다) 쟁점조성사업의 근거법률인 물류시설법에 의하면 청구법인들은 시행사인 OOO로부터 쟁점토지를 포함한 전체 부지를 분양받아 취득하였고, 이는 쟁점토지의 등기부등본에서 청구법인들이 원시취득자인 OOO로부터 취득한 것과 그 취득등기의 원인을 ‘관광유통단지조성사업에 의한 분양’으로 하고 있는 사실을 통해서도 확인된다. 만약 감정가액을 쟁점토지의 취득가액으로 본다면 청구법인들이 쟁점토지를 감정가액으로 양도할 수 있다는 것이고 이 경우 청구법인들은 감정가액과 쟁점토지의 조성비 지출액과의 차액 상당액의 이익을 실현하게 되는데, 이는 분양받은 토지의 양도를 통한 이익실현을 금지하고 있는 물류시설법 규정에 배치되어 물류시설법상 허용될 수 없으므로 물류시설법상 쟁점토지의 취득가격은 쟁점조성사업비 지출액이고, 법인세법에서도 동일하게 보아야 할 것이다. (2) 조세심판원은 청구법인들의 쟁점토지의 취득세 경정청구 사건에서 청구법인들이 OOO로부터 쟁점토지를 취득한 것으로 보아 쟁 점토지를 취득하기 위하여 지출한 금액을 취득가액으로 판단하였다. (가) 청구법인들은 이 건 법인세 경정청구와 동일한 이유로 취득세 환급을 구하는 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 지방세법에서의 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 간접비용의 합계액이라고 하면서 청구법인이 지출한 조성사업비를 쟁 점토지의 취득가액으로 보도록 판단하였다(조심 2014지605, 2015.8.13.). (나) 이와 같이 지방세법에서 해당물건을 취득하기 위하여 거래상대방에게 지급한 금액의 합계액을 취득세 과세표준으로 보는 것은 법인세법에서 매입가액에 부대비용을 가산하여 취득가액을 산정하도록 한 규정과 동일하다.

(3) 처분청은 쟁점조성사업이 공동사업 또는 개발이익의 분배금이라는 의견이나 공동경영에 관한 약정이 없어 공동사업에 해당하지 아니하고 쟁점토지를 합유한 사실이 없다. (가) 공동사업이란 “민법제703조 제2항에 의한 조합계약에 의하여 2인 이상이 서로 출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정하고, 그 지분 또는 손익분배의 비율 등을 정하여 당사자 전원이 그 사업의 성공여부에 대하여 직접적으로 이해관계를 가지는 동업형태”를 말하는데 쟁점조성사업은 OOO가 단독으로 시행하는 것으로서 OOO가 청구법인들과 공동으로 쟁점조성사업을 경영한다고 볼 수 없다. (나) 유통단지개발촉진법에서는 물류단지개발사업을 시행하려는 자는 시행자 지정을 받도록 규정하고 있는바, 만약 청구법인들과 OOO가 공동사업을 영위한 것이라면 OOO와 청구법인들은 위 법률을 위반하였다는 것인데, 이는 사실과 다르다. (다) 민법상 공동사업에 필요한 재산은 조합원의 합유재산이어야 하는데, 쟁점토지는 OOO의 단독소유로 합유한 사실이 없고 유통단지개발촉진법에 의하면 시행자만이 단지 조성에 필요한 토지를 수용할 수 있으며, 이에 따라 OOO가 토지 일부를 수용하여 조성사업을 시행하였으며, 조성사업 완료 후 OOO가 토지전부를 원시취득하고, 청구법인들은 OOO로부터 분양받아 취득하였음이 등기부등본 등을 통해서 확인된다.

(4) 처분청은 청구법인들이 부지조성공사 대행용역의 대가로 쟁점토지를 취득하였으므로 감정가액이 쟁점토지의 취득가액이라는 의견이나 부지조성공사 대행용역에 투입된 비용이 쟁점토지의 취득가액이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인들의 쟁점토지 취득은 단순 매입이나 자기건설 자산의 취득이 아니라 ‘개발이익금의 분배’에 해당하므로, 그 취득가액은 법인세법 시행령제72조 제2항 제6호에 따라 장부가액이 아닌 시가(감정평가가액)이다. (가) 청구법인들은 장부가액 OOO 원을 투자하여 쟁점조성사업에 참여함으로써 가치가 OOO원으로 상승한 쟁점토지를 취득하는 거래가 쟁점토지를 장부가액으로 매입한 것에 해당한다고 주장하나, 청구법인들이 쟁점토지에 관하여 OOO와 ‘매매계약’을 체결한 사실이 없어 청구법인들의 ‘매입가액’ 자체가 존재하지 않을 뿐만 아니라, 청구법인들의 장부가액 OOO원을 투자하고 쟁점조성사업에 참여하여 그 개발이익금을 쟁점토지라는 현물로 분배받은 것이므로, 청구법인들이 쟁점토지를 단순히 매입하였다고 볼 수 없다. 또한,법인세법제41조 제1항 제2호는 이른바 자기건설 자산의 취득가액 규정으로 문언상 법인이 비용을 들여 자산을 건설한 후 그 자산을 스스로 취득한 경우에 적용될 뿐, 법인이 사업에 투자하여 어떤 자산을 건설한 후 그 개발이익을 분배받는 경우에 (비록 그 이익분배를 건설된 자산 자체로 지급받는 경우라고 할지라도) 적용될 것은 아니므로, 쟁점토지의 취득가액 산정에 위 규정이 적용될 수도 없다. (나) 쟁점협약은 청구법인들이 쟁점조성사업에 참여하여 투자한 데 따른 대가인 개발이익금을 현물로 분배받도록 정하고 있고 쟁점협약 제6조에 따라 청구법인들과 OOO는 정산합의서에서 “개발이익금의 배당 지분율”을 각각 62.2%와 37.8%로 합의하였는바, 청구법인들이 동 배당 지분율(62.2%)에 따라 지급받은 쟁점토지는 쟁점조성사업에 투자한 데 따른 개발이익금을 분배받은 것으로 보아야 한다. 또한, 청구법인들이 사업비 등의 명목으로 장부가액으로 계상한 OOO원은 쟁점토지 뿐만 아니라 잔여토지를 포함하여 쟁점조성사업으로 조성된 토지 전체의 개발에 사용된 비용인바, 위 장부가액과 쟁점토지 사이에는 매매계약에서 요구되는 급부와 반대급부 사이의 대가성이 인정될 수 없다.

(2) 청구법인들은 당초 쟁점토지를 포함한 전체 조성부지를 OOO로부터 매입하는 것이 예정되어 있었다고 주장하나, 그렇다 하더라도 쟁점토지를 취득하는 거래의 실질이 달라지지는 않는다. 나아가, 청구법인들의 쟁점조성사업에 따른 쟁점토지의 취득에 대하여 대가적으로 교환되는 급부는 청구법인들의 장부가액이 아니라 청구법인들이 투자자로서 지급받는 개발이익금 상당액이라고 볼 것인데, 쟁점조성부지의 감정평가액 중 청구법인들의 지분을 계산해 보면 결국 쟁점토지의 취득가액을 법인세법제72조 제2항 제6호에 따라 계산한 것과 동일한 결론에 이르게 된다.

(3) 청구법인들은 쟁점토지를 물류시설법에 따라 분양받았으므로, 이를 매입한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인들이 쟁점토지를 취득한 실질은, 쟁점조성사업에 투자한 데 따른 개발이익의 분배를 쟁점토지라는 현물로 받은 것이므로 청구법인들이 물류시설법 제50조 에서 정한 분양의 형식을 갖추어 쟁점토지를 취득하였다 하더라도, 이를 실질적으로 개발이익의 분배로 보아 이루어진 쟁점처분이 위법하다고 볼 수 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지의 취득가액을 시가(감정평가액)에 따라 산정하여야 한다고 보아 장부가액으로 산정하여야 한다는 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지3> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 및 청구법인이 제출한 자료 등에는 아래 사실이 나타난다. (가) OOO을 구성한 청구법인들의 지분비율 및 이 건 관련 쟁점토지의 취득가액 및 경정청구 내역은 아래와 같다. OOO (나) 1996.3.2. OOO가 공고한 OOO 대규모복합유통단지조성을 위한 민간개발자 모집공고의 사업개요 및 사업시행조건의 주요내용은 아래와 같다. OOO (다) 청구법인들이 위 모집공고에 참여하여 민간개발자로 선정된 후 1996. 10.29. OOO와 체결한 쟁점협약서의 쟁점조성사업 개요는 아래와 같다. OOO OOO (라) 쟁점협약서의 주요내용은 아래와 같다(갑: OOO, 을: OOO). (마) 청구법인들은 쟁점협약서 체결 이후 OOO와 공사하도급계약을 체결하여 쟁점조성사업을 위한 토지조성공사비를 부담하였는데, 조성부지가 연약지반인 이유로 토지조성공사가 당초 계획한 기간에 비해 상당히 지체되어, 최종적으로 2013년에 완료되었고, 청구법인들은 토지조성공사비 지출 이외에 편입토지 소유자에 대한 토지보상비 등을 지출하였으며, 토지조성공사비를 포함하여 쟁점조성사업과 관련하여 지출한 금액을 건설중인 자산으로 회계처리하였다. (바) 2013.5.28. 청구법인들과 경상남도는 수 차례의 확인과정을 거쳐 쟁점조성사업과 관련하여 각자가 지출한 사업비를 아래와 같이 확정하고 이를 쟁점조성사업의 최종 정산을 위한 개발이익금 배당 지분율로 하는 정산합의서를 체결하였다. OOO (사) 2013년 7월경 청구법인들은 잔여토지를 OOO원에 OOO로부터 매수하는 공유재산 매매계약 을 체결하였다. (아) 2013.9.9. OOO는 물류시설법 제46조 에 따라 쟁점조성사업에 대하여 준공인가 및 공고(OOO 고시 제2013-330호(2013.8.1.)하였으며, 토지의 관리처분계획을 아래와 같이 공고하였는바, 관리처분계획에서는 ‘OOO관광유통단지 조성사업의 청구법인들이 취득하는 토지(788,945.2㎡)는 청구법인들의 투자비(OOO원)에 대한 대물변제와 매매분(OOO원)으로 구성되며, 청구법인들의 각각의 지분율은 OOO 50%, OOO 49%, OOO 1%임’으로 공고하였다. OOO (자) 2013.9.24. 청구법인들은 쟁점토지를 포함한 쟁점조성부지 등을 OOO로부터 취득하고 소유권이전등기를 완료하였는데, 등기사항전부증명서에는 OOO 명의로 최초 소유권 보존등기가 된 후에 ‘관광유통단지조성 사업에 의한 분양’을 등기원인으로 하여 소유권이전된 것으로 나타난다. (차) 청구법인들은 쟁점조성사업과 관련하여 쟁점조성사업비 지출액 및 사업비 지출에 관련된 차입금 이자를 건설중인 자산 계정으로 회계처리한 후에 준공시점에 토지계정으로 대체하였고, 2013사업연도 법인세 신고시 쟁점토지의 감정평가금액과 회계상 취득가액과의 차액을 익금산입하여 법인세를 신고한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 법인세법 시행령제72조 제2항 각 호에서는 자산의 취득유형에 따른 취득가액의 산정방법을 규정하고 있는바, 청구법인들은 쟁점토지를 경상남도로부터 매입한 것이므로 위 조항 제1호에 따라 그 취득가액을 장부가액으로 하여야 한다고 주장한다. 그러나 쟁점조성사업과 관련한 OOO의 민간개발자 공모공고 제11항의 민간개발자의 투자범위 항목 및 쟁점협약서 제10조 제2항의 청구법인들의 사업비 투자범위 항목에 단지조성 공사비, 선부담한 보상비, 단지조성 실시계획용역비 등 청구법인들이 지출한 투자비가 규정되어 있고, 이러한 투자비는 위 공모공고 제12항의 ‘단지조성 후 이익금 배당범위’에도 규정되어 있으며 쟁점협약서 제8조 제2항의 개발이익금을 배당받을 수 있는 사업비의 범위에도 포함되어 있는바, 청구법인들은 단지조성 공사비 등 지출한 투자비에 대하여 이익금을 배당받을 수 있는 것으로 보이는 점, 쟁점협약서 제37조에는 공사의 대가를 감정평가에 의해 조성부지로 지급한다고만 되어 있음에도 청구법인들은 투자비(OOO원)나 장부가액(OOO원)을 상회하는 쟁점토지(감정평가액 OOO원)를 배당지분율(62.2%)에 따라 취득한 점, 매매계약을 통해 취득한 잔여토지와는 달리 쟁점토지의 경우 매매계약을 체결한 사실이 나타나지 않는 점 등에 비추어 청구법인들이 쟁점토지를 매입하였다고 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 쟁점토지가 개발이익금의 분배 등 법인세법 시행령제72조 제2항 제6호의 “그 밖의 방법으로 취득한 자산”으로서 그 취득가액을 취득당시의 시가(감정평가액)로 보아 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.